Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.

Der Ständerat lehnte im Juni 2018 eine Motion Comte (fdp, NE) zur Gurtpflicht bei Schülertransporten mit 24 zu 12 Stimmen (4 Enthaltungen) ab. Für den Personentransport zugelassene Fahrzeuge ohne Gurte, die auf konzessionierten Strecken unterwegs sind, würden nur in Ausnahmefällen Schülerinnen und Schüler transportieren, hielt Bundesrätin Leuthard im Plenum fest und begründete damit ihren Antrag zur Ablehnung der Motion, welchem der Rat schliesslich folgte.

Im März 2018 verlangte Ständerat Hêche (sp, JU) mit einem Postulat den Ausbau der Bahnlinie Basel-Biel für Doppelstockzüge. Der Ausbau der Tunnels zwischen Basel und Biel via Delsberg und Laufen solle schnellstmöglich vorangetrieben werden. Support erhielt das Postulat des jurassischen Standesvertreters aus Basel: Claude Janiak (sp, BL) drückte seinen Ärger darüber aus, wie die SBB und auch das Bundesamt für Verkehr die Nordwestschweiz vernachlässigten. Sekundiert wurde er von der Stadtbaslerin Anita Fetz (sp, BS), welche ins gleiche Horn stiess.
Bundesrätin Leuthard wies im Rat darauf hin, dass der Ausbau der besagten Strecke in der Planung des Ausbauschritts 2030/35 des Strategischen Entwicklungsprogramms der Bahninfrastruktur enthalten und der Abschnitt Biel-Moutier bereits saniert und für Doppelstockzüge befahrbar sei. Insofern seien die Anliegen des Postulats bereits erfüllt. Die Ständekammer wollte das Anliegen aber unterstützen und überwies das Postulat im Juni 2018 mit 30 zu 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Bundesrätin Leuthard gab sich im Ständerat überrascht über den Bericht der KVF-SR zur Motion «Nationales Bus-Terminal-Konzept» der KVF-NR. Es seien gerade Kantonsvertreter und der Städteverband gewesen, die mit dem Wunsch nach Unterstützung an sie herangetreten waren, weshalb sie die Argumentation der KVF-SR und den Antrag zur Ablehnung der Motion nicht nachvollziehen könne, gab Bundesrätin Leuthard zu Protokoll. Die KVF-SR hatte im April entschieden, ihrem Rat die Ablehnung zu empfehlen, um die Kompetenzenordnung zwischen Bund, Kantonen und Gemeinden nicht zu stören. Die Verkehrsministerin vermutete hinter der ablehnenden Haltung generelle Bedenken gegenüber dem Fernbus-Verkehr und pries den Bund als Dienstleister an: Der Bund wolle bloss den Kantonen und Städten dabei helfen, Planung, Bau und Betrieb von Bus-Terminals zu koordinieren.
Ohne weitere Voten schritt die kleine Kammer zur Abstimmung, in der beim Stand von 19 gegen 19 Stimmen (bei einer Enthaltung) Ständeratspräsidentin Keller-Sutter (fdp, SG) mit dem Stichentscheid die Annahme der Motion erreichte. Einem Ordnungsantrag von Ständerätin Savary (sp, VD), die vermutete, es hätten mehrere Ratsmitglieder fälschlicherweise zugestimmt, wurde stattgegeben. Und in der Tat änderte sich der Entscheid in der Neuauflage der Abstimmung: Nur 7 Stimmen nahmen die Motion an, 31 Stimmen lehnten sie ab (2 Enthaltungen) – womit die Motion vom Tisch war.

Ende Mai 2018 debattierte der Ständerat ausgiebig über die Organisation der Bahninfrastruktur. Während er in vielen Fragen dem Bundesrat und dem Nationalrat folgte, schuf er doch auch Differenzen: Hatte der Nationalrat bezüglich der Regulierung des Fernbus-Verkehrs entgegen des Antrags seiner Verkehrskommission auf schärfere Bestimmungen verzichtet, so folgte die kleine Kammer ihrer Kommission und erhöhte die Restriktionen für Fernbusanbieter. Bundesrätin Leuthard hielt fest, der Kommissionsantrag beinhalte «schon extrem viel Heimatschutz» und etwas Konkurrenz schade dem öffentlichen Verkehr bestimmt nicht – der Rat folgte trotzdem seiner Kommission. Weiter wollte der Ständerat die Regelung der Entschädigung von Passagieren bei Verspätungen dem Bundesrat überlassen und kippte die detaillierte Regelung aus der Vorlage. Die kleine Kammer nahm die Vorlage schliesslich einstimmig an.

