In der Sommersession 2015 nahm der Nationalrat die Beratung zur Volksinitiative „Für eine faire Verkehrsfinanzierung“ (Milchkuh-Initiative) auf. Wie schon in der kleinen Kammer gab es auch in der Volkskammer einen Rückweisungsantrag, der die Beratung der Initiative mit der Behandlung des NAF verknüpfen wollte. Der Rückweisungsantrag war von Nationalrat Français (fdp, VD) eingereicht und von rund einem Dutzend Mitgliedern der SVP-Fraktion mitunterzeichnet worden - auch von Mitgliedern des Initiativkomitees. Martin Candinas (cvp, GR) legte für die Kommissionsmehrheit dar, weshalb eine gemeinsame Behandlung von Volksinitiative und NAF nicht wünschenswert sei. Er warf dabei dem Initiativkomitee fehlende Kompromissbereitschaft vor, was von den Nationalräten und Mitgliedern des Initiativkomitees Rime (svp, FR), Binder (svp, ZH) und Amstutz (svp, BE) bestritten wurde. Als Roger Nordmann (sp, VD) für die Kommission sprach und der Initiative einen extremistischen Charakter bescheinigte, empörte sich die SVP-Fraktion. Ulrich Giezendanner (svp, AG), ebenfalls ein Mitglied des Initiativkomitees, forderte eine Entschuldigung für diese "Riesenfrechheit" – was Nordmann jedoch ausschlug. Der Rückweisungsantrag der Minderheit Français wurde äusserst knapp mit 93 zu 91 Stimmen bei 2 Enthaltungen abgelehnt. Für die Rückweisung stimmten die geschlossenen Fraktionen von SVP und FDP mit einzelnen Stimmen aus der CVP und der BDP. Die Fraktionen von SP, Grünen und GLP stimmten geschlossen dagegen. In der weiteren Debatte in der grossen Kammer argumentierten die Gegnerinnen der Vorlage mit den CHF 1.5 Mia., welche der Bundeskasse wegen der Initiative entgehen würden und mit den deswegen notwendigen Sparmassnahmen. Die Befürworterseite stellte hingegen die Vernachlässigung der Strasseninfrastruktur und die hohe Belastung durch Abgaben im Strassenverkehr in den Vordergrund. Der Minderheitsantrag Wobmann (svp, SO), der die Initiative zur Annahme empfehlen wollte, unterlag dem Mehrheitsantrag der Kommission schliesslich mit 97 zu 65 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Für die Minderheit stimmte die geschlossene SVP-Fraktion und ein gutes Drittel der FDP-Fraktion. Die Hälfte der Mitglieder der FDP-Fraktion enthielt sich der Stimme oder entzog sich der Abstimmung. Während die Fraktionen von SP, Grünen und GLP geschlossen für den Mehrheitsantrag stimmten, taten dies die Fraktionen von CVP und BDP grossmehrheitlich.

Im Rahmen der Debatte zum Bundesgesetz über den Bau und die Finanzierung eines 4-Meter-Korridors war 2013 festgehalten worden, dass neben dem Korridor durch den Gotthard auch die Lötschberglinie ausgebaut werden soll. Da es auf der Lötschberglinie auf der italienischen Seite zwischen Iselle und Domodossola immer wieder zu Betriebsproblemen kommt, beauftragte die Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen des Nationalrats mit einem Postulat den Bundesrat, zu prüfen, ob die Effizienz der Lötschberg-Simplon-Achse durch die Übernahme von Betrieb und Unterhalt der besagten Strecke durch SBB oder BLS erhöht werden könnte. Der Nationalrat behandelte dieses Postulat in der Sondersession am 6. Mai 2014. Eine Minderheit Binder (svp, ZH) beantragte die Ablehnung des Postulats und auch der Bundesrat sprach sich in seiner Stellungnahme deutlich gegen das Postulat aus. Während die Kommissionsminderheit mit den Kostenfolgen und der Verletzung des Territorialprinzips argumentierte, betonte Bundesrätin Leuthard, dass ein solches Übernahmeersuchen in Italien als arroganter und unfreundlicher Akt verstanden werden würde. Die Vertreter der Kommissionsmehrheit machten dagegen geltend, dass die Anschlussstrecke für die ganze Achse von grösster Wichtigkeit sei. Der Nationalrat nahm das Postulat äusserst knapp an: Mit Stichentscheid des Ratspräsidenten Lustenberger (cvp, LU) bei 87 zu 87 Stimmen und einer Enthaltung.

