Der Ständerat kam umgehend auf die am Vortag vom Nationalrat geschaffene Differenz beim Bundesbeschluss zur Verlängerung des Moratoriums zur Wiederaufarbeitung abgebrannter Brennelemente zurück, da das bestehende Moratorium nur noch bis Ende Juni galt und ein Hauptmotiv für die Vorlage gerade das Verhindern einer zeitlichen Gesetzeslücke war. Unter dem Aspekt der Eile und des lückenlosen Weiterführens des Moratoriums beantragte die UREK-SR dem Rat, dem Nationalrat zu folgen. Bundesrätin Leuthard hatte diesem Antrag nichts hinzuzufügen und der Rat nahm die Vorlage stillschweigend an.

In der grossen Kammer war die Verlängerung des Moratoriums zur Wiederaufarbeitung abgebrannter Brennelemente umstrittener als im Ständerat: Eine Minderheit Müri (svp, LU) beantragte Nichteintreten, da die Wiederaufbereitung abgebrannter Brennelemente wirtschaftlich sinnvoll und ein eigentliches Technologieverbot inakzeptabel sei. Ausser in der geschlossenen SVP-Fraktion fand die Minderheit Müri allerdings keine Unterstützung: Der Rat beschloss mit 126 gegen 64 Stimmen (bei einer Enthaltung) Eintreten.
Während die Kommissionsmehrheit der UREK-NR dem Ständerat folgen und dem Bundesbeschluss zustimmen wollte, verlangte eine Minderheit Schilliger (fdp, LU) die Dauer des Moratoriums statt auf zehn nur auf vier Jahre anzulegen. Schilliger hatte in seinem Votum angekündigt, dass die FDP-Fraktion dem Bundesbeschluss nur zustimme, wenn der Minderheitenantrag angenommen werde. Diese Drohung zeigte keine Wirkung auf das Stimmverhalten bei SP, Grünen, GLP und CVP, die Minderheit obsiegte aber dank der Stimmen von SVP, FDP und BDP mit 103 zu 87 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Schlussabstimmung verweigerte nur die SVP-Fraktion die Zustimmung, so dass der veränderte Bundesbeschluss mit 129 zu 65 Stimmen angenommen wurde.

Am 18. November 2015 hatte der Bundesrat seine Botschaft zum Bundesbeschluss über die Verlängerung des Moratoriums für die Ausfuhr abgebrannter Brennelemente zur Wiederaufarbeitung an das Parlament gerichtet. Weil das 2005 im Kernenergiegesetz verabschiedete Moratorium zur Wiederaufbereitung Ende Juni 2016 ausläuft und das erste Massnahmenpaket der Energiestrategie 2050, welches ein unbefristetes Verbot der Wiederaufbereitung enthält, bis dahin noch nicht verabschiedet ist, beabsichtigt der Bundesrat die drohende Lücke mit einer Verlängerung des Moratoriums zu schliessen.
In der Frühjahrssession 2016 behandelte der Ständerat das Geschäft als Erstrat. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte ohne Debatte mit 31 Stimmen ohne Gegenstimmen und Enthaltungen zu.

Après la procédure de consultation de l'année passée, le Conseil fédéral a mis en vigueur l'ordonnance concernant le fonds de gestion des déchets radioactifs provenant des centrales nucléaires. Dès 2001, les exploitants ont l'obligation de verser des contributions annuelles au fonds.

Tout comme la Chambre des cantons en 1995, le Conseil national a tiré les conséquences du vote négatif de la population nidwaldienne quant à l'établissement d'un dépôt pour déchets radioactifs sur le site du Wellenberg et a dès lors décidé de ne pas entrer en matière sur le projet de révision partielle de la loi sur l'énergie atomique qui visait à accélérer la procédure d'octroi des autorisations dans le domaine du stockage des déchets nucléaires.

