Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.

Pour répondre aux exigences du chef du DFTCE et de la délégation des finances, les CFF ont présenté en juin leur projet nommé «Rail 2000-1re étape», où le projet initial est revu à la baisse pour ne plus coûter qu'environ CHF 7.4 milliards. Ainsi, la proposition de relier les principaux noeuds ferroviaires helvétiques en moins d'une heure et à une cadence de trains de 30 minutes n'est maintenue que pour les lignes où la demande est suffisante. De la sorte, les CFF abandonnent ou renvoient une bonne partie de la construction des tronçons prévus tels que les lignes Kloten-Winterthour ou Muttenz-Olten. En conséquence, il subsistera essentiellement la ligne Mattstetten-Rothrist, utile pour la liaison Berne-Olten et pour absorber le trafic du nouveau Lötschberg, le tunnel de Vauderens entre Lausanne et Fribourg et le triplement de la ligne Genève-Lausanne jusqu'à Coppet. Pour compenser l'abandon de la construction de certaines infrastructures lourdes, les CFF ont annoncé vouloir améliorer leur matériel roulant, notamment en acquérant des rames de type Pendolino et des wagons à deux étages, ce qui devrait permettre de réduire les temps de trajet et accroître les capacités. En outre, la ligne du pied du Jura serait mise à égalité avec celle passant par Fribourg et Berne en termes de temps de parcours. Selon les CFF, ce nouveau programme respecterait les objectifs de Rail 2000; l'offre ferroviaire serait substantiellement améliorée avec une diminution du temps de parcours de huit pour cent entre les 23 villes principales de Suisse et avec une augmentation de la capacité de 13 pour cent. Des critiques sont notamment venues de Bâle, de Thurgovie, de Lucerne et de la Suisse orientale en général. Le gouvernement Saint-Gallois s'est clairement opposé au projet des CFF.

Pour tenter d'aplanir ce différend, une rencontre entre les quatre partis gouvernementaux et le Conseil fédéral s'est saisie du problème. Il a été proposé, eu égard aux difficultés financières de la Confédération, de procéder à une réalisation par étape des NLFA. Un tel échelonnement pourrait s'opérer en donnant la priorité à la construction des deux tunnels et en repoussant la réalisation des voies d'accès. Dans le plan financier 1995–1997, le gouvernement a d'ailleurs réduit de 20 pour cent le montant prévu pour les CFF et le BLS.

En fin d'année, celui-ci fut encore alimenté par Franz Jaeger (adi, SG), professeur d'économie à St-Gall, qui a considéré, dans un rapport commandé par le DFTCE, que les NLFA pouvaient être financées et seraient rentables. Cela fut immédiatement contesté par le DFF. Selon ce département, le montant final de la facture sera beaucoup plus élevé que prévu. De plus, la demande devrait être inférieure à ce que prévoit le DFTCE. Un échelonnement consisterait pour le DFF à renoncer à certains tronçons, peut-être même au Lötschberg. Adolf Ogi a maintenu sa position en revendiquant une égalité de traitement entre les deux axes; pour lui, outre que cela est conforme à une décision populaire, cela permet de ne pas voir le problème que sous le seul angle financier, mais de prendre en compte les dimensions politique, environnementale et européenne du projet.

En outre, par l'adoption des conventions nécessaires, le Conseil fédéral a officiellement mandaté en septembre les CFF et le BLS pour la construction et le financement des NLFA. Le BLS a cependant tardé à signer, exigeant quelques discussions complémentaires. Le canton de Berne a ainsi déclaré qu'il souhaitait que le gouvernement assure que le BLS ne serait pas tenu d'assumer les déficits possibles, et que ceux-ci seraient pris en charge par la Confédération, ce qui fut fait.

La commission des transports du Conseil national a également pris position sur les travaux du groupe de réflexion. Selon elle, la régie ne doit pas être mue par le seul objectif de la rentabilité. Si son désendettement est une priorité, il ne s'agit pas de rechercher la couverture des coûts à tout prix pour tous les types de prestation. Les CFF doivent rester un service public oeuvrant en faveur de l'aménagement du territoire, de la protection de l'environnement et de la politique régionale. Si la commission est favorable à la formule d'une régie allégée, elle est en revanche opposée à sa transformation en société anonyme ou en holding de droit privé.

