In den folgenden Tagen machte sich das Parlament an die Bereinigung der acht verbliebenen Differenzen zum Voranschlag 2022. Bereits in der ersten Runde bereinigte der Ständerat drei offene Fragen, obwohl die FK-SR in fast allen Punkten Festhalten empfohlen hatte. So folgte die kleine Kammer bezüglich der Krediterhöhung für die sieben verschiedenen Familienorganisationen in der Höhe von CHF 1 Mio. (auch in den Finanzplanjahren) einer Minderheit Gapany (fdp, FR) statt der Kommissionsmehrheit, welche auf die Erhöhung verzichten wollte. Mehrheitssprecher Hegglin (mitte, ZG) hatte zuvor vergeblich argumentiert, dass «Mittel in dieser Grössenordnung» – Finanzminister Maurer sprach gar von «Bagatellbeträgen» – vermehrt durch nachgelagerte öffentliche Institutionen statt durch den Bund gesprochen werden sollten. Seit 2016 sei der Kredit der Familienorganisationen gleichgeblieben, obwohl ihre Aufgaben zugenommen hätten, betonte die Minderheitensprecherin. Ein Verzicht auf die Aufstockung würde folglich eine Einschränkung der Leistung nach sich ziehen. Mit 20 zu 19 Stimmen bereinigte der Ständerat diese Differenz knapp. Keine Diskussionen gab es bezüglich der Schaffung von neuen Sollwerten beim VBS zur Senkung der Bruttomietkosten und beim SECO zur Erhöhung der Anzahl Freihandelsabkommen – beide Änderungen akzeptierte der Ständerat stillschweigend.

Der Nationalrat bereinigte im Gegenzug die Differenzen bezüglich des Bundesamtes für Energie, wobei er auf die zusätzliche Aufstockung zugunsten des Programms EnergieSchweiz verzichtete. Dabei folgte sie der FK-NR, die beantragt hatte, dem Ständerat entgegenzukommen und dessen mildere Aufstockung von CHF 5.6 Mio. gegenüber der bundesrätlichen Position zu übernehmen. Dieser Kredit stehe nicht direkt mit dem CO2-Gesetz in Verbindung, weshalb eine Aufstockung durchaus gerechtfertigt sei, argumentierte Kommissionssprecher Brélaz (gp, VD). Eine Minderheit Schwander (svp, SZ) wollte zumindest in den Finanzplanjahren gänzlich auf eine Aufstockung verzichten, unterlag jedoch mit 134 zu 56 Stimmen. Die zusätzliche Erhöhung der Darlehen und Beteiligungen für die Entwicklungsländer, insbesondere des SIFEM, strich der Nationalrat überdies aus dem Budget, wie es der Ständerat zuvor vorgesehen hatte.

In der zweiten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens blieben damit nur noch die Fragen der Krediterhöhung zugunsten des Kinderschutzes, der Kürzung der Personalausgaben sowie der Verbuchung der Covid-19-Arzneimittel und -Impfleistungen, die von der Höhe der zusätzlichen Ausgaben und somit von den anderen beiden Entscheiden abhängig war. Der Ständerat pflichtete der grossen Kammer in der Folge bezüglich des Kinderschutzes bei, wohlwissentlich, dass «diese Mittel nicht verwendet werden können, solange nicht rechtliche Grundlagen dafür bestehen», wie Kommissionssprecher Hegglin betonte. Dabei verzichtete er aber auf eine Zuschreibung dieser Gelder in den Planungsgrössen an die «Ombudsstelle Kinderrechte Schweiz». Stillschweigend und mit Zustimmung des Finanzministers sprach sich der Ständerat für diese Lösung aus.

