Neben dem politischen gab es auch ein rechtliches Nachspiel in der Affäre zu der Schweizer Hochseeflotte. Bereits im Jahr 2016 hatte die EFK eine Strafanzeige wegen Unregelmässigkeiten bei den Bürgschaften eingereicht. Die Bundesanwaltschaft stellte das entsprechende Verfahren jedoch wegen fehlenden hinreichenden Anfangsverdachts und Verjährung vieler Vorwürfe ein. Dies kritisierten verschiedene Juristen später gegenüber den Medien, da eine Nichtanhandnahme-Verfügung nur in «sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen» möglich sei. Im August 2017 reichte auch Johann Schneider-Ammann Strafanzeige gegen die mutmasslichen Urheber des Millionenschadens ein, woraufhin die Bundesanwaltschaft das Verfahren mit neuem Beweismaterial und neuen Unterlagen wieder aufnahm. Die Bundesanwaltschaft konzentrierte ihre Untersuchungen gemäss Medien vor allem auf die Rolle von Michael Eichmann, dem ehemaligen BWL-Direktor, dem Amtsmissbrauch und ungetreue Geschäftsführung vorgeworfen wurden. Dabei war jedoch lange Zeit von Seiten der Bundesanwaltschaft kaum etwas zum Verfahren zu vernehmen – offenbar hatte sie Eichmann auf Anfrage der Medien bis Juni 2018 noch nicht befragt –, was zu Kritik von Seiten der Presse führte, insbesondere da im Laufe der Zeit immer mehr Informationen zu möglichen Ungereimtheiten im BWL ans Licht kamen. So berichteten die Medien von einem Vertrag zwischen der SCL-Reederei und einer kroatischen Werft für eine Rückzahlung von Projektkosten über CHF 12 Mio. für vier Schiffe sowie von zwei identischen Kaufverträgen für Schiffe, die sich lediglich im eingetragenen Kaufpreis unterschieden. Nach seiner zweiten Interpellation habe die Bundesanwaltschaft hingegen Ulrich Giezendanner (svp, AG; Ip. 18.3645) trotz seiner Immunität aufgeboten und aufgefordert, seine Informationen zu präzisieren und den Namen seines Informanten zu nennen, was dieser mit Verweis darauf, dass Bundesanwalt Michael Lauber «seine Arbeit gefälligst selber machen» solle, jedoch nicht tat.
Die Untersuchung zum Eigentümer der SCT-SCL-Gruppe, Hansjörg Grunder, übernahm die Abteilung Wirtschaftsdelikte der Berner Staatsanwaltschaft. Diese zeigte sich gemäss Medien deutlich aktiver als die Bundesanwaltschaft und gab Ende Juni 2018 bekannt, eine Person – die Medien vermuteten, es sei Grunder – verhaftet zu haben. Dabei habe sie auch Hausdurchsuchungen vorgenommen und dabei umfangreiche Akten und Vermögenswerte beschlagnahmt. Es bestehe der «Verdacht, dass die Täterschaft bei der Einreichung von Bürgschaftsgesuchen für die Finanzierung von Hochseeschiffen überhöhte Bau- und Erwerbspreise geltend gemacht hat, um widerrechtlich in den Genuss zu hoher Bürgschaften zu gelangen», wie die Staatsanwaltschaft verlauten liess. In der Folge erstellte sie Anzeige wegen Verdachts auf Leistungsbetrug und Beamtenbestechung. Mitte Dezember gab die «Nordwestschweiz» schliesslich bekannt, dass die Berner Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsdelikte Anklage gegen Grunder wegen Betrugs zum Nachteil des Bundes, Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsführung erhoben habe. Der Bund trete als Privatkläger auf, um seine finanziellen Interessen zu wahren. Konkret solle Grunder seit 2005 in fünf Fällen zu hohe Bau- und Erwerbspreise für Hochseeschiffe vorgetäuscht haben, um überhöhte Bürgschaften für die Schiffe zu erhalten – es gehe um eine Deliktsumme von CHF 130 Mio. Zusätzliche Fälle seien zudem verjährt. Grunder bestritt die Vorwürfe und die Medien betonten, dass für ihn und Michael Eichmann die Unschuldsvermutung gelte.