Face au déficit des finances fédérales, les investissements nécessaires à la construction des deux tunnels projetés pose le problème suivant: faut-il choisir l'un des deux ouvrages et abandonner l'autre, ou étaler la construction dans le temps. De fait, une sorte de concurrence est née entre les tunnels qui a vu s'affronter les défenseurs de chacun. Otto Stich a suggéré que le Lötschberg soit délaissé au profit du Gothard, ce qui a provoqué les protestations des gouvernements bernois et valaisan. Les promoteurs du Lötschberg (Berne, Valais et BLS) ont exigé une stricte égalité entre leur axe et celui du Gothard. Adolf Ogi a tout d'abord déclaré que le premier projet prêt serait mis en oeuvre en priorité. Par la suite, il s'est cependant engagé en faveur d'une construction simultanée des deux tunnels. Il a notamment défendu cette position en réponse à une interpellation urgente Bloetzer (pdc, VS) (Ip. 93.3262). Le conflit fut croissant entre le DFF et le DFTCE et leurs chefs respectifs.

Les CFF ont décidé de réformer le service Cargo-Domicile. L'objectif central de la régie est de tripler la part des colis acheminés en moins de 24 heures (de 30% à 90%) et de réaliser une économie de CHF 92 millions par année. Pour ceci, outre la transformation en une société mixte, Cargo-Domicile devrait voir son nombre de centres régionaux passer de 76 à 16, ceux-ci devenant interconnectés sans transbordement. D'autre part, l'informatique devrait avoir une place plus large dans la gestion du système. Ces changements devraient condamner environ 600 emplois d'ici 1995. Cette réforme est devenue effective en milieu d'année et n'a pas manqué de soulever les protestations des syndicats de cheminots et d'organisations de protection de l'environnement.

Dans sa prise de position sur le rapport, le Conseil fédéral a voulu calmer ces inquiétudes en déclarant qu'il n'entendait pas démanteler les CFF ni l'offre de transport régional, mais les rendre plus efficaces. C'est sur la base du travail des experts qu'il entend proposer aux Chambres une nouvelle conception directrice pour les CFF qui trouve un consensus dans les milieux politiques. Pour ce faire, le gouvernement désire prolonger de deux ans le mandat de prestations en vigueur.

En adoptant une ordonnance restreignant la protection du tracé des voies navigables aux tronçons du Rhin, de Bâle jusqu'à l'Aar, et du Rhône, du Léman à la frontière française, le Conseil fédéral a ainsi entériné la décision prise en 1987 de ne pas réaliser de canal navigable Rhin-Rhône.

Le tracé contesté du tronçon Mattstetten (BE)-Rothrist (AG) a fait l'objet de plusieurs interventions parlementaires. La plus importante est venue du canton de Berne qui avait déposé une initiative (Iv.ct. 91.306) demandant que le choix de la variante ne se porte pas sur le projet des CFF, mais sur celui des cantons de Berne et Soleure, associés aux communes concernées et à des associations d'aménagement; leur tracé, plus respectueux de l'environnement, nécessiterait un crédit supplémentaire de plusieurs centaines de millions de francs. La petite Chambre a décidé de ne pas donner suite à ce texte, considérant qu'il serait inopportun de modifier un arrêté fédéral adopté par le peuple, que chacun avait eu le loisir de s'exprimer dans le cadre de la procédure d'approbation des plans et qu'il convenait d'examiner la problématique de Rail 2000 dans son ensemble.

Pour les mêmes raisons, la Chambre haute a encore rejeté une motion (Mo. 93.3036) de la minorité de sa commission qui demandait un examen approfondi des variantes en jeu, afin de permettre une comparaison et éventuellement un financement du tracé proposé par les cantons de Berne et Soleure. En revanche, elle a accepté un postulat (Po. 93.3035) de sa commission qui invite le gouvernement à soumettre au parlement un rapport concernant un examen général de Rail 2000, prenant en compte les diverses variantes existantes et leur coût, suggérant des mesures d'économie et faisant un bilan de la planification.

