En décembre, le Conseil fédéral a été rappelé à la protection contre le bruit des aéroports. Avec 83 voix contre 73, le Conseil national a soutenu une initiative parlementaire de Hegetschweiler (prd, ZH) qui demandait que soient financés des mesures contre le bruit du trafic aérien par la Confédération tout comme pour les trains et les routes. La décision du National constituait une surprise, car sa Commission pour les transport s’était opposée à l’initiative de Hegetschweiler. Le Conseil fédéral a subi un autre rappel à l’ordre en décembre. Dans le cadre de la cinquième étape de la construction de l’aéroport de Zurich-Kloten, le Tribunal fédéral a donné tort aux recourants pour ce qui est des infrastructures en elles-mêmes, mais en ce qui concerne le bruit, il a rabroué le Conseil fédéral, le priant de ramener les valeur limites d’expositions au bruit pour les aéroports nationaux de 65 à 60 décibels. Parallèlement, il a aussi exigé que dans le domaine de la protection de l’air les normes en vigueur soient respectées. Pour le Tribunal fédéral, les limites établies en avril par le Conseil fédéral contre la protection du bruit des aéroports n’étaient pas compatibles avec les lois sur la protection de l’environnement et devaient être abaissés à 60 décibels pour les trois aéroports nationaux.

Les services civils et militaires de sécurité aérienne ont constitué le conseil d'administration de la nouvelle société qui a succédé à Swisscontrol. La nouvelle société a été nommée Skyguide. Elle répondait à la volonté du Conseil fédéral de réunir les contrôles aériens militaires et civils en une seule instance pour le 1er janvier 2001 dans le but d'améliorer l'utilisation de l'espace aérien suisse. Cette nouvelle structure avait été décidée en août 1999 par les ministres concernés, Adolf Ogi et Moritz Leuenberger. Elle faisait suite au rapport HELCO. La nouvelle société gérera la navigation aérienne dans un espace unifié, tant pour l'aviation civile que pour les Forces aériennes.

Vers mi-novembre, les très mauvais résultats du SAirGroup enregistrés depuis le début l'année, additionnés à la dépréciation progressive de l'action SAir, ont imposé une remise en question de la politique du Qualiflyer par le conseil d'administration. Du point de vue comptable, le résultat opérationnel négatif était dû aux pertes de Sabena et du voyagiste allemand LTU, mais aussi au gouffre financier que c'est révélé être la prise de participation dans les compagnies aériennes que sont AOM (Air Outre-Mer), Air Littoral et Air Liberté. La réunion de crise n'a donné lieu ni à des décision spectaculaires, ni à une vente de Swissair, pas plus qu'à une entrée dans le capital d'un groupe étranger.

Le Conseil fédéral a édicté les nouvelles valeurs limites de bruit pour les aéroports nationaux. Dès le 1er mai 2001, elles seront fixés à 57 décibels pour les zones requérant une protection accrue contre le bruit, à 65 décibels en moyenne dans les zones d'habitation et agricoles et à 70 décibels dans les zones industrielles. Les valeurs maximales pour la nuit ont été maintenues: elles ne doivent pas dépasser 57 décibels de 22h à 24h et de 5h à 6h. Entre minuit et 5h (ou 5h30 selon la concession accordée pour la cinquième étape de construction de Zurich), les vols sont interdits. En outre, les avions particulièrement bruyants ne seront pas autorisés à atterrir ni à décoller sur les aéroports nationaux entre 22 et 24 heures. Afin de respecter ces normes, des fenêtres antibruit seront installées là où les seuils sonores sont dépassés. Le DETEC estimait que la mesure concernait environ 6'000 habitants des quartiers avoisinant les aéroports de Zurich et de Genève. Pour l'aéroport de Bâle-Mulhouse, ces valeur limites au bruit étaient déjà respectées en ce qui concerne le territoire suisse. Elle concerne aussi les aérodromes régionaux qui ont un trafic de ligne ou de charters, notamment l'aéroport de Lugano-Agno et celui de Berne-Belp. Les nuisances dues au bruit et les restrictions de construction qui en découlent pourront conduire à des demandes de dédommagements. Sur la base des mouvements de vols observés, le DETEC a évalué les coûts à CHF 220 millions: 30 millions pour des mesures contre le bruit et environ CHF 190 millions pour l'indemnisation de la perte de valeur des terrains ou des restrictions imposées dans leur utilisation. Selon le principe du "pollueur payeur", le gouvernement a imposé une prise en charge de ces coûts par les aéroports, sources du bruit.

