Die Änderung im Stromversorgungsgesetz zur Streichung von Vorrängen im grenzüberschreitenden Übertragungsnetz wurde am 9. März 2017 vom Nationalrat diskutiert. Da durch die Schaffung von Vorrangregelungen die Netzkapazität an der Grenze geschmälert werde, gefährdeten die Vorrangregelungen die Versorgungssicherheit und verzerrten den Wettbewerb – so die Begründung der UREK-NR, die ihrem Rat Eintreten und Zustimmung empfahl. Während die Kommission mit einer zusätzlichen Klausel für eine zehnjährige Auslaufzeit bezüglich der langfristigen Abnahmeverträge eine Differenz zum Ständerat schaffen wollte, forderte eine Minderheit Fässler (cvp, AI) die Streichung dieser Klausel. Der Nationalrat trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und zog mit 120 zu 62 Stimmen bei 5 Enthaltungen die Position der Minderheit Fässler derjenigen der Kommissionsmehrheit vor. Da somit keine Differenz zum Ständerat geschaffen wurde, kam das Geschäft in die Schlussabstimmung: Am 17. März 2017 stimmte der Ständerat mit 43 gegen eine Stimme bei einer Enthaltung zu, der Nationalrat nahm die Vorlage mit 141 gegen 56 Stimmen (keine Enthaltungen) an.

In der Differenzbereinigung zur Energiestrategie 2050 lag der Ball in der Herbstsession 2016 wieder beim Nationalrat. Dieser entschied, das Richtziel von einem Zubau von 11 Terrawattstunden Strom aus erneuerbaren Quellen vom Ständerat zu übernehmen und damit eine Differenz beizulegen. Eine Minderheit Girod (grüne, ZH) hatte verlangt, am höheren Richtziel von 14,5 Terrawattstunden festzuhalten, unterlag im Plenum aber mit 132 zu 57 Stimmen. Mit 100 zu 88 Stimmen entschied der Rat, in Artikel 14 Abs. 3 entgegen dem Ansinnen von Bundesrat, Ständerat und einer Minderheit Fässler (cvp, AI) daran festzuhalten, das Wort "grundsätzlich" nicht aufzunehmen - es ging um die Frage, ob Nutzungs- und Schutzinteressen als "gleichrangig" oder "grundsätzlich gleichrangig" zu bezeichnen seien. Gestritten wurde im Rat darüber, ob diese Differenz nun ein semantisches Detail sei oder doch über grosse Tragweite verfüge - einer Mehrheit erschien das Wort zumindest bedeutsam genug, um eine Differenz zum Ständerat beizubehalten.
Eine gewichtige Differenz zum Ständerat blieb bei den Steuerabzügen für Gebäudesanierungen bestehen: Der Nationalrat entschied, dass Abzüge auf drei Steuerperioden verteilt werden können. Der Nationalrat erhielt drei weitere, geringfügige Differenzen aufrecht: Er strich die Möglichkeit von Auktionen aus Artikel 22 Absatz 2, entfernte Biogas aus dem Artikel 46 Absatz 3a und verzichtete auf die Zulassung von Sonderregelungen für Kleinproduzenten bei den Netznutzungstarifen in Artikel 14 Absatz 3c des Stromversorgungsgesetzes. Damit gab die grosse Kammer die Vorlage mit fünf Differenzen zurück an den Ständerat.
Noch bevor das Differenzbereinigungsverfahren beendet war und die Vorlage in die Schlussabstimmung kam, bekundete die SVP ihren Willen, das Referendum gegen die Energiestrategie 2050 zu ergreifen - allerdings nur, wenn sich die Wirtschaftsverbände am Referendum beteiligten. Von Medien danach gefragt, gaben sich Vertreter von Wirtschaftsverbänden zurückhaltend: Die bürgerliche Mehrheit im Parlament habe schon einiges an der Vorlage korrigiert und man könne mit dem Verbliebenen leben.