In einer grossen Aussprache zu den dringlichen Interpellationen betreffend den Postauto-Skandal äusserten sich in der Frühjahrssession 2018 zahlreiche Parlamentsmitglieder. Bundesrätin Leuthard wies darauf hin, dass die Strukturen im öffentlichen Verkehr dem Willen des Parlaments entsprächen, und es sahen sich denn auch viele Nationalratsmitglieder in der Verantwortung. Kritisiert wurde die Eidgenössische Finanzkontrolle, deren Mitglieder von Nationalrat Giezendanner (svp, AG) als «Schlafmützen» bezeichnet wurden. Bürgerliche Parteien tönten an, dass die (Teil-)Privatisierung der Postauto AG ein Thema werden könnte. Stimmen aus der SP und von den Grünen zielten hingegen auf die Gewinnbestrebungen der Post und auf die Boni der Geschäftsführung. Es wurden verschiedene Motionen und parlamentarische Initiativen zum Postauto-Skandal angekündigt, etwa die von Regula Rytz (gp, BE) eingereichten Motionen 18.3364 und 18.3370 sowie ihre parlamentarische Initiative 18.418 oder die Motion 18.3051 von der BDP-Fraktion.

Die seit September 2016 hängige Motion von Nationalrat Hadorn (sp, SO) für begleitete Züge auf der Gotthard-Bergstrecke wurde im Februar 2018 vom Nationalrat abgelehnt. Der Motionär hatte die Pläne der SBB, Züge auf der Gotthard-Bergstrecke künftig unbegleitet verkehren zu lassen, als Sicherheitsrisiko und als Service-Abbau auf einer touristisch relevanten Linie bezeichnet. Zudem hatte er gefordert, es sei auf die SBB einzuwirken, damit der unbegleitete Verkehr auf dieser Linie nicht per Fahrplanwechsel 2016 eingeführt werde. Als die Motion im Februar 2018 im Nationalrat behandelt wurde, gab der Motionär zu, dass es sich bei einer Annahme der Motion mittlerweile um einen symbolischen Akt gegen weitere Abbaumassnahmen der SBB handeln würde. Bundesrätin Leuthard wies im Plenum darauf hin, dass mit dem Gotthard Panorama Express und dem regulären Betrieb gute und rege genutzte Angebote auf der alten Gotthardstrecke bestünden und sich die Befürchtungen des Motionärs nicht bestätigt hätten. Der Rat lehnte die Motion mit 136 gegen 55 Stimmen (2 Enthaltungen) ab.

Die KVF-NR verlangte in einer Motion, es sei ein nationales Bus-Terminal-Konzept zu erstellen. Der Bund müsse die zentrale Koordination bei der Umsetzung einer nationalen Fernbus-Strategie übernehmen. Ohne Koordination durch den Bund drohe ein Wildwuchs in der Infrastruktur, welcher nicht im Interesse der Kundschaft sei. Im Februar 2018, als der Nationalrat als Erstrat über die Motion befand, hielt Bundesrätin Leuthard im Plenum fest, dass der Bund eine gewisse Koordinationsfunktion erfüllen könne, die Bauherrschaft über die Haltestellen und Infrastrukturen jedoch bei den grundbesitzenden Kantonen und Gemeinden verbleibe. Mit dieser Einschränkung könne sie der Motion zustimmen. Der Rat nahm die Motion daraufhin stillschweigend an.

Ende Februar debattierte der Nationalrat über die Organisation der Bahninfrastruktur. Die meisten Änderungen, welche die KVF-NR dem Rat beantragt hatte, nahm dieser an. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) setzte sich jedoch gegen den Kommissionsantrag zur Konkurrenz-Klausel für Fernbusse durch, welcher mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten zustande gekommen war. Nationalrat Giezendanner sah im Kommissionsantrag, welcher Fernbusse nur zulassen wollte, wenn sie keine wesentliche Konkurrenzierung zu bestehenden Angeboten des öffentlichen Verkehrs darstellten, eine Rückkehr zur Planwirtschaft. Die Kommissionsminderheit wollte dagegen einen geregelten Wettbewerb zulassen. Bundesrätin Leuthard gab Giezendanner in dieser Frage Recht und der Rat folgte der Minderheit mit 122 gegen 69 Stimmen (2 Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung zur Vorlage nahm die grosse Kammer die Organisation der Bahninfrastruktur mit 178 gegen 1 Stimme (bei 16 Enthaltungen) an.