Dans leur communiqué, les autorités suggèrent de la reporter sur les compagnies aériennes par la création d'une nouvelle taxe de deux francs perçue sur chaque billet d'avion pendant 5 ans. Les écologistes ont fait savoir via une pétition qu’ils étaient pour une interdiction stricte des vols de nuit entre 22 et 24h. Allant encore plus loin, l’association de l’initiative pour une nuit paisible a fait savoir que son objectif était que le règlement de l’exploitation du temps des aéroports et la place d’aviation ne soient plus de la compétence des cantons, mais de celui de la Confédération. Dans le cadre de la publication des valeurs limites de bruit pour les aéroports nationaux, le gouvernement zurichois a rendu public sa politique à l’égard de l’aéroport. Celle-ci était toutefois mise au conditionnel, car rien n’était encore sûr en ce qui concernait l’ouverture du marché en juin 2001. Dans le futur, il ne veut plus autoriser de départs et d’atterrissages entre 23 heures et 6 heures à la place des 24h à 5h en vigueur. La grille resterait néanmoins ouverte jusqu’à 23h30 pour des cas exceptionnels comme des retards. (Pour l'initiative parlementaire de Hegetschweiler (prd, ZH) (00.414) voir ici.)

Après Air Littoral et Air Outre-Mer (AOM), Swissair a pris le contrôle de 86% des actions d'Air Liberté avec l'aide de la société d'investissement française Taitbout. Air Liberté rejoignait ainsi le Qualiflyer Group (Alliance aérienne de SAirgroup). Le rachat a été fait à British Airways. L'acquisition de ces trois compagnies d'aviation déficitaires permettait au SAirGroup d'avoir un pied en France et de faire concurrence à AirFrance. Durant l'été, la Commission Européenne a donnée son feu vert à la fusion des trois sous la même holding.

Au refus du Conseil fédéral l'année passée de permettre à EasyJet de relier le matin Barcelone depuis Genève (Swissair ne volant que le soir et utilisant donc que l'un des deux vols de sa concession), le conseiller Frey (prd, NE) y a répondu par le biais d'une initiative parlementaire. Celle-ci, contresignée par 65 parlementaires, visait à ouvrir le ciel suisse à davantage de concurrence, avant même la libéralisation introduite par le bilatérales, en permettant à des compagnies indépendantes comme EasyJet, d'utiliser les lignes que possède Swissair dans le cadre de son monopole. La proposition n'a pas obtenu l'appui de la Commission des transports et des télécommunications du Conseil national. Sans s'opposer à la demande de Frey, elle a cependant estimé qu'il n'était pas nécessaire d'accélérer un processus qui se réalisera de toute manière par le biais de l'accord bilatéral sur les transports aériens négociés avec l'UE. Ce dernier prévoit la suppression de tout monopole sur l'ensemble du territoire commun constitué par l'Union Européenne et la Suisse. Estimant que c'était exactement ce que demandait Frey, la Commission a décidé de renvoyer la requête à plus tard. Par la suite, Frey a retiré son initiative.

L'aéroport international de Genève (AIG) n'est pas parvenu à faire annuler par le Tribunal fédéral la loi genevoise votée en juin 1999 qu'il l'obligeait à assumer lui-même l'indemnisation des riverains . Il a aussi été débouté sur la demande d'annulation de la loi qui mettait à sa charge l'amortissement (CHF 40 millions) et les intérêts d'un crédit de CHF 20 millions destiné à couvrir ces indemnités. La demande de renouvellement de la concession fédérale pour l’exploitation de l'AIG a polarisé l'attention de la classe politique. D'un côté, la gauche en a profité pour proposer de soumettre l'aéroport à un contrat de prestations afin qu'il reste un outil de la politique économique du canton. De l'autre, les libéraux avec les autres partis de l'Entente ont élaboré un contre-projet de loi censé permettre, à l'instar de Zurich, d'accroître davantage l'autonomie de Cointrin. Il s'agirait de créer une société anonyme d'économie mixte.

