Soutenus par leur population et les communes concernées, les cantons consultés ont tous demandé plus de tunnels (au total 30 km supplémentaires pour le Gothard et 12 pour le Lötschberg) et ont rejeté les variantes proposées. Pour le Lötschberg, Berne et le Valais se sont opposés à l'abandon provisoire prévu par la variante de base du tunnel de Niesen dans le Kandertal (BE) ainsi que celui allant vers Mundbach (VS). Ils ont également réclamé que le Gothard et le Lötschberg soient traités sur un pied d'égalité. Concernant le Gothard, les exigences des cantons conduiraient à ce que pratiquement toute la ligne soit enterrée. Uri a considéré que les variantes des CFF ne respectaient ni l'homme, ni l'environnement et a refusé qu'elles passent dans la vallée de la Reuss. Il a lui-même débloqué des fonds pour étudier un tracé dans la montagne. Schwytz a rejeté particulièrement le viaduc entre Brunnen et Schwytz et a également souhaité une ligne souterraine. Il a en outre exigé un raccordement entier pour Arth-Goldau. Le Tessin s'est prononcé pour l'enterrement de la ligne peu après Biasca et le prolongement du tunnel jusqu'à Lugano et non jusqu'à Taverne. La traversée de la plaine de Magadino a également été contestée. De plus, selon les voeux du canton, Bellinzone devrait être contourné par l'ouest plutôt que par l'est et la ligne devrait être prolongée jusqu'à Chiasso.

Aux fins de consultation, les CFF et le BLS ont remis à l'Office fédéral des transports (OFT) les avant-projets des axes du Lötschberg et du Gothard relatifs à la construction des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA). Ceux-ci ont été présentés selon deux variantes en fonction de leur importance financière. L'une répond aux désirs des cantons et régions concernés et l'autre se conforme à l'enveloppe acceptée par le parlement (CHF 14 milliards).

Malgré les efforts entrepris en matière d'économies, la baisse des intérêts et les bons résultats des comptes 1993, les CFF n'ont pas pu présenter un budget 1994 équilibré en raison de la persistance de la récession. Celui-ci prévoit un déficit de CHF 201.6 millions (produits: 6'466.6 millions, charges: 6'668.2 millions). Cependant, les charges de la Confédération ne devraient augmenter que de 3.1 pour cent (pour se porter à CHF 2'483 millions). Cela impliquera, selon le Conseil fédéral, d'importantes mesures de rationalisation. En particulier, le gouvernement a précisé que l'indemnité pour le transport régional de voyageurs ayant explosé de 1990 à 1993 (de CHF 550 à 725 millions), il convenait de la stabiliser dès 1994 et pour les années à venir, sans réduire par trop les prestations.

Pour répondre aux exigences du chef du DFTCE et de la délégation des finances, les CFF ont présenté en juin leur projet nommé «Rail 2000-1re étape», où le projet initial est revu à la baisse pour ne plus coûter qu'environ CHF 7.4 milliards. Ainsi, la proposition de relier les principaux noeuds ferroviaires helvétiques en moins d'une heure et à une cadence de trains de 30 minutes n'est maintenue que pour les lignes où la demande est suffisante. De la sorte, les CFF abandonnent ou renvoient une bonne partie de la construction des tronçons prévus tels que les lignes Kloten-Winterthour ou Muttenz-Olten. En conséquence, il subsistera essentiellement la ligne Mattstetten-Rothrist, utile pour la liaison Berne-Olten et pour absorber le trafic du nouveau Lötschberg, le tunnel de Vauderens entre Lausanne et Fribourg et le triplement de la ligne Genève-Lausanne jusqu'à Coppet. Pour compenser l'abandon de la construction de certaines infrastructures lourdes, les CFF ont annoncé vouloir améliorer leur matériel roulant, notamment en acquérant des rames de type Pendolino et des wagons à deux étages, ce qui devrait permettre de réduire les temps de trajet et accroître les capacités. En outre, la ligne du pied du Jura serait mise à égalité avec celle passant par Fribourg et Berne en termes de temps de parcours. Selon les CFF, ce nouveau programme respecterait les objectifs de Rail 2000; l'offre ferroviaire serait substantiellement améliorée avec une diminution du temps de parcours de huit pour cent entre les 23 villes principales de Suisse et avec une augmentation de la capacité de 13 pour cent. Des critiques sont notamment venues de Bâle, de Thurgovie, de Lucerne et de la Suisse orientale en général. Le gouvernement Saint-Gallois s'est clairement opposé au projet des CFF.

