Im September 2018 gaben das BAV, die Post und die Konferenz der kantonalen Direktoren des öffentlichen Verkehrs bekannt, eine Rahmenvereinbarung zur Zurückzahlung der von PostAuto unrechtmässig erhaltenen Subventionsgelder («Postauto-Skandal») ausgearbeitet zu haben. Die Summe belief sich auf CHF 188.1 Mio.: CHF 90.5 Mio. musste die Post für die Zeit von 2007 bis 2015 CHF für die Sparte Regionalverkehr zurückzahlen, CHF 16.6 Mio. für die gleiche Periode für Rückleistungen für ungerechtfertigte Umbuchungen im Orts- und Auftragsverkehr und CHF 26.8 Mio. für Strafzinsen. Für die ab 2016 mit einer eigens eingeführten Holdingstruktur und durch überhöhte Transferpreise erlangten unrechtmässigen Subventionsbezüge muss die Post weitere CHF 54.3 Mio. an Bund und Kantone zurückzahlen.
Zudem bezahlt die Post freiwillig zusätzliche CHF 17.2 Mio., um unrechtmässige Bezüge vor 2007 abzugelten. Diese wären rechtlich verjährt, doch die Post wolle guten Willen zeigen und «Vertrauen schaffen für einen Neuanfang», so Verwaltungsratspräsident Schwaller. Der Gesamtbetrag der Rückzahlungen beläuft sich damit auf CHF 205.1 Mio.
Die Post gab am 18. Dezember 2018 bekannt, dass alle Kantone und der Bund die Vereinbarung unterschrieben hätten und die Post die Beträge innerhalb von 30 Tagen zurückzahlen werde.

Als Nachfolger der im Zuge des Postauto-Skandals zurückgetretenen Post-Chefin Susanne Ruoff und dem interimistisch führenden Ulrich Hurni gab die Post im November 2018 Roberto Cirillo bekannt. Der schweizerisch-italienische Doppelbürger, der schon in verschiedenen Ländern Führungspositionen bekleidet hatte, in der Schweiz aber noch weitgehend unbekannt war, werde per April 2019 die Führung der Post AG übernehmen.
Bereits Ende Juni 2018 hatte die Post bekanntgegeben, dass Christian Plüss per 1.1.2019 die Leitung der von Thomas Baur interimistisch geführten PostAuto übernehmen wird.

Im September 2018 nahm der Bundesrat Stellung zum Bericht der GPK vom Juni 2018 zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Dabei pflichtete er dem Bericht weitgehend bei und nahm die Kritik an der Auftragserteilung des WBF an die EFK sowie an deren Auftragsabwicklung zur Kenntnis. In der Zwischenzeit habe das WBF auf die im Bericht angesprochenen Probleme beim BWL reagiert, unter anderem durch laufende Information des Bundesrates und der FinDel über die Entwicklungen bezüglich der Hochseeschifffahrts-Bürgschaften.
Der Bundesrat nahm auch zu den einzelnen Empfehlungen Stellung. Eine Verbesserung der Protokollierung (Empfehlung 1) erachtete er als sinnvoll, eine Änderung der Rechtsgrundlagen sei dazu aber nicht nötig. Die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL (Empfehlung 2) habe er bereits umgesetzt; hier habe er die Rolle des Delegierten durch Aufstockung seiner Anstellung gestärkt, mehr unabhängige Schifffahrtsexpertinnen und -experten hinzugezogen, die Aufteilung der Zuständigkeiten geklärt und ein umfassendes Massnahmenpaket beschlossen. Bei den Empfehlungen zu den Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-6) wolle er die Bundeskanzlei sowie das Bundesamt für Justiz mit einer Präzisierung in der RVOV und der Abklärung weiterer Fragen bis Ende 2019 beauftragen; die Prüfung der Schaffung eines neuen Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen sei hingegen nicht nötig. Zudem pflichtete er den GPK bei, dass Eventualverpflichtungen wie Bürgschaften zukünftig ins Risikomanagement aufgenommen werden müssen (Empfehlung 7). Einheitliche Vorgaben zur Gewährung von Bürgschaften (Empfehlung 8) seien hingegen aufgrund der Heterogenität der Bürgschaften nicht möglich. Aufgrund neuer Weisungen solle aber dem Risikoaspekt zukünftig genügend Rechnung getragen werden.

