Au printemps, le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, a nommé le comité consultatif indépendant de six membres chargé du suivi de la procédure de sélection. Placé sous la présidence du conseiller aux Etats Peter Bieri (pdc, ZG), le comité est également composé du président directeur général d’Axpo, d’un professeur de géologie, du président de la commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage, d’une représentante du conseil suisse des activités de jeunesse et d’une théologienne et biologiste. Les organisations de protection de l’environnement ont refusé d’y participer, dénonçant un comité alibi. Le rôle consultatif du comité consiste à suivre la procédure de sélection afin de détecter les risques de conflits suffisamment tôt et d’élaborer des solutions. À cet égard, Peter Bieri a exprimé le souhait que le comité établisse des échanges directs avec les régions concernées afin de transmettre leurs préoccupations au Conseil fédéral.

Lors de sa séance du 5 décembre, le Conseil fédéral a discuté de mesures urgentes proposées par Moritz Leuenberger et issues d’une table ronde réunissant les électriciens et les collectivités publiques actives dans la fourniture de courant. Il a adopté trois modifications de l’OApEl, réduisant pratiquement de moitié les hausses annoncées, soit globalement 500 millions au lieu de 1 milliard de francs et 1,1 centime/kWh au lieu de 2. Le gouvernement a d’abord estimé que les grands producteurs devaient participer au financement des capacités de réserve du réseau d’approvisionnement (450 à 500 millions de francs par an), puisque ces coûts leur sont partiellement imputables. Il a par conséquent décidé de réduire la taxe prélevée par Swissgrid auprès des consommateurs finaux de 0,9 à 0,4 centimes/kWh, les coûts résiduels étant désormais répartis proportionnellement entre les exploitants des centrales ayant une capacité supérieure à 50 megawatts (MW). Partant du constat que les gestionnaires de réseau ont réalisé des gains supplémentaires par l’amortissement rapide et intensif de leurs installations (double amortissement), le Conseil fédéral a révisé à la baisse le taux d’intérêt des valeurs patrimoniales au titre de mesure compensatoire. Enfin, le collège a introduit un malus de 20% pour l’usage de la méthode dite synthétique pour déterminer les coûts historiques des installations. La méthode conventionnelle recourt au coût d’acquisition, mais, pour les installations les plus anciennes, il est parfois impossible d’établir précisément ce coût. En ce cas, les gestionnaires de réseau peuvent utiliser la méthode synthétique, qui se fonde sur la valeur de remplacement (selon l’état actuel du marché). Il en résulte des coûts en capital généralement plus élevés dont la charge est reportée sur les consommateurs. Cette mesure est censée mettre un terme aux usages abusifs de cette méthode de calcul. L’ordonnance révisée entrera en vigueur au 1er janvier 2009 et les fournisseurs d’électricité ont jusqu’au 1er avril pour publier leurs tarifs révisés.

Au mois de février, le Conseil fédéral a adopté un premier ensemble de mesures au titre de la mise en œuvre de sa stratégie énergétique et climatique. En 2007, il avait entériné quatre objectifs stratégiques : l’amélioration de l’efficacité énergétique, le développement des énergies renouvelables, la garantie de l’approvisionnement électrique par la construction de nouvelles installations et la formulation d’une politique extérieure en matière énergétique. Ce premier train de mesures concrétise les deux premiers et vise la réduction de 20% des énergies fossiles, l’augmentation de 50% de la part des énergies renouvelables et la limitation de la croissance de la consommation entre 2010 et 2020 à maximum 5%. Pour y parvenir, le gouvernement a adopté les plans d’action « efficacité énergétique » et « énergies renouvelables ». Parmi les mesures prévues, certaines sont incitatives (par ex. l’instauration d’un système de bonus/malus pour l’imposition des véhicules à l’importation), d’autres procurent un soutien direct (par ex. un programme national d’assainissement des bâtiments) ou prescrivent des valeurs-cibles contraignantes. Le plan « efficacité énergétique » contient quinze mesures dans les domaines du bâtiment, des véhicules, des appareils, de la formation, de la recherche et du transfert de technologies. Le plan « énergies renouvelables » recèle quant à lui sept mesures, notamment en matière de production de chaleur pour les bâtiments, de production d’énergie à partir de la biomasse et de soutien à la production hydroélectrique. La majorité bourgeoise du gouvernement a cependant refusé l’introduction de la taxe incitative sur les carburants prévue par la loi sur le CO2 et voulue par le chef du DETEC, Moritz Leuenberger. Enfin, le Conseil fédéral a décidé de procéder aux modifications nécessaires afin de raccourcir autant que possible la durée des procédures d’autorisation pour de nouvelles installations de production.

