Eine Woche nach der Streichung der Umfahrung Oberburg aus der Vorlage durch den Ständerat beriet der Nationalrat in der Sommersession 2019 diese Differenz bei den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, an der Umfahrung festzuhalten, Nationalrätin Pieren (svp, BE) betonte im Plenum die Dringlichkeit des Projekts und Nationalrat Grunder (bdp, BE) bat um Unterstützung für dieses «gute, ausgereifte Projekt». Bundesrätin Sommaruga wies darauf hin, dass die ganze Schweiz auf Oberburg warten müsse, wenn das Parlament entscheide, das Projekt selber noch vertiefter zu prüfen. Genau dies – die vertiefte Prüfung der Umfahrung Oberburg durch die KVF-SR – schlug Thierry Burkart (fdp, AG) im Namen der Kommissionsmehrheit vor: Die KVF-NR beantragte ihrem Rat, am Projekt Oberburg festzuhalten und damit die Differenz aufrechtzuerhalten, damit die KVF-SR das Projekt nochmals prüfen könne. Der Nationalrat folgte seiner Kommission und hielt an seiner Version mit 132 gegen 55 Stimmen (keine Enthaltungen) fest. Damit ging das Geschäft wieder an den Ständerat.

Im Juni 2018 reichte Thierry Burkart (fdp, AG) ein Postulat betreffend die Schnittstellen zwischen Nationalstrassen und dem nachgelagerten Strassennetz ein. Burkart forderte den Bundesrat darin auf zu erläutern, wie er mit der zunehmenden Verkehrsüberlastung zwischen den Nationalstrassen und dem nachgelagerten lokalen Strassennetz umzugehen gedenke.
Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulats. Dieses wurde in der Herbstsession 2018 vom Nationalrat stillschweigend gutgeheissen.

Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.