In der Wintersession 2021 hiess das Parlament auch den Nachtrag II zum Voranschlag 2021 gut. Der Ständerat sprach sich, nachdem Peter Hegglin (mitte, ZG) als Sprecher der FK-SR und Finanzminister Maurer den Nachtrag präsentiert hatten, in der Gesamtabstimmung mit 41 zu 1 Stimmen für Annahme des Nachtrags II aus. Einzig Thomas Minder (parteilos, SH) stimmte für Ablehnung des Nachtrags.
Der Nationalrat behandelte den Nachtrag II zusammen mit dem Voranschlag 2022, wobei der Nachtrag II kaum Thema der Diskussionen war. Mit 129 zu 43 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) sprach sich auch die grosse Kammer für die Annahme aus. Die ablehnenden Stimmen und die Enthaltungen stammten von Mitgliedern der SVP und einem Mitglied der Grünen.

Nachdem der Vorschlag der WAK-SR bereits ausführlich ausserhalb des Parlaments diskutiert worden war, folgte im Juni 2018 die Ständeratsdebatte zur Steuervorlage 17. Kommissionspräsident Pirmin Bischof (cvp, SO) stellte dem Rat den Kommissionsvorschlag detailliert vor und betonte, der Kompromiss sei kein Diktat, auch nicht für die Schwesterkommission, aber er stelle «im Moment die beste Lösung» dar. Um diesen Kompromiss zu erarbeiten, habe die Kommission Vertreterinnen und Vertreter verschiedenster Organisationen und Behörden angehört, darunter Delegierte der FDK, des Kantons Zürich, des Städte- und des Gemeindeverbands, von Economiesuisse oder des Gewerkschaftsbundes. Die ESTV und das BSV hätten zudem auf Verlangen der Kommission 24 Berichte erstellt. Unter anderem war ein Gutachten des Bundesamtes für Justiz zum Schluss gekommen, die Vorlage sei «verfassungsrechtlich vertretbar». Bischof betonte, dass der Kompromiss alle Eckpunkte des Vorschlags der WAK-SR umfasse und nur in seiner Gesamtheit in dieser Breite getragen werde. Würden Teile davon verändert, sei diese Unterstützung nicht mehr vollständig gegeben. Abschliessend betonte Bischof, dass die Kommission offen sei für Alternativvorschläge.
Im Ratsplenum rief die Vorlage ebenfalls gemischte Gefühle hervor. Die in «Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung» (STAF) umgetaufte Vorlage sei eine «Sternstunde der parlamentarischen Arbeit», lobte Roberto Zanetti (sp, SO). Viele Ratsmitglieder betonten hingegen ihre Skepsis, einige wurden sogar richtig deutlich: Thomas Minder (parteilos, SH) sprach von einer «Birchermüesli-Politik», Alex Kuprecht (svp, SZ) von einem «Sündenfall» und Werner Luginbühl (bdp, BE) von einem Kauf von Mehrheiten mit Geschenken. Mehrfach wurde das Gutachten des BJ als politische Gefälligkeit anstelle einer juristischen Einschätzung bezeichnet. Finanzminister Maurer wurde nicht müde, die Wichtigkeit der SV17, respektive dem STAF, zu betonen und den Kompromiss zu loben.
Inhaltlich gab es kaum Streitpunkte, was die NZZ darauf zurückführte, dass die Vorlage ein politischer Balanceakt sei: Man könne kein Element ändern, ohne das alles auseinanderbreche. Dennoch wurden drei Änderungsanträge eingebracht. Eine Minderheit I Zanetti forderte, die minimale Dividendenbesteuerung der Kantone gemäss dem Vorschlag des Bundesrates auf 70 Prozent zu erhöhen, da die Kantone diese Regelung erarbeitet hätten und diese bevorzugen würden. Finanzminister Maurer pflichtete ihm bei und bat den Rat darum, der Minderheit I zu folgen. Gleichzeitig beantragte eine Minderheit II Föhn dem Ständerat, darauf zu verzichten, den Kantonen bezüglich Dividendenbesteuerung Vorgaben zu machen, da die Unternehmen gemäss dem Vorschlag der WAK-SR bereits genügend zur Kasse gebeten würden. Mit 25 zu 14 Stimmen (5 Enthaltungen) und 26 zu 12 Stimmen (6 Enthaltungen) setzte sich der Kommissionvorschlag gegen die zwei Minderheitsvorschläge durch. Eine Minderheit Fetz wollte erreichen, dass die Regeln zum Kapitaleinlageprinzip (KEP) auch auf Nennwertsenkungen angewendet werden und dass Gratisaktien und Gratisnennwerterhöhungen unterbunden werden. Anita Fetz (sp, BS) bat um Zustimmung zu ihrem Minderheitsantrag, damit die bei der Unternehmenssteuerreform II gemachten Fehler korrigiert werden könnten. Mit 30 zu 11 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) sprach sich der Ständerat gegen eine solche Änderung aus. Unverändert wurde der Kommissionsvorschlag somit an den Zweitrat weitergereicht.