Da sich der Handlungsbedarf bezüglich der Schaffung eines Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen nachträglich noch einmal verdeutlicht habe, reichte die GPK-NR im November 2019 diesbezüglich eine Motion ein.

Im Juni 2018 reichte Thierry Burkart (fdp, AG) ein Postulat betreffend die Schnittstellen zwischen Nationalstrassen und dem nachgelagerten Strassennetz ein. Burkart forderte den Bundesrat darin auf zu erläutern, wie er mit der zunehmenden Verkehrsüberlastung zwischen den Nationalstrassen und dem nachgelagerten lokalen Strassennetz umzugehen gedenke.
Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulats. Dieses wurde in der Herbstsession 2018 vom Nationalrat stillschweigend gutgeheissen.

Im Oktober 2017 hatte das Bundesamt für Verkehr bekannt gegeben, dass die Fernverkehrskonzession der SBB um zwei Jahre verlängert würde und das Amt 2018 über die Vergabe der Fernverkehrskonzession per Ende 2019 entscheiden werde. Aufgrund der konkurrierenden Gesuche von SBB und BLS brauche es vertiefte Abklärungen, hielt BAV-Direktor Füglistaler fest.
Im Mai 2018 legte das BAV einen Kompromissvorschlag vor, welcher der BLS statt der ersuchten fünf Linien nur die beiden Linien Bern-Biel und Bern-Olten zugestanden hätte. Die BLS lehnte dies ab und argumentierte, dass zwei RegioExpress-Linien nicht ausreichten, um einen wirklichen Mehrwert für die Passagiere zu schaffen.
Im Juni 2018 entschied das BAV jedoch nach dem vorgängig gemachten Kompromissvorschlag: Es erteilte der BLS die Fernverkehrskonzession für die RegioExpress-Linien Bern-Biel und Bern-Olten und beliess die übrigen Linien in der Konzession der SBB. Beide Bahngesellschaften waren darüber nicht glücklich: Die BLS hatte ja fünf Linien (davon zwei Intercity-Linien) beantragt und war über den Entscheid enttäuscht. Die SBB war unzufrieden mit dem Entscheid, weil sie die Fernverkehrskonzession nicht teilen wollte. Sie reichten deswegen im Juli 2018 beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen den Entscheid des BAV ein. Die Vergabe sei willkürlich, zudem sei die Aufteilung der Konzession ein Systemwechsel, der ohne politischen Entscheid vorgenommen werde, aber eines solchen bedürfe.

