Im Sommer 2017 hatte der Bundesrat das UVEK beauftragt, anhand einer theoretischen Wirkungsanalyse in der Region Zug das Thema Mobility Pricing zu untersuchen. Der Bundesrat nahm im Dezember 2019 Kenntnis von den Resultaten dieser Wirkungsanalyse, welche gezeigt hatte, dass Verkehrsspitzen in stark befahrenen Agglomerationen mit dem Einsatz von Mobility Pricing sowohl beim Privatverkehr als auch beim öffentlichen Verkehr geglättet werden können.
In der Folge beauftragte der Bundesrat das UVEK und das EFD damit, ein Konzept zur Sicherung einer nachhaltigen Finanzierung der Verkehrsinfrastruktur zu erarbeiten. Das Ziel besteht darin, bestehende Steuern und Abgaben durch eine leistungsabhängige Abgabe zu ersetzen. Zudem beauftragte er das UVEK, eine Vernehmlassungsvorlage vorzubereiten, welche die rechtlichen Grundlagen für die Durchführung von Pilotversuchen in Sachen Mobility Pricing für Kantone und Gemeinden schafft.

Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im Mittelpunkt des neusten, im Nachtragskredits IIa zum Voranschlag 2019 behandelten Kapitels der Krise der Schweizer Hochseeflotte stand die Massmariner SA, eine Tochtergesellschaft der Massoel Maritime Holding SA, die über eine Flotte von acht vom Bund mit CHF 129 Mio. verbürgten Massengutfrachtern verfügte. Wie der Bundesrat im Bericht zum Nachtrag IIa informierte, hatte Massmariner den Bund im November 2015 über akute Liquiditätsprobleme informiert, bereits im Dezember 2015 drohte ihr die Zahlungsunfähigkeit. Um ein unvorbereitetes Insolvenzverfahren und einen Verkauf der Schiffe deutlich unter ihrem Wert zu verhindern, genehmigte der Bund die Revalutierung, also die Wiederverwendung bereits amortisierter verbürgter Kreditmittel durch die Massmariner SA. Trotz enger Betreuung durch den Bund und dem Beizug externer maritimer Spezialisten drohte 2016 erneut die Insolvenz. Erneut nahm das WBF eine Revalutierung in der Höhe von USD 14 Mio. vor, um den optimalen Zeitpunkt zum Verkauf der Schiffe abwarten zu können – verpflichtete Massmariner SA jedoch zu einer stetigen Rückzahlung der Darlehen mit allen erwirtschafteten Mitteln, die nicht für den Betrieb benötigt werden (PAYE-Mechanismus), verbot ihr das Abführen von finanziellen Mitteln (Ring Fencing) und ordnete Reorganisationen, Inspektionen und Audits durch eine Expertenfirma sowie verschiedene weitere Massnahmen an. Zwar erhöhte sich der Marktwert der Schiffe in der Folge um USD 20 Mio., für das Jahr 2017 drohte jedoch erneut eine Überschuldungssituation. Der Bund realisierte, dass «sich die Gesellschaft nicht nachhaltig stabilisieren» liesse und legte zusammen mit Massmariner und Experten den optimalen Verkaufszeitpunkt auf das vierte Quartal 2021 fest. Mit einer Sanierungsstrategie und neuem Businessplan mit Liquiditätsplanung sollte die Zeit bis zum Verkauf überbückt werden, doch bereits Anfang 2018 stellte die Revisionsstelle für den Abschluss 2017 eine Überschuldung der Massmariner SA fest. Erneut konnte dies verhindert werden; diesmal nahm die zuständige Bank in Absprache mit dem Bund Rangrücktritte auf den verbürgten Darlehen über CHF 31 Mio. vor. Der Bund verlegte den optimalen Verkaufszeitpunkt auf Ende 2020 und schränkte die Handlungsfreiheit von Massmariner stärker ein. Im Januar 2019 folgten schliesslich betriebliche Probleme auf den entsprechenden Schiffen, wie mehrmalige Festhaltungen durch Hafenstaatbehörden aufgrund unzureichenden Unterhalts und verspäteter Lohnzahlungen, worauf das EDA unter anderem Sicherheitsinspektionen veranlasste und weitere Massnahmen androhte, «um die Risiken für die Schweizer Flagge» zu minimieren. Als die Massmariner SA den mit dem Bund vereinbarten Business Plan anfangs 2019 nicht mehr einhalten konnte, war auch die Hoffnung, dass die Darlehensschulden reduziert werden könnten – mit einer Amortisation der ganzen Darlehenssumme wurde bereits nicht mehr gerechnet – erloschen. Um das finanzielle Risiko für den Bund und die negativen Auswirkungen auf die Schweizer Flagge und damit auf alle Schweizer Schiffsgesellschaften zu verringern, wurde der Weiterbetrieb der Schiffe eingestellt.
Der Bund erachtete im Hinblick auf eine Risiko- und Verlustminimierung den Freihandverkauf als Einzelschiffverkauf, möglicherweise auch als Blockverkäufe, als beste Option, weil dadurch auch die finanziellen und flaggenrechtlichen Risiken für andere Hochseeschiffe reduziert werden könnten. Daher beschloss die Massmariner SA im März 2019 einen schrittweisen Verkauf der Schiffe. Massmariner SA blieb für den Verkauf der Schiffe verantwortlich, die operative Durchführung der Verkäufe übernahm der bisherige Reeder und Manager Massoel, um Zusatzkosten durch den Koordinationsaufwand beim Verkauf durch ein neues Management zu verhindern. Der Bund nahm die Verkaufspreise zur Kenntnis und in den Verkaufsverhandlungen eine beratende Funktion wahr. Die Schiffswerte sowie die späteren Verkaufspreise wurden durch unabhängige Experten beurteilt und dienten dem Bund als Entscheidungsgrundlagen. Um die ersten beiden Hochseeschiffe geordnet und lastenfrei verkaufen zu können, stellte die betroffene Bank der Massmariner SA eine durch den Bund abgesicherte Überbrückungsfinanzierung über USD 2 Mio. zur Verfügung. Der Verkaufsprozess startete im April 2019, bis Mitte Oktober 2019 waren zwei Hochseeschiffe verkauft und übergeben sowie der Verkaufserlös einem vom Bund kontrollierten Konto bei der SNB gutgeschrieben worden. Experten rechneten mit einem Brutto-Verkaufserlös der gesamten Massmariner-Flotte in mittlerer zweistelliger Millionenhöhe, was abzüglich der Transaktionskosten eine Nettobelastung des Bundes im hohen zweistelligen Millionenbereich bedeuten würde.

