In der Herbstsession 2020 behandelte der Nationalrat die Volksinitiative «Löhne entlasten, Kapital gerecht besteuern», die sogenannte 99-Prozent-Initiative. Neben dem Mehrheitsantrag der WAK-NR auf Annahme der bundesrätlichen Botschaft und somit auf Empfehlung zur Ablehnung der Initiative lagen dem Rat zwei Minderheitsanträge Bendahan (sp, VD) und Wermuth (sp, AG) vor. Die Minderheit Bendahan präsentierte dem Rat einen direkten Gegenentwurf: Anstatt Kapitaleinkommen über einem Grenzbetrag zu 150 Prozent zu besteuern, wie es die Initiative vorschlug, sollte das höhere Kapitaleinkommen gemäss Gegenentwurf gleich wie das Arbeitseinkommen zu 100 Prozent besteuert werden. Die Initiative wolle das Kapital höher besteuern, so wie zuvor die Löhne höher besteuert worden seien; wer also die Initiative für extrem halte, weil sie eine Einkommensart bevorzuge, müsse eigentlich für den Gegenentwurf stimmen. Mit diesem würden Lohn und Kapital gleich behandelt, argumentierte Bendahan. Die Minderheit Wermuth hingegen beantragte dem Rat, die Initiative zur Annahme zu empfehlen. Die zwei Minderheitensprecher stellten vor allem eine Frage in den Mittelpunkt ihrer Reden: Wieso soll Einkommen aus Erwerbsarbeit zu 100 Prozent und Einkommen aus Kapital zu einem reduzierten Prozentsatz besteuert werden? Wert und Reichtum würden «genau an einem Ort produziert werden, und das ist die menschliche Arbeit», betonte Wermuth. Da das Steuersystem dies aber nicht abbilde, nehme der «Unterschied zwischen unten und oben» auch in der Schweiz zu.
Kommissionssprecherin Schneeberger (fdp, BL) und Kommissionssprecher Regazzi (cvp, TI) nahmen den Grossteil der Kritik an der Initiative, welche in der Folge von den bürgerlichen Mitgliedern im Rat geäussert wurde, eingangs bereits vorweg. Sie kritisierten, dass der Initiativtext sehr breit formuliert sei und viel Interpretationsspielraum lasse. So werde zum Beispiel nicht klar, welche Einkommensteile zu den Kapitaleinkommen gezählt würden; denkbar sei gemäss Initiativtext, dass neben den Kapitalgewinnen auch Erträge aus beweglichem und unbeweglichem Vermögen, wie Eigenmietwerte oder Renten aus der Vorsorge, betroffen wären, auch wenn die Initiantinnen und Initianten in ihren Erklärungen von einem engeren Begriff ausgingen. Die Initiative bringe der Schweiz überdies einen komparativen Nachteil im Steuerwettbewerb und bringe eine massive zusätzliche Steuerbelastung für Unternehmen, vor allem für KMU, mit sich. In der Folge könnten die Unternehmen auch weniger investieren. Diese Wirkung würde sich vermutlich aufgrund der Corona-Krise noch verstärken. Insgesamt würden vor allem die Beschäftigten mit kleinen und mittleren Einkommen, also diejenigen Personen, die mit der Initiative besser gestellt werden sollten, durch Kündigungen oder Konkurse die Hauptlast der negativen Folgen der Initiative tragen. Mit 17 zu 8 Stimmen lehne die Kommission die Initiative daher ab.
Es folgte eine lange Debatte mit 56 Wortmeldungen und zahlreichen Nachfragen. Besonders umstritten war die Frage, ob die Schere zwischen Arm und Reich in den letzten Jahren zu- oder abgenommen habe. Grünen-Sprecherin Ryser (gp, SG) argumentierte, dass zwar die Markteinkommen in der Schweiz weltweit am gleichmässigsten verteilt seien, dass aber eben die Vermögensanteile sehr einseitig verteilt seien: 1 Prozent der Bevölkerung halte 40 Prozent der Vermögensanteile. Und diese Ungleichheit nehme seit den 1970er Jahren zu. Dem entgegnete FDP.Liberalen-Sprecherin Gössi (fdp, SZ), dass dies nur gelte, solange die steuerbefreiten Vermögen, insbesondere das Kapital der zweiten und dritten Säule der Altersvorsorge, nicht berücksichtigt würden. Nehme man diese hinzu, werde der Unterschied zwischen Arm und Reich über die Zeit nicht grösser.
