In Erfüllung der Motion 10.3881 legte der Bundesrat dem Parlament im April 2014 eine Botschaft zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes vor. Die Vorlage zielte auf eine Institutionalisierung des Planungsprozesses für den Schienengüterverkehr, in den auch die Kantone und die betroffenen Akteure einbezogen werden sollen. Mit Netznutzungskonzept und -plänen soll der Verdrängung des Güterverkehrs durch den Personenverkehr aus dem Netz vorgebeugt werden. Der Bundesrat wollte die SBB von der Verpflichtung, Güterverkehr als Kerngeschäft anzubieten, befreien. Investitionsbeiträge für Anschlussgleise und Umschlagsanlagen des kombinierten Verkehrs soll der Bund als A-fonds-perdu-Beiträge leisten, Darlehen soll der Bund für Umschlagsanlagen im Ausland gewähren können. Der Bund kann Förderbeiträge für neue Angebote auszahlen oder sich an Bestellungen von Transportangeboten der Kantone beteiligen. Die Fördermöglichkeiten sind jedoch bis 2027 befristet. Der Bundesrat forderte zudem, dass Güterverkehrsangebote grundsätzlich eigenwirtschaftlich sein müssen. Von einem Verlagerungsziel in der Fläche analog zum Verlagerungsziel im alpenquerenden Güterverkehr sah der Bundesrat ab. Der Nationalrat hatte in der Frühlingssession 2015 dem Vorschlag des Bundesrates zugestimmt, den Güterverkehr nicht mehr als Kernaufgabe der SBB festzuschreiben. Mit der Annahme einer Motion der KVF-NR (14.3998) ging die grosse Kammer sogar noch weiter: Die SBB-Cargo solle aus der SBB herausgelöst und als eigenständiges Unternehmen weitergeführt werden. Der Ständerat, der im Juni 2015 die Behandlung der Totalrevision des Gütertransportgesetzes aufnahm, war mit dieser Stossrichtung nicht einverstanden und lehnte die Motion der KVF-NR ab. Mit der Annahme eines Postulat der KVF-SR (15.3496) beauftragte die kleine Kammer den Bundesrat aber, eine „Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten von SBB Cargo“ vorzunehmen. Die KVF-SR empfahl, über die wichtige Frage der Zukunft der SBB-Cargo erst zu beschliessen, wenn dieser Bericht vorliege.
Im September 2015 diskutierte der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat. Während er bei einigen Differenzen auf die Formulierungen der kleinen Kammer einschwenkte, so blieb er doch in der Frage hart, ob der Bund nicht nur Bau und Erweiterung, sondern auch die Erneuerung von Anschlussgleisen und Umschlaganlagen unterstützen können soll. Erneuerungen würden zum betrieblichen Aufwand gehören, welcher in der Regel gerade nicht mehr unterstützt werden solle, warnte Bundesrätin Leuthard vergebens vor den Kosten dieses „neuen Subventionstatbestands“. Der Ständerat gab in der Debatte vom 21. September nach und akzeptierte die Position des Nationalrates in der letzten Differenz stillschweigend. In den Schlussabstimmungen vom 25. September nahm der Nationalrat die Totalrevision des Gütertransportgesetzes mit 142 zu 53 Stimmen (1 Enthaltung) an, der Ständerat stimmte mit 43 Stimmen einstimmig zu.