Neben dem politischen gab es auch ein rechtliches Nachspiel in der Affäre zu der Schweizer Hochseeflotte. Bereits im Jahr 2016 hatte die EFK eine Strafanzeige wegen Unregelmässigkeiten bei den Bürgschaften eingereicht. Die Bundesanwaltschaft stellte das entsprechende Verfahren jedoch wegen fehlenden hinreichenden Anfangsverdachts und Verjährung vieler Vorwürfe ein. Dies kritisierten verschiedene Juristen später gegenüber den Medien, da eine Nichtanhandnahme-Verfügung nur in «sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen» möglich sei. Im August 2017 reichte auch Johann Schneider-Ammann Strafanzeige gegen die mutmasslichen Urheber des Millionenschadens ein, woraufhin die Bundesanwaltschaft das Verfahren mit neuem Beweismaterial und neuen Unterlagen wieder aufnahm. Die Bundesanwaltschaft konzentrierte ihre Untersuchungen gemäss Medien vor allem auf die Rolle von Michael Eichmann, dem ehemaligen BWL-Direktor, dem Amtsmissbrauch und ungetreue Geschäftsführung vorgeworfen wurden. Dabei war jedoch lange Zeit von Seiten der Bundesanwaltschaft kaum etwas zum Verfahren zu vernehmen – offenbar hatte sie Eichmann auf Anfrage der Medien bis Juni 2018 noch nicht befragt –, was zu Kritik von Seiten der Presse führte, insbesondere da im Laufe der Zeit immer mehr Informationen zu möglichen Ungereimtheiten im BWL ans Licht kamen. So berichteten die Medien von einem Vertrag zwischen der SCL-Reederei und einer kroatischen Werft für eine Rückzahlung von Projektkosten über CHF 12 Mio. für vier Schiffe sowie von zwei identischen Kaufverträgen für Schiffe, die sich lediglich im eingetragenen Kaufpreis unterschieden. Nach seiner zweiten Interpellation habe die Bundesanwaltschaft hingegen Ulrich Giezendanner (svp, AG; Ip. 18.3645) trotz seiner Immunität aufgeboten und aufgefordert, seine Informationen zu präzisieren und den Namen seines Informanten zu nennen, was dieser mit Verweis darauf, dass Bundesanwalt Michael Lauber «seine Arbeit gefälligst selber machen» solle, jedoch nicht tat.
Die Untersuchung zum Eigentümer der SCT-SCL-Gruppe, Hansjörg Grunder, übernahm die Abteilung Wirtschaftsdelikte der Berner Staatsanwaltschaft. Diese zeigte sich gemäss Medien deutlich aktiver als die Bundesanwaltschaft und gab Ende Juni 2018 bekannt, eine Person – die Medien vermuteten, es sei Grunder – verhaftet zu haben. Dabei habe sie auch Hausdurchsuchungen vorgenommen und dabei umfangreiche Akten und Vermögenswerte beschlagnahmt. Es bestehe der «Verdacht, dass die Täterschaft bei der Einreichung von Bürgschaftsgesuchen für die Finanzierung von Hochseeschiffen überhöhte Bau- und Erwerbspreise geltend gemacht hat, um widerrechtlich in den Genuss zu hoher Bürgschaften zu gelangen», wie die Staatsanwaltschaft verlauten liess. In der Folge erstellte sie Anzeige wegen Verdachts auf Leistungsbetrug und Beamtenbestechung. Mitte Dezember gab die «Nordwestschweiz» schliesslich bekannt, dass die Berner Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsdelikte Anklage gegen Grunder wegen Betrugs zum Nachteil des Bundes, Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsführung erhoben habe. Der Bund trete als Privatkläger auf, um seine finanziellen Interessen zu wahren. Konkret solle Grunder seit 2005 in fünf Fällen zu hohe Bau- und Erwerbspreise für Hochseeschiffe vorgetäuscht haben, um überhöhte Bürgschaften für die Schiffe zu erhalten – es gehe um eine Deliktsumme von CHF 130 Mio. Zusätzliche Fälle seien zudem verjährt. Grunder bestritt die Vorwürfe und die Medien betonten, dass für ihn und Michael Eichmann die Unschuldsvermutung gelte.

