Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

Im Mittelpunkt des neusten, im Nachtragskredits IIa zum Voranschlag 2019 behandelten Kapitels der Krise der Schweizer Hochseeflotte stand die Massmariner SA, eine Tochtergesellschaft der Massoel Maritime Holding SA, die über eine Flotte von acht vom Bund mit CHF 129 Mio. verbürgten Massengutfrachtern verfügte. Wie der Bundesrat im Bericht zum Nachtrag IIa informierte, hatte Massmariner den Bund im November 2015 über akute Liquiditätsprobleme informiert, bereits im Dezember 2015 drohte ihr die Zahlungsunfähigkeit. Um ein unvorbereitetes Insolvenzverfahren und einen Verkauf der Schiffe deutlich unter ihrem Wert zu verhindern, genehmigte der Bund die Revalutierung, also die Wiederverwendung bereits amortisierter verbürgter Kreditmittel durch die Massmariner SA. Trotz enger Betreuung durch den Bund und dem Beizug externer maritimer Spezialisten drohte 2016 erneut die Insolvenz. Erneut nahm das WBF eine Revalutierung in der Höhe von USD 14 Mio. vor, um den optimalen Zeitpunkt zum Verkauf der Schiffe abwarten zu können – verpflichtete Massmariner SA jedoch zu einer stetigen Rückzahlung der Darlehen mit allen erwirtschafteten Mitteln, die nicht für den Betrieb benötigt werden (PAYE-Mechanismus), verbot ihr das Abführen von finanziellen Mitteln (Ring Fencing) und ordnete Reorganisationen, Inspektionen und Audits durch eine Expertenfirma sowie verschiedene weitere Massnahmen an. Zwar erhöhte sich der Marktwert der Schiffe in der Folge um USD 20 Mio., für das Jahr 2017 drohte jedoch erneut eine Überschuldungssituation. Der Bund realisierte, dass «sich die Gesellschaft nicht nachhaltig stabilisieren» liesse und legte zusammen mit Massmariner und Experten den optimalen Verkaufszeitpunkt auf das vierte Quartal 2021 fest. Mit einer Sanierungsstrategie und neuem Businessplan mit Liquiditätsplanung sollte die Zeit bis zum Verkauf überbückt werden, doch bereits Anfang 2018 stellte die Revisionsstelle für den Abschluss 2017 eine Überschuldung der Massmariner SA fest. Erneut konnte dies verhindert werden; diesmal nahm die zuständige Bank in Absprache mit dem Bund Rangrücktritte auf den verbürgten Darlehen über CHF 31 Mio. vor. Der Bund verlegte den optimalen Verkaufszeitpunkt auf Ende 2020 und schränkte die Handlungsfreiheit von Massmariner stärker ein. Im Januar 2019 folgten schliesslich betriebliche Probleme auf den entsprechenden Schiffen, wie mehrmalige Festhaltungen durch Hafenstaatbehörden aufgrund unzureichenden Unterhalts und verspäteter Lohnzahlungen, worauf das EDA unter anderem Sicherheitsinspektionen veranlasste und weitere Massnahmen androhte, «um die Risiken für die Schweizer Flagge» zu minimieren. Als die Massmariner SA den mit dem Bund vereinbarten Business Plan anfangs 2019 nicht mehr einhalten konnte, war auch die Hoffnung, dass die Darlehensschulden reduziert werden könnten – mit einer Amortisation der ganzen Darlehenssumme wurde bereits nicht mehr gerechnet – erloschen. Um das finanzielle Risiko für den Bund und die negativen Auswirkungen auf die Schweizer Flagge und damit auf alle Schweizer Schiffsgesellschaften zu verringern, wurde der Weiterbetrieb der Schiffe eingestellt.
Der Bund erachtete im Hinblick auf eine Risiko- und Verlustminimierung den Freihandverkauf als Einzelschiffverkauf, möglicherweise auch als Blockverkäufe, als beste Option, weil dadurch auch die finanziellen und flaggenrechtlichen Risiken für andere Hochseeschiffe reduziert werden könnten. Daher beschloss die Massmariner SA im März 2019 einen schrittweisen Verkauf der Schiffe. Massmariner SA blieb für den Verkauf der Schiffe verantwortlich, die operative Durchführung der Verkäufe übernahm der bisherige Reeder und Manager Massoel, um Zusatzkosten durch den Koordinationsaufwand beim Verkauf durch ein neues Management zu verhindern. Der Bund nahm die Verkaufspreise zur Kenntnis und in den Verkaufsverhandlungen eine beratende Funktion wahr. Die Schiffswerte sowie die späteren Verkaufspreise wurden durch unabhängige Experten beurteilt und dienten dem Bund als Entscheidungsgrundlagen. Um die ersten beiden Hochseeschiffe geordnet und lastenfrei verkaufen zu können, stellte die betroffene Bank der Massmariner SA eine durch den Bund abgesicherte Überbrückungsfinanzierung über USD 2 Mio. zur Verfügung. Der Verkaufsprozess startete im April 2019, bis Mitte Oktober 2019 waren zwei Hochseeschiffe verkauft und übergeben sowie der Verkaufserlös einem vom Bund kontrollierten Konto bei der SNB gutgeschrieben worden. Experten rechneten mit einem Brutto-Verkaufserlös der gesamten Massmariner-Flotte in mittlerer zweistelliger Millionenhöhe, was abzüglich der Transaktionskosten eine Nettobelastung des Bundes im hohen zweistelligen Millionenbereich bedeuten würde.