Le Groupe de réflexion sur l'avenir des CFF institué par Adolf Ogi et présidé par F. Mühlemann, secrétaire général du DFTCE, a rendu son rapport final. Selon lui, une réforme de la régie serait devenue indispensable, les coûts qu'elle occasionne à la Confédération et le niveau de son endettement (CHF 13 milliards; 30 milliards en l'an 2000) n'étant plus guère supportables. Les experts ont estimé que les CFF devraient se recentrer sur les activités pour lesquelles ils sont le mieux adaptés. Cela signifierait notamment l'abandon d'une vingtaine de lignes régionales non rentables et le transfert partiel des charges du trafic régional en direction des cantons, le réexamen des secteurs du trafic de marchandises qui ne couvrent pas leurs coûts et l'élagage du programme Rail 2000 (Au parlement, les projets de suppression de lignes ont également soulevé quelques craintes: voir en particulier les interpellations Aubry (prd, BE) (Ip. 93.3049) et Seiler (udc, BE) (Ip. 93.3185)). En outre, certaines activités pourraient être privatisées. L'entreprise même pourrait changer de statut et devenir un holding jouissant d'une liberté d'action accrue. Les propositions du groupe de réflexion devraient occasionner quelques substantielles économies (au moins CHF 500 millions par année), mais toucher d'une manière ou d'une autre entre 3'000 et 7'500 emplois.

Les réactions des partis ou organisations furent dans l'ensemble favorables aux conclusions du rapport. En particulier, la direction des CFF a déclaré en soutenir l'essentiel. Notons cependant l'inquiétude des régions concernées par la fermeture de lignes, notamment l'arc jurassien. En outre, la Fédération suisse des cheminots s'est inquiétée des conclusions du rapport et a vivement critiqué ses auteurs. Selon elle, si on appliquait les propositions faites, la régie serait démantelée et 3'000 emplois disparaîtraient (devant le syndicat, Benedikt Weibel, p.d.g. de la régie, a prétendu que la sécurité des postes de travail serait garantie). Elle a relevé le manque d'idée du groupe de réflexion, notamment en matière de trafic régional, et s'est opposée a toute tentative de privatisation.

Face à l'explosion des coûts de Rail 2000, Adolf Ogi a annoncé qu'il voulait limiter les frais du projet à CHF 8 milliards, soit la moitié de son coût actuel. Cela signifie un redimensionnement du projet nécessitant de faire des choix parmi le paquet accepté en 1987 par le peuple. Un telle démarche pourrait signifier que le souverain serait éventuellement appelé à se prononcer une nouvelle fois. Pour sa part, la Délégation des finances des Chambres fédérales s'est également inquiétée de l'évolution des coûts de Rail 2000. Elle a considéré que le prix initial avait été sous-estimé et que, vu l'état des finances fédérales et des CFF, ainsi que les oppositions qui retardent la construction, la réalisation du projet était entravée et qu'un sévère amaigrissement s'imposait. Pour les CFF, ainsi que pour le CF, la construction par étape d'un Rail 2000 aminci ne nécessiterait pas d'arrêté fédéral supplémentaire soumis au référendum facultatif, ce qui n'est pas l'avis de H. Danioth (pdc, UR), président de la commission des transports du CE, et de la majorité de cette dernière. En fin de compte, le gouvernement a décidé de ne présenter au parlement qu'un rapport sur le nouveau projet dans le courant de l'année 1994:

Le Conseil fédéral a mis en vigueur les trois arrêtés fédéraux relatifs à la construction des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA). Le premier étend et prolonge la concession octroyée à la société Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) au nouveau tunnel du Lötschberg. Le second accorde un crédit global de CHF 14 milliards pour la réalisation des deux tunnels de base du Lötschberg et du Saint-Gothard, un premier crédit d'engagement de CHF 800 millions étant alloué pour la mise au point des projets. Le troisième prévoit un crédit de CHF 850 millions afin de financer l'intégration de la Suisse orientale à Alptransit.