Diskussionslos überwies der Nationalrat im September 2019 ein Postulat von Philipp Kutter (cvp, ZH) über besondere Herausforderungen der Agglomerationen. Auch der Bundesrat hatte Annahme beantragt mit der Begründung, dass ab 2022 sowieso eine Evaluation der Agglomerationspolitik 2016+ anstehe. Die nun im Postulat speziell erwähnten Bereiche umfassen die Raumplanung und Mobilität einerseits und die Wirtschaftsentwicklung sowie mögliche Unterstützung von Agglomerationen andererseits.
Bereits im Februar 2019 hatten das ARE und das SECO dem Bundesrat eine gemeinsame «Berichterstattung zum Stand der Umsetzung der Agglomerationspolitik 2016+ und der Politik für die ländlichen Räume und Berggebiete» vorgelegt. Unter anderem definiert dieser Zwischenbericht vier Arbeitsschwerpunkte für die Periode von 2020 bis 2023: eine bessere Mobilisierung der Schlüsselakteure; vermehrte Nutzung der Tripartiten Konferenz (Bund, Kantone und Gemeinden) als «Plattform für strategische Diskussionen zwischen den Staatsebenen»; klarere Identifikation des Stadt-Land-Koordinationsbedarfs sowie die Aufnahme aktueller Themen wie etwa Digitalisierung oder Klimawandel und die Entwicklung entsprechender Massnahmen. Die Agglomerationspolitik im Speziellen soll von ihrem bisher exklusiven Fokus auf den Verkehr abrücken, der im 2017 geschaffenen Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds (NAF) seinen Höhepunkt fand.

Bereits im Mai 2016, kurz nach Bekanntwerden der Schwierigkeiten der SCT-SCL-Gruppe, hatte der WBF-Vorsteher Johann Schneider-Ammann die EFK beauftragt, eine Administrativuntersuchung zur Vergabepraxis der Bürgschaften des BWL, zur Vorbereitungen der Erhöhung des Bürgschafts-Rahmenkredits im Jahr 2008, zum Umgang des BWL mit den stark gestiegenen Risiken seit 2008, zu den Mängeln in der Organisation des BWL sowie zu allfälligen Hinweisen auf strafrechtlich relevante Tatbestände durchzuführen. Grund dafür seien verschiedene Hinweise auf Mängel in der Prüfung von Vergaben und Amortisationsstundungen sowie das hohe Schadenspotenzial für den Bund. Im Rahmen des Nachtrags Ia zum Voranschlag 2017 gab das WBF im Oktober 2016 bekannt, dass die EFK «bedeutende Schwachstellen» gefunden habe. Unter anderem seien Abläufe beim BWL bis 2013 nur informell geregelt gewesen, wesentliche Funktionen bis 2012 auf eine Person konzentriert gewesen, sei das interne Kontrollsystem sowie die Kontrolle der Reedereien unzureichend gewesen und neue Bürgschaften, Revalutierungen und Amortisationsstundungen zu wenig kritisch geprüft worden. Das WBF sei nun daran, dieser Kritik mit einem Massnahmenplan zu begegnen.
Kurz darauf machte die Zeitung «Nordwestschweiz» bekannt, dass dieser Bericht der EFK nicht veröffentlicht werden dürfe, weil sich zwei betroffene und im Bericht erwähnte Personen dagegen wehrten, dass sie im Bericht für die Missstände zu den Hochseebürgschaften mitverantwortlich gemacht würden, aber nie angehört worden seien.
Im September 2019 erschien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts zu dieser Anschuldigung. Dieses gab den Klägern recht: Die EFK habe die Kläger nicht angehört und ihnen keine Akteneinsicht gewährt. Da der Anspruch auf rechtliches Gehör Teil der allgemeinen Verfahrensgarantien sei, stelle dies eine schwerwiegende Verletzung ihrer Rechte dar. Damit seien sie in ihren Persönlichkeitsrechten berührt worden. Diese Verletzung könne nachträglich nicht korrigiert werden, weshalb die entsprechenden Personendaten aus dem Bericht gelöscht werden müssten. Die EFK hatte zuvor angegeben, sie habe auf eine Anhörung der betroffenen Personen verzichtet, «um das Strafverfahren nicht zu behindern».