Neben den verschiedenen parlamentarischen Vorstössen wurde das Parlament auch mit Untersuchungen seiner Kontrollorgane, konkret der GPK und der FinDel aktiv. Letztere beschäftigte sich mit der Prüfung des Verkaufsprozesses, zudem untersuchte die EFK die Abläufe und Verantwortlichkeiten im BWL.
Im September 2017 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen der eidgenössischen Räte bekannt, Fragen zur departementalen Aufsicht und zum Risikomanagement im Rahmen dieser Bundesbürgschaften nachzugehen. Dazu setzten sie eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Yvonne Feri (sp, AG) ein, die den Auftrag erhielt, den Handlungsbedarf seitens der parlamentarischen Oberaufsicht zu prüfen. Die Arbeitsgruppe der GPK überprüfte in der Folge die Aufsicht des WBF über das BWL, des EDA über das eidgenössische Seeschifffahrtsamt (SSA), die Kontrolle des BWL durch die EFK sowie die Information des Gesamtbundesrates.
Im Juni 2018 erschien der Bericht der Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Nach Anhörung des Vorstehers sowie des Generalsekretärs des WBF und gegenwärtiger und ehemaliger Vertretenden des BWL und der EFK und nach Analyse der relevanten rechtlichen Vorgaben und Unterlagen wie Sitzungsprotokollen, Informationsnotizen und Riskmaps aus dem Risikoreporting des Bundes stellten die GPK fest, dass das BWL seine Bringschuld durch verspätete Reaktion auf die Probleme und ungenügende Information des Departements «nicht angemessen erfüllt» habe. Die Hauptverantwortung orteten die GPK jedoch im WBF. Seit 2011 hätten konkrete Hinweise vorgelegen, dass die SCT-SCL-Gruppe in finanziellen Schwierigkeiten sei. Das BWL habe die Probleme heruntergespielt, erst im Juni 2015 habe das WBF den Ernst der Lage begriffen und in der Folge angemessen reagiert. Dennoch seien die Schiffe erst 2017 verkauft worden. Neben Versäumnissen stellten die GPK auch Unregelmässigkeiten fest: So existierten von Amtssitzungen vor 2013 keine Protokolle mehr, obwohl es diese gegeben haben soll; hier liege also ein Verstoss gegen das Archivierungsgesetz vor. Auch die Einsetzung der EFK für die Administrativuntersuchung im Jahr 2016 kritisierte der Bericht; die EFK sei voreingenommen und nicht unabhängig gewesen. Die EFK ihrerseits habe in der Folge das rechtliche Gehör des damaligen BWL-Stabschefs verletzt, indem sie diesen beschuldigt, aber nicht vernommen habe. Der Bericht der EFK durfte in der Folge zum Ärger des Parlaments aufgrund von Einsprachen zweier Personen nicht veröffentlicht werden; die beiden zogen ihre Beschwerde bis ans Bundesverfassungsgericht weiter. Da «die EFK dieses Vorgehen auch heute noch als richtig erachtet und die Problematik bezüglich ihrer fehlenden Unabhängigkeit negiert», bezweifelten die GPK gar die fachliche Eignung der EFK als Untersuchungsorgan für Administrativuntersuchungen.
In der Folge formulierten die GPK acht Empfehlungen an den Bundesrat und luden diesen wie auch die EFK zu Stellungnahmen ein. Die Empfehlungen betrafen eine adäquate Protokollierung, die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL, verschiedene Kriterien und Vorschläge bezüglich Administrativuntersuchungen sowie die Überprüfung des weiteren Vorgehens bezüglich Bürgschaften.
Die Medien griffen in der Folge vor allem eine Aussage von Bundesrat Schneider-Ammann im Bericht auf, gemäss der das Risikomanagement des Amtes sowie des Departements ungenügend gewesen seien. Ihm selbst sowie dem Generalsekretariat des WBF habe das Bewusstsein für die Tragweite der Risiken sowie für das Schadenspotenzial der Hochseeschifffahrtsbürgschaften gefehlt.

Der Ständerat lehnte im Juni 2018 eine Motion Comte (fdp, NE) zur Gurtpflicht bei Schülertransporten mit 24 zu 12 Stimmen (4 Enthaltungen) ab. Für den Personentransport zugelassene Fahrzeuge ohne Gurte, die auf konzessionierten Strecken unterwegs sind, würden nur in Ausnahmefällen Schülerinnen und Schüler transportieren, hielt Bundesrätin Leuthard im Plenum fest und begründete damit ihren Antrag zur Ablehnung der Motion, welchem der Rat schliesslich folgte.