Im Plenum des Nationalrates wurde der Verlagerungsbericht 2013 für die Periode von Juli 2011 bis Juni 2013 zusammen mit der Änderung des Bundesbeschlusses zum Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs im März 2014 diskutiert. Besonders die im Verlagerungsbericht angedeutete Möglichkeit, das Verlagerungsziel neu zu definieren, stiess auf grossen Widerstand. Der Bericht hielt fest, dass die technische Entwicklung und die Anreize über die LSVA den Ersatz von alten Lastwagen durch abgasarme Euro-VI-Fahrzeuge fördern würde, und dass dadurch die Belastung durch Luftschadstoffe entlang der Transitachsen bis 2020 stark abnehmen werde. Da es im Alpenschutzartikel vornehmlich um den Schutz des Alpenraums vor den negativen Begleiterscheinungen des Verkehrs gehe, werfe diese Entwicklung die Frage auf, ob das Verlagerungsziel noch angemessen sei. Vertreter von GPS, SP und GLP wollten nichts wissen von einer Neudefinition des Verlagerungsziels: Dieses sei bereits klar definiert (650'000 alpenquerende Lastwagenfahrten pro Jahr) und zum einen ein bestehender Verfassungsauftrag, zum anderen seien mit diesem Ziel stets die hohen Kosten der NEAT gegenüber dem Stimmvolk gerechtfertigt worden. Eine Herabsetzung dieses Zieles wäre deshalb eine inakzeptable Kehrtwende und eine Missachtung des Volkswillens, so Regula Rytz (gp, BE). Max Binder (svp, ZH) hingegen bezeichnete das Verlagerungsziel als „Fata Morgana“: Es sei willkürlich gesetzt worden und lasse sich nicht erreichen. Der Nationalrat nahm den Bericht schliesslich zur Kenntnis. Der Ständerat nahm den Verlagerungsbericht im Juni 2014 zur Kenntnis, nicht ohne vorher wie die grosse Kammer ausgiebig über das Verlagerungsziel debattiert zu haben.

Die Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen des Nationalrates (KVF-NR) begrüsste den Entscheid des Bundesrates, den Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs um CHF 180 Mio. auf CHF 1'675 Mio. zu erhöhen und um fünf Jahre zu verlängern. Die KVF-NR beantragte dem Nationalrat, die Änderung des Bundesbeschlusses im Sinne des Bundesrates gutzuheissen. Mit der Verlängerung des Zahlungsrahmens soll die Verkehrsverlagerung abgesichert und den Unternehmen ermöglicht werden, erste Erfahrungen mit der NEAT und dem 4-Meter-Korridor zu machen. Eine Minderheit Binder (svp, ZH) verlangte, auf eine Erhöhung der Mittel zu verzichten und den Zahlungsrahmen nur um drei Jahre zu verlängern. Da die Unternehmen bisher mit einem Ende der Förderbeiträge im Jahr 2018 rechnen mussten, sei eine Verlängerung des Zahlungsrahmens ebenso unnötig wie die Erhöhung der Mittel. Die Minderheit Binder sei aber bereit, als Kompromiss den Zahlungsrahmen um drei Jahre zu verlängern, damit per 2018 übrige Restmittel auch noch eingesetzt werden könnten. Gegen den Minderheitsantrag wurde vorgebracht, dass die Erhöhung und Verlängerung des Zahlungsrahmens schon nur notwendig sei, um eine Rückverlagerung von der Schiene auf die Strasse zu verhindern. Der Minderheitsantrag würde deshalb dazu führen, dass das Verlagerungsziel noch deutlicher verpasst würde. Der Nationalrat entsprach schliesslich in der Schlussabstimmung im März 2014 dem Antrag seiner Kommission und nahm die Änderung des Bundesbeschlusses zum Zahlungsrahmen für die Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs mit 134 zu 54 Stimmen im Sinne des Bundesrates an. Bis auf drei Stimmen aus der FDP-Liberalen-Fraktion entfielen alle Nein-Stimmen auf die SVP-Fraktion. Der Ständerat befand im Juni 2014 über die Änderung des Bundesbeschlusses. Die KVF-SR empfahl der kleinen Kammer einstimmig, der grossen Kammer zu folgen und dem Geschäft ohne Änderung zuzustimmen. Mit 37 Stimmen bei einer Enthaltung nahm der Ständerat den Entwurf einstimmig an.

