Noch in der Herbstsession 2018 nahm sich der Ständerat den fünf verbliebenen Differenzen in der Organisation der Bahninfrastruktur an. Die KVF-SR empfahl der Ständekammer, in allen Punkten dem Nationalrat zu folgen – für die Kommission hielt Ständerat Janiak (sp, BL) fest, es gehe nur um Formulierungsfragen und in einem Fall um eine Ergänzung, die aber «rein deklamatorischer Art» sei. Die Ratsmitglieder folgten den Kommissionsanträgen diskussionslos und bereinigten damit sämtliche Differenzen.

Im März 2018 verlangte Ständerat Hêche (sp, JU) mit einem Postulat den Ausbau der Bahnlinie Basel-Biel für Doppelstockzüge. Der Ausbau der Tunnels zwischen Basel und Biel via Delsberg und Laufen solle schnellstmöglich vorangetrieben werden. Support erhielt das Postulat des jurassischen Standesvertreters aus Basel: Claude Janiak (sp, BL) drückte seinen Ärger darüber aus, wie die SBB und auch das Bundesamt für Verkehr die Nordwestschweiz vernachlässigten. Sekundiert wurde er von der Stadtbaslerin Anita Fetz (sp, BS), welche ins gleiche Horn stiess.
Bundesrätin Leuthard wies im Rat darauf hin, dass der Ausbau der besagten Strecke in der Planung des Ausbauschritts 2030/35 des Strategischen Entwicklungsprogramms der Bahninfrastruktur enthalten und der Abschnitt Biel-Moutier bereits saniert und für Doppelstockzüge befahrbar sei. Insofern seien die Anliegen des Postulats bereits erfüllt. Die Ständekammer wollte das Anliegen aber unterstützen und überwies das Postulat im Juni 2018 mit 30 zu 12 Stimmen (keine Enthaltungen).