Neben dem politischen gab es auch ein rechtliches Nachspiel in der Affäre zu der Schweizer Hochseeflotte. Bereits im Jahr 2016 hatte die EFK eine Strafanzeige wegen Unregelmässigkeiten bei den Bürgschaften eingereicht. Die Bundesanwaltschaft stellte das entsprechende Verfahren jedoch wegen fehlenden hinreichenden Anfangsverdachts und Verjährung vieler Vorwürfe ein. Dies kritisierten verschiedene Juristen später gegenüber den Medien, da eine Nichtanhandnahme-Verfügung nur in «sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen» möglich sei. Im August 2017 reichte auch Johann Schneider-Ammann Strafanzeige gegen die mutmasslichen Urheber des Millionenschadens ein, woraufhin die Bundesanwaltschaft das Verfahren mit neuem Beweismaterial und neuen Unterlagen wieder aufnahm. Die Bundesanwaltschaft konzentrierte ihre Untersuchungen gemäss Medien vor allem auf die Rolle von Michael Eichmann, dem ehemaligen BWL-Direktor, dem Amtsmissbrauch und ungetreue Geschäftsführung vorgeworfen wurden. Dabei war jedoch lange Zeit von Seiten der Bundesanwaltschaft kaum etwas zum Verfahren zu vernehmen – offenbar hatte sie Eichmann auf Anfrage der Medien bis Juni 2018 noch nicht befragt –, was zu Kritik von Seiten der Presse führte, insbesondere da im Laufe der Zeit immer mehr Informationen zu möglichen Ungereimtheiten im BWL ans Licht kamen. So berichteten die Medien von einem Vertrag zwischen der SCL-Reederei und einer kroatischen Werft für eine Rückzahlung von Projektkosten über CHF 12 Mio. für vier Schiffe sowie von zwei identischen Kaufverträgen für Schiffe, die sich lediglich im eingetragenen Kaufpreis unterschieden. Nach seiner zweiten Interpellation habe die Bundesanwaltschaft hingegen Ulrich Giezendanner (svp, AG; Ip. 18.3645) trotz seiner Immunität aufgeboten und aufgefordert, seine Informationen zu präzisieren und den Namen seines Informanten zu nennen, was dieser mit Verweis darauf, dass Bundesanwalt Michael Lauber «seine Arbeit gefälligst selber machen» solle, jedoch nicht tat.
Die Untersuchung zum Eigentümer der SCT-SCL-Gruppe, Hansjörg Grunder, übernahm die Abteilung Wirtschaftsdelikte der Berner Staatsanwaltschaft. Diese zeigte sich gemäss Medien deutlich aktiver als die Bundesanwaltschaft und gab Ende Juni 2018 bekannt, eine Person – die Medien vermuteten, es sei Grunder – verhaftet zu haben. Dabei habe sie auch Hausdurchsuchungen vorgenommen und dabei umfangreiche Akten und Vermögenswerte beschlagnahmt. Es bestehe der «Verdacht, dass die Täterschaft bei der Einreichung von Bürgschaftsgesuchen für die Finanzierung von Hochseeschiffen überhöhte Bau- und Erwerbspreise geltend gemacht hat, um widerrechtlich in den Genuss zu hoher Bürgschaften zu gelangen», wie die Staatsanwaltschaft verlauten liess. In der Folge erstellte sie Anzeige wegen Verdachts auf Leistungsbetrug und Beamtenbestechung. Mitte Dezember gab die «Nordwestschweiz» schliesslich bekannt, dass die Berner Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsdelikte Anklage gegen Grunder wegen Betrugs zum Nachteil des Bundes, Urkundenfälschung und ungetreuer Geschäftsführung erhoben habe. Der Bund trete als Privatkläger auf, um seine finanziellen Interessen zu wahren. Konkret solle Grunder seit 2005 in fünf Fällen zu hohe Bau- und Erwerbspreise für Hochseeschiffe vorgetäuscht haben, um überhöhte Bürgschaften für die Schiffe zu erhalten – es gehe um eine Deliktsumme von CHF 130 Mio. Zusätzliche Fälle seien zudem verjährt. Grunder bestritt die Vorwürfe und die Medien betonten, dass für ihn und Michael Eichmann die Unschuldsvermutung gelte.

Pour sa dernière intervention en tant que conseiller national, Jacques-André Maire (ps, NE) a défendu une meilleure transparence dans la fixation des prix des produits issus de l'agriculture biologique. Il déplore, en effet, que la grande distribution se fasse une marge plus importante sur les produits labellisés Bio que sur les produits conventionnels. Selon une enquête de la RTS, citée par l'élu socialiste, les intermédiaires prendraient une marge de l'ordre de 50 à 95% plus élevée pour ces produits. Une plus grande transparence dans la fixation de ces prix permettrait donc d'informer correctement tant les producteurs que les consommateurs.
Le conseiller fédéral en charge de l'économie et des questions agricoles, Guy Parmelin, a précisé, devant l'assemblée, que des outils législatifs existent déjà quant à la transparence sur le marché agricole suisse. Un monitoring a été mis en place et permet d'analyser toute une série de données sur la valeur ajoutée brut ainsi que sur les marges. Le Conseil fédéral s'est d'ailleurs dit prêt – déjà dans sa réponse à la motion Bendahen 18.4364 – à étendre ses pratiques là où la structure du marché le permettrait, afin d'en savoir plus sur les marges réalisées aux différents échelons. Il s'est, par contre, opposé à l'idée de dévoiler des données précises qui permettraient de déterminer quelles sont les entreprises concernées, cela représentant une atteinte au secret des affaires. Le Conseil national lui donnera raison, préférant rejeter cette motion par 95 voix contre 74 et 6 abstentions.

Bereits im Mai 2016, kurz nach Bekanntwerden der Schwierigkeiten der SCT-SCL-Gruppe, hatte der WBF-Vorsteher Johann Schneider-Ammann die EFK beauftragt, eine Administrativuntersuchung zur Vergabepraxis der Bürgschaften des BWL, zur Vorbereitungen der Erhöhung des Bürgschafts-Rahmenkredits im Jahr 2008, zum Umgang des BWL mit den stark gestiegenen Risiken seit 2008, zu den Mängeln in der Organisation des BWL sowie zu allfälligen Hinweisen auf strafrechtlich relevante Tatbestände durchzuführen. Grund dafür seien verschiedene Hinweise auf Mängel in der Prüfung von Vergaben und Amortisationsstundungen sowie das hohe Schadenspotenzial für den Bund. Im Rahmen des Nachtrags Ia zum Voranschlag 2017 gab das WBF im Oktober 2016 bekannt, dass die EFK «bedeutende Schwachstellen» gefunden habe. Unter anderem seien Abläufe beim BWL bis 2013 nur informell geregelt gewesen, wesentliche Funktionen bis 2012 auf eine Person konzentriert gewesen, sei das interne Kontrollsystem sowie die Kontrolle der Reedereien unzureichend gewesen und neue Bürgschaften, Revalutierungen und Amortisationsstundungen zu wenig kritisch geprüft worden. Das WBF sei nun daran, dieser Kritik mit einem Massnahmenplan zu begegnen.
Kurz darauf machte die Zeitung «Nordwestschweiz» bekannt, dass dieser Bericht der EFK nicht veröffentlicht werden dürfe, weil sich zwei betroffene und im Bericht erwähnte Personen dagegen wehrten, dass sie im Bericht für die Missstände zu den Hochseebürgschaften mitverantwortlich gemacht würden, aber nie angehört worden seien.
Im September 2019 erschien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts zu dieser Anschuldigung. Dieses gab den Klägern recht: Die EFK habe die Kläger nicht angehört und ihnen keine Akteneinsicht gewährt. Da der Anspruch auf rechtliches Gehör Teil der allgemeinen Verfahrensgarantien sei, stelle dies eine schwerwiegende Verletzung ihrer Rechte dar. Damit seien sie in ihren Persönlichkeitsrechten berührt worden. Diese Verletzung könne nachträglich nicht korrigiert werden, weshalb die entsprechenden Personendaten aus dem Bericht gelöscht werden müssten. Die EFK hatte zuvor angegeben, sie habe auf eine Anhörung der betroffenen Personen verzichtet, «um das Strafverfahren nicht zu behindern».