En début d’année, le Conseil fédéral a mis en consultation sa conception générale du plan sectoriel « Dépôts en couches géologiques profondes. La procédure de sélection des sites de stockage débute par le choix d’une région, puis d’au moins deux sites potentiels, et enfin d’un site définitif. D’ici à 2020, le parlement devra entériner ce choix, avec possibilité de référendum, de telle sorte que, en cas d’acceptation, le dépôt pour déchets faiblement à moyennement radioactifs soit opérationnel dès 2035, et celui pour les déchets hautement radioactifs à l’horizon 2045. Thomas Ernst, directeur de la Société coopérative nationale pour le stockage des déchets radioactifs (CEDRA), a critiqué les délais excessivement longs prévus pour la réalisation d’un dépôt des déchets hautement radioactifs. La CEDRA souhaite en effet qu’un lieu de dépôt soit trouvé d’ici à 2015. Les partis bourgeois et les entreprises électriques souhaitent également une réduction des délais, afin que la question de l’entreposage des déchets ne constitue plus un obstacle à la construction de nouvelles centrales nucléaires. En effet, l’argumentation antiatomique de la gauche, des Verts et des organisations écologistes mobilise régulièrement l’absence de solution au problème des déchets pour discréditer le nucléaire. En ce sens, et malgré l’opposition de la gauche et des Verts, la majorité bourgeoise aux Chambres a adopté une motion du conseiller aux Etats Hofmann (udc, ZH) (Mo. 06.3624) visant à garantir le déroulement rapide de la procédure prévue par le plan sectoriel pour le stockage géologique des déchets radioactifs. Le Conseil fédéral doit dès lors assurer à l’OFEN des ressources en personnel suffisantes pour coordonner et mettre en œuvre ladite procédure. Le PS a conditionné son soutien pour un projet de dépôt à la décision préalable de l’Assemblée fédérale de sortir du nucléaire. Les autorités des cantons et les habitants de régions retenus par la CEDRA pour accueillir des dépôts ont largement participé à la consultation. Le gouvernement argovien a ainsi demandé au Conseil fédéral de garantir la participation des populations concernées. Son homologue zurichois a critiqué le manque de transparence de la procédure de sélection des sites et réclamé le recours à des experts indépendants pour mener à bien cette procédure. À Bözberg (AG), les habitants se sont mobilisés contre un éventuel projet de la CEDRA. Face à ces prises de positions fortement divergentes, Moritz Leuenberger a rappelé qu’il souhaite que le choix des sites soit fait en accord avec les autorités cantonales et les populations concernées, quitte à ce que la procédure prenne sept à dix ans comme le prévoit le plan sectoriel.

Fort du rejet par le peuple des deux initiatives antinucléaires, les groupes électriques Atel, Axpo et FMB BKW ont annoncé leur volonté de réactiver l’option nucléaire en construisant une nouvelle centrale en Suisse. Ils justifient cette nécessité par une constante augmentation de la consommation d’électricité en Suisse, alors que, d’ici à l’an 2020, la centrale de Mühleberg et les deux blocs de Beznau devront être arrêtés pour raison d’âge. Ces centrales produisant 13% de l’électricité utilisée dans le pays, les trois groupes électriques craignent un risque de pénurie électrique et une augmentation des importations. A ce propos, un groupe de travail a été créé par Axpo pour réfléchir à l’après-Beznau. A l’OFEN, un groupe d’étude a également été constitué avec un partenariat industriel, à l’enseigne de « Perspectives énergétiques ». Trois options sont à l’étude : la réduction de la demande grâce à des économies d’énergie, le remplacement des centrales nucléaires par d’autres moyens de production et le renouvellement des centrales nucléaires actuelles par des réacteurs de nouvelle génération. La droite est venue apporter son soutien aux groupes électriques, alors qu’à l’inverse les socialistes et les écologistes, ainsi que les organisations de protection de l’environnement ont critiqué cette option, lui préférant un investissement massif dans le développement d’énergies renouvelables. Le débat s’est aussi invité sur la scène politique bernoise. Le Grand Conseil bernois a désavoué la politique énergétique du gouvernement en décidant de renvoyer le rapport sur la stratégie énergétique du canton de Berne. Dans ce dernier, le Conseil d’Etat refuse, pour des raisons économiques et écologiques, la construction d’une nouvelle centrale nucléaire. L’exécutif bernois devra donc représenter un document qui n’écarte pas l’option de l’atome. Interpellé par la revendication des producteurs d’électricité, Moritz Leuenberger a indiqué qu’il était illégitime de penser à construire une nouvelle centrale, tant que la question des scories nucléaires n’était pas réglée. De plus, le conseiller fédéral donnait peu de chance de succès en cas de tenue du référendum obligatoire.