Im März 2018 verlangte Ständerat Hêche (sp, JU) mit einem Postulat den Ausbau der Bahnlinie Basel-Biel für Doppelstockzüge. Der Ausbau der Tunnels zwischen Basel und Biel via Delsberg und Laufen solle schnellstmöglich vorangetrieben werden. Support erhielt das Postulat des jurassischen Standesvertreters aus Basel: Claude Janiak (sp, BL) drückte seinen Ärger darüber aus, wie die SBB und auch das Bundesamt für Verkehr die Nordwestschweiz vernachlässigten. Sekundiert wurde er von der Stadtbaslerin Anita Fetz (sp, BS), welche ins gleiche Horn stiess.
Bundesrätin Leuthard wies im Rat darauf hin, dass der Ausbau der besagten Strecke in der Planung des Ausbauschritts 2030/35 des Strategischen Entwicklungsprogramms der Bahninfrastruktur enthalten und der Abschnitt Biel-Moutier bereits saniert und für Doppelstockzüge befahrbar sei. Insofern seien die Anliegen des Postulats bereits erfüllt. Die Ständekammer wollte das Anliegen aber unterstützen und überwies das Postulat im Juni 2018 mit 30 zu 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Bundesrätin Leuthard gab sich im Ständerat überrascht über den Bericht der KVF-SR zur Motion «Nationales Bus-Terminal-Konzept» der KVF-NR. Es seien gerade Kantonsvertreter und der Städteverband gewesen, die mit dem Wunsch nach Unterstützung an sie herangetreten waren, weshalb sie die Argumentation der KVF-SR und den Antrag zur Ablehnung der Motion nicht nachvollziehen könne, gab Bundesrätin Leuthard zu Protokoll. Die KVF-SR hatte im April entschieden, ihrem Rat die Ablehnung zu empfehlen, um die Kompetenzenordnung zwischen Bund, Kantonen und Gemeinden nicht zu stören. Die Verkehrsministerin vermutete hinter der ablehnenden Haltung generelle Bedenken gegenüber dem Fernbus-Verkehr und pries den Bund als Dienstleister an: Der Bund wolle bloss den Kantonen und Städten dabei helfen, Planung, Bau und Betrieb von Bus-Terminals zu koordinieren.
Ohne weitere Voten schritt die kleine Kammer zur Abstimmung, in der beim Stand von 19 gegen 19 Stimmen (bei einer Enthaltung) Ständeratspräsidentin Keller-Sutter (fdp, SG) mit dem Stichentscheid die Annahme der Motion erreichte. Einem Ordnungsantrag von Ständerätin Savary (sp, VD), die vermutete, es hätten mehrere Ratsmitglieder fälschlicherweise zugestimmt, wurde stattgegeben. Und in der Tat änderte sich der Entscheid in der Neuauflage der Abstimmung: Nur 7 Stimmen nahmen die Motion an, 31 Stimmen lehnten sie ab (2 Enthaltungen) – womit die Motion vom Tisch war.