Les comptes 1992 des CFF montrent une dégradation de la situation par rapport à 1991, ce qui, outre des problèmes structurels (frais de personnel, charge des intérêts), fut principalement dû à la conjoncture économique difficile. Le déficit enregistré fut de CHF 136 millions, le total des produits étant de 6.2 milliards (+5.4%) et celui des charges de 6.33 milliards (+7.2%). La participation de la Confédération a encore augmenté pour se fixer à CHF 1.99 milliard (+ 6.3%). Si le trafic voyageur a légèrement diminué, la récession économique s'est surtout fait sentir dans le trafic marchandise (-6.6% de tonnage transporté).

Pour A. Ogi, si une privatisation doit avoir des limites et ne pourrait être que partielle, il ne serait pas exclu de céder certains trafics régionaux à des chemins de fer privés, d'ouvrir certains réseaux à d'autres prestataires que les CFF (notamment à des sociétés européennes) et de remplacer certaines lignes ferroviaires par des autobus. Un groupe de réflexion a d'ailleurs été mis en place par le Conseil fédéral pour étudier d'éventuelles formules de privatisation partielle, reconsidérer le statut des fonctionnaires, formuler un nouveau mandat de prestations et proposer des solutions pour une meilleure rentabilité du trafic régional.

Le Conseil national a rejeté une motion Béguelin (ps, VD) qui demandait au gouvernement de proposer une loi sur le trafic de transit qui aurait eu pour but de régler de manière globale le transit par rail et par route à travers la Suisse. Ce texte aurait notamment dû prévoir la protection de l'espace alpin en adaptant le volume des transports en conséquence et en transférant l'ensemble du transit de la route au rail. La chambre a suivi l'avis du Conseil fédéral qui a déclaré qu'une telle loi nécessiterait une base constitutionnelle et qu'elle restreignait trop la marge de manoeuvre des autorités.

La même Chambre a encore accepté le postulat Baumberger (pdc, ZH) souhaitant que les trains internationaux de la ligne Stuttgart-Zurich passent par Schaffhouse-Winterthour-Zurich-Aéroport afin de revaloriser ce tronçon, de mieux absorber le trafic Nord-Sud et d'améliorer la situation économique des régions traversées.

D'autre part, le parlement a transmis comme postulat les motions Roth (pdc, JU) (Mo. 92.3126) et Matthey (ps, NE) invitant le gouvernement à présenter une conception d'ensemble des relations ferroviaires Suisse-France entre Bâle et Genève, problème soulevé par l'arrêté sur le transit alpin. Au centre des préoccupations des motionnaires se trouvent la remise en question des lignes Paris-Lausanne (VD) via Vallorbe (VD), Delle (JU)-Belfort (F), Neuchâtel-Pontarlier (F) ou Le Locle (NE)-Besançon (F) (la SNCF a annoncé la fermeture de la ligne Delle-Belfort. Cela a provoqué les protestations des instances politiques régionales suisses et françaises: ce tronçon est en effet important pour la liaison de l'arc jurassien au TGV Rhin-Rhône et le désenclavement du canton du Jura). A. Ogi a cependant répondu que les priorités de la Suisse en matière de raccordement au réseau européen à grande vitesse restaient Genève et Bâle.

Par ailleurs, le Conseil national a accepté le postulat Schmidhalter (pdc, VS) demandant que la Suisse participe à la commande franco-germano-belgo-néerlandaise de rames de TGV quadricourant afin d'assurer la liaison directe Paris-Milan par Genève, Lausanne et Brigue.

Le Conseil national a transmis le postulat Nabholz (prd, ZH) qui demande l'instauration d'un organe indépendant chargé d'enquêter sur les accidents des CFF.

