Die Änderung des Personenbeförderungsgesetzes gelangte in der Herbstsession 2022 zur Differenzbereinigung in den Ständerat. Dabei blieben jedoch bei den zwei wichtigsten Punkten Differenzen zur grossen Kammer bestehen. Bei beiden Punkten nahm der Ständerat eine Neuformulierung der vorberatenden KVF-SR an, die einen Kompromissvorschlag darstellten, wie Kommissionssprecher Hans Wicki (fdp, NW) ausführte. So kam der Ständerat dem Nationalrat entgegen, indem er entschied, dass die Unternehmen die Hälfte des Gewinnes aus den von Bund und Kantonen gemeinsam bestellten Angeboten einer Spezialreserve zuweisen müssen, welche nur zur Deckung von Verlusten in diesem Zusammenhang gebraucht werden darf. Ursprünglich wollte der Ständerat lediglich einen Drittel des Gewinns dieser Reserve zuweisen. Bei der Ermittlung der ungedeckten Kosten der Unternehmen beschloss die kleine Kammer, dass Unternehmungen innerhalb der konzessionierten Personenbeförderung Marktpreise verrechnen dürfen, sofern «einzelne Leistungen überwiegend zu Marktpreisen ausserhalb der konzessionierten Personenbeförderung erbracht werden» (Wicki). Verkehrsministerin Sommaruga bat den Ständerat vergeblich, der Version des Nationalrates zuzustimmen.

In der Wintersession 2021 beschäftigte sich der Ständerat mit vier gleichlautenden Motionen, welche einen Massnahmenplan forderten, um den Anteil des öffentlichen Verkehrs am Gesamtverkehr zu steigern. Stefan Engler (mitte, GR) erläuterte für die KVF-SR, dass die Motionen dazu beitragen könnten, die Treibhausgase im Verkehrsbereich weiter zu senken. Daher beantrage die Kommissionsmehrheit ihre Annahme. Die Minderheitssprecher Hans Wicki (fdp, NW) und Thierry Burkart (fdp, AG) plädierten hingegen für die Ablehnung der Motionen. Wicki argumentierte, dass es wenig sinnvoll sei, die Verwaltung Massnahmen ausarbeiten zu lassen, für deren Realisierung keine ausreichenden Mittel zur Verfügung stünden. Burkart wiederum vertrat die Ansicht, dass diese Motionen einem veralteten Schiene-gegen-Strasse-Denken folgten. Dabei sei doch mittlerweile klar, dass es beide Verkehrsträger brauche, zumal die Dekarbonisierung auch bei den Autos und den Lastwagen auf dem Vormarsch sei. Mit diesen Vorstössen würde zudem zwischen öffentlichem und privatem Verkehr unterschieden, «obwohl beide teilweise mit genau denselben Fahrzeugen verkehren», so Burkart. Bundesrätin Sommaruga sprach sich für Annahme der Motionen aus, räumte aber an die Minderheit gerichtet ein, dass eine Annahme nicht bedeute, dass nur noch für den öffentlichen Verkehr gearbeitet würde. So werde es beispielsweise beim geplanten Nachfolgegesetz für das an der Urne abgelehnte CO2-Gesetz auch massgeblich um den Ausbau der Infrastruktur für die Elektromobilität gehen. Nach diesen Voten nahm der Ständerat die Motionen mit 24 zu 15 Stimmen an.

Dem Abschluss der Verhandlungen zu den Verpflichtungskrediten ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr stand nur noch eine Differenz im Weg: Die Umfahrung Oberburg bei Burgdorf im Emmental. Die KVF-SR hatte sich von der Bundesverwaltung noch einmal über das Projekt informieren lassen und stimmte mit 6 zu 3 Stimmen für Festhalten, also für das Streichen der Umfahrung Oberburg aus den vorliegenden Verpflichtungskrediten zum Agglomerationsverkehr. Am 10. September 2019 kam das Geschäft wieder in den Ständerat. Ein Einzelantrag Hösli (svp, GL) auf Zustimmung zum Nationalrat wurde vom Antragsteller mit einem Besuch begründet, bei welchem er sich das Projekt vor Ort habe erklären lassen und wo er zur Überzeugung gekommen sei, dass es ein notwendiges und reifes Projekt sei. Höslis Votum wurde sekundiert von den Ständeräten Wicki (fdp, NW) und Luginbühl (bdp, BE). Bundesrätin Sommaruga zeigte sich über die Diskussion zur Umfahrung Oberburg genervt – «mir ist es jetzt dann langsam auch egal» – und verwies erneut auf die Gleichbehandlung der Regionen und Agglomerationen und darauf, dass es gegenüber diesen ungerecht und inkorrekt sei, auf Antrag im Rat einfach ein Projekt vorzuziehen, das vom Amt als noch nicht reif eingeschätzt worden war. Sie betonte zudem, dass in der Agglomeration Burgdorf sowieso erst die Ortsdurchfahrt Burgdorf saniert werde und der Bau der Umfahrung Oberburg nicht vor Ende 2022 begonnen werde – auch wenn der Ständerat die Umfahrung jetzt aufnähme.
So weit kam es dann doch nicht: Die kleine Kammer hielt mit 25 zu 15 Stimmen (1 Enthaltung) an ihrem bisherigen Entscheid fest. Die Differenz blieb damit bestehen und das Geschäft ging zurück an den Nationalrat.