Le SAirgroup a reçu le feu vert du gouvernement portugais pour une participation dans le capital étatique de TAP-AirPortugal, compagnie avec laquelle il coopère déjà depuis 1997. Si la reprise d'actions se concrétise, Swissair pourra obtenir 34% des actions pour une somme estimée à CHF 248 millions. SAirGroup a signé un contrat lui permettant la prise de contrôle de la majorité des actions Sabena avec 85%; depuis 1995 le groupe possédait 49,5% des actions, l'Etat Belge conservant les 50,5% restants. Dans l'histoire de l'aviation civile européenne, c'est la première fois qu'une compagnie d'aviation nationale tombera majoritairement dans les mains d'actionnaires étrangers. Parallèlement, l'Etat belge entrera à concurrence de 3,3% dans le capital du SairGroup dont il devient l'actionnaire principal. A Bruxelles et à Zurich, on partait du principe que l'accord entrera en vigueur en 2001, après que les bilatérales auront été ratifiées en Suisse et dans l'Union Européenne et qu'il aura reçu la bénédiction des autorités de concurrence dont la Commission Européenne. La raison de la non-reprise immédiate de Sabena par Swissair était que si tel avait été le cas, la compagnie aurait perdu son statut de compagnie européenne et se serait vu traiter comme extra-communautaire.

La justice genevoise a homologué le concordat par abandon d'actifs (liquidation douce) proposée par les représentants de la défunte compagnie aérienne Swiss World Airways (SWA).

Un plan de sauvetage de la compagnie a été annoncé en cours d’année par Air Harbour Technologie. Un rapport d’audit de SWA (Swiss World Airways) a en outre été réalisé par une fiduciaire indépendante qui a révélé un mauvais contrôle financier. L’audit a également montré que des commissions avaient été payées pour un montant de CHF 2,1 millions à des tiers, et supposé que des opérations de surfacturation auraient pu favoriser des paiements illégaux à des employés de SWA. Par la suite, le plan de sauvetage fut abandonné au profit d’un projet de création d’une nouvelle compagnie aérienne qui sera implantée à Genève.

Le Grand Conseil genevois a voté deux lois qui attribuent à l’aéroport de Cointrin l’indemnisation des riverains selon le principe du pollueur-payeur. L’aéroport devra ainsi payer CHF 60 millions aux riverains. Il a déposé un recours de droit public auprès du Tribunal fédéral, estimant que ces deux lois violaient sa concession d’exploitation et contrevenaient à son autonomie.

La compagnie aérienne EasyJet, implantée à Genève, projetait d’ouvrir trois nouvelles lignes dès la fin du mois de juillet à destination de Nice, Amsterdam et Barcelone. Swissair est intervenue auprès de l’OFAC pour s’opposer au projet de liaison Genève-Barcelone, faisant valoir son monopole de fait qu’elle détient jusqu’à fin 2008 sur les lignes qu’elle desservait déjà au moment de l’adoption de la nouvelle loi sur l’aviation civile. Le conseiller fédéral Leuenberger a donné raison à Swissair en refusant à EasyJet le droit de rallier Genève à Barcelone. Les deux autres liaisons ont été autorisées.

En septembre, la nouvelle compagnie romande Swiss World Airways (SWA) a obtenu du DETEC une concession pour six liaisons par semaine entre Genève-Cointrin et New York-Newark pour une année. Le premier vol s’est concrétisé le 10 septembre. Mais la société manquait de fonds propres, alors qu’elle souhaitait augmenter son capital de CHF 35 millions à CHF 60 millions. Des rumeurs concernant une mauvaise gestion de l'entreprise se sont rapidement répandues dans la presse. Les cantons romands qui avaient engagé CHF 7 millions dans le projet, à titre de solidarité, dont CHF 5 millions de Genève, ont fait savoir qu'ils ne participeraient pas à une augmentation de capital. Les autorités genevoises ont refusé d'investir les CHF 3 millions supplémentaires nécessaires à la compagnie qui se trouvait face à un besoin urgent de liquidités. Par la suite, le conseiller national Jean-Charles Simon (pdc, VD), pionnier de l'aventure, a quitté précipitamment le conseil d'administration de SWA. En décembre, la compagnie a suspendu ses activités et licencié ses 110 employés, n'ayant pas trouvé d'investisseur privé. SWA a ensuite réclamé, auprès de l'OFAC et du DETEC, une suspension temporaire de l'autorisation générale d'exploitation et de sa concession aérienne. Le tribunal de première instance genevois lui a finalement accordé un sursis concordataire de six mois. La compagnie aura jusqu'au 15 juin 1999 pour trouver un repreneur et pour proposer un concordat à ses créanciers.