Am Sonntag, 10. Juni 2018 trat die Postchefin Susanne Ruoff zurück – am Tag bevor der interne Bericht zum Postauto-Skandal veröffentlicht wurde. Obschon der Bericht keine Beweise enthalte, dass sie von den Umbuchungen in der PostAuto-Buchhaltung gewusst habe, übernehme sie die Verantwortung, erklärte Susanne Ruoff.
Der Rücktritt der Postchefin steigerte das ohnehin grosse öffentliche Interesse, mit welchem die Veröffentlichung des internen Untersuchungsberichts von Post-Verwaltungsratspräsident Urs Schwaller am 11. Juni 2018 erwartet wurde. Alt-Ständerat Schwaller, der seit 2016 im Verwaltungsrat der Post sitzt, gab bei der Präsentation des Untersuchungsberichts bekannt, dass die gesamte Geschäftsleitung der PostAuto zurücktrete. Interimistisch würden Ulrich Hurni die Konzernleitung der Post und Thomas Baur die Geschäftsführung der PostAuto übernehmen. Der Bericht zeigte auf, wie die PostAuto ihre Buchungsstruktur anpasste, mit dem alleinigen Ziel, Gewinne aus der Bilanz zu buchen, um weitere Subventionsansprüche zu legitimieren. Der Bericht warf die Frage auf, inwiefern frühere Führungspersonen der Post, so etwa Peter Hasler, Verwaltungsratspräsident der Post von 2010 bis 2016, Ulrich Gygi (Post-Konzernleiter von 2000 bis 2009) und Jürg Bucher (Post-Konzernleiter von 2009 bis 2012) Mitwissende waren. Zwar durften wegen der laufenden Untersuchung des Fedpol für den internen Bericht keine Befragungen durchgeführt werden, allerdings hielt der Bericht fest, die Geschäftsführung habe die vorgeschlagenen Umbuchungen jeweils genehmigt. Im gleichzeitig mit dem internen Bericht veröffentlichten Expertengutachten wurden Fragen betreffend die Rolle des Bundesamtes für Verkehr aufgeworfen: Preisüberwacher Stefan Meierhans hatte schon 2012 bei der Postgeschäftsleitung nachgefragt, wo Gewinne der PostAuto «verschwunden» seien, habe jedoch keine zufriedenstellende Antwort erhalten. Er sei deshalb auch beim BAV vorstellig geworden. Nach einem Hearing mit Post, BAV und Meierhans, sei der Ball beim BAV gelegen – dieses habe jedoch nichts weiter unternommen, wurde im Expertengutachten vermerkt. Es gebe jedoch keine Hinweise auf eine «absichtliche Untätigkeit» des BAV. Bundesrätin Leuthard kündigte in den Medien an, beim BAV ein Audit durchzuführen, um zu sehen, weshalb die Aufsicht versagt hatte.
Postpräsident Schwaller kündigte bei der Präsentation des internen Berichts zudem an, dass sich die PostAuto aus ihren Aktivitäten in Frankreich zurückziehen werde. Dies sei ein strategischer Entscheid, erklärte Schwaller.

Nachdem im Oktober 2017 der Bericht zum Postulat Häsler (gp, BE) betreffend die Förderung des öffentlichen Verkehrs für den alpinen Raum erschienen war, wurde das Postulat im Juni 2018 auf Antrag des Bundesrat als erfüllt abgeschrieben.

Im Juni 2018 wurde das Postulat KVF-NR bezüglich eines Berichts zum internationalen Personenverkehr (Bahn/Bus) im Rahmen der Behandlung des Berichts des Bundesrates über die «Motionen und Postulate der gesetzgebenden Räte im Jahre 2017» abgeschrieben.

Die KVF-SR beschloss im April 2018, seinem Rat die Ablehnung der Motion KVF-NR für ein nationales Bus-Terminal-Konzept zu empfehlen. Die KVF-SR hielt fest, die Kompetenzen für die Planung und den Bau von Bus-Terminals lägen bei den Kantonen und Gemeinden, die Kompetenzenordnung solle nicht verändert und der Bund nicht mit zusätzlichen Aufgaben belastet werden.

In einer grossen Aussprache zu den dringlichen Interpellationen betreffend den Postauto-Skandal äusserten sich in der Frühjahrssession 2018 zahlreiche Parlamentsmitglieder. Bundesrätin Leuthard wies darauf hin, dass die Strukturen im öffentlichen Verkehr dem Willen des Parlaments entsprächen, und es sahen sich denn auch viele Nationalratsmitglieder in der Verantwortung. Kritisiert wurde die Eidgenössische Finanzkontrolle, deren Mitglieder von Nationalrat Giezendanner (svp, AG) als «Schlafmützen» bezeichnet wurden. Bürgerliche Parteien tönten an, dass die (Teil-)Privatisierung der Postauto AG ein Thema werden könnte. Stimmen aus der SP und von den Grünen zielten hingegen auf die Gewinnbestrebungen der Post und auf die Boni der Geschäftsführung. Es wurden verschiedene Motionen und parlamentarische Initiativen zum Postauto-Skandal angekündigt, etwa die von Regula Rytz (gp, BE) eingereichten Motionen 18.3364 und 18.3370 sowie ihre parlamentarische Initiative 18.418 oder die Motion 18.3051 von der BDP-Fraktion.

