Le Conseil national a approuvé, par 96 voix contre 94, une motion Hany (pdc, ZH) chargeant le Conseil fédéral de présenter un message additionnel relatif à la convention de prestations entre la Confédération et les CFF pour les années 2009 et 2010 comprenant des investissements pour les infrastructures de l’ancienne régie et le développement du réseau à hauteur d’un milliard de francs environ au titre de la relance conjoncturelle. Constatant que l’objectif visé par la motion était partiellement atteint avec la mise en œuvre de la deuxième phase des mesures de stabilisation de l’économie, la CTT-CE a en outre jugé prioritaire l’affectation des ressources disponibles à la réalisation des projets déjà arrêtés. Suivant sa commission et à l’inverse de la chambre basse, les sénateurs ont rejeté la motion. Le Conseil national a en outre rejeté , par 121 voix contre 67, une motion Leutenegger-Oberholzer (ps, BL) (08.4028) allant dans le même sens.

Lors de la session de printemps, les chambres se sont attelées à l’élimination des divergences concernant la vue d’ensemble du fonds destiné à la réalisation des projets d’infrastructure des transports publics (FTP) et le futur développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB). Sur proposition de sa commission des transports (CTT-CE), le Conseil des Etats s’est rallié au Conseil national sur l’ensemble des points de désaccords, jugés mineurs par rapport à l’importance globale du projet, relatifs à la loi sur le développement de l’infrastructure ferroviaire (LDIF), non sans avoir écarté de justesse, par 22 voix contre 20, une proposition Janiak (ps, BL) visant à prioriser la réalisation de certains projets (comme les tunnels du Zimmerberg II, du Wisenberg et du Brütten). Les sénateurs ont en outre suivi sans discussion la chambre du peuple s’agissant de l’ordonnance portant règlement du fonds pour les grands projets ferroviaires. Le désaccord est cependant demeuré absolu au sujet de la réduction du financement des mesures antibruit et le projet d’arrêté fédéral a donc été liquidé suite au second refus d’entrer en matière du Conseil national. En votation finale, les deux chambres ont approuvé à l’unanimité la LDIF et seuls 14 conseillers nationaux ont rejeté l’ordonnance. Suite à l'adoption, le Conseil des Etats a rejeté tacitement les motions Leutenegger-Oberholzer (ps, BL) (07.3492) et Wehrli (pdc, SZ) (07.3495) approuvées par le Conseil national en 2007, estimant que leurs objectifs respectifs étaient remplis.

Aux Chambres, des parlementaires ont cependant relayé certaines revendications cantonales. Début octobre, le Conseil des Etats a adopté à l’unanimité une motion Pfisterer (prd, AG) (07.3328) donnant mandat au Conseil fédéral de présenter d’ici à fin 2010 un projet additionnel concernant un financement complémentaire pour la NLFA et une phase supplémentaire pour le développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB 2). Les sénateurs ont ainsi exprimé leur volonté que le gouvernement entreprenne au plus vite la planification, puis la réalisation des projets prioritaires reportés en raison des retards et surcoûts de la NLFA (tunnels du Zimmerberg, de Brütten, du Wisenberg et du Heitersberg, ainsi que la 3ème voie Lausanne-Genève) et des options d’extension élaborées avec les cantons. Lors de la session d’hiver, le Conseil national a pour sa part approuvé sans discussion une motion Wehrli (pdc, SZ) chargeant le Conseil fédéral d’exposer d’ici à 2011 la planification complète et le financement de la réalisation de la NLFA et du projet ZEB. Il a également décidé de donner suite à une motion Leutenegger Oberholzer (ps, BL) (07.3492) en faveur de l’intégration au projet ZEB d’une nouvelle ligne ferroviaire entre Bâle et le plateau (à travers le Jura).