Au mois de février, le Conseil fédéral a adopté un premier ensemble de mesures au titre de la mise en œuvre de sa stratégie énergétique et climatique. En 2007, il avait entériné quatre objectifs stratégiques : l’amélioration de l’efficacité énergétique, le développement des énergies renouvelables, la garantie de l’approvisionnement électrique par la construction de nouvelles installations et la formulation d’une politique extérieure en matière énergétique. Ce premier train de mesures concrétise les deux premiers et vise la réduction de 20% des énergies fossiles, l’augmentation de 50% de la part des énergies renouvelables et la limitation de la croissance de la consommation entre 2010 et 2020 à maximum 5%. Pour y parvenir, le gouvernement a adopté les plans d’action « efficacité énergétique » et « énergies renouvelables ». Parmi les mesures prévues, certaines sont incitatives (par ex. l’instauration d’un système de bonus/malus pour l’imposition des véhicules à l’importation), d’autres procurent un soutien direct (par ex. un programme national d’assainissement des bâtiments) ou prescrivent des valeurs-cibles contraignantes. Le plan « efficacité énergétique » contient quinze mesures dans les domaines du bâtiment, des véhicules, des appareils, de la formation, de la recherche et du transfert de technologies. Le plan « énergies renouvelables » recèle quant à lui sept mesures, notamment en matière de production de chaleur pour les bâtiments, de production d’énergie à partir de la biomasse et de soutien à la production hydroélectrique. La majorité bourgeoise du gouvernement a cependant refusé l’introduction de la taxe incitative sur les carburants prévue par la loi sur le CO2 et voulue par le chef du DETEC, Moritz Leuenberger. Enfin, le Conseil fédéral a décidé de procéder aux modifications nécessaires afin de raccourcir autant que possible la durée des procédures d’autorisation pour de nouvelles installations de production.

Lors de la session d’été, le Conseil national s’est penché sur le paquet énergétique conçu par le Conseil des Etats. Un débat fleuve a précédé l’entrée en matière sur les deux contre-projets directs aux initiatives populaires. Le National s’est finalement rallié à la stratégie en deux étapes mise au point par le Conseil des Etats (taxe d’incitation d’abord, impôt écologique ensuite).
Dans l’examen de détail concernant la norme fondamentale constitutionnelle, les députés ont accepté que le produit de la taxe soit utilisé pour alléger les primes d’assurances sociales obligatoires, par 83 voix contre 64. L’objectif était de réduire les primes de l’assurance-maladie et ainsi de procéder à une redistribution à chaque citoyen, ce que ne permettait pas la version des Etats. Le taux de la taxe sera fixé en fonction de l’efficience énergétique et des autres taxes qui grèvent déjà ces agents énergétiques (les Etats souhaitaient que le taux dépende des effets des agents énergétiques sur l’environnement et le climat). Les représentants du peuple ont fixé, par 95 voix contre 75, un taux maximal de perception de la taxe à 2.0 ct/kWh, malgré une levée de boucliers des socialistes et des Verts qui estimaient qu’une telle limitation allait à l’encontre d’une réelle réforme fiscale écologique. Le PRD et le PDC ont soutenu ce nouvel amendement. Moritz Leuenberger jugea que la limitation contredisait l’effet incitatif de la taxe. Une minorité (UDC et radicale) souhaitait le rejet de l’initiative sans proposer de contre-projet; une autre minorité (PS et Verts) demanda l’approbation de l’initiative populaire. Au vote sur l’ensemble, le contre-projet a finalement été approuvé par 108 voix contre 61.
Concernant les dispositions constitutionnelles transitoires, le cœur du débat fut à nouveau constitué par la hauteur de la taxe. Les conseillers nationaux ont suivi la majorité de la commission en fixant la taxe à 0.6 ct/kWh contre l’avis de minorités préconisant un niveau moins élevé. Les députés ont préféré 0.6 ct/kWh à 0.4 ct/kWh, par 80 voix (majorité socialiste, verte, quelques radicaux et démocrates-chrétiens) contre 44 (majorité démocrate-chrétienne, puis UDC) et 43 abstentions (majorité radicale, puis UDC). Avec 0.6 ct/kWh, la taxe rapportera en moyenne annuelle CHF 900 millions. Des aides financières pour encourager l’utilisation des agents renouvelables et l’utilisation rationnelle de l’énergie pourront être versées à l’étranger. En outre, la durée de validité de la taxe sera limitée à 20 ans. Les députés ont également biffé un article stipulant que l’exécutif pouvait abroger la taxe de soutien avant terme ou la réduire si la situation sur le marché de l’énergie rendait les mesures prévues superflues. Le rejet de l’initiative populaire et l’approbation du contre-projet ont été recommandés par 91 voix contre 64.
Les députés se sont ensuite penchés sur le texte d’application des dispositions constitutionnelles transitoires (ATE). Ils ont accepté, par 94 voix contre 61, l’entrée en matière contre l’avis d’une minorité de la commission (UDC-PRD). Concernant l’affectation du produit de la taxe, l’énergie éolienne a été introduite dans les énergies renouvelables à encourager, alors que l’énergie à la chaleur ambiante a été supprimée. La Ceate a souhaité, dans certains cas exceptionnels désignés par l’exécutif, que des prêts puissent être accordés à des centrales hydrauliques suisses ne pouvant pas temporairement amortir leurs INA, en raison de l’ouverture du marché de l’électricité. La Confédération n’accordera une aide financière qu’à partir d’un montant des coûts imputables de 5000 francs (1000 francs pour la version des Etats). Les bénéficiaires de prêts devront fournir des garanties. La Confédération et les cantons adopteront conjointement un programme d’encouragement. En cas de résultat excédentaire, les bénéficiaires d’aides financières ou de prêts pourront être sollicités pour une contribution non remboursable au fonds. Aussi, les prêts et emprunts pour des centrales hydrauliques devront être remboursés au fonds dès que leur situation financière le permettra. La Confédération pourra financer des organisations privées garantes de projets de financement de tiers sous forme de capital initial ou de cautionnements. En outre, elle pourra verser aux cantons des contributions globales annuelles pour soutenir des mesures directes ou indirectes prévues par le programme d’encouragement. Le présent arrêté sera valable au plus tard pendant 20 ans. Le National a ensuite renoncé à son ancien arrêté concernant une taxe écologique sur l’énergie en raison du nouveau projet proposé par la petite Chambre.