Nur zwei Tage nachdem die GPK auf die Stellungnahme des Bundesrates zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften geantwortet hatten, veröffentlichte die FinDel ihren Bericht zur Untersuchung des Verkaufsprozesses der SCL- und SCT-Schiffe. Die FinDel habe im April 2018 entschieden, den Verkaufsprozess zu untersuchen, um Lehren für künftige Verkaufsprozesse ziehen zu können. Dazu hatte sie die EFK mit der Informationsbeschaffung und der Prüfung spezifischer Sachverhalte beauftragt, welche diese bis August 2018 vornahm. In der Folge führte die FinDel Befragungen bei den Vorstehenden des WBF, des EFD und des EDA, ihren Mitarbeitenden, externen Expertinnen und Experten sowie Vertretenden der SCL- und SCT-Gesellschaften durch, verlangte Unterlagen oder schriftliche Auskünfte und nahm Akteneinsicht. Die FinDel untersuchte darin den Verkaufsprozess sehr detailliert. Sie attestierte Johann Schneider-Ammann als Vorsteher des WBF, mit der Strategie der Verlustminimierung, mit der eingesetzten Krisenorganisation und mit der Einsetzung eines Liquidators korrekt gehandelt und so einen um CHF 30 bis 40 Mio. höheren Verlust verhindert zu haben. Es sei den involvierten Bundesstellen gelungen, eine Wettbewerbssituation unter den Kaufinteressenten zu schaffen. Zukünftig sollten jedoch nicht nur eine einzige Verkaufsstrategie verfolgt, sondern auch Alternativszenarien vorbereitet werden. So sei die Wahl eines Freihandverkaufs zwar nachvollziehbar, die Konsequenzen von Alternativszenarien wie eines Konkurses oder einer Nachlassstundung sollten nachträglich dennoch untersucht werden. Weiter sei der Verkaufszeitpunkt zwar nicht ideal gewesen, der Handlungsspielraum sei jedoch aufgrund exogener Faktoren stark eingeschränkt gewesen. Hingegen kritisierte die FinDel das Informationsleck im Januar 2017, welches die Höhe der Kaufangebote negativ beeinflusst habe. Der Bundesrat müsse dringend Massnahmen ergreifen, damit vertrauliche oder geheime Beratungen zukünftig nicht an die Öffentlichkeit dringen würden.
Aus dem Verkauf der SCT-SCL-Gruppe solle der Bundesrat verschiedene Lehren ziehen, betonte die FinDel. So empfahl sie ihm unter anderem, bei anderen Gesellschaften bereits vor einer Liquiditätskrise eine klare Abwicklungsstrategie für den Krisenfall zu erarbeiten, nachvollziehbare Bewertungskriterien für Offerten zu erstellen, zukünftig verschiedene Handlungsoptionen zu verfolgen und eine echte Wettbewerbssituation zwischen den Kaufinteressenten herzustellen. Auch bezüglich der Verkaufsverträge machte sie einige Empfehlungen und schlug schliesslich vor, zukünftig auf Solidarbürgschaften zu verzichten und die bestehenden wenn möglich in einfache Bürgschaften umzuwandeln. Auf diverse Fragen zum Verkauf der Schiffe, welche Ulrich Giezendanner (svp, AG) – den die FinDel überdies in dieser Sache angehört hatte – in einer Interpellation aufgenommen hatte, ging die FinDel hingegen nicht ein.

Im Juni 2019 reagierten die GPK auf die Stellungnahme des Bundesrates zu ihrem Bericht zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Zuvor hatte die Arbeitsgruppe der GPK dem Bundesrat, der Bundeskanzlei und dem Bundesamt für Justiz weiterführende Fragen zukommen lassen, Vertretungen des WBF und des BWL angehört und mit der Bundesanwaltschaft über die laufenden Strafverfahren gesprochen. Dabei sei sie von der Bundesanwaltschaft über für die Strafverfahren irrelevante, für die GPK jedoch zentrale Befunde informiert worden, welche sie aus Gründen der Gewaltentrennung jedoch erst nach Beendigung der Strafverfahren prüfen werde.
Bezüglich ihrer ersten Empfehlung zur Protokollierung stellten die GPK fest, dass sich die Protokollierungs-Praxis des WBF verbessert habe. Man behalte sich aber das Recht vor, die Protokollierung von Führungsgesprächen in anderen Departementen bei der Nachkontrolle zu dieser Inspektion zu überprüfen. Sehr ausgiebig untersuchten die GPK die Umsetzung ihrer zweiten Empfehlung zur Organisationsstruktur des BWL. Dabei zeigten sie sich in zahlreichen Punkten unzufrieden. Sie kritisierten, dass der Bundesrat anscheinend nicht bereit sei, «die Organisation des BWL und seiner Leitung eingehend zu prüfen». Die bestehenden Strukturen seien im Nachgang der Krise nicht grundlegend verändert worden. Die Bereitschaft des Bundesrates, die Organisation der Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-5) prüfen zu lassen respektive die entsprechende Verordnung zu ändern, begrüsste die GPK hingegen. Sie verwiesen jedoch auch auf eine entsprechende laufende Inspektion der GPK-NR sowie der PVK, in deren Rahmen diese Fragen in allgemeiner Form untersucht würden. Daher verzichte die GPK vorerst auf weiterführende Untersuchungen. Auch bezüglich der Schaffung einer Stelle für Administrativuntersuchungen stellte die GPK vorerst ihre Bemühungen zugunsten der Untersuchung der GPK-NR ein, obwohl sie die diesbezügliche Einschätzung des Bundesrates nicht teilte. Zufrieden zeigten sich die GPK bezüglich der Massnahmen zu Empfehlung 7 und 8. Insgesamt erklärten die GPK, sie hätten beschlossen, ihre Arbeiten zu dieser Thematik vorerst abzuschliessen, behielten sich aber die Möglichkeit weitergehender Inspektionen vor.