Insbesondere Grünen-Sprecherin Ryser brachte überdies einige Argumente zur Entkräftung der Kritik an der Initiative vor. Der Grossteil der sozialen Sicherheit und somit der Umverteilung geschehe über die Sozialversicherungen und diese würden durch Lohnbeiträge finanziert, nicht durch Steuern auf Kapital, betonte sie. Zudem würden den KMU durch die Initiative keine Mittel entzogen, da die natürlichen Personen, nicht die KMU, zusätzlich besteuert würden. Wenn deren Besitzerinnen oder Besitzer die Kosten auf die Unternehmen abwälzten, sei das deren Entscheidung. Nachfolgeregelungen bei KMU seien aber weiterhin problemlos möglich. Schliesslich sei die Befürchtung, dass durch die Initiative vermögenshaltende Privatpersonen ins Ausland abwanderten, ein Totschlagargument, das die Politik handlungsunfähig mache.
Während sich die meisten bürgerlichen Sprecherinnen und Sprecher deutlich gegen die Vorlage aussprachen, fanden Kathrin Bertschy (glp, BE) und Michel Matter (glp, GE) für die Grünliberalen auch wohlgesinnte Worte für die Initiative. Auch sie sähen Verbesserungspotenzial im Steuersystem bezüglich der hohen Belastung der Arbeitseinkommen, der Verteilung der Einkommen und Vermögen sowie der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Die Initiative wolle aber nicht primär die Besteuerung des Erwerbseinkommens reduzieren, sondern beinhalte vor allem Steuerermässigungen von Personen mit tiefen oder mittleren Arbeitseinkommen oder Transferzahlungen an diese. Entsprechend könne die GLP die Initiative nicht unterstützen.
Zum Schluss legte Finanzminister Maurer die Position des Bundesrates dar und stimmte in seiner Argumentation weitgehend mit derjenigen der Kommissionssprechenden überein. Ergänzend hielt er aber fest, dass die Initiative zudem zu einer weiteren Verlagerung der Steuerzahlenden von den armen zu den reichen Kantonen führe und damit den Zusammenhalt der Schweiz gefährde. Zudem bezahle ein Prozent der Steuerzahlenden bereits mehr als 40 Prozent der direkten Bundessteuer; eine noch höhere Besteuerung würde den «Bogen überspannen». Umverteilung finde somit bereits heute statt, genauso wie auch die Besteuerung von Kapital und Gewinn etwa im Eigenmietwert, der Grundstückgewinnsteuer sowie der Vermögenssteuer bereits enthalten sei. Die Schweiz habe ein ausgewogenes Steuersystem, das «weder auf die eine noch auf die andere Seite überlastet» werden solle.
Nach den ausführlichen Diskussionen schritt der Rat schliesslich zu den Abstimmungen: Mit 123 zu 62 Stimmen sprach sich die Ratsmehrheit zuerst gegen die Minderheit Bendahan und somit gegen den Gegenvorschlag und anschliessend auch gegen die Minderheit Wermuth auf Empfehlung zur Annahme der Initiative aus. Die Stimmen der Minderheiten stammten von den geschlossen stimmenden SP- und Grünen-Fraktionen.

Im März 2015 reichte Thomas de Courten (svp, BL) ein Postulat zum Abbau von Regulierungskosten durch die formelle Harmonisierung von Verfahren, Fristen und Zahlungsintervallen im Unternehmenssteuerbereich ein. Dieses hatte zum Ziel, Unterschiede bei der Gewinn-, Grundstückgewinn- und Lohnquellensteuer zwischen den Kantonen zu reduzieren, da diese den Unternehmen, insbesondere den Mikro- und Kleinunternehmen, hohe Zusatzregulierungskosten bereiteten. Durch eine Harmonisierung zwischen den Kantonen könnten diese Kosten reduziert werden, ohne dass den Kantonen Steuereinbussen entstünden. Dazu müssten die Kantone aber eng in die Überarbeitung miteinbezogen werden. Der Bundesrat pflichtete dem Anliegen des Postulanten bei, da ein Regulierungskostenbericht vom Dezember 2013 eine Harmonisierung von Fristen und Zahlungsintervallen ebenfalls als prüfenswert taxiert hatte. Weil im Anschluss an diesen Bericht jedoch das EFD in Zusammenarbeit mit den Kantonen mit der diesbezüglichen Prüfung und Berichterstattung bis 2016 beauftragt worden war, empfahl der Bundesrat das Postulat zur Ablehnung.