Pour tenter d'aplanir ce différend, une rencontre entre les quatre partis gouvernementaux et le Conseil fédéral s'est saisie du problème. Il a été proposé, eu égard aux difficultés financières de la Confédération, de procéder à une réalisation par étape des NLFA. Un tel échelonnement pourrait s'opérer en donnant la priorité à la construction des deux tunnels et en repoussant la réalisation des voies d'accès. Dans le plan financier 1995–1997, le gouvernement a d'ailleurs réduit de 20 pour cent le montant prévu pour les CFF et le BLS.

La commission des transports du Conseil national a également pris position sur les travaux du groupe de réflexion. Selon elle, la régie ne doit pas être mue par le seul objectif de la rentabilité. Si son désendettement est une priorité, il ne s'agit pas de rechercher la couverture des coûts à tout prix pour tous les types de prestation. Les CFF doivent rester un service public oeuvrant en faveur de l'aménagement du territoire, de la protection de l'environnement et de la politique régionale. Si la commission est favorable à la formule d'une régie allégée, elle est en revanche opposée à sa transformation en société anonyme ou en holding de droit privé.

Les CFF ont décidé de réformer le service Cargo-Domicile. L'objectif central de la régie est de tripler la part des colis acheminés en moins de 24 heures (de 30% à 90%) et de réaliser une économie de CHF 92 millions par année. Pour ceci, outre la transformation en une société mixte, Cargo-Domicile devrait voir son nombre de centres régionaux passer de 76 à 16, ceux-ci devenant interconnectés sans transbordement. D'autre part, l'informatique devrait avoir une place plus large dans la gestion du système. Ces changements devraient condamner environ 600 emplois d'ici 1995. Cette réforme est devenue effective en milieu d'année et n'a pas manqué de soulever les protestations des syndicats de cheminots et d'organisations de protection de l'environnement.

Dans sa prise de position sur le rapport, le Conseil fédéral a voulu calmer ces inquiétudes en déclarant qu'il n'entendait pas démanteler les CFF ni l'offre de transport régional, mais les rendre plus efficaces. C'est sur la base du travail des experts qu'il entend proposer aux Chambres une nouvelle conception directrice pour les CFF qui trouve un consensus dans les milieux politiques. Pour ce faire, le gouvernement désire prolonger de deux ans le mandat de prestations en vigueur.

Le tracé contesté du tronçon Mattstetten (BE)-Rothrist (AG) a fait l'objet de plusieurs interventions parlementaires. La plus importante est venue du canton de Berne qui avait déposé une initiative (Iv.ct. 91.306) demandant que le choix de la variante ne se porte pas sur le projet des CFF, mais sur celui des cantons de Berne et Soleure, associés aux communes concernées et à des associations d'aménagement; leur tracé, plus respectueux de l'environnement, nécessiterait un crédit supplémentaire de plusieurs centaines de millions de francs. La petite Chambre a décidé de ne pas donner suite à ce texte, considérant qu'il serait inopportun de modifier un arrêté fédéral adopté par le peuple, que chacun avait eu le loisir de s'exprimer dans le cadre de la procédure d'approbation des plans et qu'il convenait d'examiner la problématique de Rail 2000 dans son ensemble.

Pour les mêmes raisons, la Chambre haute a encore rejeté une motion (Mo. 93.3036) de la minorité de sa commission qui demandait un examen approfondi des variantes en jeu, afin de permettre une comparaison et éventuellement un financement du tracé proposé par les cantons de Berne et Soleure. En revanche, elle a accepté un postulat (Po. 93.3035) de sa commission qui invite le gouvernement à soumettre au parlement un rapport concernant un examen général de Rail 2000, prenant en compte les diverses variantes existantes et leur coût, suggérant des mesures d'économie et faisant un bilan de la planification.