In Erfüllung der Motionen Büttiker (fdp, SO) (10.3921) und Hochreutener (cvp, BE) (10.3914) sowie zweier Motionen der Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte (12.3330 / 12.3401), welche 2012 überwiesen worden waren, legte der Bundesrat im Mai seine Botschaft zu Bau und Finanzierung eines 4-Meter-Korridors auf den Zulaufstrecken zur NEAT am Gotthard vor. Das Geschäft enthielt das Bundesgesetz über den Bau und die Finanzierung eines 4-Meter-Korridors sowie den Bundesbeschluss über den Gesamtkredit. Um die Gotthardachse bis 2020 in einen durchgehenden 4-Meter-Korridor umzubauen, sind zwischen Basel und der Alpensüdseite 170 Ausbaumassnahmen umzusetzen. Dazu zählen Tunnelanpassungen und Änderungen an Perrondächern, Fahrleitungen, Signalanlagen und Überführungen, sowie der Neubau des Bözbergtunnels. Die Massnahmen in der Schweiz wurden auf rund CHF 710 Mio. veranschlagt, die Massnahmen für Anschlüsse in Italien auf CHF 230 Mio. Die Finanzierung könne zunächst über den FinöV-Fonds und später über den Bahninfrastrukturfonds BIF vorgenommen werden. Der Bundesrat hielt fest, dass die Mittel ausreichten, um neben allen beschlossenen Projekten im Rahmen von FABI auch den 4-Meter-Korridor zu realisieren. Am 25. September trat der Ständerat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Die KVF-SR stellte den Mehrheitsantrag, den Artikel 1 des Bundesgesetzes so zu ändern, dass nicht nur die Gotthardstrecke erwähnt wird, sondern allgemein die Nord-Süd-Verbindung. Damit könnten auch Massnahmen auf der Lötschberg-Linie ergriffen werden, ohne dass eine Gesetzesänderung notwendig würde. Eine Minderheit Theiler (fdp, LU) beantragte die Annahme des bundesrätlichen Vorschlages. Der Ständerat stimmte mit 23 zu 20 Stimmen für den Mehrheitsantrag. Die von der KVF-SR in Artikel 2 beantragte Streichung der Massnahmen in Giubiasco–Lugano Vedeggio (mit Kosten von CHF 10 Mio.) fand im Rat dagegen keine Mehrheit, er folgte dem Antrag des Bundesrates mit 26 zu 9 Stimmen. Hinsichtlich der Massnahmen für die Anschlüsse in Italien wollte die KVF-SR mit ihrem Mehrheitsantrag aufnehmen, dass für A-fonds-perdu-Beiträge an Italien ein überwiegendes Interesse der Schweiz gegeben sein muss. Ein Minderheitsantrag wollte verhindern, dass der Bundesrat eine Carte blanche für finanzielle Vereinbarungen mit Italien erhält. Der Rat folgte allerdings dem Mehrheitsantrag mit 31 zu 11 Stimmen und löste mit qualifiziertem Mehr von 36 zu 6 Stimmen die Ausgabenbremse. Bei der Finanzierung forderte die Mehrheit der KVF, dass diese zu einem Drittel aus Mineralölsteuererträgen und zu zwei Dritteln aus FinöV bzw. FABI erfolgen solle. Der Minderheitenantrag Imoberdorf (cvp, VS) beantragte dagegen die Annahme des bundesrätlichen Vorschlages, welcher eine Finanzierung rein aus FinöV und später aus dem BIF vorsah. Gegen die Teilfinanzierung mit Mitteln aus dem Strassenverkehr wurde vorgebracht, dass von diesen Mitteln bereits sehr viel für den Schienenverkehr eingesetzt werde und dass eine weitere Beanspruchung dieser Mittel die Zustimmung zur Vignettenpreiserhöhung und zu FABI in den jeweiligen Volksabstimmungen gefährden könnte. Der Rat entschied deshalb gegen weitere Mittel aus dem Strassenverkehr und nahm den Minderheitsantrag mit 28 zu 15 Stimmen an. Eine Minderheit Stadler (glp, UR) wollte schliesslich die zulässigen Höchstmasse für Fahrzeuge und Fahrzeugkombinationen aufnehmen und zwar so, dass sogenannte Gigaliner (mit einer Länge von 25 Metern und einem Gewicht von bis zu 60 Tonnen) nicht zugelassen würden. Gegen diesen Vorschlag wurde vorgebracht, dass die Gesetzesebene der falsche Ort sei, um die Dimensionen von Fahrzeugen zu regeln und er wurde entsprechend mit 23 zu 15 Stimmen abgelehnt. