Le Conseil fédéral a approuvé le message concernant l’accord de trafic aérien entre la Suisse et l’Allemagne et l’a transmis aux Chambres fédérales. A l’exception du Parti socialiste et des Verts, l’accord a fait l’unanimité contre lui. Le PRD, l’UDC, le PDC, le PL, Economiesuisse, Aerosuisse, Swiss et l’aéroport de Kloten se sont mobilisés afin de s’opposer à sa ratification et afin d’exiger une renégociation de ce qu’ils jugeaient comme discriminatoire et en violation avec le droit européen et les accords bilatéraux. Le Conseil d’Etat zurichois a également opéré une volte-face afin de le dénoncer. Le parlement zurichois en a fait de même. Premier à se saisir du sujet, le Bundestag allemand a ratifié l’accord. En cas de refus suisse, il a menacé la Suisse de mesures unilatérales plus strictes et de retirer la gestion de l’espace du sud de l’Allemagne à Skyguide. Lors du vote au Conseil national, la cohorte du non a toutefois refusé d’entrer en matière sur l’accord par 105 à 79. Les opposants invoquaient la nécessité d’appuyer Unique et Swiss, par rapport à un accord qu’ils jugeaient mal négocié. Le vote suivait les recommandations de la Commission des transports, mais se mettait en porte-à-faux avec celles de la Commission des affaires extérieures. A quelques jours d’intervalle, le Bundesrat allemand rejetait également l’accord, acceptant un recours du Land de Bade-Wurtemberg. L’accord retournait au Bundestag. Suite à ces votes, Skyguide a milité pour le traité, argumentant qu’en cas de non-ratification, il perdrait le contrôle de cette zone et des revenus qui pourraient en être tirés. (L’entrée en vigueur du traité devait permettre à Skyguide de vendre ses prestations, qui jusqu’alors étaient gratuites.) Afin d’empêcher l’entrée en vigueur du deuxième volet de l’accord aérien, Swiss et Unique ont déposé une plainte auprès du tribunal administratif du Bade-Wurtemberg. La nouvelle réglementation interdisait les vol les week-ends et les jours fériés allemands de 20 heures à 9 heures. Par 29 contre 10, le Conseil des Etats a suivi la proposition de sa CTT en acceptant d’entrer en matière sur l’accord et en le lui renvoyant, afin d’examiner les possibilités de renégociation et les effets de l’acceptation ou du rejet de la ratification. En agissant de la sorte, les Etats se sont donnés jusqu’en mars 2003 pour analyser la situation, mais ils ont surtout privilégié le débat plutôt qu’un conflit ouvert avec l’Allemagne. Le Conseil fédéral a quant à lui chargé Moritz Leuenberger de mener un entretien exploratoire avec l’Allemagne sur le contenu de l’accord. En effet, Berlin n’excluait plus une idée de renégociation sur un dossier qui n’avait pas avancé au Bundestag.

La Commission européenne a précisé attendre la mise en œuvre de l’accord pour juger si le droit européen est prétérité. Les partis gouvernementaux bourgeois ont manifesté leur mécontentement, alors que le PS réitérait son soutien au Conseil fédéral. Dans les faits, cela c’est traduit par la défiance du Conseil des Etats envers le gouvernement. Par 25 voix contre 5, les sénateurs lui ont demandé, via une recommandation de Schweiger (prd, ZG) (01.3368), d’organiser une vaste consultation avant de signer l’accord aérien. Les sénateurs espéraient suspendre la signature du gouvernement jusqu’à l’entrée en vigueur des accords bilatéraux avec l’UE. Cette recommandation ne l’engageant à rien, le Conseil fédéral a autorisé le DETEC à ratifier l’accord aérien avec l’Allemagne. Le 18 octobre, après trois ans de négociations, l’Allemagne et la Suisse ont signé l’accord aérien bilatéral. Ce dernier est entré immédiatement en vigueur. La ratification par le parlement a été agendée à 2002. Tant pour Unique Airport, société concessionnaire de l’aéroport international de Kloten, que pour Swissair/Crossair et les cantons riverains (Thurgovie, Schaffhouse, Argovie et Zurich), le plus dur restait à venir. L’ensemble des acteurs est appelé à coopérer autour d’une "table ronde" instituée par la Confédération. Il s’agira d’élaborer un nouveau concept d’exploitation de l’aéroport zurichois, qui tienne compte du transfert en Suisse de 50'000 vols sur les 154'000 passant au-dessus de l’Allemagne, mais aussi qui assainisse les griefs liés au renouvellement de la concession de l’aéroport par l’OFAC.