Die Motion Nantermod (fdp, VS) zur Liberalisierung des Fernbusverkehrs wurde in der Wintersession 2017 vom Ständerat abgelehnt, wie es die KVF-SR ihrem Rat beantragt hatte. Während einige Stimmen im Rat wie auch Bundesrätin Leuthard Offenheit gegenüber neuen Formen des öffentlichen Verkehrs forderten, war sich der Rat einig, dass die Liberalisierung des Fernbusverkehrs nicht voraussetzungslos vonstatten gehen dürfe, wie dies von der Motion gefordert worden war.

Die Organisation der Bahninfrastruktur wurde im Juni 2017 im Ständerat behandelt. Nachdem der Nationalrat die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat beschlossen hatte, drehten sich die Voten in der kleinen Kammer nicht um inhaltliche Fragen, sondern darum, ob der Rückweisung zugestimmt werden soll oder nicht. Sprecher aus allen Parteien stellten klar, dass alle strittigen Punkte in der Detailberatung geklärt werden könnten. Bundesrätin Leuthard bat den Rat, seine Aufgabe wahrzunehmen – eine Rückweisung bringe eigentlich nur Mehraufwand; inhaltlich würden sich die Räte früher oder später trotzdem um diese Vorlage kümmern müssen. Ohne Opposition lehnte der Ständerat die Rückweisung schliesslich ab und gab das Geschäft damit zurück an den Nationalrat.

Die KVF-NR reichte im März 2017 eine Motion ein, mit der sie ein Moratorium für den Serviceabbau bei den SBB-Drittverkaufsstellen forderte. Hintergrund des Vorstosses war die Ankündigung der SBB vom September 2016, 52 Drittverkaufsstellen per Ende 2017 zu schliessen. Die SBB-Drittverkaufsstellen werden von verschiedenen Partnern wie Migrolino- und Avec-Shops, Poststellen und von Privaten im Sinne des "Agenturmodells" geführt. Mit der Motion sollte der Bundesrat beauftragt werden, die SBB zu verpflichten, mit der Einstellung der Drittverkaufsstellen bis mindestens 2020 zu warten. Dies gebe genügend Zeit, um technische Lösungen für die vom Service-Abbau betroffenen Regionen zu finden. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion. Er nehme keinen Einfluss auf die operative Tätigkeit der SBB und prüfe bereits, ob der Zugang zu den Vertriebssystemen des öffentlichen Verkehrs geöffnet werden soll, damit Dritte ohne Zustimmung eines Transportunternehmens Billette verkaufen dürfen. Der Bundesrat verwies auf seine diesbezügliche Stellungnahme vom September 2016 zur Motion Büchler (cvp, SG) "Schliessung von SBB-Ticketstellen auf dem Land" (16.3866), welche zu diesem Zeitpunkt von den Räten noch nicht behandelt worden war. Obschon sich Bundesrätin Leuthard vor dem Rat gegen die Einmischung ins operative Geschäft der SBB wehrte, wurde das Moratorium im Juni 2017 mit 93 zu 79 Stimmen bei 12 Enthaltungen vom Nationalrat angenommen.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.