Anfang Berichtsjahr verständigten sich Bundesrätin Leuthard als Vorsteherin des UVEK und der deutsche Verkehrsminister Ramsauer darauf, die Bemühungen zur Lösung des deutsch-schweizerischen Fluglärmstreits zu intensivieren. Eine Absichtserklärung dazu wurde am World Economic Forum (WEF) in Davos unterzeichnet. Da für Deutschland eine zahlenmässige Beschränkung der Anzahl Nordanflüge prioritär war und die in Aussicht gestellten Zugeständnisse der Schweiz den deutschen Verhandlungspartnern nicht weit genug gingen, gestalteten sich die Verhandlungen schwierig. Den Durchbruch brachte der Ansatz, Deutschland mit anflugfreien Zeitfenstern zu entlasten. Beide Parteien konnten sich auf die weitere Anwendung der geltenden Anflugregime einigen, da die Evaluierung von Optionen für eine Neuordnung der Anflugverfahren über Süddeutschland durch die Deutsche Flugsicherung DFS und Skyguide keine bessere Lösung hervorbrachte. Am 2. Juli 2012 wurde ein Staatsvertrag entworfen und am 4. September 2012 wurde dieser unterzeichnet. Zum Verhandlungsergebnis gehören folgende Punkte: Über deutschem Staatsgebiet sind Nordanflüge an Werktagen von 6:30 bis 18:00 Uhr zulässig, an Wochenenden und Feiertagen von 9:00 bis 18:00 Uhr. Die Anflüge müssen somit an Werktagen drei und an Wochenenden zwei Stunden früher über die Schweiz erfolgen. Gut 17 Prozent der Anflüge auf den Flughafen Zürich müssen somit auf andere Anflugwege verschoben werden. Um dies zu bewältigen, sind Infrastrukturausbauten an den Pisten erforderlich. Die Schweiz erhält eine Übergangsfrist bis Ende 2019, damit diese realisiert werden können. Ab dem Zeitpunkt der Ratifikation des Vertrages werden die Anflüge ganzwöchig ab 20 Uhr nicht mehr über Deutschland durchgeführt. Im Vertrag ist weiter der „gekrümmte Nordanflug“ als Option vorgesehen. Dieser führt nur über Schweizer Gebiet. Der Vertrag ist zudem bis 2030 nicht kündbar. Dieser Punkt erhöht die Planungs- und Rechtssicherheit enorm. Mit der Festlegung anflugfreier Zeiten verringert sich die Zahl der möglichen Anflüge über Deutschland massiv (20'000 Flugbewegungen weniger pro Jahr ab 2020), doch ausserhalb der Sperrzeiten bleibt dem Flughafen ein gewisses Wachstumspotenzial: Die Regelung mit Sperrzeiten lässt mehr Handlungsspielraum offen als eine Kontingentierung der Anflüge. Die neuen Verhandlungen zogen zu jedem Zeitpunkt Kritik auf sich: Schon die Absichtserklärung wurde im Landkreis Waldshut deutlich kritisiert, auch die Ostschweizer Kantone fürchteten sich vor einer massiven Zunahme des Fluglärms über ihrem Gebiet. In einer „Klotener Erklärung“ forderten die Kantone Zürich, Aargau, Schaffhausen, St. Gallen, Thurgau und Zug faire Verhandlungen. Sie bezeichneten die „Stuttgarter Erklärung“, an welcher sich die deutsche Seite orientierte, als inakzeptabel einseitig und stärkten damit Bundesrätin Leuthards Verhandlungsposition. Als Anfang Juli der gekröpfte Nordanflug wieder ins Spiel gebracht wurde, reagierten sowohl süddeutsche als auch Schweizer Gemeinden nördlich des Flughafens mit massiver Kritik, welche sich mit der Unterzeichnung des Vertrages noch verstärkte. Insbesondere der Kanton Aargau, vom gekröpften Nordanflug betroffen und Heimatkanton von Bundesrätin Leuthard, sah sich geprellt. Im August berief die Verkehrsministerin ein Treffen der Begleitgruppe ein, welcher die betroffenen Kantone angehören. Ziel sei die Verteilung des Lärms in der Schweiz. Die innerschweizerischen Verhandlungen gestalteten sich ebenfalls schwierig. Derweil zeichnete sich im deutschen Parlament ab, dass der Staatsvertrag einen schweren Stand haben würde: Die Landesgruppe Baden-Württemberg der CDU kündigte an, sie werde dem Vertrag im Bundestag nicht zustimmen. Die SPD und die Grünen nahmen Befürchtungen aus der Bevölkerung auf und verlangten Nachverhandlungen. Nachdem auch die FDP die Zustimmung verweigerte, war unwahrscheinlich, dass der Staatsvertrag noch eine Mehrheit im Bundestag finden konnte. Der unter Druck geratene deutsche Verkehrsminister bezeichnete vom Bundesrat in der Vernehmlassung erwähnte Zahlen als „Unfug“. Die Ratifizierung des Staatsvertrages wurde in Deutschland aufgrund noch offener Fragen ausgesetzt. Deutschland bat um Nachverhandlungen, die Schweiz lehnte solche indes kategorisch ab. Kantone, Verbände, FDP und CVP äusserten in der Vernehmlassung ihre Zustimmung zum Staatsvertrag, SVP und Grüne signalisierten Ablehnung und die SP legte sich noch nicht fest. Die Botschaft des Bundesrates zum Staatsvertrag (12.099) wurde am 19. Dezember des Berichtjahres eingereicht, das Geschäft wird 2013 im Parlament behandelt.