Tout comme la Chambre haute en 1994, le Conseil national a accepté à une forte majorité l'essentiel des mesures concernant la non-prolifération des armes nucléaires contenues dans le projet de révision partielle de la loi sur l'énergie atomique. L'entrée en vigueur de celle-ci a été fixée au 1er décembre par le Conseil fédéral qui a par ailleurs adapté l'ordonnance atomique aux prescriptions internationales plus strictes sur le contrôle des marchandises nucléaires.

C'est notamment dans l'optique de respecter la volonté populaire exprimée lors du vote nidwaldien que le chef du DFTCE s'est prononcé, en septembre, en faveur de l'annulation du volet relatif à la simplification des procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour déchets radioactifs contenu dans le projet de révision partielle de la loi sur l'énergie atomique. Rappelant néanmoins que le problème de l'entreposage de ce type de déchets restait entier, Adolf Ogi a déclaré que la totalité des options en la matière devait demeurer ouverte: réactualisation des sites d'Ollon (VD), d'Oberbauenstock (UR) et du Misox (GR), entreposage à la surface, exportation des déchets vers l'étranger. Déjà à l'origine du gel, en 1994, de la discussion relative à la simplification des procédures d'autorisation prévue dans le projet de révision partielle de la législation sur l'énergie atomique, et conformément au souhait du chef du DFTCE, la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats a décidé, fin octobre, de ne pas entrer en matière sur cet objet. Elle a été suivie en cela par les députés de la petite Chambre lors de la session parlementaire d'hiver. Une simplification des procédures d'autorisation devrait néanmoins intervenir dans le cadre de la révision totale de la loi sur l'énergie atomique dont devrait traiter le parlement d'ici quelques années.

Le parlement a approuvé la décision du Conseil fédéral sur l'octroi de l'autorisation générale pour le dépôt intermédiaire central pour déchets radioactifs de Würenlingen (AG). Les Chambres ont parallèlement accordé un crédit d'engagement de CHF 30 millions en vue de la participation financière de la Confédération à ce dernier. Si le Conseil des Etats s'est prononcé à l'unanimité en faveur du projet qui lui était soumis, celui-ci a en revanche soulevé plusieurs oppositions au sein du Conseil national: outre les propositions de non-entrée en matière et de renvoi du député Hansjürg Weder (adi, BS), l'octroi de l'autorisation générale a fait l'objet d'une autre proposition de renvoi Thür (pe, AG). Toutes trois ont cependant été refusées par la Chambre du peuple. Les arguments des détracteurs du projet se sont concentrés sur les aspects ayant trait à la sécurité de l'installation (notamment en cas de catastrophe aérienne), sur le problème de la responsabilité morale et juridique en cas d'accident, ainsi que sur le problème du retraitement des combustibles usés sur le site, dont l'abandon, aux dires des opposants, aurait permis de revoir à la baisse la surface du dépôt. De leur côté, les radicaux, les libéraux, les démocrates-chrétiens, les démocrates du centre et les membres du parti de la liberté (ex-PA) se sont prononcés en faveur du projet d'arrêté fédéral, à l'instar des socialistes qui ont néanmoins réaffirmé leur opposition à l'énergie nucléaire.

Lors de la session parlementaire d'automne, le Conseil des Etats n'a pas traité du volet relatif à la simplification des procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour déchets radioactifs contenu dans le projet de révision de la loi sur l'énergie atomique. Le rapporteur de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie, Kurt Schüle (prd, SH) a en effet déclaré qu'au vu de la prochaine votation cantonale nidwaldienne sur le dépôt du Wellenberg, une législation spéciale dans ce domaine serait inopportune. La Chambre haute a, en revanche, accepté à l'unanimité l'essentiel des mesures concernant la non-prolifération des armes nucléaires.

Conformément à la proposition du gouvernement, les Chambres fédérales ont accordé la garantie à la constitution révisée du Canton de Nidwald. Cette dernière avait en effet été modifiée en 1990 de telle manière que les autorités cantonales puissent avoir le dernier mot sur la question de la concession nécessaire au stockage de déchets radioactifs sur le site du Wellenberg.