Mit einem im September 2018 eingereichten Postulat regte Ständerat Janiak (sp, BL) an, dass der Bundesrat in einem Bericht aufzeige, wie sich die Entwicklung des Rheinregimes der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt (ZKR) heute – 10 Jahre nach dem Vorlegen des Berichtes zur Schifffahrtspolitik des Bundes – darstelle. Der Bundesrat solle im Bericht darlegen, wie die Interessen der Schweiz im Zuge einer verstärkten Regulierung der internationalen Rheinschifffahrt durch die EU gewahrt werden könnten.
Der Bundesrat beantragte im November 2018 die Ablehnung des Postulats, da er weder auf wirtschaftlicher noch auf politischer Ebene eine Änderung im Rheinregime erkenne. Zudem sei die Schweiz als Mitglied der ZKR auch Vollmitglied des Europäischen Ausschusses zur Ausarbeitung von Standards im Bereich der Binnenschifffahrt (Cesni). Da die Standards der Cesni mit einstimmigem Beschluss der anwesenden Mitglieder angenommen würden, verfüge die Schweiz über ein Vetorecht. Die Interessenwahrung sei damit vollumfänglich gewährleistet.
Im März 2019 wurde das Postulat im Ständerat traktandiert. Ständerat Janiak zeigte sich sehr unzufrieden mit der Stellungnahme des Bundesrates und wies auf offene Punkte hin, beispielsweise auf den Umstand, dass die Schweiz trotz Mitgliedschaft bei der ZKR und des Cesni bei der Umsetzung von die Schifffahrt betreffenden EU-Verordnungen als Drittstaat behandelt werde. Janiak kritisierte ausdrücklich auch die Departementsverteilung: Da das Schweizerische Seeschifffahrtsamt (SSA) dem EDA angehöre, die Schifffahrt als Verkehrsträger aber beim UVEK beheimatet sei, ergebe sich für die Mitgliedschaft bei der ZKR eine doppelte Departementszuständigkeit. Er werde den Eindruck nicht los, dass die Departemente einander die «heisse Kartoffel» hin- und herreichten, erklärte Claude Janiak und bat um Annahme seines Postulates. Die kleine Kammer stimmte mit 32 zu 4 Stimmen (keine Enthaltungen) zu.

Im März 2019 behandelte der Ständerat als Zweitrat die Motion der WAK-NR, mit der der Bundesrat beauftragt werden sollte, für Preissenkungen bei ausländischen Zeitschriften in der Schweiz zu sorgen. Mit dem mit 10 zu 3 Stimmen gefassten Entscheid schloss sich die WAK-SR dem Bundesrat an, der sich bereits nach der Einreichung des Vorstosses gegen diesen ausgesprochen hatte. Auch argumentativ blieb die ablehnende Kommissionsmehrheit auf der Linie des Bundesrates und teilte die Meinung, dass regulierende Eingriffe bei den Zeitschriftenpreisen nicht mit der Wirtschaftsfreiheit vereinbar seien. Zudem müsse beachtet werden, dass die Verlage auch Risiken zu tragen hätten, beispielsweise für nicht verkaufte Magazine. Letztlich fehle auch die verfassungsrechtliche Grundlage, so einen Mechanismus überhaupt einführen zu können. Eine Kommissionsminderheit war hingegen der Ansicht, dass die Preisunterschiede gegenüber dem Ausland zu hoch seien, um lediglich durch unterschiedliche Kosten gerechtfertigt werden zu können, und dass mit den Aufschlägen die inländische Kaufkraft missbräuchlich ausgenutzt werde. Sie empfahl deswegen, den Vorstoss zu überweisen.

Die Mehrheit der Ständerätinnen und Ständeräte teilte letztere Meinung nicht. Mit 28 zu 13 Stimmen und einer Enthaltung verwehrte sie dem Anliegen ihre Unterstützung. Als vehemente Befürworterin zeigte sich Anita Fetz (sp, BS), die von einem Missstand sprach, der zu beheben sei; die Preispolitik sei «schlicht unanständig». Gleichzeitig beklagte sie die passive Haltung der WEKO und des Preisüberwachers, jedoch auch des Bundesrates, der sich – trotz wiederholter Vorstösse zum gleichen Thema – gegen eine Lösungssuche sperre. Dass man nichts unternehme, liess Bundesrat Parmelin nicht gelten. Dass die WEKO bis anhin nicht interveniert habe, hänge mit der Tatsache zusammen, dass keine Gesetzesverstösse eingetreten seien. Weder die WEKO noch der Preisüberwacher hätten daher die Kompetenz gehabt, in diesem Bereich aktiv zu werden. Im Übrigen spielte er den Ball dem Parlament zurück, das seinerseits entsprechende frühere Geschäfte abgelehnt habe.

In der Wintersession 2018 folgte der Ständerat dem Nationalrat und der Empfehlung seiner Finanzkommission und nahm die Motion zur Anpassung der Gebührenverordnung stillschweigend an. Somit wird der Bundesrat eine neue Regelung verankern, welche die Anhörungspflicht des Preisüberwachers bereits während der Vorbereitung von Anträgen zur Festlegung oder Änderung von Gebühren festschreibt. Dadurch soll dieser genügend Zeit erhalten, die Angemessenheit der Gebühren zu prüfen.

Im September 2018 nahm der Bundesrat Stellung zum Bericht der GPK vom Juni 2018 zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Dabei pflichtete er dem Bericht weitgehend bei und nahm die Kritik an der Auftragserteilung des WBF an die EFK sowie an deren Auftragsabwicklung zur Kenntnis. In der Zwischenzeit habe das WBF auf die im Bericht angesprochenen Probleme beim BWL reagiert, unter anderem durch laufende Information des Bundesrates und der FinDel über die Entwicklungen bezüglich der Hochseeschifffahrts-Bürgschaften.
Der Bundesrat nahm auch zu den einzelnen Empfehlungen Stellung. Eine Verbesserung der Protokollierung (Empfehlung 1) erachtete er als sinnvoll, eine Änderung der Rechtsgrundlagen sei dazu aber nicht nötig. Die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL (Empfehlung 2) habe er bereits umgesetzt; hier habe er die Rolle des Delegierten durch Aufstockung seiner Anstellung gestärkt, mehr unabhängige Schifffahrtsexpertinnen und -experten hinzugezogen, die Aufteilung der Zuständigkeiten geklärt und ein umfassendes Massnahmenpaket beschlossen. Bei den Empfehlungen zu den Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-6) wolle er die Bundeskanzlei sowie das Bundesamt für Justiz mit einer Präzisierung in der RVOV und der Abklärung weiterer Fragen bis Ende 2019 beauftragen; die Prüfung der Schaffung eines neuen Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen sei hingegen nicht nötig. Zudem pflichtete er den GPK bei, dass Eventualverpflichtungen wie Bürgschaften zukünftig ins Risikomanagement aufgenommen werden müssen (Empfehlung 7). Einheitliche Vorgaben zur Gewährung von Bürgschaften (Empfehlung 8) seien hingegen aufgrund der Heterogenität der Bürgschaften nicht möglich. Aufgrund neuer Weisungen solle aber dem Risikoaspekt zukünftig genügend Rechnung getragen werden.

Da sich der Handlungsbedarf bezüglich der Schaffung eines Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen nachträglich noch einmal verdeutlicht habe, reichte die GPK-NR im November 2019 diesbezüglich eine Motion ein.

