C'est en juin que la Commission européenne a demandé au Conseil des ministres de la CE l'ouverture de négociations avec la Suisse. Le projet de mandat de négociations soumis au Conseil des ministres par la Commission prévoyait dans une première étape d'ouvrir des négociations bilatérales dans le domaine des transports routiers et aériens et sur la libre circulation des personnes. Le lien établi entre ces deux thèmes a provoqué des protestations de la part des négociateurs suisses. Un peu plus tard, le Conseil des ministres a modifié le cadre des négociations en l'assouplissant et en l'élargissant quelque peu. C'est ainsi que trois autres dossiers y furent intégrés et qu'il fut renoncé à établir un lien juridique entre eux. Le Conseil fédéral fut satisfait de ces propositions. Les négociations entre la Suisse et la CE devraient débuter en 1994.

Les entretiens exploratoires ont commencé par se dérouler à un rythme très lent, la CE tardant à définir un mandat de négociation précis pour sa commission. Sans remettre explicitement en cause l'accord sur le transit, la CE a évoqué l'idée d'un assouplissement de la limite de 28 tonnes pour les poids lourds circulant en Suisse si cette dernière entendait bénéficier de mesures de réciprocité. Un mois après l'entrée en vigueur du traité sur le transit, seul un 40 tonnes communautaire a eu besoin de demander une autorisation d'emprunter le réseau routier helvétique en raison de la saturation du système de ferroutage (nombre maximal possible selon le traité: 50 par jour).

Suivant la décision de la grande chambre en 1992, le Conseil des Etats a largement rejeté l'initiative pour la protection des Alpes. Deux propositions modérées de contre-projet de la part de Hans Danioth (pdc, UR) et Kurt Schüle (prd, SH) ont également été repoussées. Aux côtés des arguments habituellement avancés, celui de la politique européenne prit une dimension particulière. Plusieurs sénateurs ont relevé qu'une acceptation de ce texte constituerait, après le refus populaire du traité EEE, une provocation supplémentaire à l'égard de la CE. La petite chambre a également suivi le Conseil national en rejetant une initiative du canton d'Uri dont la teneur était sensiblement identique à celle de l'initiative populaire.

Tout comme le Conseil des Etats en 1992, le Conseil national a transformé en motion l'initiative du canton du Valais, dont le but était de favoriser la coordination et l'accélération des procédures d'autorisation de projet.

Le rejet par le souverain du traité EEE en 1992 a placé les transporteurs routiers et Swissair dans une position de faiblesse vis-à-vis de leurs concurrents européens. L'objectif du Conseil fédéral fut donc d'obtenir de la CE l'ouverture de négociations sur le libre-accès des transporteurs aériens et routiers au marché unique. Répondant à ce viceux, la CE a décidé d'entreprendre des discussions à ce sujet après que le gouvernement eut mis en vigueur le traité sur le transit, ce qui fut fait en début d'année. Affaibli par le rejet du traité EEE, le CF n'a pas posé de conditions à la mise en vigueur du traité. Pourtant, Adolf Ogi avait précédemment fait un lien direct avec l'ouverture de négociations avec la CE sur le problème des transports routiers et aériens.

Le Conseil national a rejeté une motion Béguelin (ps, VD) qui demandait au gouvernement de proposer une loi sur le trafic de transit qui aurait eu pour but de régler de manière globale le transit par rail et par route à travers la Suisse. Ce texte aurait notamment dû prévoir la protection de l'espace alpin en adaptant le volume des transports en conséquence et en transférant l'ensemble du transit de la route au rail. La chambre a suivi l'avis du Conseil fédéral qui a déclaré qu'une telle loi nécessiterait une base constitutionnelle et qu'elle restreignait trop la marge de manoeuvre des autorités.

La grande chambre a par contre accepté comme postulat la motion Cavadini (prd, TI) demandant que la Suisse multiplie les contacts avec les autorités italiennes afin que les liaisons avec les transversales alpines soient assurées, et que l'Italie soit à même de supporter un volume suffisant de trafic sur ses lignes.

D'autre part, le parlement a transmis comme postulat les motions Roth (pdc, JU) (Mo. 92.3126) et Matthey (ps, NE) invitant le gouvernement à présenter une conception d'ensemble des relations ferroviaires Suisse-France entre Bâle et Genève, problème soulevé par l'arrêté sur le transit alpin. Au centre des préoccupations des motionnaires se trouvent la remise en question des lignes Paris-Lausanne (VD) via Vallorbe (VD), Delle (JU)-Belfort (F), Neuchâtel-Pontarlier (F) ou Le Locle (NE)-Besançon (F) (la SNCF a annoncé la fermeture de la ligne Delle-Belfort. Cela a provoqué les protestations des instances politiques régionales suisses et françaises: ce tronçon est en effet important pour la liaison de l'arc jurassien au TGV Rhin-Rhône et le désenclavement du canton du Jura). A. Ogi a cependant répondu que les priorités de la Suisse en matière de raccordement au réseau européen à grande vitesse restaient Genève et Bâle.