In der Frühjahrssession 2017 wurde das Postulat im Nationalrat behandelt. De Courten wies darauf hin, dass der vom Bundesrat auf 2016 in Aussicht gestellte Bericht noch nicht erschienen und allgemein seit dem Bericht 2013 „nicht viel Spürbares tatsächlich passiert" sei. So hatten bereits 2015 ein Postulat Föhn (svp, SZ) und ein Postulat (15.3720) Gössi (fdp, SZ) sowie die Motion Fournier (cvp, VS) eine beschleunigte Umsetzung der im Regulierungskostenbericht präsentierten Verbesserungsmassnahmen verlangt – bisher ohne zählbare Erfolge. Bundesrat Maurer kündigte die Veröffentlichung des zuvor auf das Jahr 2016 angesetzten Berichts, der in Zusammenarbeit mit den Kantonen und der Schweizerischen Steuerkonferenz entwickelt werde, auf die zweite Hälfte des Jahres 2017 an. Entsprechend bat er den Nationalrat darum, diesen Bericht abzuwarten, das Postulat abzulehnen und anschliessend noch offene Forderungen durch einen neuen Vorstoss einzubringen. Diesem Vorschlag folgte der Nationalrat jedoch nicht und stimmte mit 133 zu 56 Stimmen bei 3 Enthaltungen für die Annahme des Postulats. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten allesamt aus der SP- und Grünen-Fraktion, die das Postulat einstimmig ablehnten, sowie vereinzelt aus der CVP/EVP-Fraktion.

Der ressourcenschwächste Kanton soll nach erfolgten Ausgleichszahlungen des im Rahmen des Bundesgesetz über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) definierten Ressourcenausgleichs neu immer exakt die Mindestausstattung von 85% des schweizerischen Durchschnitts erreichen und entsprechend das Dotationskapital vom Wachstum des Ressourcenpotenzials entkoppelt werden. Dies forderte der Nationalrat im März 2016 indem er ein Postulat Gössi (fdp, SZ) an den Bundesrat überwies, der das Postulat selbst zur Annahme empfohlen hatte. Bekämpft wurde das Ansinnen von Nationalrätin Barbara Gysi (sp, SG), die Petra Gössi, welche aus dem Geberkanton Schwyz stammt, vorwarf, dass es ihr nur um eine Senkung des Dotationskapitals gehe. Die Wachstumspotenziale innerhalb der Schweiz seien, so Gysi weiter, derart ungleich verteilt, dass man diese bei der Ausstattung des Ressourcenausgleichs unbedingt berücksichtigen müsse. Einer mehrheitlich geschlossen stimmenden Koalition aus SVP, FDP, GLP und BDP war jedoch nicht beizukommen: Mit 116 zu 75 Stimmen bei 7 Enthaltungen fiel der Entscheid relativ deutlich aus. Nun gilt es, den bundesrätlichen Bericht abzuwarten.

Auch 2013 gab es wie bereits in den Vorjahren einige Vorstösse, die auf eine Änderung der Organisation des Finanzausgleichs zielten. Die im Vorjahr vom Ständerat abgelehnte Schwyzer Standesinitiative (11.320) wurde 2013 vom Nationalrat sistiert, bis der für Frühling 2014 erwartete zweite Wirksamkeitsbericht zur NFA vorliegt. Der Schwyzer Vorschlag sieht eine neutrale Zone vor: Ressourcenschwache, aber über genügend Eigenmittel verfügende Kantone, sollten keine Gelder erhalten. Für die Interessen der Geberkantone und vor allem für eine verbesserte Wirksamkeit der NFA will sich auch eine Ende 2013 eingereichte Standesinitiative des Kantons Nidwalden einsetzen. Eine noch nicht behandelte Motion Pezzatti (fdp, ZG) (13.3170) verlangt Mindestanforderungen für den Erhalt von NFA-Geldern und den Zwang der Empfängerkantone zu einem rigideren Finanzhaushalt. Der Bundesrat empfiehlt die Motion zur Ablehnung. Die NFA könne nur funktionieren, wenn die Mittel ohne Zweckbindung ausgerichtet würden. Die kantonale Finanzpolitik müsse autonom bleiben. Zwei bereits 2011 eingereichte Motionen Carobbio (sp, TI) (11.3262) und Fluri (fdp, SO) (11.3504) wurden im Berichtsjahr abgeschrieben. Erstere hätte eine progressive Gestaltung der Ausgleichsbeiträge der ressourcenstarken Kantone verlangt während zweitere die Städte in die Evaluation der NFA einbeziehen wollte. Zwei Ende 2012 bzw. im März 2013 eingereichte Motionen Gössi (fdp, SZ) (12.3839) und Aeschi (svp, ZG) (13.3095), die unter anderem eine Neuberechnung des Ressourcenindex unter Berücksichtigung der tatsächlichen Ressourcenstärke (z.B. unter Berücksichtigung von Einnahmequellen, Bundessubventionen und Lebenskosten) verlangen, wurden 2013 hingegen noch nicht behandelt. Ende Jahr räumte der Bund Fehlanreize bei der NFA ein, die mit dem neuen Wirksamkeitsbericht im Frühjahr 2014 erörtert werden würden. Geprüft werde insbesondere die Solidarhaftung.