L'objectif de l'initiative pour des prix équitables est de lutter contre l'îlot de cherté helvétique. En effet, selon les dépositaires, les helvètes souffrent d'une discrimination par les prix. Si le Conseil fédéral juge que la problématique existe, il estime que la solution avancée est trop extrême. En effet, les mesures préconisées toucheraient, non seulement les entreprises en position dominante sur le marché, mais également les entreprises en position relativement dominante. Par conséquent, de nombreuses entreprises étrangères et indigènes seraient concernées, ce qui altérerait les relations commerciales en Suisse. Le Conseil fédéral estime que la liberté économique et l'emploi serait alors compromis. Il a ainsi soumis un contre-projet indirect à l'initiative populaire. Ce contre-projet indirect modifie la loi sur les cartels (LCart) et prévoit que les entreprises qui possèdent un pouvoir de marché relatif puissent être obligées à également fournir des entreprises en Suisse par le biais de canaux de distribution à l'étranger. Le Conseil fédéral mise donc sur le renforcement de la concurrence, et notamment les importations parallèles, pour diminuer les prix.

Neben den verschiedenen parlamentarischen Vorstössen wurde das Parlament auch mit Untersuchungen seiner Kontrollorgane, konkret der GPK und der FinDel aktiv. Letztere beschäftigte sich mit der Prüfung des Verkaufsprozesses, zudem untersuchte die EFK die Abläufe und Verantwortlichkeiten im BWL.
Im September 2017 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen der eidgenössischen Räte bekannt, Fragen zur departementalen Aufsicht und zum Risikomanagement im Rahmen dieser Bundesbürgschaften nachzugehen. Dazu setzten sie eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Yvonne Feri (sp, AG) ein, die den Auftrag erhielt, den Handlungsbedarf seitens der parlamentarischen Oberaufsicht zu prüfen. Die Arbeitsgruppe der GPK überprüfte in der Folge die Aufsicht des WBF über das BWL, des EDA über das eidgenössische Seeschifffahrtsamt (SSA), die Kontrolle des BWL durch die EFK sowie die Information des Gesamtbundesrates.
Im Juni 2018 erschien der Bericht der Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Nach Anhörung des Vorstehers sowie des Generalsekretärs des WBF und gegenwärtiger und ehemaliger Vertretenden des BWL und der EFK und nach Analyse der relevanten rechtlichen Vorgaben und Unterlagen wie Sitzungsprotokollen, Informationsnotizen und Riskmaps aus dem Risikoreporting des Bundes stellten die GPK fest, dass das BWL seine Bringschuld durch verspätete Reaktion auf die Probleme und ungenügende Information des Departements «nicht angemessen erfüllt» habe. Die Hauptverantwortung orteten die GPK jedoch im WBF. Seit 2011 hätten konkrete Hinweise vorgelegen, dass die SCT-SCL-Gruppe in finanziellen Schwierigkeiten sei. Das BWL habe die Probleme heruntergespielt, erst im Juni 2015 habe das WBF den Ernst der Lage begriffen und in der Folge angemessen reagiert. Dennoch seien die Schiffe erst 2017 verkauft worden. Neben Versäumnissen stellten die GPK auch Unregelmässigkeiten fest: So existierten von Amtssitzungen vor 2013 keine Protokolle mehr, obwohl es diese gegeben haben soll; hier liege also ein Verstoss gegen das Archivierungsgesetz vor. Auch die Einsetzung der EFK für die Administrativuntersuchung im Jahr 2016 kritisierte der Bericht; die EFK sei voreingenommen und nicht unabhängig gewesen. Die EFK ihrerseits habe in der Folge das rechtliche Gehör des damaligen BWL-Stabschefs verletzt, indem sie diesen beschuldigt, aber nicht vernommen habe. Der Bericht der EFK durfte in der Folge zum Ärger des Parlaments aufgrund von Einsprachen zweier Personen nicht veröffentlicht werden; die beiden zogen ihre Beschwerde bis ans Bundesverfassungsgericht weiter. Da «die EFK dieses Vorgehen auch heute noch als richtig erachtet und die Problematik bezüglich ihrer fehlenden Unabhängigkeit negiert», bezweifelten die GPK gar die fachliche Eignung der EFK als Untersuchungsorgan für Administrativuntersuchungen.
In der Folge formulierten die GPK acht Empfehlungen an den Bundesrat und luden diesen wie auch die EFK zu Stellungnahmen ein. Die Empfehlungen betrafen eine adäquate Protokollierung, die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL, verschiedene Kriterien und Vorschläge bezüglich Administrativuntersuchungen sowie die Überprüfung des weiteren Vorgehens bezüglich Bürgschaften.
Die Medien griffen in der Folge vor allem eine Aussage von Bundesrat Schneider-Ammann im Bericht auf, gemäss der das Risikomanagement des Amtes sowie des Departements ungenügend gewesen seien. Ihm selbst sowie dem Generalsekretariat des WBF habe das Bewusstsein für die Tragweite der Risiken sowie für das Schadenspotenzial der Hochseeschifffahrtsbürgschaften gefehlt.

Nachdem der Bundesrat im Dezember 2017 einen Bericht zur Frage von Wettbewerbsverzerrungen durch staatliche Unternehmen in Erfüllung der beiden angenommen Postulate der FDP-Fraktion (Po. 12.4172) und von Peter Schilliger (fdp, LU; Po. 15.3880) präsentiert hatte, schrieb der Nationalrat das Postulat der FDP-Fraktion im Juni 2018 stillschweigend ab.

Alors que de nombreuses mesures ont déjà été prises pour lutter contre l'îlot de cherté suisse, l'Initiative pour des prix équitables va plus loin et demande une adaptation de la loi sur les cartels (LCart). Le Conseil fédéral propose de rejeter l'initiative populaire. Il estime qu'elle mettrait en danger la sécurité juridique, la liberté économique et, finalement, l'emploi. Mais, étant donné qu'elle considère l'objectif visé comme légitime, elle soumettra un contre-projet indirect au Parlement.

Avec une ligne d'argumentation identique à celle de son homologue de la chambre des cantons, la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-CN) recommande à son conseil de rejeter l'initiative du canton de Schaffhouse. En effet, le délai de l'initiative parlementaire Altherr (fdp/plr, AR), qui vise des objectifs similaires, a été prorogé à la session d'automne 2019. Au final, l'initiative cantonale sur les suppléments d'importation injustifiés sur les produits livrés en Suisse a été rejetée par la chambre du peuple par 106 voix contre 56 et 19 abstentions.