In Anlehnung an die Befreiung der Pistenfahrzeuge von der Mineralölsteuer reichte Nationalrat Giezendanner (svp, AG) eine Motion ein, mit der er Schweizer Lastschiffe von der Mineralölsteuer befreien wollte. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion, da die Steuerbefreiung einer unnötigen Subventionierung gleichkäme. Zudem sei der administrative Aufwand, den diese Ausnahmeregelung mit sich bringen würde, in Anbetracht des geringen Steuerbetrags nicht gerechtfertigt. Bundesrat Maurer befürchtete Ende Februar 2018 im Nationalrat, eine solche Ausnahme könnte weitere Forderungen nach sich ziehen. Der Nationalrat lehnte die Motion mit 108 zu 85 Stimmen (3 Enthaltungen) ab.

Ein «Transparentes und einheitliches Subventionssystem beim öffentlichen Verkehr als Antwort auf das Postauto-Debakel» verlangte eine Ende Februar 2018 eingereichte Motion der BDP-Fraktion. Das Beitragssystem im öffentlichen Verkehr sei so zu ändern, dass Beiträge direkt den Bestellern ausgerichtet würden und Beiträge für Buslinien grundsätzlich nur ausgerichtet würden, wenn eine Submission nach Bundesrecht (Gesetz des öffentlichen Beschaffungswesens) durchgeführt worden sei. Die BDP-Fraktion hielt den Postauto-Skandal nur für möglich, weil «die heutige Gesetzeslage für Bundesbeiträge an den öffentlichen Verkehr [...] kompliziert, intransparent, nicht marktorientiert» sei. Dies gelte es zu ändern, damit in Zukunft ähnliche Vorfälle vermieden werden könnten.

Mit einer Motion wollte Nationalrat Hadorn (sp, SO) „den McKinsey-Express bei den SBB stoppen.“ Hadorn sah im Railfit-Programm der SBB, welches unter Beizug der Unternehmensberatung McKinsey ausgearbeitet worden war, einen unannehmbaren Abbau im Service public und einen inakzeptablen Personalabbau. Er verlangte vom Bundesrat deshalb Massnahmen, um das Railfit-Programm zu stoppen. Der Bundesrat verwies in seiner Stellungnahme auf die aktuellen, grossen Veränderungen am Mobilitätsmarkt und hielt fest, dass der Bund nicht in die operative Führung der SBB eingreife. Der Nationalrat lehnte die Motion im Februar 2018 mit 135 gegen 58 Stimmen (0 Enthaltungen) ab.

Die KVF-NR verlangte in einer Motion, es sei ein nationales Bus-Terminal-Konzept zu erstellen. Der Bund müsse die zentrale Koordination bei der Umsetzung einer nationalen Fernbus-Strategie übernehmen. Ohne Koordination durch den Bund drohe ein Wildwuchs in der Infrastruktur, welcher nicht im Interesse der Kundschaft sei. Im Februar 2018, als der Nationalrat als Erstrat über die Motion befand, hielt Bundesrätin Leuthard im Plenum fest, dass der Bund eine gewisse Koordinationsfunktion erfüllen könne, die Bauherrschaft über die Haltestellen und Infrastrukturen jedoch bei den grundbesitzenden Kantonen und Gemeinden verbleibe. Mit dieser Einschränkung könne sie der Motion zustimmen. Der Rat nahm die Motion daraufhin stillschweigend an.