Moritz Leuenberger a demandé à la Société coopérative nationale pour l’entreposage des déchets radioactifs (Nagra) d’examiner des alternatives au site de Benken, dans le Weinland zurichois. Après y avoir effectué plusieurs forages et fait la démonstration de la faisabilité de l’évacuation pour les argiles à opalinus, les travaux du Nagra laissaient croire que le choix était déjà tacitement arrêté. Or, le choix du site ne devrait pas être pris avant 2010. Dans cette perspective, le DETEC estime nécessaire de comparer d’autres régions potentielles. De plus, les autorités fédérales ne veulent pas répéter l’échec du dépôt unique du Wellenberg (NW). Dans l’intervalle, le Conseil fédéral attend que les autorités de sûreté aient fini d’examiner la démonstration de la faisabilité d’évacuation, ainsi que la procédure publique de dépôt, pour pouvoir décider si le choix de l’emplacement requiert des recherches dans les différentes couches rocheuses ou s’il convient de se concentrer sur des régions recelant des argiles à opalinus. A partir de ces résultats, l’OFEN mettra sur pied les bases d’une procédure de sélection des dépôts géologiques en profondeur. Celle-ci sera codifiée dans le cadre d’un plan sectoriel selon la loi sur l’aménagement du territoire. D’autres services fédéraux, les cantons et les autorités compétentes en Allemagne seront associés à l’établissement de ce plan sectoriel. Répondant à un postulat de Hans-Jürg Fehr (ps, SH) (Po. 04.3365), le Conseil fédéral a de nouveau précisé que, bien que le Nagra donne l’impression de se limiter au Benken, ordre lui avait été donné de comparer plusieurs sites et plusieurs types de roches susceptibles d’accueillir le dépôt de déchets radioactifs.

Prenant acte du refus populaire de soutien à sa politique énergétique, Moritz Leuenberger s'est déclaré pour une ouverture rapide du marché de l'électricité, mais sans compensations pour les investissements non amortissables. Quant à la réforme fiscale écologique, malgré le rejet peu massif (55.4%), Kaspar Villiger et Pascal Couchepin se sont mis d'accord avec Moritz Leuenberger pour la retirer de l'agenda afin de plancher sur son lancement. Le rejet des taxes énergétiques a aussi eu pour conséquence un plafonnement du budget du programme SuisseEnergie à 50 millions et une limitation de ses effets stricto sensu. Malgré le désaveu populaire, la question des taxes n'est pas terminée car deux nouvelles taxes écologiques vont faire parler d'elles dans un avenir proche: la première est la taxe CO2, qui a été adoptée en mai, et dont la gauche et les écologistes ont commencé à faire pression pour que celle-ci soit mise en vigueur dès 2004. La seconde est liée à l'initiative populaire ''Pour garantir l'AVS – taxer l'énergie et non le travail'', déposée en 1996.

En mars 2000, le Conseiller fédéral Leuenberger s'est entretenu avec une délégation du gouvernement de Nidwald afin de définir les démarches à entreprendre en vue de créer un dépôt pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs au Wellenberg. Il a été décidé de déterminer au moyen d'une galerie de sondage les résultats obtenus et l'opportunité de principe d'implanter le dépôt au Wellenberg. Malgré l'opposition des associations locales, Moritz Leuenberger a confirmé sa volonté de poursuivre le projet Wellenberg.

Suite à la décision du gouvernement de reprendre le transport d’éléments radioactifs usés vers l’étranger, l’OFEN a délivré une autorisation pour le transport de quatre convois d’éléments irradiés de la centrale nucléaire de Gösgen (SO) à destination de la Hague (F). Ce fut la première autorisation depuis l’interdiction des convois en mai 1998, suite à l’affaire des wagons contaminés. Les mesures de protection du personnel ont été renforcées pour les opérations de chargement et de déchargement des combustibles irradiés. Les wagons seront désormais surveillés et contrôlés en permanence par des spécialistes, et tout incident devra être déclaré. A Gösgen, les transports ont effectivement repris à la fin août. Des activistes de Greenpeace ont tenté d’empêcher, sans succès, l’entrée en Suisse du wagon passant par la gare de Bâle. Le 1er septembre, une partie des éléments irradiés de Gösgen a quitté la centrale par le rail à destination de La Hague, suite à la libération par la police soleuroise de la voie ferrée à laquelle s’étaient enchaînés des militants de Greenpeace. Par la suite, d’autres transports d’assemblages combustibles épuisés sont partis de centrales suisses. L’organisation environnementale Greenpeace a déposé un recours administratif contre le conseiller fédéral Leuenberger, jugeant illégale la procédure d’autorisation de concession suisse délivrée pour ces transports vers l’étranger.