Mit seiner Botschaft zum Strategischen Entwicklungsprogramm Eisenbahninfrastruktur (Ausbauschritt 2035) unterbreitete der Bundesrat Ende Oktober 2018 dem Parlament den Bundesbeschluss zum Ausbauschritt 2035 der Bahninfrastruktur sowie den Bundesbeschluss zum dazugehörenden Verpflichtungskredit. Mit der Botschaft beantragte der Bundesrat auch die Abschreibung der folgenden Geschäfte: Brachliegendes Potenzial auf Bahnstrecken nutzen, Angebotsverbesserungen auf der Hochrheinstrecke, Elektrifizierung und Angebotsverbesserungen der Hochrheinstrecke, Bahnausbau. Mehr Klarheit bei der Projektpriorisierung und Vorfinanzierung im Rahmen von Fabi/Ausbauschritt 2030/35.
Mit dem Ausbauschritt 2035 (AS 2035) des strategischen Entwicklungsprogramms Eisenbahninfrastruktur (STEP) soll der schrittweise Ausbau des Schienennetzes mit Investitionen von CHF 11.9 Mia. vorangetrieben werden. Für den Personenverkehr beinhaltet der AS 2035 zusätzliche Viertel- und Halbstundentakte und dank einer höheren Stabilität des Betriebs solle die Zuverlässigkeit und Pünktlichkeit im Schienenverkehr verbessert werden. Auch für den Güterverkehr schaffe der AS 2035 mehr und schnellere Angebote. Die für den AS 2035 vorgesehenen Mittel stammen aus dem Bahninfrastrukturfonds (BIF), womit die Finanzierung aus heutiger Sicht gesichert sei. Ein weniger weit gehendes Ausbauprogramm mit einem Zeithorizont bis 2030 und einem Investitionsvolumen von CHF 7 Mia. war in der Ende September 2017 eröffneten Vernehmlassung abgelehnt worden, während dem zweiten Vorschlag – also der vorliegenden Botschaft – mehrheitlich zugestimmt worden war.
Im Februar 2019 beriet die KVF-SR über den AS 2035, beschloss Eintreten und nahm weitere Projekte in den AS 2035 auf: So sollten die Projektierungen des Durchgangsbahnhofes Luzern sowie der trinationalen S-Bahn Basel bereits mit dem AS 2035 erfolgen. Zudem nahm die Kommission einen Neubau der Strecke Neuenburg - La-Chaux-de-Fonds anstelle der vom Bundesrat vorgeschlagenen Modernisierung der bestehenden Strecke in den AS 2035 auf. Damit erhöhte die KVF-SR den Investitionsbetrag um CHF 919 Mio. auf CHF 12.8 Mia.
Am 7. März 2019 nahm der Ständerat als Erstrat die Behandlung des Geschäfts auf und folgte trotz ausführlicher Debatte seiner Kommission. Ein Minderheitsantrag von Ständerat Wicki (fdp, NW) zur Streichung des Doppelspurausbaus bei Rorschach – dem letzten einspurigen Teilstück in der West-Ost-Verbindung – fand keine Mehrheit. Ständerat Stöckli (sp, BE) setzte sich für die Aufnahme des Bahnhofs Thun-Nord ein, zog seinen Antrag aber zurück. So beschloss die kleine Kammer schliesslich gemäss den Anträgen der Kommission und nahm das Geschäft einstimmig und ohne Enthaltungen an.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.