Une nouvelle compagnie aérienne (Swiss World Airways), destinée à pallier à la suppression des vols Swissair depuis Genève, s'est constituée. Ayant réuni son capital de départ grâce notamment à des contributions des collectivités publiques romandes, SWA n'a pas pu cependant, contrairement à ses plans, faire décoller son premier avion pendant l'année sous revue. L'Office fédéral de l'aviation civile (OFAC) a en effet jugé incomplet le dossier qui lui avait été soumis.

Le Conseil national a transmis une motion de la commission de gestion demandant au gouvernement de confier à la société Rega, et non plus à l'OFAC, l'exécution des opérations de recherche d'aéronefs civils. Dans le souci de simplifier la chaîne de secours et de supprimer les doubles emplois (maintien de deux flottes, existence de deux services de piquet, etc.), la grande chambre a en effet estimé que la Rega, chargée actuellement uniquement d'effectuer les opérations de sauvetage, devrait être dès le début responsable de l'ensemble des opérations. Les députés ont en revanche rejeté une motion du groupe écologiste (94.3209) et une motion Meier (pe, ZH) (95.3138) demandant d'interdire, respectivement, les meetings aériens et les atterrissages et décollages d'aéronefs entre 23 h 00 et 05 h 30. Ils ont fait de même par ailleurs avec un postulat Gros (pl, GE) (93.3351 / 95.3284) invitant le gouvernement à lever l'interdiction frappant les ultralégers motorisés (ULM).

Les pourparlers sur les transports ont débuté quelques jours après l'adoption du mandat de négociations par les ministres de Quinze. Sans surprise, ces tractations ont figuré parmi celles les plus difficiles et n'ont pu être conclues pendant l'année sous revue, à l'instar des autres objets en discussion. En effet, dès le début des négociations, les représentants européens - en réponse aux déclarations helvétiques selon lesquelles il n'était pas question de déroger à l'Accord de transit en ce qui concerne la limite des 28 tonnes - ont fait savoir que la suppression de cette limite constituait l'objectif principal de l'UE. Outre l'argument selon lequel l'entrée en vigueur de l'initiative des Alpes rendait caduque cette mesure, Bruxelles a justifié son intransigeance en affirmant que les incertitudes qui pesaient en Suisse sur la construction des NLFA pouvaient faire craindre le pire, ou du moins ne garantissaient pas l'existence d'infrastructures permettant un volume de transport de marchandises satisfaisant. Elle a également fait référence à la situation de plus en plus intenable de l'Autriche, qui du fait de l'interdiction des 40 tonnes sur le territoire helvétique, avait vu, depuis son entrée dans l'UE, le volume du trafic sur le Brenner augmenter de 20 pour cent. Un autre point qui a empêché toute possibilité d'accord a été la question du cabotage terrestre, l'Union refusant de satisfaire les exigences de la Confédération. Aussi, mis à part des questions de détails, les principaux points de convergence ont concerné les principes du trafic combiné et de la vérité des coûts, Bruxelles, tout en divergeant sur les moyens permettant de mettre en oeuvre ces principes, se rapprochant de la position helvétique. En outre, les deux parties se seraient mises d'accord au sujet du libre accès aux infrastructures ferroviaires. Concernant le volet aérien, la partie suisse n'a pu obtenir un assouplissement de la position de l'UE sur la question du droit de cabotage. L'aspect institutionnel des exigences de l'Union a également posé problème, la Suisse n'acceptant pas que ce soit la Cour européenne de justice de Luxembourg qui soit compétente en cas de litige. Il semble néanmoins que sur cette dernière question, la Confédération ait assoupli sa position.
A ce sujet, il est à noter que la Commission a publié en fin d'année un livre vert sur le trafic routier. Adhérant au principe de la vérité des coûts, la Commission est favorable à une taxation très différenciée selon le kilométrage parcouru, le lieu (régions périphériques ou ville), l'heure de la journée, le bruit et le degré de pollution du véhicule. Mais cette taxation doit, selon la Commission, couvrir les coûts externes du trafic routier, et non pas, contrairement à ce que prône la politique helvétique, avoir comme objectif principal le transfert de la route au rail. Aussi, elle doit respecter le principe du libre choix du moyen de transport.

Devant cette impasse, les autorités helvétiques ont tenté de débloquer la situation en proposant de mettre entre parenthèses les questions problématiques, espérant ainsi pouvoir aboutir à un accord minimal, notamment sur le trafic aérien. La Commission a rejeté cette demande, estimant qu'en vertu du principe du parallélisme, le domaine des transports ne pouvait être traité indépendamment des autres objets en discussion. A la fin de l'année, il semblait que seule une redéfinition des mandats de négociations respectifs - c'est-à-dire seule une décision politique comprenant du côté helvétique la levée de la limite des 28 tonnes notamment - pouvait relancer les tractations.

Concernant le volet aérien, la position communautaire a été encore moins généreuse. En effet, contrairement à ce qu'avait laissé entendre en début d'année la Commission européenne, les ministres des transports ont accordé uniquement aux compagnies aériennes helvétiques un droit de trafic illimité, et non celui d'effectuer des vols intra-communautaires (droit de cabotage), même s'ils ont laissé entrevoir que ce droit pourrait être accordé si la Suisse faisait des concessions sur la question des 40 tonnes ainsi que sur celle de la libre circulation des personnes. La principale raison de ce revirement de l'Union trouve son origine dans l'accord «open sky» paraphé par la Confédération et les Etats-Unis. N'ayant pas obtenu de renvoyer à plus tard l'ouverture des négociations, les Etats membres qui s'opposaient le plus vivement à l'accord helvético-américain ont convaincu les ministres des transports européens de prendre cette mesure, considérée par beaucoup de rétorsion. L'UE a également invoqué, à titre justificatif, le manque de symétrie d'une telle libéralisation, le marché européen étant cinquante fois plus grand pour les compagnies helvétiques que ne l'est celui suisse pour les compagnies européennes. En outre, les ministres des Quinze ont exigé que la Confédération reprenne la législation communautaire en matière de tarifs et de concurrence aérienne et qu'en cas de litige, la Cour européenne de justice soit compétente.

Les négociations entre la Suisse et l'Union européenne sur la question des transports aériens et terrestres ont enfin pu débuter au printemps. Après deux ans de travaux préparatoires et d'atermoiements, dus entre autres à l'adoption de l'initiative des Alpes en 1994, les ministres des transports des Quinze ont adopté le mandat de négociations présenté par la Commission européenne. Cette ouverture des pourparlers, promise par les Etats-membres pour le début de l'année, était pourtant loin d'être acquise quelques semaines auparavant: la Suisse ayant paraphé avec les Etats-Unis en février un accord de libéralisation de l'espace aérien entre les deux pays, certains pays membres de l'Union, principalement l'Italie et le Portugal, qui craignaient des conséquences négatives pour leur compagnie nationale, ont fait pression pour que l'ouverture des négociations soit retardée jusqu'à ce que la Confédération dénonce cet accord. Heureusement pour la Suisse, les ministres européens, plus particulièrement ceux britannique et français, ont estimé qu'il n'était plus possible de repousser à plus tard la perspective d'un accord indispensable aux deux parties.
Les ministres européens ont néanmoins chargé la Commission de procéder à une étude sur les conséquences de l'accord «open sky» sur la marché aérien européen. Ils ont également exigé qu'une clause soit introduite dans le futur accord avec la Suisse afin de permettre à l'UE de rompre ce dernier si la Confédération devait signer un traité avec des pays tiers à même de porter préjudice à l'Union. En fin d'année, la Commission européenne a rendu publiques les conclusions de son étude, estimant que l'accord entre la Suisse et les Etats-Unis n'avait qu'une influence négligeable sur le marché aérien européen et que, par conséquent, il ne devait pas affecter les négociations entre l'UE et la Suisse.

Dans un premier temps, les ministres des transports des Douze n'ont pas été entièrement convaincus par les propositions helvétiques. Après explications complémentaires de la Suisse, la Commission européenne a toutefois relevé que les propositions helvétiques pouvaient satisfaire les exigences européennes en ce sens qu'elles étaient non discriminatoires, conformes à l'accord sur le transit et garantissaient le libre choix entre rail et route. Fin novembre, les ministres des transports de l'UE, assistés de celui de l'Autriche, ont ainsi décidé de débloquer la situation entre la Suisse et ses partenaires. Ils ont demandé à la Commission de reprendre la préparation des directives de négociations dans le secteur des transports routier et aérien. L'ouverture de ces dernières n'a été fixée que pour le printemps 1995, contrairement aux autres dossiers (agriculture, recherche, libre circulation des personnes, accès aux marchés publics et obstacles techniques aux échanges) pour lesquels les discussions ont été entamées à la mi-décembre.

C'est en juin que la Commission européenne a demandé au Conseil des ministres de la CE l'ouverture de négociations avec la Suisse. Le projet de mandat de négociations soumis au Conseil des ministres par la Commission prévoyait dans une première étape d'ouvrir des négociations bilatérales dans le domaine des transports routiers et aériens et sur la libre circulation des personnes. Le lien établi entre ces deux thèmes a provoqué des protestations de la part des négociateurs suisses. Un peu plus tard, le Conseil des ministres a modifié le cadre des négociations en l'assouplissant et en l'élargissant quelque peu. C'est ainsi que trois autres dossiers y furent intégrés et qu'il fut renoncé à établir un lien juridique entre eux. Le Conseil fédéral fut satisfait de ces propositions. Les négociations entre la Suisse et la CE devraient débuter en 1994.

Le rejet par le souverain du traité EEE en 1992 a placé les transporteurs routiers et Swissair dans une position de faiblesse vis-à-vis de leurs concurrents européens. L'objectif du Conseil fédéral fut donc d'obtenir de la CE l'ouverture de négociations sur le libre-accès des transporteurs aériens et routiers au marché unique. Répondant à ce viceux, la CE a décidé d'entreprendre des discussions à ce sujet après que le gouvernement eut mis en vigueur le traité sur le transit, ce qui fut fait en début d'année. Affaibli par le rejet du traité EEE, le CF n'a pas posé de conditions à la mise en vigueur du traité. Pourtant, Adolf Ogi avait précédemment fait un lien direct avec l'ouverture de négociations avec la CE sur le problème des transports routiers et aériens.

Le refus du souverain du traité EEE a créé des difficultés pour Swissair qui s'est trouvée exclue de la libéralisation du ciel européen et victime de certaines discriminations. Seules les suites du traité sur le transit, dont la mise en vigueur est la condition pour qu'un accord soit recherché entre la Suisse et la CE dans le domaine du trafic aérien, pourraient permettre à Swissair de bénéficier de conditions de concurrence comparables aux autres compagnies européennes. Après la votation, le Conseil fédéral a d'ailleurs décidé d'entamer des négociations bilatérales avec la CE pour y parvenir.

Pourtant, les mesures contenues dans l'accord EEE ne purent entrer en vigueur car, bien que le parlement ait adopté les réformes légales nécessaires, le refus en votation populaire le 6 décembre du traité EEE les a rendues caduques.

Le Conseil fédéral a présenté son message concernant divers accords sur le trafic aérien de ligne et la modification de quatre accords sur le trafic aérien de ligne. Ces accords bilatéraux, qui s'insèrent dans le cadre juridique de l'OACI (Organisation de l'aviation civile internationale), visent à fixer les conditions auxquelles sont soumis l'exploitation des lignes aériennes, la capacité de transport des avions desservant ces lignes et les tarifs applicables sur celles-ci. Le parlement a adopté ces textes à l'unanimité.

Les verts et les socialistes ont repris cet argumentaire lors du débat au Conseil national. Ils ont également tenté, en vain, de proposer que les communes et les riverains des aéroports jouissent d'un plus grand droit de regard sur toute nouvelle installation. Les députés ont finalement décidé d'approuver le projet du gouvernement.
La prolongation du système de prêts préférentiels avait notamment pour objet de permettre aux aéroports de Genève-Cointrin et Bâle-Mulhouse d'en bénéficier, celui de Zurich en ayant déjà largement profité.