Ende März 2017 wurde der Bericht des Bundesrats bezüglich der Umwandlung von Bundesdarlehen an die SIFEM AG in Aktienkapital in Erfüllung eines gleichlautenden Postulats der FK-NR publiziert. Darin wird unter anderem aufgezeigt, dass die SIFEM AG die Kontrolle, Aufsicht und Transparenz der Investitionsförderung des Bundes erhöht, insgesamt eine breite Entwicklungswirkung bezüglich der Schaffung und Erhaltung von Arbeitsplätzen erzielt und allgemein vom Bundesrat, der beratenden Kommission für internationale Zusammenarbeit sowie der OECD positiv beurteilt wird. Die von Bundesrat und Parlament definierten Anforderungen von Gouvernanz, Effizienz, Wirtschaftlichkeit, Mobilisierung von Privatkapital und Risikominderung bedürfen die Form einer Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft. Entsprechend seien solche Organisationen weit verbreitet, ihre Bedeutung nehme zudem international zu. Die Umwandlung der Bundesdarlehen in Aktienkapital beseitige schliesslich negative Auswirkungen der Rechnungslegung, reduziere das Wechselkursrisiko, mache die SIFEM AG für private Investoren attraktiver und stärke ihre Zukunftsfähigkeit. Dadurch dass die Umwandlung haushaltsneutral sei, ergäben sich zudem keine Nachteile für den Bund.
Die Finanzkommission des Nationalrats pflichtete nach Kenntnisnahme des Berichts dem Bundesrat bei und sprach sich in einer Konsultivabstimmung mit 14 zu 4 Stimmen bei 2 Enthaltungen für die Umwandlung aus. In der Sommersession lag es am Parlament, den Bericht zur Kenntnis zu nehmen, was zu weiteren Diskussionen über den Nutzen der SIFEM AG sowie ihrer Umwandlung Anlass gab. Kritisch zeigte sich in der Ständeratsdebatte Thomas Minder (parteilos, SH). Dabei beanstandete er nicht die Umwandlung der Bundesdarlehen, sondern stellte den Nutzen der SIFEM AG selbst in Frage. Einerseits sei eine AG dazu da, Gewinn zu erzielen, was bei der Entwicklungshilfe nicht sinnvoll sei. Andererseits sei die SIFEM AG ein „komplizierte[s], kostspielige[s], verschachtelte[s] Konstrukt", dessen hohe Betriebskosten im Jahr 2016 nochmals angestiegen seien. Mit Investitionen in fast 500 Firmen in 72 Ländern sei sie verzettelt und die Übertragung des Portfoliomanagements an die Obviam AG erlaube es dieser, „ihre teuren Portfoliomanager [zu füttern]". Kostengünstiger wäre es stattdessen, diese Gelder der Deza zu geben. Zudem zog Minder Parallelen zur lange Zeit unkritischen Haltung von Bundesrat und Parlament gegenüber den Bürgschaften für Hochseeschiffe. Im Gegenzug betonte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann, dass die SIFEM AG mindestens 70 Prozent ihrer Gelder in KMU investiere und somit vor allem unternehmerische Projekte, keine Projekte mit Hilfscharakter, unterstütze. Sie stelle daher ein komplementäres Instrument zur Deza dar. Die Spezialisten der Obviam AG verfügen über Fachkenntnisse und übernehmen die Verwaltung der Portfolios entsprechend den von der SIFEM AG vorgegebenen Richtlinien. Die SIFEM AG kontrolliere die Tätigkeiten der Obviam AG sorgfältig. Die Betriebskosten seien „nicht weit weg" von den Werten der Deza oder vergleichbarer Organisationen anderer Staaten. Die Parallelen zur Hochseeschifffahrt liess der Wirtschaftsminister nur bedingt gelten. So gehe es bei der Schifffahrt um deutlich höhere Beträge pro Unternehmen, da es nur wenige Reeder mit jeweils grossen Anteilen gebe. Wenn hingegen ein von der SIFEM AG unterstütztes Projekt nicht erfolgreich ist, seien die Verluste deutlich geringer und würden die SIFEM AG nicht gefährden.
In der Nationalratsdebatte zeigte sich vor allem Pirmin Schwander (svp, SZ) kritisch gegenüber dem Bericht des Bundesrates. So seien die zentralen Fragen des Postulats nicht beantwortet worden. Zwar erkläre der Bericht die Ziele der SIFEM AG als erreicht, es würden aber keine substanziellen Angaben dazu gemacht, wie viele Arbeitsplätze auch nach dem Rückzug der SIFEM AG erhalten bleiben würden. Zudem sei noch immer nicht klar, ob diese Ziele nicht auch mit Instrumenten der klassischen Entwicklungshilfe erreicht werden könnten. Insgesamt vermutete Schwander, dass dem Bund durch die Umwandlung ein grösseres Risiko entstehen würde als zuvor. Trotz dieser Einwände nahmen beide Räte den Bericht zur Kenntnis.