Nur zwei Tage nachdem die GPK auf die Stellungnahme des Bundesrates zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften geantwortet hatten, veröffentlichte die FinDel ihren Bericht zur Untersuchung des Verkaufsprozesses der SCL- und SCT-Schiffe. Die FinDel habe im April 2018 entschieden, den Verkaufsprozess zu untersuchen, um Lehren für künftige Verkaufsprozesse ziehen zu können. Dazu hatte sie die EFK mit der Informationsbeschaffung und der Prüfung spezifischer Sachverhalte beauftragt, welche diese bis August 2018 vornahm. In der Folge führte die FinDel Befragungen bei den Vorstehenden des WBF, des EFD und des EDA, ihren Mitarbeitenden, externen Expertinnen und Experten sowie Vertretenden der SCL- und SCT-Gesellschaften durch, verlangte Unterlagen oder schriftliche Auskünfte und nahm Akteneinsicht. Die FinDel untersuchte darin den Verkaufsprozess sehr detailliert. Sie attestierte Johann Schneider-Ammann als Vorsteher des WBF, mit der Strategie der Verlustminimierung, mit der eingesetzten Krisenorganisation und mit der Einsetzung eines Liquidators korrekt gehandelt und so einen um CHF 30 bis 40 Mio. höheren Verlust verhindert zu haben. Es sei den involvierten Bundesstellen gelungen, eine Wettbewerbssituation unter den Kaufinteressenten zu schaffen. Zukünftig sollten jedoch nicht nur eine einzige Verkaufsstrategie verfolgt, sondern auch Alternativszenarien vorbereitet werden. So sei die Wahl eines Freihandverkaufs zwar nachvollziehbar, die Konsequenzen von Alternativszenarien wie eines Konkurses oder einer Nachlassstundung sollten nachträglich dennoch untersucht werden. Weiter sei der Verkaufszeitpunkt zwar nicht ideal gewesen, der Handlungsspielraum sei jedoch aufgrund exogener Faktoren stark eingeschränkt gewesen. Hingegen kritisierte die FinDel das Informationsleck im Januar 2017, welches die Höhe der Kaufangebote negativ beeinflusst habe. Der Bundesrat müsse dringend Massnahmen ergreifen, damit vertrauliche oder geheime Beratungen zukünftig nicht an die Öffentlichkeit dringen würden.
Aus dem Verkauf der SCT-SCL-Gruppe solle der Bundesrat verschiedene Lehren ziehen, betonte die FinDel. So empfahl sie ihm unter anderem, bei anderen Gesellschaften bereits vor einer Liquiditätskrise eine klare Abwicklungsstrategie für den Krisenfall zu erarbeiten, nachvollziehbare Bewertungskriterien für Offerten zu erstellen, zukünftig verschiedene Handlungsoptionen zu verfolgen und eine echte Wettbewerbssituation zwischen den Kaufinteressenten herzustellen. Auch bezüglich der Verkaufsverträge machte sie einige Empfehlungen und schlug schliesslich vor, zukünftig auf Solidarbürgschaften zu verzichten und die bestehenden wenn möglich in einfache Bürgschaften umzuwandeln. Auf diverse Fragen zum Verkauf der Schiffe, welche Ulrich Giezendanner (svp, AG) – den die FinDel überdies in dieser Sache angehört hatte – in einer Interpellation aufgenommen hatte, ging die FinDel hingegen nicht ein.

Im Juni 2019 reagierten die GPK auf die Stellungnahme des Bundesrates zu ihrem Bericht zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Zuvor hatte die Arbeitsgruppe der GPK dem Bundesrat, der Bundeskanzlei und dem Bundesamt für Justiz weiterführende Fragen zukommen lassen, Vertretungen des WBF und des BWL angehört und mit der Bundesanwaltschaft über die laufenden Strafverfahren gesprochen. Dabei sei sie von der Bundesanwaltschaft über für die Strafverfahren irrelevante, für die GPK jedoch zentrale Befunde informiert worden, welche sie aus Gründen der Gewaltentrennung jedoch erst nach Beendigung der Strafverfahren prüfen werde.
Bezüglich ihrer ersten Empfehlung zur Protokollierung stellten die GPK fest, dass sich die Protokollierungs-Praxis des WBF verbessert habe. Man behalte sich aber das Recht vor, die Protokollierung von Führungsgesprächen in anderen Departementen bei der Nachkontrolle zu dieser Inspektion zu überprüfen. Sehr ausgiebig untersuchten die GPK die Umsetzung ihrer zweiten Empfehlung zur Organisationsstruktur des BWL. Dabei zeigten sie sich in zahlreichen Punkten unzufrieden. Sie kritisierten, dass der Bundesrat anscheinend nicht bereit sei, «die Organisation des BWL und seiner Leitung eingehend zu prüfen». Die bestehenden Strukturen seien im Nachgang der Krise nicht grundlegend verändert worden. Die Bereitschaft des Bundesrates, die Organisation der Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-5) prüfen zu lassen respektive die entsprechende Verordnung zu ändern, begrüsste die GPK hingegen. Sie verwiesen jedoch auch auf eine entsprechende laufende Inspektion der GPK-NR sowie der PVK, in deren Rahmen diese Fragen in allgemeiner Form untersucht würden. Daher verzichte die GPK vorerst auf weiterführende Untersuchungen. Auch bezüglich der Schaffung einer Stelle für Administrativuntersuchungen stellte die GPK vorerst ihre Bemühungen zugunsten der Untersuchung der GPK-NR ein, obwohl sie die diesbezügliche Einschätzung des Bundesrates nicht teilte. Zufrieden zeigten sich die GPK bezüglich der Massnahmen zu Empfehlung 7 und 8. Insgesamt erklärten die GPK, sie hätten beschlossen, ihre Arbeiten zu dieser Thematik vorerst abzuschliessen, behielten sich aber die Möglichkeit weitergehender Inspektionen vor.

En 2017, les émissions de gaz à effet de serre se sont élevées à 47.2 millions de tonnes d'équivalents CO2, une diminution d'un million par rapport à 2016. La Suisse enregistre une baisse de ses émissions de 12 points de pourcentage par rapport à 1990. Par rapport aux objectifs de réduction à atteindre d'ici 2020, l'industrie aura atteint les 15%; le secteur des bâtiments n'arrivera pas au 40% avec ce rythme; le secteur des transports aura des difficultés pour parvenir au 10%. Les émissions découlant des transports sont légèrement à la hausse par rapport à 1990, alors que le secteur des bâtiments connaît une diminution de 26 points de pourcentage des émissions par rapport à 1990.