Nachdem der Ständerat den Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI im Dezember 2012 um mehrere Ausbauprojekte ergänzt und mittels eines zusätzlichen Mehrwertsteuerpromilles auf CHF 6,4 Mrd. aufgestockt hatte, kam das Geschäft im Juni des Berichtjahres in den Nationalrat. Umstritten war vor allem der plafonierte Fahrkostenabzug. Der Mehrheitsantrag wollte dem ständerätlichen Vorschlag von einem Pauschalabzug von CHF 3'000 zustimmen. Eine Minderheit Candinas (cvp, GR) wollte den Fahrkostenabzug dem Preis eines 2.-Klass-Generalabonnements gleichsetzen. Eine Minderheit Quadri (lega, TI) lehnte eine Plafonierung des Fahrkostenabzugs generell ab, da sie jene benachteilige, die auf das Auto angewiesen seien. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) forderte dagegen eine komplette Abschaffung des Fahrkostenabzugs, da dies ein falscher Anreiz des Staates sei. Ein Antrag Daniel Fässler (cvp, AI) verlangte einen Maximalbetrag von zehntausend Franken, während die ersten zweitausend nicht abzugsberechtigt wären. Alle Minderheits- und Einzelanträge konnten in der Abstimmung nicht gegen den Mehrheitsantrag bestehen. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) versuchte erfolglos, die vom Ständerat aufgenommene Mehrwertsteuer-Erhöhung zu verhindern. Der Nationalrat folgte dem Mehrheitsantrag für Bestätigung der Änderung der kleinen Kammer mit 125 zu 65 Stimmen. Bei der Vorlage zum Bundesgesetz über die Finanzierung und den Ausbau der Eisenbahninfrastruktur nahm der Nationalrat mit 124 zu 65 Stimmen den Antrag Fluri (fdp, SO) an, welcher forderte, dass ab 2019 die Hälfte der gesprochenen Mitteln aus Schwerverkehrsabgabe und zweckgebundener Verbrauchssteuer bis zur vollständigen Rückzahlung der Bevorschussung zur Verzinsung und Rückzahlung verwendet werden. Zum Ausbauschritt 2025 gab es im Nationalrat drei Anträge: Eine Minderheit Quadri (lega, TI) forderte die Aufnahme von Planungsarbeiten zur Umfahrung von Bellinzona. Eine Minderheit Huber (fdp, UR) wollte den ursprünglichen, deutlich kleineren Ausbauschritt des Bundesrates jenem des Ständerates vorziehen. Eine Minderheit Hurter (svp, SH) bat darum, die Elektrifizierung und den Ausbau der Hochrheinbahn in den ersten Ausbauschritt aufzunehmen. Der Nationalrat folgte allerdings in allen Abstimmungen deutlich der Kommissionsmehrheit, welche die Vorlage des Ständerates übernehmen wollte. Ein Antrag Fluri (fdp, SO), welcher eine Verknüpfung aller Teile des FABI-Geschäfts verlangte, damit keine Unsicherheiten bezüglich der Referendumsfrist auftreten können, wurde vom Rat mit 142 zu 36 Stimmen angenommen. Beim Bundesbeschluss über den Verpflichtungskredit für den Ausbauschritt 2025 zog der Rat den Mehrheitsantrag (Zustimmung zum Beschluss des Ständerates) dem Minderheitsantrag Huber (fdp, UR; Zustimmung zum Entwurf des Bundesrates) mit 142 zu 41 Stimmen vor. Einer Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) gelang es, den Ausbau der Hochrheinbahn durch die Hintertüre einzubringen: Der Nationalrat stimmte der von der Minderheit Hurter beantragten Änderung des Bundesbeschlusses vom 8. März 2005 über den Verpflichtungskredit für die erste Phase des HGV-Anschlusses mit 102 zu 82 Stimmen zu, erhöhte dort nachträglich den Kredit um CHF 100 Mio. auf CHF 1'190 Mio. und führte die Verbindung Schaffhausen-Basel im Bundesbeschluss auf. Mehrere Minderheitsanträge fanden keine Zustimmung, darunter etwa der Antrag Regazzi (cvp, TI), welcher auch die Seilbahnen und den Schienengüterverkehr in die langfristige Angebots- und Infrastrukturentwicklung einbeziehen wollte, der Antrag Huber (fdp, UR), welcher eine Befristung des Bahninfrastrukturfonds bis 2030 beabsichtigte oder der Antrag Quadri (lega, TI), welcher ein Mitspracherecht der Gemeinden in Artikel 48b und 48d des Eisenbahngesetzes festschreiben wollte. Keine Zustimmung fand auch die Minderheit II Candinas (cvp, GR), welche wie der Ständerat die finanzielle Beteiligung der Kantone über die Zuständigkeit für die Publikumsanlagen regeln wollte. Die Finanzdirektorenkonferenz der Kantone hatte sich explizit für diese Lösung ausgesprochen und Bundes- und Ständerat unterstützten diese Regelung. Der Antrag Candinas wurde mit 142 zu 41 Stimmen verworfen. Der Nationalrat nahm alle Entwürfe in den Gesamtabstimmungen deutlich an, worauf die Vorlage zur Differenzbereinigung zurück an den Ständerat ging. In der kleinen Kammer sorgten nur zwei Differenzen für Diskussionen: Zum Einen die Kantonsbeteiligung an der Finanzierung, welche gemäss Nationalrat pauschal über die Bestellungen an den Regionalverkehr aufgeschlüsselt werden sollte, zum Anderen die Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zwecks Aufnahme und Finanzierung der Elektrifizierung der Hochrheinstrecke. Die Verkehrskommission des Ständerates beantragte bei der Kantonsbeteiligung die Zustimmung zum Entwurf des Nationalrates. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) forderte Festhalten am bundesrätlichen Vorschlag der Finanzierungsbeteiligung der Kantone via die Publikumsanlagen. Diese Lösung wurde nun entgegen der ersten Debatte als kompliziert und unzweckmässig bezeichnet, zudem wurde das Risiko betont, dass kleine und finanzschwache Kantone mit der Sanierung von grossen Bahnhöfen überfordert wären. Der Ständerat schwenkte mit 32 zu 8 Stimmen auf die Linie des Nationalrates ein. Während die Standesvertreter von Basel-Stadt, Basel-Landschaft und Schaffhausen für die vom Nationalrat aufgenommene Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes zur Elektrifizierung der Hochrheinstrecke argumentierten, mahnten kritische Stimmen, dass das Projekt der Hochrheinbahn ein Ad-hoc-Projekt sei und keine grundsätzliche Prüfung durchlaufen habe wie die anderen Projekte, welche als Ausbauprojekte in FABI aufgenommen worden seien. Auch solle eine Investition auf deutschem Boden mittels Staatsvertrag geregelt werden. Der Ständerat entschied mit 32 zu 5 Stimmen gegen die Minderheit Janiak (sp, BL), welche Zustimmung zum Nationalrat beantragt hatte. Diese letzte Differenz wurde im Nationalrat am 17.Juni verhandelt. Eine Mehrheit der Kommission forderte die Zustimmung zum Ständerat. Eine Minderheit Thomas Hurter (svp, SH) forderte Festhalten an der Änderung des HGV-Anschluss-Gesetzes. Hurter zog seinen Minderheitenantrag allerdings zurück, da sein Postulat bezüglich der Hochrheinbahn in der Kommission auf grossmehrheitliche Zustimmung gestossen war. Der Nationalrat schwenkte damit gemäss Mehrheitsantrag auf die Linie des Ständerates ein und räumte die letzte Differenz zu diesem aus. In den Schlussabstimmungen im Juni nahm der Ständerat die Vorlagen einstimmig an. Fast zeitgleich folgte der Nationalrat der kleinen Kammer und führte damit die Vorlage gegen die Nein-Stimmen einer Mehrheit der SVP-Fraktion zum Abschluss. Die Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ wurde in der Folge zurückgezogen. Über die FABI Vorlage wird im Februar 2014 an den Urnen befunden.

