Noch in der Herbstsession 2018 bereinigten die Räte den AHV-Steuer-Deal. Die WAK-SR beantragte der kleinen Kammer, alle Änderungen des Nationalrats anzunehmen. Bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP) hatte die WAK-NR über den Sommer zahlreiche Abklärungen getroffen, um die der Ständerat gebeten hatte, und nun entsprechende formelle Verbesserungen vorgenommen. Auch die beiden inhaltlichen Änderungen zum KEP hiess die ständerätliche Kommission gut und der Ständerat akzeptierte sie stillschweigend. Umstrittener war hingegen die Änderung des Nationalrats bezüglich der Gemeinden. Auch hier sehe die WAK-SR keine Schwierigkeiten, zumal den einzelnen Gemeinden daraus kein Rechtsanspruch entstehe, erklärte Pirmin Bischof (cvp, SO). Gemäss Bundesrat Maurer habe die entsprechende Formulierung bei den Kantonsvertreterinnen und -vertretern zudem «nicht viel mehr als ein Achselzucken» ausgelöst. Der Finanzminister erwartete daher diesbezüglich keinen Widerstand von den Kantonen. Einige Ständeräte erachteten die Formulierung jedoch als problematisch. Sie kritisierten insbesondere den Eingriff in die Organisationsfreiheit der Kantone heftig. Einen Antrag Eberle (svp, TG) auf Streichung beider Versionen – die Auswirkungen des Gesetzes auf die Gemeinden sollten also weder berücksichtigt, noch abgegolten werden – lehnte der Ständerat jedoch mit 30 zu 12 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) ab und nahm die Vorlage stillschweigend an.
Bevor das Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung (STAF) jedoch reif war für die Schlussabstimmungen, mussten noch einige Änderungswünsche der Redaktionskommission behandelt werden. Die beiden Räte akzeptierten diese stillschweigend und brachten die Vorlage anschliessend mit 112 zu 67 Stimmen (bei 11 Enthaltungen) respektive 39 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) unter Dach und Fach.

Bereits zu diesem Zeitpunkt waren sich die Kommentatoren in den Medien einig, dass das Volk 2019 sehr wahrscheinlich über das STAF abstimmen wird. Die Jungparteien der Grünen und der Grünliberalen hatten zu diesem Zeitpunkt bereits angekündigt, das Referendum ergreifen zu wollen. Widerstand gegen die Vorlage hatten unter anderem auch Westschweizer Gewerkschaften, Grüne und Jungsozialisten angekündigt. Unklar waren noch die Haltungen der SP und der Gewerkschaften, die in ausserordentlichen Delegiertenversammlungen gefasst werden sollten. Hingegen betonten Vertreter der SVP mehrfach, dass die Partei das Referendum nicht ergreifen, jedoch vermutlich die Nein-Parole zum Gesetz ausgeben werde.

Ursprünglich im Rahmen des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 geplant, hatten die Büros des National- und Ständerats im Herbst 2016 die Behandlung des Bundesgesetzes über Aufgaben, Organisation und Finanzierung der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht (ESAG) sistiert und den Rechtskommissionen zugewiesen. Die Vorlage sollte die Rahmenbedingungen für die Umwandlung der ESA in eine öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit und eigener Rechnung festlegen. Mit der Sistierung sollten jedoch zuerst die Entscheidungen des Parlaments zu konnexen Geschäften abgewartet werden.
Im April 2017 gab die RK-SR bekannt, dass sie mit 9 zu 2 Stimmen (bei einer Enthaltung) keine Auslagerung der Stiftungsaufsicht möchte und somit auf ein Eintreten verzichte. Zuvor hatte sie Vertretungen der Stiftungsverbände Swissfoundations und Profonds angehört und den Evaluationsbericht der EFK zur Wirksamkeit von „klassischen" Stiftungen beraten. Dabei kritisierte die Mehrheit der RK-SR insbesondere, dass sich die Vorlage des Bundesrates ausschliesslich mit der Organisation der Stiftungsaufsicht befasse und die Thematik nicht umfassend behandle.
Für die RK-SR erklärte Fabio Abate (fdp, TI) dem Ständerat in der Sommersession, dass die ESA durch die Umwandlung formell von Weisungen des Bundesrates oder von Verwaltungsbehörden befreit wäre und vollständig eigenfinanziert würde. Dadurch könne der Bundeshaushalt durch eine Reduktion des Personalbestands um CHF 650'000 pro Jahr entlastet werden. Gleichzeitig könne dadurch die Plafonierung des Bundespersonalbestands umgangen werden, welche selbst die Schaffung gebührenfinanzierter neuer Stellen verhindere. Keinen Einfluss hätte dies auf die Bestimmungen des Zivilgesetzbuches zu Inhalt und Umfang der Stiftungsaufsicht oder auf die Kompetenzaufteilung zwischen der eidgenössischen Stiftungsaufsicht und den kantonalen Stiftungsaufsichtsbehörden. Gerade diesen letzten Punkt bestritt jedoch Ständerat Cramer (gp, GE): Zur Auslagerung der Stiftungsaufsicht müsse gemäss EFK zwingend das Zivilgesetzbuch (v.a. Art. 84) angepasst werden, was ausführliche Änderungen sowie ein Vernehmlassungsverfahren mit sich bringen würde. Entsprechend sei die Aufarbeitung dieser Vorlage durch den Bundesrat unvollständig. Roland Eberle (svp, TG) ergänzte zusammenfassend, dass die heutige Stiftungsaufsicht auf Bundes- und Kantonsebene funktioniere und es sich somit lediglich um ein Ressourcenproblem handle. Dies sei aber nicht Grund genug, ein gut funktionierendes System infrage zu stellen. Demgegenüber argumentierten Christian Levrat (sp, FR) und Bundesrat Berset, dass sie bisher kaum Gründe gehört hätten, nicht auf das Geschäft einzutreten. So sei die Tatsache, dass die Vorlage im Rahmen des Stabilisierungsprogramms eingebracht worden war, kaum Grund genug, den Änderungsvorschlag noch nicht einmal zu besprechen. Der Innenminister betonte zudem, dass sich diese Organisationsform in sechzehn Kantonen bereits bewährt habe und dass die EFK gemäss ihrem Bericht eine Umwandlung ausdrücklich unterstütze. Dennoch sprach sich der Ständerat mit 31 zu 8 Stimmen (4 Enthaltungen) relativ deutlich gegen ein Eintreten aus.