Im März 2018 sprach sich der Nationalrat als Erstrat entgegen dem Antrag des Bundesrats für eine von der WAK-NR ausgearbeitete Motion aus, die eine Preissenkung bei ausländischen Zeitschriften in der Schweiz bezweckt. Dabei stellten sich 102 Stimmen aus dem linken und dem Mitte-Lager hinter die Kommissionsmehrheit, die den Vorstoss mit 15 zu 8 Stimmen bei 2 Enthaltungen befürwortet hatte. Die grosse Kammer forderte damit den Bundesrat auf, zusammen mit der Wettbewerbskommission (WEKO) und dem Preisüberwacher nach „effizienten und unbürokratischen“ Lösungen zur Angleichung der ausländischen und inländischen Zeitschriftenpreise zu suchen. Die opponierende rechtsbürgerliche Kommissionsminderheit kritisierte – flankiert von 82 Nationalrätinnen und Nationalräten – den unspezifischen Motionstext bezüglich möglicher Lösungen und ebenso die fehlende Umsetzbarkeit des Unterfangens. In seiner ablehnenden Antwort hatte der Bundesrat betont, dass die WEKO und der Preisüberwacher bisher keinen Verstoss festgestellt hätten und bereits unternommene Abklärungen darauf haben schliessen lassen, dass eine Lösung im Sinne der Motionäre nicht erzielt werden könne.

In Anlehnung an die Befreiung der Pistenfahrzeuge von der Mineralölsteuer reichte Nationalrat Giezendanner (svp, AG) eine Motion ein, mit der er Schweizer Lastschiffe von der Mineralölsteuer befreien wollte. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion, da die Steuerbefreiung einer unnötigen Subventionierung gleichkäme. Zudem sei der administrative Aufwand, den diese Ausnahmeregelung mit sich bringen würde, in Anbetracht des geringen Steuerbetrags nicht gerechtfertigt. Bundesrat Maurer befürchtete Ende Februar 2018 im Nationalrat, eine solche Ausnahme könnte weitere Forderungen nach sich ziehen. Der Nationalrat lehnte die Motion mit 108 zu 85 Stimmen (3 Enthaltungen) ab.

L'initiative populaire "Stop à l'îlot de cherté - pour des prix équitables" (Initiative pour des prix équitables) a été déposée auprès de la Chancellerie fédérale. L'objectif de cette initiative est d'introduire des mesures légales afin de lutter contre des prix trop élevés en Suisse. Une semaine plus tard, le Conseil fédéral adoptait un train de mesures qui visait un objectif similaire. Plus précisément, le Conseil fédéral a décidé de supprimer certains droits de douane à l'importation, notamment sur les denrées alimentaires et les produits agricoles. En outre, il souhaite réduire la liste des exceptions qui échappent au principe du "Cassis de Dijon". D'un côté, ces mesures devraient garantir des économies substantielles pour les consommateurs et l'économie helvétique. D'un autre côté, une telle suppression grève forcément les recettes de la Confédération.

Im November 2017 legte der Bundesrat seinen Bericht zur Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten der SBB Cargo vor, mit dem er seinen Verpflichtungen aus dem im Rahmen der Debatte zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes angenommenen Postulat KVF-SR (15.3496) nachkam. Der Bundesrat stellte darin verschiedene Zukunftsszenarien für die SBB Cargo vor und zeigte auf, dass eine vollständige Privatisierung zur Zeit nicht angezeigt sei. Der Verwaltungsrat der SBB Cargo AG solle aber innerhalb des SBB-Konzerns gestärkt werden. Damit der Verwaltungsrat der SBB Cargo eine höhere Unabhängigkeit erhalte, sei er durch fachkundige Dritte ausserhalb der SBB zu ergänzen. Das Präsidium des Verwaltungsrats sei ebenfalls durch eine Drittperson zu besetzen. Darüber hinaus soll der Verwaltungsrat über die üblichen strategischen und geschäftsentscheidenden Kompetenzen verfügen – das Organisationsreglement der SBB sei in diesem Sinne anzupassen.

Gemäss Nationalrat de Buman (cvp, FR) sind die Zeitschriftenpreise in der Schweiz im Vergleich zum Ausland stark überhöht. Um angemessene Zeitschriftenpreise in der Schweiz zu ermöglichen, forderte er mittels parlamentarischer Initiative eine Ausnahmeregelung zum Verbot von Kartellabsprachen. Eine solche Regelung habe die WAK-NR bereits im Rahmen der Arbeiten zur Revision des Kartellrechts diskutiert, die 2014 im Nationalrat gescheitert war. Nach Anhörung des Preisüberwachers und der Wettbewerbskommission (WEKO) ortete die für die Initiative zuständige WAK-NR Handlungsbedarf, war aber nicht einverstanden mit dem Lösungsweg. Da die Preise von ausländischen Verlagen festgelegt werden, wäre eine Regelung im Kartellgesetz formell nicht korrekt, wenig effektiv und schwer durchsetzbar. Aus diesem Grund beschloss sie die Lancierung einer Kommissionsmotion, bei deren Annahme der Bundesrat in der Pflicht wäre, mit dem Preisüberwacher und der WEKO eine «unbürokratische und effiziente Lösung» zu finden. Mit 12 zu 10 Stimmen bei 2 Enthaltungen beschloss die Kommission, der parlamentarischen Initiative keine Folge zu geben. Eine starke Minderheit erachtete den Weg der parlamentarischen Initiative als effizienter in Bezug auf die Ausarbeitung einer Gesetzesänderung als eine Motion. Ferner lasse die Initiative genügend Spielraum, um auch nach alternativen Lösungen ausserhalb des Kartellgesetzes zu suchen. In der Herbstsession 2017 folgte der Nationalrat der Kommissionsmehrheit und gab der Initiative mit 108 zu 82 Stimmen keine Folge.

