In der Sommersession 2021 beugte sich der Ständerat als Erstrat über das Bundesgesetz über den unterirdischen Gütertransport. Er stimmte dabei im Grossen und Ganzen der Vorlage des Bundesrates zu, wich aber in einigen wenigen Punkten von der bundesrätlichen Version ab.
Die Eintretensdebatte war geprägt von lobenden Worten seitens der Bürgerlichen für das geplante Projekt «Cargo sous terrain» (CST), wobei der Ständerat ja nur über die dafür nötigen gesetzlichen Rahmenbedingungen zu befinden hatte. Das Projekt wurde als «innovativ» (Wicki (fdp, NW), Engler (mitte, GR), Knecht (svp, AG)), «exzellent» (Français (fdp, VD)) und «historisch» (Bischof (mitte, SO)) bezeichnet – die übrigen Fraktionen blieben in der Eintretensdebatte ohne Wortmeldungen. Verkehrsministerin Sommaruga würdigte das Projekt ebenfalls und unterstrich, dass es beim vorliegenden Gesetzesvorhaben nicht darum gehe, dieses Infrastrukturprojekt selber zu erschaffen. Es sei vielmehr ein Ermächtigungsgesetz, damit von privater Seite her gebaut werden könne. Zudem müsse diese neue Infrastruktur mit der bestehenden Strassen- und Schieneninfrastruktur optimal abgestimmt werden. Das Gesetz regle folglich die Rahmenbedingungen für die Errichtung und den Betrieb der unterirdischen Gütertransportanlage sowie für den Betrieb von Transportfahrzeugen. Gemäss dem Gesetzesentwurf sollen unterirdische Gütertransportanlagen in den Sachplan Verkehr des Bundes Eingang finden, und zwar als eigenständiger Teil. Damit werde unter anderem die Koordination unter den beteiligten Kantonen gewährleistet. Sommaruga betonte auch, dass das vorliegende Gesetz nicht extra für CST gemacht worden sei. Das Gesetz gelte vielmehr für jeden Projektträger, der einen unterirdischen Gütertransport bereitstellen wolle. Auch müssten die angebotenen Transportdienstleistungen diskriminierungsfrei zugänglich sein. Bei Streitigkeiten rund um diese Diskriminierungsfreiheit solle die Railcom – die Regulierungsbehörde für den Eisenbahnverkehr in der Schweiz – zuständig sein. Schliesslich solle über eine Spezialgesetzgebung sichergestellt werden, «dass über die gesamte Lebensdauer der Anlage hinweg eine Schweizer Mehrheit an deren Eigentum besteht».
Im Rahmen der Detailberatung wich die kleine Kammer in vier Punkten von der Vorlage des Bundesrates ab. Diese Punkte betrafen die Themen Diskriminierungsverbot, öffentliche Auflage des Baugesuchs, die Stellungnahme der Kantone zum Baugesuch und den Rückbau der Infrastruktur.
In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage einstimmig mit 39 Stimmen und einer Enthaltung angenommen.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.