La loi-cadre et la nouvelle ordonnance sur la radioprotection sont entrées en vigueur le 1er octobre. Les dispositions de cette législation visent à renforcer la protection de la population et du personnel exposés à des radiations. A cet effet, les valeurs-limites tolérables ont notamment été abaissées.

Le Conseil fédéral a publié son message relatif à une révision partielle de la loi sur l'énergie atomique et de l'arrêté fédéral concernant cette loi dont les dispositions visent deux objectifs distincts. D'une part, il s'agit de simplifier et d'accélérer les procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour déchets radioactifs. Selon le projet du gouvernement, leur construction nécessitera toujours une autorisation générale requérant l'approbation des Chambres fédérales. En revanche, les autres autorisations et concessions - actuellement de la compétence des cantons ou des communes - seront réunies dans une seule autorisation octroyée par le DFTCE, ce qui ne va pas sans restreindre les attributions cantonales en matière d'aménagement du territoire et de souveraineté sur le sous-sol. Le projet stipule toutefois que les voeux des cantons seront pris en compte dans toute la mesure du possible. Par ailleurs, le titulaire d'une autorisation émanant du DFTCE bénéficiera d'un droit d'expropriation. En contre-partie, le statut des personnes concernées sera sensiblement amélioré: celles-ci auront désormais la possibilité de recourir contre toute décision d'expropriation ou autorisation accordée par les autorités devant le Tribunal fédéral. Considérant qu'il ne fallait pas repousser davantage le problème de l'élimination des déchets faiblement et moyennement radioactifs, le Conseil fédéral a justifié les mesures prévues en ce qui concerne leur entreposage en mettant l'accent sur le fait que diverses modifications du droit cantonal nidwaldien menacent d'empêcher la poursuite des travaux en vue de l'établissement d'un dépôt pour déchets radioactifs sur le site du Wellenberg (NW). D'autre part, les prescriptions relatives à la non-prolifération des armes nucléaires sont rendues plus sévères, principalement en ce qui concerne les peines et les délais de prescription. Quant à l'activité d'intermédiaire dans le commerce d'articles et de technologie nucléaires, elle sera soumise au régime de l'autorisation. Par ces nouvelles mesures, le Conseil fédéral entend remédier à des lacunes apparues avec le réarmement d'Etats du Proche et du Moyen-Orient ainsi qu'empêcher le trafic incontrôlé de combustibles nucléaires en provenance de l'ancien bloc soviétique.

Le Conseil fédéral a publié son message concernant l'autorisation générale pour le dépôt intermédiaire central de déchets radioactifs, situé à proximité de l'institut Paul Scherrer à Würenlingen (AG). Cette autorisation était sollicitée par la société ZWILAG qui réunit les propriétaires des principales centrales nucléaires suisses. Ce dépôt pourra recevoir des déchets radioactifs de toutes catégories. Dans son message, le Conseil fédéral a également répondu aux multiples oppositions qui lui étaient parvenues lors de la mise à l'enquête. La ZWILAG s'est engagée à reprendre également les déchets radioactifs relevant de la responsabilité de la Confédération, à savoir ceux provenant de l'industrie, de la médecine et de la recherche; ces derniers ne représentent toutefois qu'une faible proportion des déchets radioactifs produits en Suisse, la majorité d'entre eux provenant essentiellement de l'exploitation des cinq centrales nucléaires. Les coûts totaux du dépôt ont été évalués à quelques CHF 500 millions. La participation financière de la Confédération à la construction du dépôt a été fixée à CHF 30 millions, ce qui correspond approximativement au pourcentage de déchets radioactifs à traiter qui relèvent de la responsabilité de la Confédération. En août, la société ZWILAG a transmis au Conseil fédéral une demande d'autorisation pour la construction et l'exploitation du dépôt intermédiaire de Würenlingen. Près de 500 oppositions contre cette demande, dont une majorité émanant d'Allemagne, ont été transmises au Conseil fédéral. La commune de Würenlingen a également exigé des rapports supplémentaires sur la sécurité de l'installation.