Comme deuxième chambre, le Conseil national a lui aussi ratifié la convention de Bâle de 1999 entre la Suisse et l’Italie sur la liaison des voies ferrées. Il en a fait de même avec la convention bilatérale avec la France, donnant par la même occasion le coup d’envoi du raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau ferroviaire européen à grande vitesse, conformément aux promesses faites en 1998 lors de la votation sur la modernisation du rail. Pour arriver à ses fins, la Suisse a admis une entorse au principe de territorialité : elle paiera une partie des travaux entrepris sur sol français. En effet, la majorité doit être effectuée en France, mais ce sont les Suisses qui en profiteront le plus. En revanche, la Confédération a refusé de participer au financement de travaux entrepris en Italie ou en Allemagne.

Si les conditions de restrictions du survol de l’espace aérien étaient acceptées par l’Allemagne et la Suisse, les conditions d’application du nouveau régime faisaient l’objet d’un âpre débat. Les négociateurs butaient sur la mise en œuvre des réductions de vols, l’indemnisation des riverains allemands, ainsi le caractère juridique de l’accord. Sur ce dernier point, la Suisse souhaitait obtenir l’assurance que l’accord sur Kloten ne s’appliquera que subsidiairement à des dispositions découlant d’accords existants ou à venir conclu entre la Suisse et l’UE. La Confédération a en plus concédé d’augmenter le nombre de zones d’attentes au-dessus de son propre territoire. Au terme du treizième round, Moritz Leuenberger et son homologue Kurt Bodewig ont réussi à éliminer leurs dernières divergences. La réduction des survols entre 2001 et 2005 ne se fera pas par étapes comme le désirait l’Allemagne. Ainsi, pendant la période transitoire de 41 mois, le nombre de survols pourra rester constant, c’est-à-dire au niveau mesuré de 154'000. Le droit suisse sera déterminant pour l’indemnisation des riverains allemands incommodés par le bruit des avions utilisant l’aéroport de Zurich. Concernant la subordination du traité au droit européen et aux accords bilatéraux, Berlin a accepté de se plier au verdict de la Commission européenne que consultera Moritz Leuenberger. Pour le reste, l’accord restait fidèle au compromis trouvé en avril à Berlin.

Le Conseil fédéral a approuvé un accord franco-suisse relatif au contrôle aérien en Suisse occidentale. Négocié par l’OFAC, la société suisse Skyguide continuera de gérer la partie de l’espace aérien français située à l’ouest de Genève. Dans les faits, cet accord, illimité dans le temps, donne à partir du 1 juillet 2001 un cadre juridique à une situation qui existe depuis des dizaines d’années. L’espace aérien surveillé par le centre de contrôle genevois s’étend, côté français, de Besançon à Dijon et Lyon; il englobe aussi une partie du nord de l’Italie, au-delà du versant transalpin du Mont-Blanc. En contrepartie de ses services, l’Etat français versera une compensation à Skyguide de CHF 46,5 millions pour l’année 2002, de CHF 48,6 millions pour 2003 et de CHF 50,8 millions pour 2004.

Après l’impasse de décembre 2000, la Suisse et l’Allemagne ont réussi à esquisser les contours d’un compromis sur les vols en provenance et en destination de Zurich, qui survolent le territoire allemand. Sous la menace d’une ordonnance par laquelle l’Allemagne aurait fixé unilatéralement les conditions de survol de son territoire, Moritz Leuenberger a dû lâcher beaucoup de lest. Dès la ratification du traité, l’interdiction des vols sera étendue de deux heures; à partir du 1er septembre, plus aucun avion en phase d’atterrissage ne pourra survoler la région frontière allemande entre 22 heures et 6 heures du matin. Avec l’entrée en vigueur de l’horaire d’été 2002, ces vols seront également interdits les jours fériés et les week-ends de 20h à 9h. En outre, les deux parties se sont mises d’accord pour réduire à 100'000 par an le nombre d’avions passant au-dessus du sud de l’Allemagne (réduction de 35%). Berlin et Berne se donnaient 41 mois après la signature officielle pour y arriver. Une clause prévoyait de revoir après huit ans l’ensemble des dispositions à la lumière de l’évolution du trafic et des nuisances sonores qui en découlent. Alors que le Conseil fédéral s’était félicité de la tournure politique des événements, les trois partis gouvernementaux bourgeois refusaient de ratifier l’accord.