Le Groupe de réflexion sur l'avenir des CFF institué par Adolf Ogi et présidé par F. Mühlemann, secrétaire général du DFTCE, a rendu son rapport final. Selon lui, une réforme de la régie serait devenue indispensable, les coûts qu'elle occasionne à la Confédération et le niveau de son endettement (CHF 13 milliards; 30 milliards en l'an 2000) n'étant plus guère supportables. Les experts ont estimé que les CFF devraient se recentrer sur les activités pour lesquelles ils sont le mieux adaptés. Cela signifierait notamment l'abandon d'une vingtaine de lignes régionales non rentables et le transfert partiel des charges du trafic régional en direction des cantons, le réexamen des secteurs du trafic de marchandises qui ne couvrent pas leurs coûts et l'élagage du programme Rail 2000 (Au parlement, les projets de suppression de lignes ont également soulevé quelques craintes: voir en particulier les interpellations Aubry (prd, BE) (Ip. 93.3049) et Seiler (udc, BE) (Ip. 93.3185)). En outre, certaines activités pourraient être privatisées. L'entreprise même pourrait changer de statut et devenir un holding jouissant d'une liberté d'action accrue. Les propositions du groupe de réflexion devraient occasionner quelques substantielles économies (au moins CHF 500 millions par année), mais toucher d'une manière ou d'une autre entre 3'000 et 7'500 emplois.

Les réactions des partis ou organisations furent dans l'ensemble favorables aux conclusions du rapport. En particulier, la direction des CFF a déclaré en soutenir l'essentiel. Notons cependant l'inquiétude des régions concernées par la fermeture de lignes, notamment l'arc jurassien. En outre, la Fédération suisse des cheminots s'est inquiétée des conclusions du rapport et a vivement critiqué ses auteurs. Selon elle, si on appliquait les propositions faites, la régie serait démantelée et 3'000 emplois disparaîtraient (devant le syndicat, Benedikt Weibel, p.d.g. de la régie, a prétendu que la sécurité des postes de travail serait garantie). Elle a relevé le manque d'idée du groupe de réflexion, notamment en matière de trafic régional, et s'est opposée a toute tentative de privatisation.

Face à l'explosion des coûts de Rail 2000, Adolf Ogi a annoncé qu'il voulait limiter les frais du projet à CHF 8 milliards, soit la moitié de son coût actuel. Cela signifie un redimensionnement du projet nécessitant de faire des choix parmi le paquet accepté en 1987 par le peuple. Un telle démarche pourrait signifier que le souverain serait éventuellement appelé à se prononcer une nouvelle fois. Pour sa part, la Délégation des finances des Chambres fédérales s'est également inquiétée de l'évolution des coûts de Rail 2000. Elle a considéré que le prix initial avait été sous-estimé et que, vu l'état des finances fédérales et des CFF, ainsi que les oppositions qui retardent la construction, la réalisation du projet était entravée et qu'un sévère amaigrissement s'imposait. Pour les CFF, ainsi que pour le CF, la construction par étape d'un Rail 2000 aminci ne nécessiterait pas d'arrêté fédéral supplémentaire soumis au référendum facultatif, ce qui n'est pas l'avis de H. Danioth (pdc, UR), président de la commission des transports du CE, et de la majorité de cette dernière. En fin de compte, le gouvernement a décidé de ne présenter au parlement qu'un rapport sur le nouveau projet dans le courant de l'année 1994:

Les comptes 1992 des CFF montrent une dégradation de la situation par rapport à 1991, ce qui, outre des problèmes structurels (frais de personnel, charge des intérêts), fut principalement dû à la conjoncture économique difficile. Le déficit enregistré fut de CHF 136 millions, le total des produits étant de 6.2 milliards (+5.4%) et celui des charges de 6.33 milliards (+7.2%). La participation de la Confédération a encore augmenté pour se fixer à CHF 1.99 milliard (+ 6.3%). Si le trafic voyageur a légèrement diminué, la récession économique s'est surtout fait sentir dans le trafic marchandise (-6.6% de tonnage transporté).

Pour A. Ogi, si une privatisation doit avoir des limites et ne pourrait être que partielle, il ne serait pas exclu de céder certains trafics régionaux à des chemins de fer privés, d'ouvrir certains réseaux à d'autres prestataires que les CFF (notamment à des sociétés européennes) et de remplacer certaines lignes ferroviaires par des autobus. Un groupe de réflexion a d'ailleurs été mis en place par le Conseil fédéral pour étudier d'éventuelles formules de privatisation partielle, reconsidérer le statut des fonctionnaires, formuler un nouveau mandat de prestations et proposer des solutions pour une meilleure rentabilité du trafic régional.