Eine im Mai im Ständerat eingereichte Motion Janiak (sp, BL) fordert vom Bundesrat Massnahmen zur und Ausnahmen von der bestehenden Trassenprioritätsordnung im Eisenbahngesetz. Den Interessen des Schienengüterverkehrs soll so mehr Achtung zukommen. Der Bundesrat verwies auf laufende Bemühungen und beantragte die Annahme der Motion. Stände- und Nationalrat überwiesen das Geschäft Ende Jahr.

Les chambres ont adopté une motion du sénateur Claude Janiak (ps, BL) chargeant le Conseil fédéral d’allonger de cinq ans les délais pour la réalisation du raccordement de l’aéroport de Bâle-Mulhouse au réseau ferroviaire. Ce projet est censé bénéficier du soutien de la Confédération pour un montant de CHF 25 millions au titre de la première phase du raccordement aux lignes à grande vitesse à condition toutefois que les travaux débutent d’ici à fin 2010 et s’achèvent au plus tard en 2015. Or, en raison du statut trinational de l’aéroport, l’élaboration du projet s’est avérée très complexe, exigeant notamment de longues négociations entre les partenaires des trois pays, de telle sorte que les travaux ne peuvent débuter en 2010. Si l’arrêté fédéral voté en 2005 laissait au gouvernement la possibilité de proroger ces délais, la motion transmise par les chambres l’y oblige.

Lors de la session de printemps, les chambres se sont attelées à l’élimination des divergences concernant la vue d’ensemble du fonds destiné à la réalisation des projets d’infrastructure des transports publics (FTP) et le futur développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB). Sur proposition de sa commission des transports (CTT-CE), le Conseil des Etats s’est rallié au Conseil national sur l’ensemble des points de désaccords, jugés mineurs par rapport à l’importance globale du projet, relatifs à la loi sur le développement de l’infrastructure ferroviaire (LDIF), non sans avoir écarté de justesse, par 22 voix contre 20, une proposition Janiak (ps, BL) visant à prioriser la réalisation de certains projets (comme les tunnels du Zimmerberg II, du Wisenberg et du Brütten). Les sénateurs ont en outre suivi sans discussion la chambre du peuple s’agissant de l’ordonnance portant règlement du fonds pour les grands projets ferroviaires. Le désaccord est cependant demeuré absolu au sujet de la réduction du financement des mesures antibruit et le projet d’arrêté fédéral a donc été liquidé suite au second refus d’entrer en matière du Conseil national. En votation finale, les deux chambres ont approuvé à l’unanimité la LDIF et seuls 14 conseillers nationaux ont rejeté l’ordonnance. Suite à l'adoption, le Conseil des Etats a rejeté tacitement les motions Leutenegger-Oberholzer (ps, BL) (07.3492) et Wehrli (pdc, SZ) (07.3495) approuvées par le Conseil national en 2007, estimant que leurs objectifs respectifs étaient remplis.