Im Juni 2017 begann die parlamentarische Aufarbeitung der Krise der Schweizer Hochseeflotte, nachdem der WBF-Vorsteher Johann Schneider-Ammann von Regierungsseite bereits im Mai 2016 die EFK beauftragt hatte, eine Administrativuntersuchung zur Vergabepraxis der Bürgschaften sowie zu weiteren Aktionen des BWL durchzuführen. Eine wichtige Rolle in der parlamentarischen Aufarbeitung spielte Ulrich Giezendanner (svp, AG): Er erhalte fast täglich neue Informationen von Personen aus der Hochseeschifffahrt, erklärte er, was ihn im Juni 2017 zu einer Interpellation mit einer ganzen Reihe von Fragen an den Bundesrat veranlasste (Ip. 17.3460). So stellte er einerseits konkrete Fragen zu der Bilanzierung der Schiffe und der Kontrolle der Finanzen der Reedereien, andererseits auch zum Verkauf der Schiffe, bei dem er Unregelmässigkeiten ortete. Unter anderem wollte er wissen, ob tatsächlich ein «mit dem Verkauf betrauter Hauptoperateur» vor etwa 12 Jahren in Konkurs geraten sei, ob dieser der SCL/SCT-Flotte wirklich hohe Beträge geschuldet habe und zudem vor Jahren zu 40 Prozent an der entsprechenden Flotte beteiligt gewesen sei. Auch zur Aufarbeitung der Affäre stellte er konkrete Fragen, unter anderem wollte er wissen, wieso der ehemalige BWL-Direktor Michael Eichmann nie angehört worden sei, wann der Untersuchungsbericht der EFK veröffentlicht werde und ob es nicht Zeit für eine PUK sei. Eine ausführliche Information der Öffentlichkeit lehnte der Bundesrat aufgrund der laufenden Schiffsverkäufe, des dadurch steigenden Verlustrisikos für den Bund sowie aufgrund einer Stillschweigen-Vereinbarung durch die Verkaufsparteien ab. Der Verkaufsprozess würde jedoch von Experten mit juristisch-maritimem Fachwissen begleitet, betonte er. Zudem informierte er darüber, dass 10 der 12 Schiffe bereits verkauft worden seien und die letzten bis Ende September 2017 übergeben werden sollten. Bezüglich der Frage nach der PUK verwies er auf die Bundesversammlung, die bei «Vorkommnissen von grosser Tragweite» eine PUK einsetzen könne. Giezendanner erklärte sich mit diesen Antworten nicht befriedigt.
Genau ein Jahr nach der ersten Interpellation startete Giezendanner einen neuen Versuch (Ip. 18.3645) mit weiteren Fragen zur Liquidation der SCL/SCT-Gruppe. Erneut stellte er Fragen zum Verkauf, interessierte sich aber auch für die Rolle und die Finanzen von Reeder Hansjörg Grunder, was zuvor in den Medien diskutiert worden war. Zudem stellte er die Kontrollmöglichkeiten von durch die Schweiz verbürgten Schiffen, die im Ausland bereedert sind, in Frage. Schliesslich erkundigte er sich nach der Vollständigkeit der entsprechenden Akten. Bezüglich der Finanzen von Grunder betonte der Bundesrat, dass die Aufklärung des Falles laufe und das Parlament die entsprechenden Informationen erhalten werde. Die Geschäftsführung von Schweizer Reedereien müsse von der Schweiz aus erfolgen, untergeordnete Aufgaben könnten jedoch auch in anderen Staaten vorgenommen werden, was aufgrund des einheimischen Fachkräftemangels oft auch nötig sei. Der Bund könne auch bei von ausländischen Gesellschaften bereederten Schiffen jederzeit Audits und Inspektionen durchführen, die Betrugsmöglichkeiten bei solchen Schiffen seien daher nicht grösser. In der Tat seien aber einzelne Dossiers im BWL nicht vollständig. Mit diesen Antworten erklärte sich Giezendanner teilweise befriedigt.
Bereits einen Monat zuvor hatte sich Giezendanner in der Fragestunde (Frage 18.5282) mit einer weiteren Rückstellung durch den Bundesrat in der Höhe von CHF 100 Mio. befasst. Er wollte wissen, welche Gesellschaft besonders gefährdet sei und ob bereits Angebote für die entsprechenden Schiffe vorlägen. Ein weiterer Schaden für den Bund sei nicht auszuschliessen und hinge von der Marktentwicklung ab, solle jedoch durch die entsprechenden Rückstellungen abgedeckt werden können, so der Bundesrat.
Im Dezember 2019, nach Annahme des Nachtrags IIa zum Voranschlag 2019 und einer weiteren Ziehung der Bürgschaften, reichte schliesslich die SVP-Fraktion eine parlamentarische Initiative (Pa.Iv. 19.500) zur Einsetzung einer PUK ein. Diese solle die Kontrolle und Führung des Bürgschaftswesens in der Hochseeschifffahrt seit 2002 durch den Bundesrat, die Verwaltung – insbesondere durch das BWL und die SSA – sowie der betroffenen Geldinstitute und Revisionsgesellschaften untersuchen.
Die grundsätzliche Frage der Bürgschaften zur Schweizer Hochseeflotte ging Ursula Schneider-Schüttel (sp, FR) bereits im Juni 2017 an: In einem Postulat (Po. 17.3412) verlangte sie vom Bundesrat, zu prüfen, ob der Bund eine Hochseeflotte brauche, und falls nicht, welches die Konsequenzen und Risiken eines Ausstiegs seien und wie dieser erfolgen solle. Der Bundesrat erklärte, dass er entschieden habe, dem Parlament keine Erneuerung des Ende Juni 2017 auslaufenden Rahmenkredits zu beantragen, wodurch die letzten Bürgschaften 2032 auslaufen werden. Ein rascherer Ausstieg sei jedoch nicht möglich. Nach 2 Jahren wurde das Postulat unbehandelt abgeschrieben.