Le débat sur l'avenir des CFF s'est poursuivi et le mot «privatisation» fut plus d'une fois prononcé. Si, pour H. Eisenring, président de la direction générale des CFF, cela devrait principalement se limiter aux activités de nettoyage et d'entretien, d'autres voix se sont faites entendre en faveur d'un rôle plus large du secteur privé dans le transport ferroviaire. Ce fut notamment le cas de l'économiste bâlois S. Borner qui a prôné de confier à des privés l'exploitation des grandes lignes rentables et de demander aux régions d'assumer elles-mêmes le trafic les concernant. Ces idées ont trouvé face à elles de sérieux adversaires, tel le député M. Béguelin (ps, VD), pour qui la gestion des CFF est quasi optimale et la privatisation un non-sens, même s'ils ne rejettent pas la possibilité d'injecter des capitaux privés dans un tel service public. Fin octobre les syndicats de cheminots de la CE, de l'Autriche et de la Suisse ont d'ailleurs organisé une journée d'action commune pour protester contre la privatisation et la dérégulation des entreprises ferroviaires. Alors que certains pays étaient touchés par des grèves d'une certaine ampleur, les cheminots helvétiques se sont limités à organiser des conférences de presse et à informer le public.

Le budget 1993, ainsi que le plan à moyen terme 1994-1998, annoncent une nouvelle dégradation de la situation financière de la régie. Le déficit devrait atteindre CHF 234 millions en 1993 avec un total des recettes de CHF 6.466 millards et des dépenses de 6.7 milliards, ceci malgré un accroissement des contributions de la Confédération de 9 pour cent (CHF 2.17 milliards). Le taux de couverture des charges diminuera encore pour se situer à 76.4 pour cent. Afin de freiner cette évolution, la régie a annoncé un abaissement de l'effectif en personnel de 440 unités pour ces prochaines années.

Si le parlement a adopté le budget, de nombreux députés, bourgeois essentiellement, ont néanmoins fait part de leurs préoccupations quant à la détérioration importante des finances de la régie. Au Conseil national, les radicaux, soutenus par une partie des libéraux, la Lega, les démocrates suisses et les automobilistes firent même une demande de renvoi en raison du trop gros déficit budgétisé; elle fut toutefois assez largement repoussée. Pour leur part, les démocrates-chrétiens, les socialistes et les démocrates du centre ont défendu ce budget en estimant qu'il fallait donner la priorité aux transports publics.

Toujours dans le but de réaliser des économies, les CFF ont annoncé la disparition dans les cinq ans de près de 600 contrôleurs. Cela devrait toucher principalement les lignes régionales qui se verront progressivement privées d'agents de trains, ceux-ci étant maintenus sur les lignes directes (une diminution du nombre de postes dans l'administration des CFF est également à l'étude). De plus, les CFF ont demandé à la Confédération de réduire les dettes de la régie, le paiement des intérêts lui coûtant plus de CHF 700 millions par an. Par ailleurs, ils ont diminué les heures d'ouverture des guichets dans les dix plus grandes gares de Suisse, ce qui a occasionné la suppression de 40 emplois. En outre, le nouvel horaire des CFF pour 1993–1995 prévoit une diminution de l'offre de transports en matière de trafic régional; sept lignes seront ainsi supprimées et remplacées par des services de bus. Parallèlement, les grandes liaisons seront améliorées, entre Bâle et Zurich, par exemple, et avec l'étranger.
Les lignes dont la suppression est prévue sont: Laufon-Delémont (JU), Fleurier-Les Verrières (NE)-Pontarlier, Monthey (VS)-Saint-Gingolph, Flüelen-Göschenen (UR), Laufenburg-Koblenz (AG), Airolo-Bellinzone (Tl) et Frick-Brugg (AG). Les propositions des CFF n'ont guère plu aux cantons.

Les représentants de six cantons (BS, BL, SO, AG, BE, ZH) se sont élevés contre la volonté des CFF et de la Confédération de transférer sur les cantons et le trafic régional leurs problèmes financiers. Ils ont particulièrement souligné que leurs budgets ne permettaient pas de prendre en charge les lignes régionales pour lesquelles, de surcroît, la Confédération s'est engagée (Rail 2000). Une telle politique irait à l'encontre du développement des transports publics et donc des objectifs fixés en matière de protection de l'environnement.
Le DFTCE a entamé une consultation en vue de modifier la loi sur les chemins de fer au sujet du financement du trafic régional.