In der Folge verzichtete der Nationalrat auf die Umbuchung des Arzneimittelkredits, was Kommissionssprecher Brélaz mit dem Verfahren der Budgetbereinigung begründete: Liegt am Ende der Budgetdebatte eine Differenz zwischen den Räten vor, wird jeweils der tiefere Betrag im Budget verwendet. In diesem Fall würde das aber bedeuten, dass die entsprechenden Kosten weder ordentlich noch ausserordentlich verbucht werden könnten – der Nationalrat hatte bei der ordentlichen Verbuchung den Wert 0 vorgesehen, der Ständerat bei der ausserordentlichen Verbuchung. Mit der stillschweigenden Entscheidung des Nationalrates, hier einzulenken, rechnete der Bund jedoch nur noch mit einem Überschuss von CHF 1.8 Mio. – es bliebe also nicht mehr viel Geld für ordentliche Nachträge, wie die beiden Kommissionssprechenden Brélaz und Wyss (sp, BS) erläuterten. Jedoch könne die Administration im ersten Nachtrag 2022 die Kreditreste für das Jahr 2022 abschätzen – anschliessend seien Nachträge in dieser Höhe gemäss FHG weiterhin möglich. Man habe diesen Mehraufwand für die Verwaltung insbesondere in Anbetracht des Antrags auf Querschnittskürzungen bei den Personalausgaben verhindern wollen. Diesen letzten Punkt zu den Personalausgaben konnte der Nationalrat trotz eines Minderheitsantrags Schilliger (fdp, LU) auf Einlenken nicht bereinigen – die Frage musste folglich in der Einigungskonferenz geklärt werden.

In der Einigungskonferenz war der Ständerat aufgrund der Regeln der Budgetdebatte in einer ungemein stärkeren Position – bei Ablehnung des Antrags der Einigungskonferenz würde sein (tieferer) Betrag ins Budget aufgenommen. Die FK-NR habe eine Verständigungslösung präsentiert, die jedoch kaum diskutiert worden sei, kritisierte Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) die Debatte in der Einigungskonferenz während der anschliessenden Ratsdebatte. Der Ständerat habe sich in der Einigungskonferenz folglich durchgesetzt. Mit 119 zu 69 Stimmen respektive 37 zu 0 Stimmen sprachen sich National- und Ständerat für deren Antrag zum Voranschlag 2022 aus. Trotz eines Minderheitsantrags Schneider Schüttel auf Ablehnung des Antrags der Einigungskonferenz für die Finanzplanjahre setzte sich der Vorschlag der Einigungskonferenz im Nationalrat (mit 103 zu 87 Stimmen) und im Ständerat (mit 27 zu 11 Stimmen bei 2 Enthaltungen) ebenfalls durch. Somit wurden die Personalausgaben gegenüber der bundesrätlichen Version für das Jahr 2022 sowie für die Finanzplanjahre um CHF 21 Mio. (von CHF 6.1 Mrd.) gekürzt, um den Bundesrat aufzufordern, «nach Synergien über die ganze Verwaltung zu suchen», wie FK-SR-Sprecher Hegglin die Kürzung begründete.