Im Juni 2017 begann die parlamentarische Aufarbeitung der Krise der Schweizer Hochseeflotte, nachdem der WBF-Vorsteher Johann Schneider-Ammann von Regierungsseite bereits im Mai 2016 die EFK beauftragt hatte, eine Administrativuntersuchung zur Vergabepraxis der Bürgschaften sowie zu weiteren Aktionen des BWL durchzuführen. Eine wichtige Rolle in der parlamentarischen Aufarbeitung spielte Ulrich Giezendanner (svp, AG): Er erhalte fast täglich neue Informationen von Personen aus der Hochseeschifffahrt, erklärte er, was ihn im Juni 2017 zu einer Interpellation mit einer ganzen Reihe von Fragen an den Bundesrat veranlasste (Ip. 17.3460). So stellte er einerseits konkrete Fragen zu der Bilanzierung der Schiffe und der Kontrolle der Finanzen der Reedereien, andererseits auch zum Verkauf der Schiffe, bei dem er Unregelmässigkeiten ortete. Unter anderem wollte er wissen, ob tatsächlich ein «mit dem Verkauf betrauter Hauptoperateur» vor etwa 12 Jahren in Konkurs geraten sei, ob dieser der SCL/SCT-Flotte wirklich hohe Beträge geschuldet habe und zudem vor Jahren zu 40 Prozent an der entsprechenden Flotte beteiligt gewesen sei. Auch zur Aufarbeitung der Affäre stellte er konkrete Fragen, unter anderem wollte er wissen, wieso der ehemalige BWL-Direktor Michael Eichmann nie angehört worden sei, wann der Untersuchungsbericht der EFK veröffentlicht werde und ob es nicht Zeit für eine PUK sei. Eine ausführliche Information der Öffentlichkeit lehnte der Bundesrat aufgrund der laufenden Schiffsverkäufe, des dadurch steigenden Verlustrisikos für den Bund sowie aufgrund einer Stillschweigen-Vereinbarung durch die Verkaufsparteien ab. Der Verkaufsprozess würde jedoch von Experten mit juristisch-maritimem Fachwissen begleitet, betonte er. Zudem informierte er darüber, dass 10 der 12 Schiffe bereits verkauft worden seien und die letzten bis Ende September 2017 übergeben werden sollten. Bezüglich der Frage nach der PUK verwies er auf die Bundesversammlung, die bei «Vorkommnissen von grosser Tragweite» eine PUK einsetzen könne. Giezendanner erklärte sich mit diesen Antworten nicht befriedigt.

Genau ein Jahr nach der ersten Interpellation startete Giezendanner einen neuen Versuch (Ip. 18.3645) mit weiteren Fragen zur Liquidation der SCL/SCT-Gruppe. Erneut stellte er Fragen zum Verkauf, interessierte sich aber auch für die Rolle und die Finanzen von Reeder Hansjörg Grunder, was zuvor in den Medien diskutiert worden war. Zudem stellte er die Kontrollmöglichkeiten von durch die Schweiz verbürgten Schiffen, die im Ausland bereedert sind, in Frage. Schliesslich erkundigte er sich nach der Vollständigkeit der entsprechenden Akten. Bezüglich der Finanzen von Grunder betonte der Bundesrat, dass die Aufklärung des Falles laufe und das Parlament die entsprechenden Informationen erhalten werde. Die Geschäftsführung von Schweizer Reedereien müsse von der Schweiz aus erfolgen, untergeordnete Aufgaben könnten jedoch auch in anderen Staaten vorgenommen werden, was aufgrund des einheimischen Fachkräftemangels oft auch nötig sei. Der Bund könne auch bei von ausländischen Gesellschaften bereederten Schiffen jederzeit Audits und Inspektionen durchführen, die Betrugsmöglichkeiten bei solchen Schiffen seien daher nicht grösser. In der Tat seien aber einzelne Dossiers im BWL nicht vollständig. Mit diesen Antworten erklärte sich Giezendanner teilweise befriedigt.

Bereits einen Monat zuvor hatte sich Giezendanner in der Fragestunde (Frage 18.5282) mit einer weiteren Rückstellung durch den Bundesrat in der Höhe von CHF 100 Mio. befasst. Er wollte wissen, welche Gesellschaft besonders gefährdet sei und ob bereits Angebote für die entsprechenden Schiffe vorlägen. Ein weiterer Schaden für den Bund sei nicht auszuschliessen und hinge von der Marktentwicklung ab, solle jedoch durch die entsprechenden Rückstellungen abgedeckt werden können, so der Bundesrat.

Im Dezember 2019, nach Annahme des Nachtrags IIa zum Voranschlag 2019 und einer weiteren Ziehung der Bürgschaften, reichte schliesslich die SVP-Fraktion eine parlamentarische Initiative (Pa.Iv. 19.500) zur Einsetzung einer PUK ein. Diese solle die Kontrolle und Führung des Bürgschaftswesens in der Hochseeschifffahrt seit 2002 durch den Bundesrat, die Verwaltung – insbesondere durch das BWL und die SSA – sowie der betroffenen Geldinstitute und Revisionsgesellschaften untersuchen.

Die grundsätzliche Frage der Bürgschaften zur Schweizer Hochseeflotte ging Ursula Schneider-Schüttel (sp, FR) bereits im Juni 2017 an: In einem Postulat (Po. 17.3412) verlangte sie vom Bundesrat, zu prüfen, ob der Bund eine Hochseeflotte brauche, und falls nicht, welches die Konsequenzen und Risiken eines Ausstiegs seien und wie dieser erfolgen solle. Der Bundesrat erklärte, dass er entschieden habe, dem Parlament keine Erneuerung des Ende Juni 2017 auslaufenden Rahmenkredits zu beantragen, wodurch die letzten Bürgschaften 2032 auslaufen werden. Ein rascherer Ausstieg sei jedoch nicht möglich. Nach 2 Jahren wurde das Postulat unbehandelt abgeschrieben.

Nachdem der Bundesrat mit einem Bericht zur Schifffahrt auf den Tessiner Seen im Juli 2016 dem Postulat Merlini (fdp, TI) entsprochen hatte, wurde das Postulat im Juni 2017 im Rahmen der Beratungen zum Bericht «Motionen und Postulate der gesetzgebenden Räte im Jahre 2016» als erfüllt abgeschrieben.