Afin de garantir la planification du raccordement de la Suisse avec le réseau ferroviaire européen à haute performance, le Conseil fédéral a proposé au parlement de ratifier les accords signés l'année précédente avec la France et l'Italie. Il ne s'agissait pas d'un projet de construction détaillé, mais de conditions-cadres nécessaires à l'établissement de tels projets pendant les vingt prochaines années. Les projets individuels n'ont pas été définis. L'argent pour améliorer le raccordement de la Suisse avec le réseau européen était déjà garanti: le souverain avait accepté un financement de CHF 1,2 milliards en même temps que les NLFA. Toutefois, cette somme devrait être partagée entre la Suisse orientale et occidentale. Les mesures et les plans de financement, qui en découleront, donneront lieu à une loi fédérale sur les raccordements de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen à haute performance. Fin novembre, le Conseil des Etats a accepté à l'unanimité les deux messages du gouvernement sur la garantie de capacité des lignes d'accès sud à la nouvelle ligne ferroviaire à travers les Alpes (NLFA) et sur le raccordement de la Suisse au réseau ferroviaire français à grande vitesse. Les sénateurs ont donc donné le feu vert à l'amélioration des liaisons ferroviaires avec l'Italie et la France pour une intégration au réseau à haute performance italien (RHP) et aux trains à grand vitesse français (TGV).

En novembre, le conseiller fédéral Leuenberger et le ministre italien des transports et de la navigation ont signé une convention sur le raccordement des NLFA au réseau italien des lignes à grande vitesse (raccordements sud). Cet accord coordonne la planification à long terme de l’infrastructure ferroviaire entre les deux Etats. Les principaux éléments sont l’aménagement et la construction des lignes d’accès aux NLFA des deux côtés de la frontière italo-suisse. La convention porte encore sur l’amélioration du raccordement à l’aéroport de Malpensa, les aménagements des terminaux pour le fret combiné transalpin ainsi que sur une nouvelle ligne reliant Lugano à Milan. Le conseiller fédéral a également signé avec son homologue français une convention relative au raccordement de la Suisse au réseau ferroviaire français et plus particulièrement aux lignes à grande vitesse (TGV). Le texte doit encore être ratifié par les Chambres fédérales et le parlement français. Les mesures visent à améliorer l’accès de l’ouest de la Suisse aux lignes françaises à grande vitesse. L’accord porte sur trois liaisons. Premièrement, Genève–Nantua–Bourg-en-Bresse–Mâcon (raccordement à l’actuelle ligne TGV Paris–Sud-Est). Ensuite, Lausanne/Berne-Neuchâtel–Dole–Dijon–Aisy (raccordement à l’actuelle ligne Paris–Sud-Est et à la future ligne du TGV Rhin-Rhône). Troisièmement, Bâle–Mulhouse (raccordement aux futures lignes TGV Est-européen et TGV Rhin-Rhône).

Le gouvernement a présenté aux Chambres un message concernant l'adoption de plusieurs conventions et protocoles internationaux dans le domaine de la navigation maritime. En premier lieu, il s'est agi de la Convention du 10 mars 1988 et de son protocole sur la répression d'actes illicites contre la sécurité de la navigation maritime. Celui-ci vise à la création d'un réseau mondial de surveillance et de contrôle, permettant de poursuivre les auteurs d'actes terroristes. En second lieu, le Conseil fédéral a soumis aux députés la convention internationale de 1989 sur l'assistance, qui entend qu'une opération d'assistance ait pour but non seulement la sauvegarde du navire et de son chargement, mais également la protection de l'environnement marin. Enfin, le dernier texte présenté était le protocole de 1990 modifiant la Convention d'Athènes de 1974 relative au transport par mer de passagers et de leurs bagages. Le message a proposé, en outre, les modifications de la loi sur la navigation maritime nécessaires pour l'entrée en vigueur de ces accords. Le parlement a adopté ces textes à l'unanimité.