Mit einem im September 2018 eingereichten Postulat regte Ständerat Janiak (sp, BL) an, dass der Bundesrat in einem Bericht aufzeige, wie sich die Entwicklung des Rheinregimes der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt (ZKR) heute – 10 Jahre nach dem Vorlegen des Berichtes zur Schifffahrtspolitik des Bundes – darstelle. Der Bundesrat solle im Bericht darlegen, wie die Interessen der Schweiz im Zuge einer verstärkten Regulierung der internationalen Rheinschifffahrt durch die EU gewahrt werden könnten.
Der Bundesrat beantragte im November 2018 die Ablehnung des Postulats, da er weder auf wirtschaftlicher noch auf politischer Ebene eine Änderung im Rheinregime erkenne. Zudem sei die Schweiz als Mitglied der ZKR auch Vollmitglied des Europäischen Ausschusses zur Ausarbeitung von Standards im Bereich der Binnenschifffahrt (Cesni). Da die Standards der Cesni mit einstimmigem Beschluss der anwesenden Mitglieder angenommen würden, verfüge die Schweiz über ein Vetorecht. Die Interessenwahrung sei damit vollumfänglich gewährleistet.
Im März 2019 wurde das Postulat im Ständerat traktandiert. Ständerat Janiak zeigte sich sehr unzufrieden mit der Stellungnahme des Bundesrates und wies auf offene Punkte hin, beispielsweise auf den Umstand, dass die Schweiz trotz Mitgliedschaft bei der ZKR und des Cesni bei der Umsetzung von die Schifffahrt betreffenden EU-Verordnungen als Drittstaat behandelt werde. Janiak kritisierte ausdrücklich auch die Departementsverteilung: Da das Schweizerische Seeschifffahrtsamt (SSA) dem EDA angehöre, die Schifffahrt als Verkehrsträger aber beim UVEK beheimatet sei, ergebe sich für die Mitgliedschaft bei der ZKR eine doppelte Departementszuständigkeit. Er werde den Eindruck nicht los, dass die Departemente einander die «heisse Kartoffel» hin- und herreichten, erklärte Claude Janiak und bat um Annahme seines Postulates. Die kleine Kammer stimmte mit 32 zu 4 Stimmen (keine Enthaltungen) zu.

Im März 2019 publizierte das ARE den überarbeiteten Bericht über die externen Effekte des Verkehrs im Jahr 2015. Die umfassende Studie gab – wie bereits die Vorgängerstudie für das Jahr 2010 – einen Überblick über die Effekte des Verkehrs in zahlreichen Bereichen, etwa luftverschmutzungsbedingte Gesundheitsschäden, Gebäudeschäden, Ernteausfälle, Biodiversitätsverluste, Lärm, Klima oder Gesundheitsnutzen des Langsamverkehrs. Die gesamten externen Kosten des Verkehrs beliefen sich für 2015 auf CHF 12.8 Mrd. Dabei erwies sich der Strassenverkehr (Private und Güter) mit CHF 9.1 Mrd. als Hauptkostentreiber. Der Luftverkehr zeichnete für CHF 1.2 Mrd. verantwortlich, während auf den Schienenverkehr 1.1 Mrd. entfielen. Der öffentliche Strassenverkehr verursachte externe Kosten von CHF 260 Mio. und der Schiffsverkehr von CHF 90 Mio. Im Langsamverkehr resultierte neben Kosten von CHF 1.1 Mrd. auch ein externer Gesundheitsnutzen von CHF 1.4 Mrd. Im Bericht wurde darauf hingewiesen, dass die Verkehrsleistungen der einzelnen Verkehrsträger naturgemäss sehr unterschiedlich ausfallen; im Strassenverkehr werde beispielsweise ein Vielfaches mehr an Personen transportiert als im Schiffsverkehr.

Ende November 2018 publizierte der Bundesrat einen unter Leitung des ARE erstellten Bericht in Erfüllung eines Postulats Vogler (csp, OW), in dem er aufzeigte, wie die Koordination der Raum- und Verkehrsplanung in Zukunft verbessert werden kann. Zur Erstellung des Berichts wurden neben den zuständigen Bundesstellen auch Verkehrs- und Raumplanungs-Verantwortliche in diversen Kantonen und aus der Agglomeration Lausanne sowie die BPUK, der Städteverband, der Verband öffentlicher Verkehr (VöV), der Raumplanungsverband EspaceSuisse und verschiedene Planungsbüros einbezogen. Der Bericht schlussfolgert, dass die heutige Koordination zwischen der vom Bund geprägten Verkehrsplanung und der in erster Linie den Kantonen obliegenden Raumplanung zielführend ist und demnach keine neuen Instrumente geschaffen werden müssen. Ebenso soll an der bestehenden Kompetenzordnung festgehalten werden. Dennoch schlug der Bundesrat punktuelle Verbesserungen vor. Diese beinhalten insbesondere die Stärkung des Sachplans Verkehr als Instrument der Gesamtverkehrskoordination oder etwa auch die Intensivierung des Erfahrungsaustausches von Verantwortlichen für Raumplanung und Verkehr auf allen drei Staatsebenen, die stärkere Berücksichtigung von raumplanerischen und ökologischen Auswirkungen bei der Planung raumwirksamer Verkehrsprojekte oder das Festhalten von Qualitätskriterien für Siedlungsdichte und Siedlungsverträglichkeit in den Richtplänen. Nicht zuletzt sollen auch Pilotprojekte und Forschungsprogramme im Bereich der nachhaltigen Raumentwicklung und Mobilität stärker unterstützt werden.