Am 6. Februar 2018 teilte Peter Füglistaler, Direktor des Bundesamtes für Verkehr, mit, die Postauto AG habe zwischen 2007 und 2015 rund CHF 78 Mio. an Subventionen ertrogen. Dabei habe die Postauto AG Gewinne, die auf einigen Linien erwirtschaftet werden konnten, in andere Sparten verschoben und mit fingierten Kosten eine tiefere Wirtschaftlichkeit vorgetäuscht, um mehr Subventionen zu erhalten. Am selben Tag nahm Post-Chefin Susanne Ruoff zum sogenannten Postauto-Skandal Stellung. Sie bedaure die Vorgänge und hielt fest, dass sie erst im November 2017 von den Vorwürfen erfahren und danach vollkommene Transparenz geschaffen habe. Die Post habe eine interne Untersuchung eröffnet und werde mit allen Behörden kooperieren, um die Angelegenheit zu klären. Die CHF 78 Mio. werde die Post zurückzahlen. Der Leiter und der Finanzchef der Postauto AG mussten das Unternehmen per sofort verlassen. Auch die Politik reagierte auf den aufgedeckten Skandal: Die Präsidentin der KVF-NR, Nationalrätin Edith Graf-Litscher (sp, TG) zeigte sich enttäuscht, appellierte an die Verantwortung der Post als Bundesbetrieb und kündigte an, die Kommission werde sich im März mit der Angelegenheit befassen.
Schon am 8. Februar kamen weitere Ungereimtheiten ans Licht. So wurde bekannt, dass einige Kantone bereits 2011/2012 vom Bundesamt für Verkehr (BAV) deutlich gefordert hatten, die Verwaltung der Postauto AG gründlich zu überprüfen. Die Kantone Bern, Jura, Waadt und Neuenburg schrieben in ihrem gemeinsamen Brief, die Postauto AG weise Mängel in der Transparenz auf, die eine Einschätzung der wahren finanziellen Situation verunmöglichten. Das BAV hatte darauf nach einer Untersuchung rund CHF 13.7 Mio. von der Postauto AG zurückgefordert, ohne jedoch das Ausmass der Umbuchungstricks erkannt zu haben. Dieses sei dem BAV erst im Rahmen einer Reorganisation der Postauto AG aufgefallen. In Erklärungsnotstand geriet auch die Revisionsgesellschaft KPMG, welcher in den jährlichen Revisionen keine Ungereimtheiten aufgefallen waren. Den grössten Wirbel erzeugte aber der „Blick“, der schrieb, Post-Chefin Ruoff habe durch eine Aktennotiz schon seit 2013 von Kostenumbuchungen zu Lasten des öffentlich finanzierten Verkehrs gewusst. Ruoff beharrte jedoch auf ihrer Aussage, sie habe erst 2017 davon erfahren.
Am 14. Februar beschloss der Verwaltungsrat der Post, Susanne Ruoff als Post-Chefin im Amt zu belassen, mindestens bis zum Abschluss der Untersuchungen. Der Verwaltungsrat teilte weiter mit, dass die Boni von Ruoff und der Geschäftsleitung der Postauto AG für das vergangene Jahr vorerst nicht ausbezahlt würden. Zudem entschied der Verwaltungsrat, künftig auf ein Gewinnziel für die Postauto-Sparte zu verzichten. Zuvor liessen Medienberichte den Verdacht aufkommen, die Führung der Postauto AG habe sich unlauterer Methoden bedient, um den von der Post-Führung geforderten Gewinn erzielen zu können.
Ebenfalls am 14. Februar reichte das BAV eine Strafanzeige ein. Bundesanwalt Michael Lauber und der Generalstaatsanwalt des Kantons Bern, Michel-André Fels, lehnten es am 21. Februar jedoch ab, die Strafanzeige anzunehmen, da bei Subventionsbetrug das zuständige Amt zu verfolgen und beurteilen habe. Das BAV teilte mit, es habe keine Kapazitäten zur Verfolgung des Falls. Der Bundesrat betraute deshalb Ende Februar das Bundesamt für Polizei (Fedpol) mit der Untersuchung. Die Post rief im Februar eine Expertengruppe ins Leben, um die interne Untersuchung durchzuführen. Weil diese dem Verwaltungsratspräsidenten Urs Schwaller unterstellt war, wurde die Unabhängigkeit der Expertengruppe von Medien und Politik in Frage gestellt.

Im Dezember 2017 veröffentlichte der Informationsdienst für den öffentlichen Verkehr LITRA eine Übersicht über die Finanzierung von Betrieb und Infrastruktur des öffentlichen Verkehrs. LITRA hatte diese Übersicht zusammen mit dem Verband öffentlicher Verkehr VöV erstellt. In zwei Übersichtsgrafiken wird dargestellt, welche Geldflüsse es gibt und wozu diese dienen.