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat das Bundesgesetz einstimmig (bei 7 Enthaltungen) an. In der Debatte des Bundesbeschlusses zum Gesamtkredit forderte der Mehrheitsantrag der KVF-SR eine Erhöhung der Beiträge an Massnahmen in Italien (Lötschberg-Simplon-Linie) um zusätzliche CHF 50 Mio. Dagegen wurde von Bundesrätin Leuthard eingewendet, dass die Schweiz mit Italien in Verhandlungen stehe und es taktisch falsch sei, den gesprochenen Betrag noch vor Abschluss der Verhandlungen aufzustocken. Zudem sei es unschön gegenüber jenen Kantonen, deren Anliegen zu FABI aus finanziellen Gründen zurückgestellt worden seien. Bei je 21 Stimmen für und gegen den Mehrheitsantrag entschied der Stichentscheid des Präsidenten für den Mehrheitsantrag. Die Ausgabenbremse wurde mit 24 zu 18 Stimmen gelöst und in der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Bundesbeschluss zum Gesamtkredit mit 26 zu 15 Stimmen an. Am 5. Dezember trat der Nationalrat ebenfalls ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein. Im Nationalrat wurden die gleichen Punkte diskutiert wie im Ständerat. Die grosse Kammer folgte ihrer Schwester in der allgemeinen Formulierung des Geltungsbereichs entgegen einem Minderheitenantrag Binder (svp, ZH), welcher die Zustimmung zur bundesrätlichen Fassung forderte, mit 111 zu 73 Stimmen. Wie im Ständerat waren auch im Nationalrat die Beiträge an Italien umstritten: Während der Mehrheitsantrag der KVF-NR die Zustimmung zur ständerätlichen Fassung beantragte, forderte eine Minderheit 1 Binder (svp, ZH), dass der Bundesrat zwar selbständig Darlehen an Italien vergeben dürfe, für A-fonds-perdu-Beiträge aber die Zustimmung der Bundesversammlung vorzusehen sei. Eine Minderheit 2 Binder (svp, ZH) forderte die integrale Streichung des Artikels zu Beiträgen an Italien. Begründet wurde dies mit dem Territorialprinzip: Die Schweiz solle nur auf Schweizer Boden investieren. Dem wurde von grünliberaler, sozialdemokratischer und grüner Seite entgegengehalten, dass die NEAT ohne Anschluss im Süden nicht den vollen Nutzen zur Verkehrsverlagerung entfalten könne. Der Mehrheitsantrag wurde den beiden Minderheitsanträgen deutlich vorgezogen, Gegenstimmen kamen fast ausschliesslich aus der SVP-Fraktion. Die Ausgabe wurde mit 138 zu 48 Stimmen angenommen, nur die SVP-Fraktion trat auf die Ausgabenbremse. Eine Minderheit Hardegger (sp, ZH) verlangte die Aufnahme von Höchstmassen von Fahrzeugen und Fahrzeugkombinationen in Artikel 9 des Strassenverkehrsgesetzes sowie einen entsprechenden Verweis im Bundesgesetz zum 4-Meter-Korridor. Wie schon im Ständerat wurde dagegengehalten, dass dafür die Verordnungs- und nicht die Gesetzesebene vorgesehen sei. Der Nationalrat nahm den Minderheitenantrag Hardegger trotzdem mit 119 zu 60 Stimmen an. In der Gesamtabstimmung wurde das Bundesgesetz einstimmig mit 178 Stimmen bei 2 Enthaltungen angenommen. In der Debatte zum Bundesbeschluss über den Gesamtkredit verlangte eine Minderheit Huber (fdp, UR), der bundesrätlichen Vorlage nachzukommen und die vom Ständerat eingebrachten CHF 50 Mio. für Massnahmen in Italien auf der Lötschberg-Simplon-Linie zu streichen. Der Nationalrat folgte aber seiner Kommission und nahm den Bundesbeschluss im Sinne des Ständerates mit 104 gegen 72 Stimmen an, wobei die Gegenstimmen aus den Fraktionen von FDP und SVP stammten. Die Ausgabenbremse wurde gelöst und mit 115 zu 67 Stimmen wurde das Geschäft angenommen. Am 10. Dezember verhandelte der Ständerat die Differenz und folgte dem Nationalrat darin, die Höchstmasse von Fahrzeugen nicht ins Bundesgesetz zum 4-Meter-Korridor sondern ins Strassenverkehrsgesetz zu schreiben. In der Schlussabstimmung vom 13. Dezember nahm der Ständerat die Vorlage mit 37 zu 1 Stimme an, der Nationalrat mit 143 zu 36 Stimmen. Die Gegenstimmen kamen ausschliesslich aus der SVP-Fraktion.