Le rapport Pollution sonore en Suisse expose les résultats du monitoring national sonBase pour l'année 2015. Avec cette contribution, l'OFEV concrétise le troisième axe stratégique, intitulé «monitoring de la pollution sonore et information du public», du plan national pour diminuer les nuisances sonores. Elle permet d'établir le nombre de personnes, de logements et de bâtiments importunés par du bruit nuisible ou incommodant issu du trafic routier, ferroviaire et aérien. Une personne sur sept fait les frais d'immissions sonores supérieures aux valeurs limites légales pendant la journée, et une sur huit durant la nuit. Le trafic routier est la principale source de bruit dans les centres urbains et les périphéries, où vit la quasi totalité de la population affectée par le bruit de trafic. Pour remédier à la pollution phonique, le rapport prône la prise de mesures supplémentaires.

Im September 2018 nahm der Bundesrat Stellung zum Bericht der GPK vom Juni 2018 zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Dabei pflichtete er dem Bericht weitgehend bei und nahm die Kritik an der Auftragserteilung des WBF an die EFK sowie an deren Auftragsabwicklung zur Kenntnis. In der Zwischenzeit habe das WBF auf die im Bericht angesprochenen Probleme beim BWL reagiert, unter anderem durch laufende Information des Bundesrates und der FinDel über die Entwicklungen bezüglich der Hochseeschifffahrts-Bürgschaften.
Der Bundesrat nahm auch zu den einzelnen Empfehlungen Stellung. Eine Verbesserung der Protokollierung (Empfehlung 1) erachtete er als sinnvoll, eine Änderung der Rechtsgrundlagen sei dazu aber nicht nötig. Die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL (Empfehlung 2) habe er bereits umgesetzt; hier habe er die Rolle des Delegierten durch Aufstockung seiner Anstellung gestärkt, mehr unabhängige Schifffahrtsexpertinnen und -experten hinzugezogen, die Aufteilung der Zuständigkeiten geklärt und ein umfassendes Massnahmenpaket beschlossen. Bei den Empfehlungen zu den Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-6) wolle er die Bundeskanzlei sowie das Bundesamt für Justiz mit einer Präzisierung in der RVOV und der Abklärung weiterer Fragen bis Ende 2019 beauftragen; die Prüfung der Schaffung eines neuen Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen sei hingegen nicht nötig. Zudem pflichtete er den GPK bei, dass Eventualverpflichtungen wie Bürgschaften zukünftig ins Risikomanagement aufgenommen werden müssen (Empfehlung 7). Einheitliche Vorgaben zur Gewährung von Bürgschaften (Empfehlung 8) seien hingegen aufgrund der Heterogenität der Bürgschaften nicht möglich. Aufgrund neuer Weisungen solle aber dem Risikoaspekt zukünftig genügend Rechnung getragen werden.

Da sich der Handlungsbedarf bezüglich der Schaffung eines Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen nachträglich noch einmal verdeutlicht habe, reichte die GPK-NR im November 2019 diesbezüglich eine Motion ein.

Neben den verschiedenen parlamentarischen Vorstössen wurde das Parlament auch mit Untersuchungen seiner Kontrollorgane, konkret der GPK und der FinDel aktiv. Letztere beschäftigte sich mit der Prüfung des Verkaufsprozesses, zudem untersuchte die EFK die Abläufe und Verantwortlichkeiten im BWL.
Im September 2017 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen der eidgenössischen Räte bekannt, Fragen zur departementalen Aufsicht und zum Risikomanagement im Rahmen dieser Bundesbürgschaften nachzugehen. Dazu setzten sie eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Yvonne Feri (sp, AG) ein, die den Auftrag erhielt, den Handlungsbedarf seitens der parlamentarischen Oberaufsicht zu prüfen. Die Arbeitsgruppe der GPK überprüfte in der Folge die Aufsicht des WBF über das BWL, des EDA über das eidgenössische Seeschifffahrtsamt (SSA), die Kontrolle des BWL durch die EFK sowie die Information des Gesamtbundesrates.
Im Juni 2018 erschien der Bericht der Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Nach Anhörung des Vorstehers sowie des Generalsekretärs des WBF und gegenwärtiger und ehemaliger Vertretenden des BWL und der EFK und nach Analyse der relevanten rechtlichen Vorgaben und Unterlagen wie Sitzungsprotokollen, Informationsnotizen und Riskmaps aus dem Risikoreporting des Bundes stellten die GPK fest, dass das BWL seine Bringschuld durch verspätete Reaktion auf die Probleme und ungenügende Information des Departements «nicht angemessen erfüllt» habe. Die Hauptverantwortung orteten die GPK jedoch im WBF. Seit 2011 hätten konkrete Hinweise vorgelegen, dass die SCT-SCL-Gruppe in finanziellen Schwierigkeiten sei. Das BWL habe die Probleme heruntergespielt, erst im Juni 2015 habe das WBF den Ernst der Lage begriffen und in der Folge angemessen reagiert. Dennoch seien die Schiffe erst 2017 verkauft worden. Neben Versäumnissen stellten die GPK auch Unregelmässigkeiten fest: So existierten von Amtssitzungen vor 2013 keine Protokolle mehr, obwohl es diese gegeben haben soll; hier liege also ein Verstoss gegen das Archivierungsgesetz vor. Auch die Einsetzung der EFK für die Administrativuntersuchung im Jahr 2016 kritisierte der Bericht; die EFK sei voreingenommen und nicht unabhängig gewesen. Die EFK ihrerseits habe in der Folge das rechtliche Gehör des damaligen BWL-Stabschefs verletzt, indem sie diesen beschuldigt, aber nicht vernommen habe. Der Bericht der EFK durfte in der Folge zum Ärger des Parlaments aufgrund von Einsprachen zweier Personen nicht veröffentlicht werden; die beiden zogen ihre Beschwerde bis ans Bundesverfassungsgericht weiter. Da «die EFK dieses Vorgehen auch heute noch als richtig erachtet und die Problematik bezüglich ihrer fehlenden Unabhängigkeit negiert», bezweifelten die GPK gar die fachliche Eignung der EFK als Untersuchungsorgan für Administrativuntersuchungen.
In der Folge formulierten die GPK acht Empfehlungen an den Bundesrat und luden diesen wie auch die EFK zu Stellungnahmen ein. Die Empfehlungen betrafen eine adäquate Protokollierung, die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL, verschiedene Kriterien und Vorschläge bezüglich Administrativuntersuchungen sowie die Überprüfung des weiteren Vorgehens bezüglich Bürgschaften.
Die Medien griffen in der Folge vor allem eine Aussage von Bundesrat Schneider-Ammann im Bericht auf, gemäss der das Risikomanagement des Amtes sowie des Departements ungenügend gewesen seien. Ihm selbst sowie dem Generalsekretariat des WBF habe das Bewusstsein für die Tragweite der Risiken sowie für das Schadenspotenzial der Hochseeschifffahrtsbürgschaften gefehlt.