Les CFF ont annoncé une nouvelle augmentation de leurs tarifs pour le 1er mai 1993. Plutôt qu'une hausse généralisée, ils ont préféré accroître le prix du billet sur certaines lignes seulement, les plus rentables.
En outre, les CFF ont innové en décidant d'introduire un abonnement pour les chiens.

Le président de la direction générale des CFF, H. Eisenring, 60 ans, a démissionné en fin d'année de son poste. Il a fait valoir des raisons de santé et a déclaré vouloir transmettre dans des mains plus jeunes le lourd dossier des restructurations à venir de la régie. Il a été remplacé par Benedikt Weibel, anciennement chef du département des transports de la régie. Le poste de ce dernier est désormais occupé par H.-P. Fagagnini, jusque-là sous-directeur de l'Office fédéral des transports.

Dans son message accompagnant les comptes 1991 de la régie, le Conseil fédéral a demandé aux CFF de prendre d'importantes mesures d'économie par une gestion plus rationnelle et une diminution des prestations. Par exemple, il a proposé que les lignes dont le taux d'utilisation est inférieur à dix pour cent soient remplacées par des services d'autobus. Il a suggéré également une privatisation du trafic régional. Au parlement, des voix bourgeoises se sont également élevées pour aller dans le sens de privatisations, de suppressions de lignes ou d'une nouvelle politique du personnel. Pour la gauche, au contraire, il s'agit de ne surtout pas réduire les prestations, mais plutôt d'assainir la dette de l'entreprise. Chacun a toutefois reconnu l'échec du mandat de prestations de 1987.
Pour la première fois, les CFF ont publié le compte des résultats par ligne. Ce bilan fait apparaître que seules huit des 61 lignes régionales des CFF sont rentables et que pour une vingtaine d'entre elles, la couverture des coins est de moins de 50 pour cent. Au contraire, 25 lignes intercity et directes sur 35 sont rentables, la première d'entre elles étant le tronçon Berne–Zurich.

Le Conseil national a rejeté, pour des raisons financières, le postulat Bircher (ps, AG) (Po. 90.996) qui entendait transformer la carte journalière en carte valable 24 heures et étendre la validité de la carte familiale aux grand-parents. Par contre, il a transmis le postulat Béguelin (ps, VD) souhaitant que, dans le cadre du nouveau contrat entre CFF et PTT pour le transport de colis postaux et de lettres, l'accent soit mis sur le transfert de la route au rail de ce type de transports, et que les intérêts des entreprises concessionnaires soient préservés en matière de transports postaux.

Pour sa part, le Conseil national a transmis un postulat du groupe radical démocratique qui entend ouvrir le débat sur la réforme des CFF. Selon ce texte, la situation économique de la régie nécessite une remise en question de son rôle et de ses structures. Le gouvernement doit ainsi élaborer un rapport sur le sujet ayant pour objectif notamment d'étudier des scénarios tels que la privatisation des CFF, l'abolition du statut de fonctionnaire pour les agents des CFF ainsi que la séparation des activités des CFF en un domaine géré par eux-mêmes et soumis aux lois du marché et en un domaine où ils rempliraient, aux frais des collectivités publiques, des prestations particulières.
Par ailleurs, une expertise menée par le professeur zurichois E. Rühli sur le partage des compétences au niveau de la direction des CFF a conclu qu'une répartition plus stricte devait être effectuée. Ainsi, le domaine politique devrait être de la compétence exclusive des Chambres et du Conseil fédéral, tandis que la direction générale des CFF devrait se consacrer uniquement à la gestion de l'entreprise.

Première étape de leur réforme, les CFF ont décidé de transférer vingt centres régionaux «Cargo Domicile» vers des centres plus importants, ceci dans le cadre d'un programme de restructuration visant à sortir ce service des chiffres rouges. En outre, celui-ci a été engagé sur la voie d'une privatisation partielle, une société regroupant diverses entreprises suisses de transport ayant été créée afin d'en négocier le principe et les modalités.

Le Conseil national, par le biais d'un postulat de sa commission, a invité le gouvernement à présenter, dans un plan à moyen terme des CFF pour les années 1993-1997, un taux de couverture des coûts nets constants.