Am 6. Februar 2018 teilte Peter Füglistaler, Direktor des Bundesamtes für Verkehr, mit, die Postauto AG habe zwischen 2007 und 2015 rund CHF 78 Mio. an Subventionen ertrogen. Dabei habe die Postauto AG Gewinne, die auf einigen Linien erwirtschaftet werden konnten, in andere Sparten verschoben und mit fingierten Kosten eine tiefere Wirtschaftlichkeit vorgetäuscht, um mehr Subventionen zu erhalten. Am selben Tag nahm Post-Chefin Susanne Ruoff zum sogenannten Postauto-Skandal Stellung. Sie bedaure die Vorgänge und hielt fest, dass sie erst im November 2017 von den Vorwürfen erfahren und danach vollkommene Transparenz geschaffen habe. Die Post habe eine interne Untersuchung eröffnet und werde mit allen Behörden kooperieren, um die Angelegenheit zu klären. Die CHF 78 Mio. werde die Post zurückzahlen. Der Leiter und der Finanzchef der Postauto AG mussten das Unternehmen per sofort verlassen. Auch die Politik reagierte auf den aufgedeckten Skandal: Die Präsidentin der KVF-NR, Nationalrätin Edith Graf-Litscher (sp, TG) zeigte sich enttäuscht, appellierte an die Verantwortung der Post als Bundesbetrieb und kündigte an, die Kommission werde sich im März mit der Angelegenheit befassen.
Schon am 8. Februar kamen weitere Ungereimtheiten ans Licht. So wurde bekannt, dass einige Kantone bereits 2011/2012 vom Bundesamt für Verkehr (BAV) deutlich gefordert hatten, die Verwaltung der Postauto AG gründlich zu überprüfen. Die Kantone Bern, Jura, Waadt und Neuenburg schrieben in ihrem gemeinsamen Brief, die Postauto AG weise Mängel in der Transparenz auf, die eine Einschätzung der wahren finanziellen Situation verunmöglichten. Das BAV hatte darauf nach einer Untersuchung rund CHF 13.7 Mio. von der Postauto AG zurückgefordert, ohne jedoch das Ausmass der Umbuchungstricks erkannt zu haben. Dieses sei dem BAV erst im Rahmen einer Reorganisation der Postauto AG aufgefallen. In Erklärungsnotstand geriet auch die Revisionsgesellschaft KPMG, welcher in den jährlichen Revisionen keine Ungereimtheiten aufgefallen waren. Den grössten Wirbel erzeugte aber der „Blick“, der schrieb, Post-Chefin Ruoff habe durch eine Aktennotiz schon seit 2013 von Kostenumbuchungen zu Lasten des öffentlich finanzierten Verkehrs gewusst. Ruoff beharrte jedoch auf ihrer Aussage, sie habe erst 2017 davon erfahren.
Am 14. Februar beschloss der Verwaltungsrat der Post, Susanne Ruoff als Post-Chefin im Amt zu belassen, mindestens bis zum Abschluss der Untersuchungen. Der Verwaltungsrat teilte weiter mit, dass die Boni von Ruoff und der Geschäftsleitung der Postauto AG für das vergangene Jahr vorerst nicht ausbezahlt würden. Zudem entschied der Verwaltungsrat, künftig auf ein Gewinnziel für die Postauto-Sparte zu verzichten. Zuvor liessen Medienberichte den Verdacht aufkommen, die Führung der Postauto AG habe sich unlauterer Methoden bedient, um den von der Post-Führung geforderten Gewinn erzielen zu können.
Ebenfalls am 14. Februar reichte das BAV eine Strafanzeige ein. Bundesanwalt Michael Lauber und der Generalstaatsanwalt des Kantons Bern, Michel-André Fels, lehnten es am 21. Februar jedoch ab, die Strafanzeige anzunehmen, da bei Subventionsbetrug das zuständige Amt zu verfolgen und beurteilen habe. Das BAV teilte mit, es habe keine Kapazitäten zur Verfolgung des Falls. Der Bundesrat betraute deshalb Ende Februar das Bundesamt für Polizei (Fedpol) mit der Untersuchung. Die Post rief im Februar eine Expertengruppe ins Leben, um die interne Untersuchung durchzuführen. Weil diese dem Verwaltungsratspräsidenten Urs Schwaller unterstellt war, wurde die Unabhängigkeit der Expertengruppe von Medien und Politik in Frage gestellt.