Ein Postulat der KVF-SR zur Evaluation von Via sicura war im Juni 2017 mit einem Bericht des Bundesrates erfüllt worden. Im Juni 2018 schrieb der Ständerat das Postulat auf Antrag des Bundesrates ab.

Der Bundesrat beantragte im März 2018 – nachdem er im Dezember 2017 den geforderten Bericht publiziert hatte – im Rahmen des Berichts über «Motionen und Postulate der gesetzgebenden Räte im Jahre 2017» die Abschreibung des Postulats der FDP-Fraktion zur Festlegung eines realisierbaren Verlagerungsziels. Im Sommer 2018 folgte der Nationalrat diesem Antrag stillschweigend und schrieb das Postulat als erfüllt ab.

Les communes et les cantons ne sont pas parvenus à assainir les routes contre le bruit dans les délais, 30 ans après l'entrée en vigueur de l'ordonnance sur la protection du bruit (OPB). Actuellement, plus de 2'000 km de routes cantonales et 167 km routes nationales sont illégales. Par conséquent, les personnes importunées par le bruit routier pourront se retourner contre les propriétaires des ouvrages routiers et exiger des dédommagements.
La Ligue suisse contre le bruit, dénonçant les reports répétés des délais, envisage de saisir la justice. Porter les affaires devant le Tribunal fédéral permettrait d'avoir une jurisprudence pour la question des dédommagements et des indemnités. Toutefois, pour saisir la justice, les propriétaires devront prouver que la perte de valeur du logement entre le moment de l'achat et aujourd'hui est due par le bruit. L'Association Transports et Environnement (ATE) a remis une pétition contre le bruit du trafic routier. D'après l'OFEV, différents facteurs expliquent le retard comme par exemple l'inefficacité des premières mesures prises, ou l'augmentation de la population et de la mobilité. Pour l'entité fédérale et l'ATE, les mesures les plus prometteuses sont celles qui luttent contre le bruit à la source: limitation de vitesse de 50 à 30 km/h sur les routes cantonales et les revêtements phonoabsorbants sur les autoroutes. La Confédération a prolongé ses subventions pour l'assainissement jusqu'en 2022, espérant ainsi protéger 100'000 personnes supplémentaires.

Im März 2018 nahm der Nationalrat vom im Dezember 2017 vom Bundesrat publizierten Verlagerungsbericht 2017 Kenntnis. Auf die grösste Resonanz stiessen im Rat die im Bericht enthaltenen Angaben, wonach die Anzahl alpenquerender Lastwagen in der Berichtperiode erstmals unter eine Million gesunken war und der Marktanteil der Bahn im alpenquerenden Güterverkehr auf 71% angestiegen ist. Bundesrätin Leuthard erklärte diesbezüglich, die schweizerische Verlagerungspolitik sei ein «extremes Erfolgsmodell». Während mehrere Fraktionen ihre Freude oder Zufriedenheit mit diesen Zahlen ausdrückten, betonten insbesondere die Fraktionen der SP, der Grünen und der Grünliberalen, dass das Verlagerungsziel noch nicht erreicht sei und es deshalb weiterer Anstrengungen bedürfe.
Der Bericht enthielt im Weiteren erste Zahlen zu den Auswirkungen des Unfalls in Rastatt, welcher eine Streckenblockierung auf der Rheintallinie zur Folge hatte. Immerhin zwei Drittel des normalen Volumens des alpenquerenden Schienengüterverkehrs konnte während der rund siebenwöchigen Sperrung der Rheintalstrecke abgewickelt werden. Im Rat wurde kritisiert, dass noch nichts unternommen worden sei, um derartige Ereignisse zukünftig rascher zu beheben.

