Im März 2019 wurde bekannt, dass das Bahnunternehmen BLS seit der Jahrtausendwende rund CHF 45 Mio. zu viel an Abgeltungen erhalten hatte. Parallelen zum Postauto-Skandal wurden von den Medien gesucht, sind jedoch nur teilweise vorhanden: Während bei PostAuto ganz gezielt Gewinne umgebucht worden waren, um Subventionen einzustreichen, tat die BLS nichts, um höhere Abgeltungen zu erhalten. Statt betrügerischer Machenschaften wie bei PostAuto lag im Fall BLS nur ein unzureichend angepasstes Zinsglättungsmodell vor. Ein Zinsglättungsmodell dient dazu, Zinskosten, die von Jahr zu Jahr stark und sprunghaft schwanken können, über die Zeit gleichmässig zu verteilen. Die Zinskosten fallen an, wenn die Transportunternehmen zur Beschaffung von neuem Rollmaterial nicht über genügend Eigenkapital verfügen und somit auf Fremdkapital angewiesen sind.
Ganz ähnlich wie im «Fall PostAuto» zeigt sich beim jüngsten Skandal das Versäumnis des Bundesamtes für Verkehr: Dort blieben Hinweise auf die Differenzen zwischen den berechneten (und vergüteten) und den effektiven Zinsen zu lange folgenlos. Ein interner Revisionsbericht ortete im Bundesamt «gravierende Mängel». BAV-Direktor Peter Füglistaler bezeichnete die Versäumnisse beim BAV als ärgerlich. Die BLS wird CHF 29 Mio. zurückzahlen. CHF 16 Mio. aus der Zeit vor 2014 liegen jedoch im Bereich der akzeptierten Schätzungenauigkeit bei Zinsmodellen, weshalb dieser Betrag nicht zurückgezahlt werden muss.

Im Oktober 2017 hatte das Bundesamt für Verkehr bekannt gegeben, dass die Fernverkehrskonzession der SBB um zwei Jahre verlängert würde und das Amt 2018 über die Vergabe der Fernverkehrskonzession per Ende 2019 entscheiden werde. Aufgrund der konkurrierenden Gesuche von SBB und BLS brauche es vertiefte Abklärungen, hielt BAV-Direktor Füglistaler fest.
Im Mai 2018 legte das BAV einen Kompromissvorschlag vor, welcher der BLS statt der ersuchten fünf Linien nur die beiden Linien Bern-Biel und Bern-Olten zugestanden hätte. Die BLS lehnte dies ab und argumentierte, dass zwei RegioExpress-Linien nicht ausreichten, um einen wirklichen Mehrwert für die Passagiere zu schaffen.
Im Juni 2018 entschied das BAV jedoch nach dem vorgängig gemachten Kompromissvorschlag: Es erteilte der BLS die Fernverkehrskonzession für die RegioExpress-Linien Bern-Biel und Bern-Olten und beliess die übrigen Linien in der Konzession der SBB. Beide Bahngesellschaften waren darüber nicht glücklich: Die BLS hatte ja fünf Linien (davon zwei Intercity-Linien) beantragt und war über den Entscheid enttäuscht. Die SBB war unzufrieden mit dem Entscheid, weil sie die Fernverkehrskonzession nicht teilen wollte. Sie reichten deswegen im Juli 2018 beim Bundesverwaltungsgericht eine Beschwerde gegen den Entscheid des BAV ein. Die Vergabe sei willkürlich, zudem sei die Aufteilung der Konzession ein Systemwechsel, der ohne politischen Entscheid vorgenommen werde, aber eines solchen bedürfe.