La CE a également ratifié le traité en fin d'année. Elle a encore négocié en fin d'année les modalités d'application du traité sur le transit, notamment à propos des émoluments à verser par les véhicules bénéficiant des exceptions prévues. Tandis que la Suisse entendait faire payer CHF 300 les camions autorisés à traverser le pays, la CE a réussi à faire tomber cette somme à CHF 50.

Le gouvernement a présenté son message sur l'initiative populaire «pour la protection des régions alpines contre le trafic de transit», déposée en 1990. Ce texte entend protéger les régions de montagne des nuisances dues au trafic de transit et prescrit, pour cela, le transfert complet du trafic de transit de la route au rail. Selon le gouvernement, cette initiative, lancée en 1989, est devenue caduque car, entre temps, toute une série de mesures ont été prises (réduction des émissions de substances polluantes et de bruit, protection de la nature et du paysage, étude d'impact, promotion des transports publics, accroissement de la capacité du Gothard et du Lötschberg, nouvelles transversales alpines, Rail 2000 et Cargo 2000, restrictions de la loi sur la circulation routière à l'encontre des poids lourds, Convention sur la protection des Alpes, traité sur le transit, etc.). De plus, elle irait à l'encontre de certains engagements internationaux pris par la Suisse. En particulier, elle violerait le principe de non-discrimination à l'égard des étrangers et pourrait provoquer des mesures de rétorsion de la part des autres pays. Enfin, elle contredirait le principe du libre choix du moyen de transport. En conséquence, le Conseil fédéral a recommandé le rejet sans contre-projet de ce texte, position sur laquelle le Conseil national s'est entièrement aligné, malgré l'opposition des verts et du PS.
La grande chambre a encore décidé de ne pas donner suite à une initiative du canton d'Uri (Iv.ct. 91.303); celle-ci ayant un contenu quasiment identique à l'initiative populaire précitée, les mêmes arguments ont prévalu à son encontre.

Le corollaire à ce traité, et qui figure dans le même message, est l'accord trilatéral entre la République fédérale d'Allemagne, la Suisse et l'Italie sur le trafic combiné rail-route. Ce texte vise à développer les infrastructures de ces pays dans le cadre de la solution transitoire (développement de la capacité des lignes du Lötschberg et du Gothard) dans l'attente des nouvelles transversales alpines. Pour qu'un flot ininterrompu de trafic ferroviaire soit assuré aux frontières suisses, l'accord prévoit la construction de diverses installations au nord et au sud de ces lignes, tels de nouveaux terminaux ainsi que des extensions de réseaux. Les chemins de fer italiens (FS) ont mis en fonction la première partie de la gare de triage de Domodossola 2. Cette installation est un élément capital dans le cadre du doublement de la voie du Lötschberg, de la revitalisation de la ligne du Simplon et de la réalisation des NLFA.
Ces textes ont été adoptés à l'unanimité par le parlement, malgré l'abstention des écologistes.

Dans le même élan, le Conseil fédéral a encore présenté son message relatif à l'accord européen sur les grandes lignes de transport international combiné et les installations connexes (AGTC), qui s'inscrit dans la même logique que le traité sur le transit (MCF 92.047). Adopté en 1991 par la Commission économique pour l'Europe des Nations Unies, et signé par la Suisse la même année, ce texte va dans le sens de la politique helvétique des transports; il entend favoriser un transfert plus important du transport de marchandises de la route au rail dans toute l'Europe. Pour cela, il prévoit une amélioration de la qualité des infrastructures et des conditions d'exploitation du trafic combiné en engageant les parties contractantes à se conformer aux données techniques figurant dans l'accord. De plus, il stipule de faciliter les passages aux frontières afin d'augmenter la rapidité de ce mode de transport et, donc, son attractivité.
Ce texte a été adopté à l'unanimité par le parlement, malgré l'abstention des écologistes.

Le Conseil national a rejeté deux postulats émanant de la minorité de sa commission, considérant que l'essentiel de leurs exigences étaient remplies par le projet de transversales alpines et les traités sur le transit. Ces textes demandaient notamment un transfert accru du trafic de transit de la route au rail, l'imposition rapide des transports routiers ainsi que la présentation de rapports sur l'évolution des trafics routier et ferroviaire et le transfert de l'un à l'autre, le produit et le degré de couverture des coûts pour le trafic de marchandises et les impacts sur l'environnement provoqués par les couloirs de transit.