Le gouvernement a présenté aux Chambres un message concernant l'adoption de plusieurs conventions et protocoles internationaux dans le domaine de la navigation maritime. En premier lieu, il s'est agi de la Convention du 10 mars 1988 et de son protocole sur la répression d'actes illicites contre la sécurité de la navigation maritime. Celui-ci vise à la création d'un réseau mondial de surveillance et de contrôle, permettant de poursuivre les auteurs d'actes terroristes. En second lieu, le Conseil fédéral a soumis aux députés la convention internationale de 1989 sur l'assistance, qui entend qu'une opération d'assistance ait pour but non seulement la sauvegarde du navire et de son chargement, mais également la protection de l'environnement marin. Enfin, le dernier texte présenté était le protocole de 1990 modifiant la Convention d'Athènes de 1974 relative au transport par mer de passagers et de leurs bagages. Le message a proposé, en outre, les modifications de la loi sur la navigation maritime nécessaires pour l'entrée en vigueur de ces accords. Le parlement a adopté ces textes à l'unanimité.

Le débat sur l'avenir des CFF s'est poursuivi et le mot «privatisation» fut plus d'une fois prononcé. Si, pour H. Eisenring, président de la direction générale des CFF, cela devrait principalement se limiter aux activités de nettoyage et d'entretien, d'autres voix se sont faites entendre en faveur d'un rôle plus large du secteur privé dans le transport ferroviaire. Ce fut notamment le cas de l'économiste bâlois S. Borner qui a prôné de confier à des privés l'exploitation des grandes lignes rentables et de demander aux régions d'assumer elles-mêmes le trafic les concernant. Ces idées ont trouvé face à elles de sérieux adversaires, tel le député M. Béguelin (ps, VD), pour qui la gestion des CFF est quasi optimale et la privatisation un non-sens, même s'ils ne rejettent pas la possibilité d'injecter des capitaux privés dans un tel service public. Fin octobre les syndicats de cheminots de la CE, de l'Autriche et de la Suisse ont d'ailleurs organisé une journée d'action commune pour protester contre la privatisation et la dérégulation des entreprises ferroviaires. Alors que certains pays étaient touchés par des grèves d'une certaine ampleur, les cheminots helvétiques se sont limités à organiser des conférences de presse et à informer le public.

Le gouvernement a présenté son message sur l'initiative populaire «pour la protection des régions alpines contre le trafic de transit», déposée en 1990. Ce texte entend protéger les régions de montagne des nuisances dues au trafic de transit et prescrit, pour cela, le transfert complet du trafic de transit de la route au rail. Selon le gouvernement, cette initiative, lancée en 1989, est devenue caduque car, entre temps, toute une série de mesures ont été prises (réduction des émissions de substances polluantes et de bruit, protection de la nature et du paysage, étude d'impact, promotion des transports publics, accroissement de la capacité du Gothard et du Lötschberg, nouvelles transversales alpines, Rail 2000 et Cargo 2000, restrictions de la loi sur la circulation routière à l'encontre des poids lourds, Convention sur la protection des Alpes, traité sur le transit, etc.). De plus, elle irait à l'encontre de certains engagements internationaux pris par la Suisse. En particulier, elle violerait le principe de non-discrimination à l'égard des étrangers et pourrait provoquer des mesures de rétorsion de la part des autres pays. Enfin, elle contredirait le principe du libre choix du moyen de transport. En conséquence, le Conseil fédéral a recommandé le rejet sans contre-projet de ce texte, position sur laquelle le Conseil national s'est entièrement aligné, malgré l'opposition des verts et du PS.
La grande chambre a encore décidé de ne pas donner suite à une initiative du canton d'Uri (Iv.ct. 91.303); celle-ci ayant un contenu quasiment identique à l'initiative populaire précitée, les mêmes arguments ont prévalu à son encontre.

Le Conseil national a transmis un postulat de sa commission inspiré par une pétition déposée par les organisations IG Velo et ATE et qui invite le gouvernement à intervenir auprès des entreprises de transports publics afin que l'accès des bicyclettes aux gares ainsi que la possibilité de les transporter soient améliorés.