Die Motion Nantermod (fdp, VS) zur Liberalisierung des Fernbusverkehrs wurde in der Wintersession 2017 vom Ständerat abgelehnt, wie es die KVF-SR ihrem Rat beantragt hatte. Während einige Stimmen im Rat wie auch Bundesrätin Leuthard Offenheit gegenüber neuen Formen des öffentlichen Verkehrs forderten, war sich der Rat einig, dass die Liberalisierung des Fernbusverkehrs nicht voraussetzungslos vonstatten gehen dürfe, wie dies von der Motion gefordert worden war.

Die KVF-SR hatte für die Beratung zur Motion Nantermod (fdp, VS) bezüglich der Liberalisierung des Fernbusverkehrs den Bericht des Bundesrates zur Motion KVF-NR vom Oktober 2017 abgewartet. Wie der Bundesrat will auch die KVF-SR am bestehenden Kabotageverbot für ausländische Transportunternehmen festhalten. Zudem sollen gemäss KVF-SR auch die Transportpflicht, die Fahrplanpflicht und die Tarifpflicht weiterhin für sämtliche Anbieter im öffentlichen Verkehr gelten. Weil eine voraussetzungslose Liberalisierung des Fernbusverkehrs weder für die Passagiere noch für den öffentlichen Verkehr als Ganzes Vorteile bringen würde, beantragte die Kommission, die Motion abzulehnen.

Im November 2017 legte der Bundesrat seinen Bericht zur Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten der SBB Cargo vor, mit dem er seinen Verpflichtungen aus dem im Rahmen der Debatte zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes angenommenen Postulat KVF-SR (15.3496) nachkam. Der Bundesrat stellte darin verschiedene Zukunftsszenarien für die SBB Cargo vor und zeigte auf, dass eine vollständige Privatisierung zur Zeit nicht angezeigt sei. Der Verwaltungsrat der SBB Cargo AG solle aber innerhalb des SBB-Konzerns gestärkt werden. Damit der Verwaltungsrat der SBB Cargo eine höhere Unabhängigkeit erhalte, sei er durch fachkundige Dritte ausserhalb der SBB zu ergänzen. Das Präsidium des Verwaltungsrats sei ebenfalls durch eine Drittperson zu besetzen. Darüber hinaus soll der Verwaltungsrat über die üblichen strategischen und geschäftsentscheidenden Kompetenzen verfügen – das Organisationsreglement der SBB sei in diesem Sinne anzupassen.

Im Oktober 2017 veröffentlichte der Bundesrat in Erfüllung der Postulate KVF-NR (14.3673) und Häsler (15.3707) sowie mit Bezugnahme auf die Motion Nantermod (15.4173) seinen Bericht zum internationalen Personenverkehr (Bahn/Bus). Der Bundesrat ging dabei insbesondere auf die Liberalisierung des Fernbusverkehrs ein. Mit dem Hinweis auf die unterschiedlichen Sozialstandards verschiedener Staaten will er das Kabotageverbot beibehalten. Fernbusse sollen das Angebot des öffentlichen Verkehrs ergänzen, ohne die bestehenden Angebote wesentlich zu konkurrenzieren. Der Bundesrat will aber nicht grundsätzlich jede Konkurrenzsituation verhindern. Beim Verkehr in Tourismusregionen sieht er keinen zusätzlichen Handlungsbedarf.

Die Motion der KVF-NR bezüglich eines Moratoriums für den Serviceabbau bei den SBB-Drittverkaufsstellen, welche im Juni 2017 im Nationalrat angenommen worden war, fand auch im Ständerat eine Mehrheit. Zwar wollte eine Mehrheit der KVF-SR die Motion ablehnen, doch eine Minderheit Häberli-Koller (cvp, TG) beantragte die Annahme und konnte sich in der Debatte mit 28 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) durchsetzen.