Während die AKW-Betreiberfirmen selber gemäss aktuellem Wissensstand in der Berechnungsperiode 2017-2021 mit gut CHF 21.8 Mrd. totalen Stilllegungs- und Entsorgungskosten und die Verwaltungskommission des STENFO ursprünglich mit knapp CHF 23.5 Mrd. kalkuliert hatten, hatte das UVEK im April 2018 unter Federführung von Doris Leuthard die geschätzten Kosten auf rund CHF 24.6 Mrd. erhöht. Dies hatte die Betreiberfirmen auf die Barrikaden getrieben, da damit die jährlichen Einzahlungen in die Fonds höher ausgefallen wären. Sie konnten vor Bundesgericht im Februar 2020 erfolgreich durchringen, dass nicht die vom UVEK genannten Kosten für die Berechnung der Jahresbeiträge relevant sind, sondern jene der Verwaltungskommission des STENFO. Ebendiese Verwaltungskommission gab daraufhin jedoch an, in der Periode 2017–2021 neu mit totalen Stilllegungs- und Entsorgungskosten von fast CHF 23.9 Mrd. zu kalkulieren, wie die NZZ sowie der Corriere del Ticino berichteten. Die Verwaltungskommission hatte damit den Betrag zwar seit der letzten Berechnung leicht erhöht, dieser lag dennoch um CHF 724 Mio. tiefer als jener des UVEK.

Nach vier Jahren Durchführung wurde Ende 2019 das Projekt «Energy Challenge» planmässig eingestellt. Das aus Bundesmitteln und von privaten Sponsoren finanzierte Projekt habe in seiner Durchführung über vier Jahre hinweg gut CHF 40 Mio. gekostet, wie die «NZZ am Sonntag» Ende 2019 berichtete. Angefangen hatte die Kampagne 2016 mit einer feierlichen Eröffnung unter Begleitung von Energieministerin Doris Leuthard und Fussballstar Xherdan Shaqiri, die zusammen in Bern in die Pedale gestrampelt und so nicht nur Elektrizität, sondern vor allem auch ein starkes mediales Bild erzeugt hatten. Nebst der positiven Bilanz von «EnergieSchweiz» – mit der Kampagne hätten insgesamt 7.8 Millionen Menschen zum Energiesparen animiert werden können – äusserte die Aargauer Zeitung vor allem Kritik an der Vergabe staatlicher Aufträge zur Gesamtkoordination und Steuerung dieser nationalen Kampagne an eine private Agentur. Zwar sei die Vergabe des öffentlichen Auftrages für das erste Jahr 2016 gemäss dem Beschaffungsgesetz ausgeschrieben worden, für die Folgejahre sei es hingegen zu keiner öffentlichen Vergabe des Mandats mehr gekommen. Die in der Zeitperiode ansteigenden Bundesmittel seien dann als Subventionen an dieselbe private Agentur geflossen und sollten diese – gemäss gesetzlicher Definition von Subventionen – in ihrer selbst gewählten Aufgabe unterstützen. Das zuständige BFE erklärte, dass die «Energy Challenge» ursprünglich nur für ein Jahr vorgesehen gewesen sei, die private Agentur aber um eine Verlängerung der Durchführung ersucht habe, es sich deshalb um eine selbst gewählte Aufgabe von aussen und damit bei der Unterstützung des Bundes um eine Subvention handle. Energiekursskeptikerinnen und -skeptiker vonseiten der FDP sprachen von einer «Propagandamaschine» für die Energiestrategie 2050. Ein Ende der Kampagne hatte 2018 auch SVP-Vertreter Hansjörg Knecht (svp, AG) mittels Motion (Mo. 18.4066) gefordert, die allerdings unbehandelt blieb.

La Conseillère fédérale Doris Leuthard a constitué un comité consultatif chargé d'assurer le suivi de la mise en œuvre de la stratégie énergétique 2050. Cet organe compte 18 personnalités issues des milieux économiques et scientifiques ainsi que des associations et des cantons. Des organisations opposées à l’énergie nucléaire ont critiqué cette composition, car elles se sont estimées sous-représentés par rapport aux partisans.