Le Conseil des Etats a transmis une motion de sa commission reprenant les termes d'une initiative du canton du Valais qui désire favoriser la coordination et l'accélération des procédures d'autorisation de projets. A ces fins, ce texte prévoit une modification de la législation fédérale permettant l'élimination des doubles voies procédurales, l'introduction de délais de traitement des dossiers et la restriction des possibilités de recours abusifs.

Le Conseil des Etats a transmis un postulat de sa commission invitant le gouvernement à élaborer un rapport sur les charges que font peser les transports publics sur les finances fédérales. Il s'agirait en particulier d'examiner comment il est possible de réaliser des économies en matière de trafic ferroviaire et comment s'effectuera le financement des transversales alpines.

L'accord EEE comportait un chapitre consacré aux transports, distinct du traité sur le transit, qui visait essentiellement à garantir la libéralisation des prestations des transports et le libre accès au marché pour tous. Ceci aurait dû s'appliquer aux transports routiers et ferroviaires et à la navigation intérieure. Le principe de base était que, dans ces domaines, les pays de la CE et de l’AELE ne défavorisent pas les transporteurs des autres Etats membres par rapport aux leurs. Toute mesure discriminatoire aurait donc été interdite. Ainsi, seules les aides de l'Etat visant à coordonner le trafic, à indemniser des prestations de service public ou à aider au développement de régions défavorisées, ainsi que toute disposition n'ayant pas pour conséquence de désavantager les transporteurs de l'EEE auraient été admises. Cela signifie que la pratique suisse en la matière (offre de transport, soutien aux entreprises) aurait pu être maintenue.
Ces diverses mesures ne purent entrer en vigueur car, bien que le parlement ait adopté les réformes légales nécessaires, le refus en votation populaire le 6 décembre du traité EEE les a rendues caduques.

Pour sa part, le Conseil des Etats a transmis le postulat Cavelty (pdc, GR; Po. 92.3251) qui demande d'étudier et de promouvoir de nouveaux systèmes de trafic combiné rail/route tout en assurant une harmonisation technique au niveau européen. Il a fait de même avec les postulats Bloetzer (pdc, VS; Po. 92.3397) et Plattner (ps, BS; Po. 92.3412). Le premier envisage une réduction des tarifs en vigueur en matière de ferroutage, quitte à ce que les frais ainsi engendrés soient financés par le biais de la vignette autoroutière. Le second entend appliquer une politique similaire en ce qui concerne le trafic combiné navigation rhénane et train.

Les écologistes, ainsi que les organisations de protection de l'environnement, ont d'ailleurs fortement critiqué le traité sur le transit. Selon eux, il ne garantit aucune politique environnementale en matière de transit à long terme. Au contraire, ses dispositions seraient plutôt de nature à favoriser, ou en tout cas à ne pas empêcher, un accroissement du trafic motorisé. En outre, de par sa durée limitée, il pourrait voir la Suisse aux prises avec la construction des nouvelles transversales sans bénéficier de la solidarité de la CE.

Le Conseil fédéral a présenté au Chambres son message relatif à l'accord sur le transit conclu entre la CE et la Suisse en 1991. Consécutif à trois années de négociations, ce texte permet à la Suisse de maintenir le cap de sa politique de promotion du trafic combiné rail-route, tout en faisant face à l'accroissement des transports dans une Europe en voie d'intégration poussée. D'une durée de douze ans, l'accord prévoit le développement en Suisse de la capacité de ferroutage par l'amélioration des lignes existantes, ainsi que par la construction des nouvelles transversales alpines. Pour les pays de la CE, les travaux à entreprendre consistent essentiellement en l'aménagement ou la construction de terminaux. En outre, tandis que les camions de 40 tonnes pourront circuler librement en Europe, la Suisse a pu faire en sorte de maintenir sa limite de 28 tonnes sur son territoire, et l'interdiction de rouler la nuit et le dimanche. Des exceptions, au nombre de 100 par jour, seront admises si les capacités de ferroutage sont épuisées et si les marchandises transportées sont des denrées périssables ou urgentes.