Aus Anlass des überwiesenen Postulats KVF-NR zur Vereinfachung der Zollverfahren und Erleichterung der grenzüberschreitenden Verkehrsabwicklung veröffentlichte der Bundesrat im Dezember 2017 einen Bericht. Darin hielt er fest, dass Vereinfachungen bei Zollverfahren nicht mit Italien ausgehandelt werden können (wie vom Postulat gefordert), sondern unter die Zuständigkeit der EU fallen. Der Bericht ging deshalb auch nicht auf die zollrechtlichen Fragen ein, sondern konzentrierte sich auf die Analyse der Verspätungen, die bei der grenzüberschreitenden Verkehrsabwicklung zwischen Italien und der Schweiz auftreten. Dabei ortete der Bundesrat verschiedene Schwachstellen im Bahnhof Chiasso, welche sich relativ leicht beheben lassen würden – etwa durch die Elektrifizierung weiterer Geleise für den Transitverkehr oder die Installation von Kameras zur Videoüberwachung.
Im März 2018 beantragte der Bundesrat die Abschreibung des Postulats und der Nationalrat stimmte diesem Antrag im Sommer 2018 stillschweigend zu.

In Anlehnung an die Befreiung der Pistenfahrzeuge von der Mineralölsteuer reichte Nationalrat Giezendanner (svp, AG) eine Motion ein, mit der er Schweizer Lastschiffe von der Mineralölsteuer befreien wollte. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion, da die Steuerbefreiung einer unnötigen Subventionierung gleichkäme. Zudem sei der administrative Aufwand, den diese Ausnahmeregelung mit sich bringen würde, in Anbetracht des geringen Steuerbetrags nicht gerechtfertigt. Bundesrat Maurer befürchtete Ende Februar 2018 im Nationalrat, eine solche Ausnahme könnte weitere Forderungen nach sich ziehen. Der Nationalrat lehnte die Motion mit 108 zu 85 Stimmen (3 Enthaltungen) ab.

Im Dezember 2017 nahm der Ständerat zwei Motionen bezüglich selbstfahrender Fahrzeuge ohne Gegenstimme an. Sowohl die Motion Regazzi (cvp, TI) für einen rechtlichen Rahmen für autonome Fahrzeuge als auch die Motion der FDP-Liberale-Fraktion „Weg frei für automatisierte und selbstfahrende Fahrzeuge“ waren unumstritten und auch vom Bundesrat zur Annahme empfohlen worden. Bundesrätin Leuthard wies in der kleinen Kammer jedoch darauf hin, dass Fragen nach Haftung und Datenfluss nicht trivial seien und eine Gesetzesänderung wohl unumgänglich sei.

Im Rahmen des Verlagerungsberichts 2017 erfüllte der Bundesrat das Postulat der FDP-Fraktion bezüglich eines realistischen Verlagerungsziels. Der Bundesrat prüfte verschiedene Modifikationen des Verlagerungszieles, spielte den Ball aber an das Parlament zurück: Die bisherige Nichterreichung mache das bestehende Verlagerungsziel nicht ungültig. Eine Veränderung des Zieles sei eine rein politische Frage und könne vorgenommen werden, wenn das Parlament den konkreten Auftrag dazu gebe.

Im November 2017 legte der Bundesrat seinen Bericht zur Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten der SBB Cargo vor, mit dem er seinen Verpflichtungen aus dem im Rahmen der Debatte zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes angenommenen Postulat KVF-SR (15.3496) nachkam. Der Bundesrat stellte darin verschiedene Zukunftsszenarien für die SBB Cargo vor und zeigte auf, dass eine vollständige Privatisierung zur Zeit nicht angezeigt sei. Der Verwaltungsrat der SBB Cargo AG solle aber innerhalb des SBB-Konzerns gestärkt werden. Damit der Verwaltungsrat der SBB Cargo eine höhere Unabhängigkeit erhalte, sei er durch fachkundige Dritte ausserhalb der SBB zu ergänzen. Das Präsidium des Verwaltungsrats sei ebenfalls durch eine Drittperson zu besetzen. Darüber hinaus soll der Verwaltungsrat über die üblichen strategischen und geschäftsentscheidenden Kompetenzen verfügen – das Organisationsreglement der SBB sei in diesem Sinne anzupassen.

In Erfüllung eines Postulats der KVF-SR veröffentlichte der Bundesrat im Juni 2017 seinen Bericht zu den Massnahmen der Via Sicura. Zwar wird die Zeit von drei Jahren seit der Inkraftsetzung der ersten Via Sicura-Massnahmen für die Evaluation im Bericht als eher knapp bezeichnet, doch insgesamt stellt der Bericht den Massnahmen ein gutes Zeugnis aus: Die Unfallzahlen sind tief. Positiv ausgewirkt hätten sich insbesondere vier Massnahmen: Das Alkoholverbot für Neulenkende und Berufschauffeure, das Lichtobligatorium für Motorfahrzeuge am Tag, die Regelung von Raserdelikten und die Infrastrukturmassnahmen. Zur Diskussion stellen möchte der Bericht den Verzicht auf die Mindestfreiheitsstrafe bei Raserdelikten, die Senkung der Mindestdauer des Führerausweisentzugs auf sechs Monate und die Erhöhung des Ermessensspielraums der Gerichte beim Rasertatbestand. Weiter könnte die Rückgriffspflicht der Haftpflichtversicherer wieder in ein Rückgriffsrecht umgewandelt werden. Zwei Massnahmen, die noch gar nicht in Kraft getreten sind, könnten aus dem Via Sicura-Paket gestrichen werden: Sowohl der Einsatz von Alkohol-Wegfahrsperren als auch von Datenaufzeichnungsgeräten bei Geschwindigkeitsdelinquenten wären im Verhältnis zum Nutzen zu aufwendig. Weiter wird vorgeschlagen, das Fahren mit Licht am Tag bei schnellen E-Bikes zu empfehlen.