In Erfüllung der Motion 10.3881 legte der Bundesrat dem Parlament im April 2014 eine Botschaft zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes vor. Die Vorlage zielte auf eine Institutionalisierung des Planungsprozesses für den Schienengüterverkehr, in den auch die Kantone und die betroffenen Akteure einbezogen werden sollen. Mit Netznutzungskonzept und -plänen soll der Verdrängung des Güterverkehrs durch den Personenverkehr aus dem Netz vorgebeugt werden. Der Bundesrat wollte die SBB von der Verpflichtung, Güterverkehr als Kerngeschäft anzubieten, befreien. Investitionsbeiträge für Anschlussgleise und Umschlagsanlagen des kombinierten Verkehrs soll der Bund als A-fonds-perdu-Beiträge leisten, Darlehen soll der Bund für Umschlagsanlagen im Ausland gewähren können. Der Bund kann Förderbeiträge für neue Angebote auszahlen oder sich an Bestellungen von Transportangeboten der Kantone beteiligen. Die Fördermöglichkeiten sind jedoch bis 2027 befristet. Der Bundesrat forderte zudem, dass Güterverkehrsangebote grundsätzlich eigenwirtschaftlich sein müssen. Von einem Verlagerungsziel in der Fläche analog zum Verlagerungsziel im alpenquerenden Güterverkehr sah der Bundesrat ab. Der Nationalrat hatte in der Frühlingssession 2015 dem Vorschlag des Bundesrates zugestimmt, den Güterverkehr nicht mehr als Kernaufgabe der SBB festzuschreiben. Mit der Annahme einer Motion der KVF-NR (14.3998) ging die grosse Kammer sogar noch weiter: Die SBB-Cargo solle aus der SBB herausgelöst und als eigenständiges Unternehmen weitergeführt werden. Der Ständerat, der im Juni 2015 die Behandlung der Totalrevision des Gütertransportgesetzes aufnahm, war mit dieser Stossrichtung nicht einverstanden und lehnte die Motion der KVF-NR ab. Mit der Annahme eines Postulat der KVF-SR (15.3496) beauftragte die kleine Kammer den Bundesrat aber, eine „Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten von SBB Cargo“ vorzunehmen. Die KVF-SR empfahl, über die wichtige Frage der Zukunft der SBB-Cargo erst zu beschliessen, wenn dieser Bericht vorliege.
Im September 2015 diskutierte der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat. Während er bei einigen Differenzen auf die Formulierungen der kleinen Kammer einschwenkte, so blieb er doch in der Frage hart, ob der Bund nicht nur Bau und Erweiterung, sondern auch die Erneuerung von Anschlussgleisen und Umschlaganlagen unterstützen können soll. Erneuerungen würden zum betrieblichen Aufwand gehören, welcher in der Regel gerade nicht mehr unterstützt werden solle, warnte Bundesrätin Leuthard vergebens vor den Kosten dieses „neuen Subventionstatbestands“. Der Ständerat gab in der Debatte vom 21. September nach und akzeptierte die Position des Nationalrates in der letzten Differenz stillschweigend. In den Schlussabstimmungen vom 25. September nahm der Nationalrat die Totalrevision des Gütertransportgesetzes mit 142 zu 53 Stimmen (1 Enthaltung) an, der Ständerat stimmte mit 43 Stimmen einstimmig zu.

Der Bundesbeschluss zur Genehmigung des Abkommens mit Frankreich bezüglich der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf wurde 2015 in den Räten behandelt. Dass die Bahnverbindung nach Annemasse (F) für die Region Genf eine wichtige Sache ist, war in den Räten unbestritten. Anlass zu Diskussionen gab die Finanzierung eines Streckenabschnitts auf französischem Boden durch die Schweiz. Bundesrätin Leuthard begründete diese Abweichung vom Territorialprinzip mit der Entlastung Genfs vom Grenzgängerverkehr deutlich, so dass der Nationalrat im März und der Ständerat im Juni 2015 ihre Zustimmung gaben.

Im September 2014 unterbreitete der Bundesrat seine Botschaft zum Abkommen mit Frankreich bezüglich der Modernisierung und dem Betrieb der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf. Es geht dabei um die Ratifizierung des von Bundesrätin Leuthard und dem französischen Transportminister Frédéric Cuvillier im März 2014 unterzeichneten Abkommens zum Ausbau der Bahnverbindung Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (CEVA). Das Projekt, welches den Strassenverkehr in der Region Genf entlasten soll, beinhaltet den Bau einer neuen Bahnlinie von 14 km Länge in der Schweiz sowie ein zwei Kilometer langer Streckenabschnitt in Frankreich, dessen Finanzierung in Abweichung vom Territorialprinzip von der Schweiz geleistet werden soll. Die Kosten für die Bauarbeiten in der Schweiz sollen CHF 1'567 Mio. betragen, jene für das Streckenstück in Frankreich EUR 15,7 Mio. Der Bundesbeschluss über die Genehmigung des Abkommens wurde 2014 vom Nationalrat nicht mehr behandelt.