En octobre, le Conseil fédéral a présenté, après une réunion à huit clos, les objectifs énergétiques fédéraux futurs. Dans ce contexte, le conseiller fédéral Moritz Leuenberger a soutenu une fermeture des centrales nucléaires suisses dans un délai encore inconnu. La déclaration du conseiller fédéral a eu un retentissement certain auprès des médias qui ont unanimement parlé d'un retrait planifié du nucléaire. Le chef du DETEC a tenu à rectifier la donne, précisant qu'il n'avait jamais parlé de retrait du nucléaire, mais de démantèlement progressif des centrales nucléaires. Au Conseil national cette affaire a fait l'objet de deux interpellations de représentants de l'UDC et du PRD qui n'ont pas hésité à parler de désinformation de la part du gouvernement. Le débat sur le nucléaire fut de la sorte relancé au sein du plénum. D'autre part, lors de cette réunion d'octobre, le gouvernement a décidé que les installations existantes pourraient continuer à fonctionner à pleine puissance. Il a en effet donné son autorisation au réacteur de Leibstadt (AG) d'augmenter sa capacité de production de 15%. Sur une même lancée, il a prolongé la concession de la centrale de Mühleberg (BE) jusqu'en 2012. Le Conseil fédéral a aussi déclaré qu'il souhaitait renoncer à l'indemnisation des INA dans le cas des centrales nucléaires. Moritz Leuenberger et Pascal Couchepin se sont engagés à discuter avec les différents acteurs concernés (centrales, cantons, communes et organisations écologistes) afin de rédiger au plus vite la nouvelle loi sur l'énergie atomique. Cette dernière devrait fixer la date de fermeture des réacteurs et soumettre toute nouvelle construction au référendum facultatif. Le représentant des centraliers suisses, Peter Hälen, ne s'est pas déclaré inquiet de l'annonce du gouvernement, car le Conseil fédéral a laissé ouvert le délai d'abandon du nucléaire. Le camp écologiste s'est déclaré insatisfait, déplorant les concessions accordées aux centrales de Leibstadt et de Mühleberg. Le WWF et Greenpeace ont d'ailleurs déclaré qu'ils poursuivraient leurs efforts de récolte de signatures pour les deux initiatives populaires en cours: «Sortir du nucléaire» et «Moratoire plus». Suite à la décision du Conseil fédéral de donner l'autorisation à la centrale de Leibstadt d'augmenter sa puissance, des activistes de Greenpeace ont bloqué, durant une nuit du mois de mars, 32 transports de déchets nucléaires destinés au retraitement.

La missive que le conseiller fédéral Moritz Leuenberger avait transmise au gouvernement nidwaldien en décembre 1996 pour confirmer à ce dernier l'attachement qu'il porte au Wellenberg (NW) en tant que site le plus approprié à l'établissement d'un dépôt pour déchets faiblement et moyennement radioactifs a été portée à la connaissance des opposants à ce projet en début d'année. Ces derniers ont alors immédiatement décidé de relancer leur action de protestation via une récolte de signatures en faveur d'une résolution demandant aux autorités fédérales de respecter le résultat négatif sorti des urnes lors de la votation cantonale de juin 1995. Dans cette optique, les opposants ont demandé que le chef du DFTCE renonce à la stratégie par étapes élaborée en 1996 et qu'en conséquence, le projet visant à creuser une galerie de sondage dans le sous-sol de la commune de Wolfenschiessen soit abandonné. Ayant décidé de ne pas exclure d'emblée la tenue d'un second scrutin cantonal sur cette question, les autorités fédérales ont institué un groupe de travail chargé d'éclaircir certains aspects techniques du projet, puis de soumettre – d'ici à la fin de l'année sous revue – des propositions à un comité directeur de nature politique dont dépendra la suite à donner à ce dossier. Estimant de leur côté qu'il convenait de repenser la politique suisse d'entreposage des déchets radioactifs dans son ensemble et non pas se limiter au seul examen du Wellenberg, les associations antinucléaires «Komitee für eine Mitsprache des Nidwaldnervolkes bei Atomanlagen» (MNA) et «Arbeitsgruppe kritisches Wolfenschiessen» (AkW) ont refusé de siéger au sein du groupe de travail. En l'absence de représentants de l'opposition, le groupe d'experts a jugé que le choix du Wellenberg était toujours pleinement justifié d'un point de vue technique et qu'il fallait dès lors poursuivre les investigations sur ce site. Sur le plan politique cependant, le DFTCE a confirmé formellement à la mi-juin sa décision de suspendre la procédure d'autorisation générale liée au dépôt, et ce tant que la confirmation des données actuelles n'aura pu être apportée par le percement de la galerie de sondage.