Le DFTCE a procédé à la mise en consultation du projet de révision de la loi sur l'énergie atomique et de l'arrêté fédéral concernant cette loi, dont l'objectif est de simplifier et d'accélérer les procédures d'autorisation pour la construction de dépôts pour les déchets radioactifs (Cette révision de la loi fait suite à l'adoption par les Chambres fédérales d'une motion Fischer (prd, AG) (Mo. 91.3016)). Pour y parvenir, les compétences des cantons dans le domaine de l'aménagement du territoire et leur souveraineté sur leur sous-sol seront restreintes au profit de la Confédération. A côté de l'autorisation générale qui devra toujours être approuvée par le Parlement, les autres autorisations et concessions, actuellement de la compétence des communes ou des cantons, seront réunies en une seule autorisation octroyée par le DFTCE et non par le Conseil fédéral; le détenteur de cette autorisation bénéficiera d'un droit d'expropriation. En compensation, le statut juridique des personnes concernées sera amélioré: il leur sera possible de s'adresser directement au Tribunal fédéral pour contester une décision d'expropriation ou une autorisation accordée par les autorités. Les prises de position des cantons sur cette question furent partagées, une moitié étant favorable au projet et l'autre opposée. Les quatre cantons (GR, NW, UR, VD), directement concernés par la construction éventuelle d'un dépôt de stockage pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs, se sont opposés au projet du Conseil fédéral. Le principal reproche des autorités cantonales résidait dans la remise en cause de l'autonomie des cantons et des communes en ce qui concerne l'aménagement du territoire et de l'octroi de concessions. Les partis bourgeois et les représentants de l'économie privée se sont prononcés en faveur du projet alors que le PS et les verts s'y opposaient. Quant aux organisations de protection de l'environnement, elles ont déjà annoncé leur intention de lancer un référendum au cas où le projet était approuvé tel quel par les Chambres fédérales.

La loi-cadre sur la radioprotection a été adoptée à l'unanimité par les deux Chambres; cette décision n'était qu'une formalité, toutes les divergences entre le Conseil national et le Conseil des Etats ayant été réglées en 1990. En résumé, la loi repose sur trois principes: premièrement, toute exposition à des radiations doit être justifiée; deuxièmement, toute exposition justifiée doit être aussi faible que possible; troisièmement, les valeurs limites de dose doivent être fixées individuellement.

Les difficultés rencontrées en Suisse par toute forme, même atténuée, de réglementation du secteur électrique, sont parfaitement illustrées par le long cheminement parlementaire de la loi sur la protection des eaux et, plus particulièrement, par les normes concernant les débits minimums. Après une délicate procédure d'élimination des divergences, qui s'est poursuivie durant quatre années, le Conseil des Etats s'est finalement rallié, lors de sa session d'hiver, à la dernière version de la chambre du peuple. La fixation des débits minimums, dissension majeure entre les deux hémicycles, est, matériellement, l'article central de la loi. Dans ce domaine, la chambre des cantons voulut introduire des exceptions visant à permettre aux cantons ainsi qu'aux petites entreprises hydro-électriques de descendre au-dessous des minima prescrits par le droit fédéral, dérogations toujours refusées par le Conseil national. Celui-ci obtint donc gain de cause, permettant ainsi à la révision législative de conserver une certaine substance. Généralement, ces minima furent l'objet d'un affrontement entre, d'une part, les représentants des cantons de montagne – particulièrement actifs au Conseil des Etats – qui firent systématiquement obstacle à toute proposition de réglementation et, d'autre part, une majorité de la chambre basse et le Conseil fédéral, qui entendirent sauvegarder les derniers cours d'eau. La chambre du peuple dut cependant faire certaines concessions à celle des cantons, dont la renonciation à l'inscription du principe de causalité dans la loi. Par contre, elle transmit, sous forme de postulat, une motion Aliesch (prd, GR) (Mo. 89.773) souhaitant une révision de la loi sur la protection des eaux permettant aux autorités concédantes de percevoir des droits d'eau plus conformes au marché.