Deutlich kürzer als im Erstrat fiel die Behandlung des Voranschlags 2021 mit integriertem Aufgaben- und Finanzplan 2022-2024 im Ständerat aus. Die FK-SR und mit ihr der Ständerat pflichteten den meisten der vom Nationalrat eingefügten Änderungen bei, etwa der Erhöhung verschiedener Kulturbeiträge in Übereinstimmung mit der Kulturbotschaft, der Erhöhung des Kredits des NDB unter gleichzeitiger Reduktion des Betrags für den Rüstungsaufwand oder dem Zahlungskredit für eine Covid-Härtefallhilfe über CHF 680 Mio. als Ergänzung zum gleich hohen Verpflichtungskredit. Anderer Meinung als der Nationalrat war die Kommissionsmehrheit jedoch bezüglich der Ausgaben für die Vollassoziierung an Erasmus plus, für die der Nationalrat höhere Beiträge in den Finanzplanjahren gesprochen hatte. Stillschweigend folgte der Ständerat diesbezüglich dem Bundesrat und verzichtete auf die Aufstockung. Auch mit den Sollwerten zur Zentralen Ausgleichsstelle (ZAS) sowie zum Personenverkehr zeigte sich der Zweitrat nicht einverstanden und strich diese wieder aus den Planungsgrössen. Mehr Diskussionen gab es über die Direktzahlungen in der Landwirtschaft, bei denen die Kommissionsmehrheit dem Bundesrat folgen und auf die Aufstockung verzichten wollte. Eine Minderheit Ettlin (cvp, OW) beantragte hingegen, denselben Betrag bei den Direktzahlungen zu gewähren, wie im Jahr 2019 ausbezahlt worden war, um so «den verbleibenden Bauernfamilien nicht Einkommen wegzunehmen». Der Ständerat folgte der Minderheit Ettlin mit 22 zu 20 Stimmen, lehnte jedoch eine weitere Aufstockung um CHF 1.6 Mio. als Sömmerungsbeiträge an die nachhaltige Schafalpung, wie sie der Nationalrat beschlossen hatte, ab. Zusätzlich erhöhte die kleine Kammer jedoch die Zulagen zur Milchwirtschaft. Den Umwelttechnologiekredit des BAFU, mit dem dieses die Entwicklung von Anlagen und Verfahren zur Verminderung der Umweltbelastung fördern kann, wollte die FK-SR weniger stark erhöhen (auf CHF 5 Mrd.) als zuvor der Nationalrat (CHF 7 Mrd.), aber höher als eine Minderheit Knecht (svp, AG), welche dem Bundesrat folgen wollte (CHF 4 Mrd.). Mit 23 zu 19 Stimmen setzte sich auch hier die Minderheit durch. Eine weitere Differenz wurde beim Kinderschutz geschaffen, den der Nationalrat im Vergleich zum Bundesrat ausbauen wollte und bei dem sich der Ständerat für einen Kompromissvorschlag einer Minderheit Carobbio Guscetti (sp, TI) entschied. Damit sollten Organisationen im Bereich Kinderschutz wie Pro Juventute unterstützt werden. Dies sei ein «sehr kleiner Betrag gegenüber den Gesamtausgaben des Bundesamtes für Sozialversicherungen» in einem Bereich, in dem der Handlungsbedarf «nach wie vor gross» sei, betonte die Minderheitensprecherin.
Keine inhaltliche, sondern eine taktische Absicht verfolgte Peter Hegglin (cvp, ZG), der die Ablehnung von drei Aufstockungen von Beträgen im Bildungsbereich durch den Nationalrat beantragte. Hier sollten die Differenzen offengelassen werden, bis die entsprechenden Beträge in der BFI-Botschaft festgelegt worden seien. Deutlich folgte der Ständerat diesem Vorschlag. In einem weiteren Einzelantrag verlangte Hegglin die Streichung der CHF 20 Mio. für Härtefälle bei den Geschäftsmieten, da das Parlament das Geschäftsmietegesetz in der Zwischenzeit verworfen hatte. Der Ständerat folgte ihm ohne Gegenstimme, jedoch mit 8 Enthaltungen.
Vom Nationalrat noch unbeachtet geblieben war die Frage der Regionalflugplätze, für die eine Minderheit Würth (cvp, SG) die Aufstockung des vom Bundesrat vorgeschlagenen Beitrags an die technischen Sicherheitsmassnahmen vorschlug. Da bei Skyguide keine Quersubventionen mehr erlaubt seien, bestehe gemäss Alois Gmür (cvp, SZ) bei den Regionalflugplätzen eine Unterdeckung. Diese wollte Würth durch die Erhöhung des Beitrags in den Finanzplanjahren beheben. In diesem Bereich fänden in Kürze Subventionsüberprüfungen statt, bei denen die Kostenfrage ebenfalls geklärt werden solle, betonte er. Eine Beitragsreduktion im Rahmen des Voranschlags 2021 würde nun die Subventionsprüfung präjudizieren, befürchtete Würth. Finanzminister Maurer bat in der Folge darum, die entsprechende Entwicklung im Folgejahr abzuwarten. Mit 23 zu 19 Stimmen folgte der Ständerat jedoch der Minderheit.
Nachdem der Ständerat dem Vorschlag von Bundesrat und Nationalrat, einen Teil der Corona-bedingten Mehrkosten als ausserordentliche Ausgaben zu verbuchen, stillschweigend beigepflichtet hatte, nahm die kleine Kammer den Entwurf des Voranschlags in der Gesamtabstimmung einstimmig (mit 40 zu 0 Stimmen) an, genauso wie auch die übrigen Bundesbeschlüsse zu den Planungsgrössen, Finanzplanjahren, zum Bahninfrastrukturfonds und zum Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds.