Im Januar 2016 kam nach Monaten der Unsicherheit wieder Bewegung in den Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz. Bei einem Treffen des französischen Präsidenten François Hollande und Bundesrat Schneider-Ammann in Colmar (F) wurde eine Erklärung zur Beilegung des Konflikts unterzeichnet. Dass der Erklärung aber über Monate kein Abkommen folgte, führte bei den am Flughafen angesiedelten Unternehmen zu Nervosität. Im November 2016 konnten schliesslich Staatssekretär Yves Rossier und Christian Masset, Generalsekretär des französischen Ministeriums für auswärtige Angelegenheiten und internationale Entwicklung, ein Abkommen erreichen, das den Streit beenden konnte. Gemäss dem Abkommen kommt im Schweizer Sektor des Flughafens weiterhin die Schweizer Mehrwertsteuer zur Anwendung. Die Unternehmenssteuereinnahmen des Flughafens werden zwischen Frankreich und der Schweiz aufgeteilt und es wird die französische Einkommenssteuer und die Schweizer Kapitalsteuer erhoben. Zudem wird der Aufwand der französischen Flugaufsichtsbehörde im Schweizer Sektor neu abgegolten.
Der Bundesrat genehmigte das Abkommen in seiner Sitzung vom 25. Januar 2017. Im Februar 2017 genehmigte die EU Frankreich eine Ausnahme, die es erlaubt, dass im Schweizer Sektor die Schweizer Mehrwertsteuer erhoben wird.

Mit einem Schreiben des französischen Aussenministeriums vom 18. Juli 2014 ging der Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz in eine neue Runde. Frankreich drängte erneut auf die Einführung der Taxe d’Aviation civile und der Taxe solidarité im Schweizer Sektor des EAP. Andererseits sollen nach französischer Ansicht neu auch die französichen Unternehmens- und Mehrwertsteuersätze angewendet werden. Eine Arbeitsgruppe mit Vertretungen aus den relevanten Bundesämtern sowie aus Basel-Stadt hatte sich seit Juni 2013 wiederholt mit einer Arbeitsgruppe aus Frankreich getroffen, jedoch ohne einen Durchbruch zu erzielen. Im August 2014 erklärte Yves Rossier, Staatssekretär des Aussendepartements, Frankreich beharre auf dem Territorialprinzip und behalte sich unilaterale Massnahmen vor. Das französische Aussenministerium kündete das Ende der Verhandlungen mit Bern für Oktober und die einseitige Einführung der französischen Steuern für Anfang 2015 an. Nicht einverstanden mit dem Vorgehen der französischen Regierung sind auch die Behörden der Elsässer Gemeinden: Politikerinnen und Politiker aus der Region Elsass haben bei der Regierung wiederholt gegen dieses Vorgehen protestiert. Alt Botschafter Thomas Borer wurde von den Unternehmen im Schweizer Sektor des Flughafens als Berater und Vermittler engagiert. Im August wurde von den Medien ein Kompromissvorschlag publik gemacht, der vorsieht, dass Steuererhebung und Gewinnermittlung weiterhin durch die Steuerbehörden von Basel-Stadt vorgenommen werden, der französische Staat aber an den Erträgen beteiligt wird. Dieser Vorschlag sei bereits im Vorjahr von der Koordinationsplattform der Schweizer EAP-Betriebe an die Regierungen beider Länder eingereicht worden.
Auf eine Interpellation von Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) im Juni 2014 antwortete der Bundesrat, er habe Verständnis für die Ansprüche Frankreichs auf die Steuererträge aus dem Schweizer Sektor, er wolle jedoch am binationalen Charakter des Flughafens festhalten. Kritik an der Schweizer Verhandlungsführung kam aus dem Elsass: Nicht alle Argumente würden von der Schweiz genutzt. Frankreich könne nichts diktieren, ein solcher Schritt wäre am Internationalen Gerichtshof in Den Haag einklagbar. Frankreich müsse sich mit der Schweiz in einem Abkommen einigen, sagte Pierre Henner, Präsident des französischen Unterstützervereins des EAP. Bundespräsident Burkhalter äusserte sich nach einem Arbeitsbesuch in Paris Ende Oktober zurückhaltend zum Steuerstreit um den EAP, eine Einigung sei noch nicht erzielt worden.