Bereits im Mai 2016, kurz nach Bekanntwerden der Schwierigkeiten der SCT-SCL-Gruppe, hatte der WBF-Vorsteher Johann Schneider-Ammann die EFK beauftragt, eine Administrativuntersuchung zur Vergabepraxis der Bürgschaften des BWL, zur Vorbereitungen der Erhöhung des Bürgschafts-Rahmenkredits im Jahr 2008, zum Umgang des BWL mit den stark gestiegenen Risiken seit 2008, zu den Mängeln in der Organisation des BWL sowie zu allfälligen Hinweisen auf strafrechtlich relevante Tatbestände durchzuführen. Grund dafür seien verschiedene Hinweise auf Mängel in der Prüfung von Vergaben und Amortisationsstundungen sowie das hohe Schadenspotenzial für den Bund. Im Rahmen des Nachtrags Ia zum Voranschlag 2017 gab das WBF im Oktober 2016 bekannt, dass die EFK «bedeutende Schwachstellen» gefunden habe. Unter anderem seien Abläufe beim BWL bis 2013 nur informell geregelt gewesen, wesentliche Funktionen bis 2012 auf eine Person konzentriert gewesen, sei das interne Kontrollsystem sowie die Kontrolle der Reedereien unzureichend gewesen und neue Bürgschaften, Revalutierungen und Amortisationsstundungen zu wenig kritisch geprüft worden. Das WBF sei nun daran, dieser Kritik mit einem Massnahmenplan zu begegnen.
Kurz darauf machte die Zeitung «Nordwestschweiz» bekannt, dass dieser Bericht der EFK nicht veröffentlicht werden dürfe, weil sich zwei betroffene und im Bericht erwähnte Personen dagegen wehrten, dass sie im Bericht für die Missstände zu den Hochseebürgschaften mitverantwortlich gemacht würden, aber nie angehört worden seien.
Im September 2019 erschien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts zu dieser Anschuldigung. Dieses gab den Klägern recht: Die EFK habe die Kläger nicht angehört und ihnen keine Akteneinsicht gewährt. Da der Anspruch auf rechtliches Gehör Teil der allgemeinen Verfahrensgarantien sei, stelle dies eine schwerwiegende Verletzung ihrer Rechte dar. Damit seien sie in ihren Persönlichkeitsrechten berührt worden. Diese Verletzung könne nachträglich nicht korrigiert werden, weshalb die entsprechenden Personendaten aus dem Bericht gelöscht werden müssten. Die EFK hatte zuvor angegeben, sie habe auf eine Anhörung der betroffenen Personen verzichtet, «um das Strafverfahren nicht zu behindern».

Le Tribunal fédéral a finalement donné raison à l’OFT dans l’affaire du passager muni d’un billet de 2e classe mais circulant en 1ère classe. Les CFF ne peuvent pas infliger une sanction identique à un passager circulant sans billet et à un autre circulant avec un billet pour une prestation de valeur inférieure et doivent instituer un système de sanction différencié afin de respecter le principe d’égalité garanti par la Constitution fédérale. En fin d’année, l’UTP a annoncé l’instauration d’un nouveau régime de sanction. À compter de juin 2011, les resquilleurs devront s’acquitter d’une amende de CHF 100, tandis que les voyageurs en possession d’un billet insuffisant devront payer un supplément de CHF 75.

Le TAF a enjoint les CFF de respecter la loi fédérale sur le travail en ramenant le temps de travail quotidien moyen de leurs collaborateurs à 9 heures au maximum. La direction de l’ancienne régie n’avait jusque là appliqué cette règle qu’aux employés travaillant par série de 7 jours consécutifs sans congé. Donnant raison à l’OFT, les juges ont rappelé la validité générale de la limite légale de la durée quotidienne moyenne du travail.

Le tribunal arbitral a tranché le litige entre la direction des CFF et les syndicats au sujet des négociations salariales pour 2010, en décidant une hausse de 0,5% de la masse salariale et l’octroi d’une prime unique de CHF 650 par collaborateur au titre de gratification pour le bon exercice 2009. Les syndicats, qui réclamaient une augmentation compensant au minimum le renchérissement, ont fait part de leur déception.

Les CFF ont entamé un bras de fer judiciaire avec l’OFT après que celui-ci a décidé d’annuler une amende de CHF 80 infligée à un passager muni d’un billet de 2e classe mais circulant en 1ère classe. L’office a estimé que les CFF ne peuvent pas infliger une sanction identique à un passager circulant sans billet et à un autre circulant avec un billet pour une prestation de valeur inférieure et doivent instituer un système de sanction différencié. L’ancienne régie fédérale a annoncé le dépôt d’un recours auprès du TAF, soulignant que le supplément d’autocontrôle de CHF 80 est ancré dans la loi sur les transports et qu’il s’est avéré efficace, permettant une réduction du taux de resquille de 4% à 1,4%. En fin d’année, le TAF a donné raison aux CFF, estimant impraticable le dispositif proposé par l’OFT. Il a toutefois précisé que, outre la surtaxe de CHF 80, un passager de 1ère classe muni d’un billet de 2e classe valable ne doit payer que la différence entre les prix des deux billets, et non la totalité du prix du billet 1ère classe.

Le désaccord entre la direction des CFF et les syndicats a été complet lors des négociations salariales pour 2010. Alors que les syndicats ont exigé une hausse de la masse salariale de 1,9%, la direction a proposé 0,8%. La justice tranchera par conséquent le litige.