Die Zusprache der CHF 215 Mio. durch das Parlament im Rahmen des Nachtrags Ia zum Voranschlag 2017 erhöhten auch das Interesse der Medien an der Geschichte um die Schweizer Hochseeflotte. So veröffentlichte allen voran die Zeitung «Nordwestschweiz», die den Skandal anfänglich in den Blick der breiten Öffentlichkeit gebracht hatte, immer mehr Details zu den Vorgängen im Rahmen der Bundesbürgschaften für die Hochseeflotte. Im Mittelpunkt der Berichterstattung standen Hansjörg Grunder, Besitzer der zwei bankrotten Reedereien SCL und SCT, sowie Michael Eichmann, der beim BWL bis 2012 für die Vergabe von Bürgschaften an die Schweizer Hochseeschiffe zuständig war.
Die «Nordwestschweiz» verfolgte die Geschichte der mittlerweile verkauften Schiffe teilweise bis Anfang 2003 zurück. Damals habe eine deutsche Reederei mit Sitz im Thurgau den Kauf vier neuer Tanker für je CHF 26 bis 27 Mio. angekündigt; im September 2003 habe die Thurgauer Zeitung jedoch von durchschnittlichen Kosten der Tanker von CHF 32.5 Mio. berichtet – die Schiffe hätten somit noch vor Baubeginn deutlich an Wert gewonnen, betonte die Zeitung. Im Dezember 2004 habe der Bund diese Schiffe für je CHF 28.6 Mio. verbürgt. Da Bundesbürgschaften jedoch jeweils maximal 85 Prozent des Schiffswerts ausmachen dürfen, müssten die Schiffe zu diesem Zeitpunkt CHF 33.6 Mio. gekostet haben, berechnete die Zeitung. Grunder habe die vom deutschen Reeder erworbenen Schiffe beinahe gratis übernehmen können, nachdem diese in finanzielle Schieflage geraten war. Und dies, obwohl er zu diesem Zeitpunkt «gemäss einhelligen Einschätzungen von Beobachtern», wie es die «Nordwestschweiz» formulierte, finanziell ebenfalls nicht auf Rosen gebettet gewesen sei. In der Folge wurde Hansjörg Grunder gemäss Presse verdächtigt, entsprechend dem sogenannten «Schema Beluga» falsche Angaben über die Schiffspreise gemacht und dadurch überhöhte Bürgschaften kassiert zu haben.
Doch nicht nur die Höhe der Bürgschaft, sondern ihr ganzes Zustandekommen stellte die Zeitung in Frage. So dürfe der Bund nur Bürgschaften für Schiffe unter Schweizer Flagge, die «in Bezug auf ihr Gesellschaftskapitel unzweifelhaft schweizerisch» seien, vergeben; die Reederei gehörte jedoch einem Deutschen. Deshalb habe dieser die Schiffe an vier eigens dafür gegründete Schiffseigentümergesellschaften verkauft, deren Aktien in der Folge zwar zu 90 Prozent acht Schweizer Investoren und nur zu 10 Prozent dem deutschen Reeder gehört hätten, durch einen Aktionärbindungsvertrag habe Letzterer jedoch die alleinige Macht über die Gesellschaften gehabt.
Im Bezug auf die Bundesbürgschaften besonders relevant sei die Situation im BWL gewesen, berichtete die Zeitung weiter. Dort habe Eichmann in seinen 20 Jahren als Chefbeamter weitgehend freie Hand bei der Vergabe von Bürgschaften gehabt. Heute bestehe der Verdacht auf Leistungsbetrug und ungetreue Amtsführung, wie die «Nordwestschweiz» berichtete. So sei Eichmann regelmässig an Stapelläufe, Taufen, Schiffseinflaggungen und auf Reisen nach China eingeladen worden; ein Schiff sei gemäss derselben Zeitung gar auf den Namen seiner Tochter getauft worden. Nach seiner Pensionierung habe er einerseits weiterhin ein Mandat beim BWL gehabt, sei andererseits bei der Reederei von Hansjörg Grunder angestellt gewesen und regelmässig bei dem deutschen Reeder zu Gast gewesen.
Diese Vorgänge blieben jedoch gemäss Medien nicht gänzlich unbemerkt. Bereits im Jahr 2000 habe ein Aktionär von Grunder diesen beschuldigt, den Preis eines Schiffes aufgebläht zu haben, worüber «Le Matin Dimanche» berichtet habe. Der Aktionär sei zudem irritiert gewesen, weil eines der Schiffe der Reederei nach der Tochter von Eichmann benannt worden sei. Eine BWL-interne Untersuchung habe hier jedoch keine Unregelmässigkeiten ergeben. Im Jahr 2008 seien die gravierenden Problem der SCL-SCT-Gruppe bekannt geworden. Zuvor hätten die Reedereien die Ratenzahlungen für die Bankdarlehen aufschieben können, wodurch einzelne Schiffe die gesetzlichen Eigenkapitalvorschriften regelmässig unterschritten hätten – dies hätte sofortige Sanierungsmassnahmen auslösen müssen. Zu diesem Zeitpunkt habe die EFK eine Administrativuntersuchung zur «Prüfung der finanziellen Führung und verschiedener Geschäftsfelder» im BWL durchgeführt und diesem darin eine «professionelle» und «zweckdienliche» Verwaltung des Bereichs Hochseeschifffahrt attestiert.

Deutlich umstrittener als im Ständerat waren die Nachträge I und Ia zum Voranschlag 2017 im Nationalrat. So hiess der Nationalrat den Nachtrag Ia über die Bürgschaft für die Hochseeflotte lediglich mit 104 zu 69 Stimmen bei 14 Enthaltungen gut. Der Grossteil der Gegenstimmen stammte von der SVP-Fraktion, während die SP-Fraktion ihren Unmut vor allem durch Enthaltungen kund tat. Vom Ständerat abweichende Voten gab es bei verschiedenen weiteren Nachtragskrediten. So entschied sich der Nationalrat in Übereinstimmung mit der FK-NR gegen zusätzliche Gelder für die Bundesanwaltschaft. Einerseits kritisierte die FK-NR, dass der Nachtragskredit für die Bundesanwaltschaft den Entscheid des Parlaments beim Voranschlag 2017 rückgängig machen würde, andererseits wollte Nationalrat Pezzatti (fdp, ZG) ein Präjudiz verhindern. Trotz dem eindringlichen Aufruf von Hanspeter Uster als Vertreter der Aufsichtsbehörde über die Bundesanwaltschaft (AB-BA), auf die Kürzungen zu verzichten, um geplante IT-Investitionen nicht zu verhindern und der grossen Reduktion der Personalkosten bei der Bundesanwaltschaft um 4.5 Prozent pro Stelle Rechnung zu tragen, sprach sich der Nationalrat mit 111 zu 73 Stimmen (1 Enthaltung) gegen den entsprechenden Nachtragskredit aus. Beim FISCAL-IT-Projekt kritisierte die Mehrheit der FK-NR, dass noch unklar sei, welcher Teil des Nachtragskredits dem Technologiefortschritt und welcher den zu optimistischen Einschätzungen der Kosten geschuldet sei und welche Auswirkungen die Ablehnung des Nachtragskredits auf das Projekt haben würde. Franz Grüter (svp, LU) betonte mit Verweis auf einen KPMG-Untersuchungsbericht vor allem die Sorge vor ausufernden Kosten: Der Bericht skizzierte drei Szenarien, die für das Projekt zwischen CHF 43.7 Mio. und 75 Mio. Restkosten vorsehen. Aufgrund zahlreicher offener Fragen bevorzuge seine Fraktion daher eine Behandlung des Kreditantrags im Rahmen des Voranschlags 2018, wenn mehr Informationen vorhanden sein werden. Alois Gmür (cvp, SZ) hingegen betonte, dass selbst die kritische Mehrheit der FK-NR den zusätzlichen Finanzbedarf des Projektes nicht bestreite. Eine Annahme des Nachtragskredits würde entsprechend Sicherheit schaffen und zu einer speditiven Fortführung des Projekts beitragen. Die Mehrheit des Nationalrats – bestehend aus der SVP-, FDP- und Teilen der BDP-Fraktion – folgte jedoch der Finanzkommission und lehnte den Nachtragskredit des FISCAL-IT-Projekts mit 96 zu 89 Stimmen (0 Enthaltungen) ab.