Dans son programme de législature, le Conseil fédéral s'est fixé comme but de poursuivre la réalisation du thème central de son action depuis quelques années: freiner la croissance du trafic, notamment en transférant le trafic routier vers d'autres moyens de transports, comme le rail par exemple, ce qui suppose le développement de l'infrastructure ferroviaire. A ce sujet, le gouvernement a relevé la nécessité d'inscrire la réflexion suisse dans un cadre européen. De fait, il a estimé fondamental de ratifier le traité sur le transit, d'édicter la législation relative à l'arrêté sur le transit alpin (NLFA) et d'améliorer l'accès au réseau TGV. En outre, il entend continuer la réalisation du projet Rail 2000 et s'attaquer aux problèmes structurels des CFF. Par ailleurs, il a déclaré vouloir améliorer la sécurité routière et poursuivre, dans la mesure des moyens à sa disposition, l'achèvement du réseau des routes nationales. Les considérations environnementales n'ont pas été absentes du programme et le Conseil fédéral a dit vouloir, à ce sujet, mettre en ceuvre certaines taxes, notamment sur les poids lourds, et promouvoir les transports publics.

Le Conseil national, tout comme la petite chambre en 1989, a décidé de ne pas donner suite à l'initiative du canton de Zurich demandant que la Confédération perçoive une taxe kilométrique sur les véhicules automobiles, qui serait redistribuée ensuite de manière égale et individuelle à la population (écobonus). La majorité de la chambre a estimé que les derniers développements en la matière ne permettaient pas d'accepter le texte; en 1991, après avoir adopté le principe de l'écobonus, le Conseil fédéral, après diverses recherches, s'est heurté a des problèmes techniques et financiers qui l'on conduit a abandonner cette idée. En outre, l'annonce de la création d'un écobonus avait soulevé de vastes protestations, autant dans la population que dans le monde politique.

Le Conseil fédéral a présenté son message concernant la prorogation et la refonte des redevances sur l'utilisation des routes. Ces taxes ayant une durée de validité de dix ans, elles arriveront à échéance en 1994. Or, le gouvernement entend les prolonger tant que le trafic routier ne couvre pas les frais qu'il occasionne, et désire d'autant plus les maintenir que d'autres Etats européens ont introduit de tels instruments, et que la CE envisage de faire de même. En outre, la procédure de consultation, largement positive en ce domaine, lui a donné le feu vert. Les seules modifications par rapport à l'ancienne version sont, d'une part, le relèvement du prix de la vignette autoroutière (CHF 40 au lieu de CHF 30) pour l'adapter au renchérissement et, d'autre part, l'inscription, dans l'article constitutionnel concernant la taxe poids lourds, d'un alinéa stipulant qu'à terme, le gouvernement pourra percevoir une taxe non pas forfaitaire comme aujourd'hui, mais liée aux prestations. La commission du Conseil national a largement accepté les propositions du gouvernement.
Les recettes de ces taxes ont augmenté entre 4 et 5 pourcent par année depuis leur entrée en vigueur et ont rapporté, en 1990, CHF 137 millions pour la taxe poids lourds et CHF 191 millions pour la vignette autoroutière. Par ailleurs, la Commission européenne a proposé aux pays membres de la CE l'introduction d'une taxe poids lourds selon un système qui laisserait une certaines liberté aux Etats pour en fixer les modalités.

Le Conseil fédéral a signé l’ «accord européen sur les grandes lignes de transport combiné internationales et les installations connexes», la Suisse en devenant ainsi la quinzième partie contractante. Ce texte, élaboré par la Commission économique des Nations Unies pour l'Europe (CEE-ONU), prévoit le développement, en Europe, du trafic combiné rail-route par l'amélioration de sa compétitivité afin de le rendre plus attractif.

Le Conseil fédéral a approuvé l'accord trilatéral Suisse-Allemagne-Italie qui constitue un fondement important de la mise en application du traité sur le transit, et des mesures provisoires décidées en 1989 par le gouvernement dans l'attente des transversales alpines. Ce texte a pour but d'améliorer l'offre de transport combiné rail-route et prévoit, à cet effet, d'en élever la capacité d'ici 1994 grâce à des mesures techniques, ainsi qu'au développement de tronçons et de terminaux. Il règle l'adaptation des infrastructures sur les axes du Lötschberg-Simplon et du Gothard, pour que les capacités de ferroutage de la Suisse ne débouchent pas sur des goulets d'étranglement aux frontières. Outre les adaptations techniques, les extensions de réseaux et la construction de terminaux, l'accent est mis sur la suppression d'entraves administratives et sur une harmonisation des tarifs et des horaires.

Si cet accord a reçu un écho presque unanimement positif, certains observateurs ont néanmoins souligné son point faible: le fait que la Suisse ne puisse pas limiter le nombre de camions de 28 tonnes, sauf autorisation expresse de la CE. Cela signifie qu'une quantité illimitée de ce type de camions, dont certains très polluants, pourraient emprunter le réseau routier helvétique, ce d'autant qu'ils seraient dissuadés de passer par l'Autriche pour ne pas gaspiller leurs points écologiques.