Im Rahmen der Debatte zum Voranschlag 2020 verabschiedete das Parlament auch die Nachträge II und IIa zum Voranschlag 2019. Ersteren hatte der Bundesrat im September 2019 vorgestellt: Der Nachtrag II umfasste 13 Kredite in der Höhe von CHF 93 Mio., was abzüglich interner Kompensationen (CHF 2.6 Mio.) und Wertberichtigungen (CHF 2 Mio.) effektive Mehrausgaben von CHF 88.4 Mio. mit sich brachte. Dies entsprach 0.12 Prozent der Ausgaben des Voranschlags 2019, was im langjährigen Durchschnitt lag (2012-2018: 0.15%). Der grösste Beitrag sei die Einlage für den Nationalstrassen- und Agglomerationsfonds (NAF; CHF 57 Mio.), welche durch eine Änderung der Verbuchungsmethode begründet sei: Die Erträge der Bewirtschaftung der Nationalstrassen sowie Drittmittel von Kantonen und Gemeinden würden neu via ASTRA in den NAF eingelegt; diese Einlage müsse entsprechend erhöht werden. Um verzögerte Projekte fertigzustellen, sollte auch der Kredit für den Betrieb, Ausbau und Unterhalt der Nationalstrassen im Rahmen des NAF um CHF 15 Mio. erhöht werden. Auch in der Sonderrechnung für die Bahninfrastruktur (BIF) sollte der Kredit für den Substanzerhalt der Bahninfrastruktur für die aktualisierte Planung der Infrastrukturbetreiber und Seilbahnen um CHF 232 Mio. erhöht werden, wobei ein Teil dieser Kosten im Voranschlagskredit 2020 für den Betrieb kompensiert würde (-CHF 88 Mio.). Für die termingerechte Fertigstellung der Arbeiten am Ceneri-Basistunnel im Rahmen der NEAT forderte der Bundesrat einen zusätzlichen Kredit in der Höhe von CHF 39 Mio. Schliesslich musste der Bund CHF 25 Mio. zusätzlich an die EL zur IV bezahlen, deren Kosten im Jahr 2019 um denselben Betrag höher ausgefallen waren als im Voranschlag budgetiert.
Im Oktober 2019 legte der Bundesrat zudem den Nachtrag IIa vor, der zur «Honorierung der gezogenen Solidarbürgschaften für die schweizerische Hochseeschifffahrt» nötig geworden sei, wie die Regierung erklärte. Darin fasste sie das neuste Problem bezüglich der Hochseeschifffahrtsbürgschaften, die Einstellung des Schiffsbetriebs der acht Hochseeschiffe umfassenden Massmariner SA, zusammen. Der Bund verbürge Massmariner-Schiffe noch mit CHF 129 Mio., diese Bürgschaften seien nun nach dem Entscheid zum Verkauf dieser Schiffe gezogen worden. Der Bund sei nun gegenüber der betroffenen Bank zur Zahlung der ausstehenden verbürgten Darlehenssumme bis Februar 2020 verpflichtet.
Letzterer Nachtrag führte in der Nationalratsdebatte in der Wintersession 2020 zu einigen Diskussionen. Zuvor hatte der Ständerat alle Nachträge diskussionslos und stillschweigend angenommen. Bereits in der Kommission sei diese Frage intensiv diskutiert worden, erklärte Alois Gmür (cvp, SZ) im Nationalrat; die Mehrheit sei jedoch zum Schluss gekommen, «dass das Parlament wohl keine Alternative hat, als diesen Nachtragskredit zu bewilligen». Ähnlich formulierten es seine Ratskolleginnen und -kollegen, Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) sprach beispielsweise von einer «zähneknirschenden» Zustimmung. Pirmin Schwander (svp, SZ) hingegen stellte den Antrag, im Nachtrag II zum Voranschlag 2019 auf die Genehmigung der Zahlung zu verzichten. Der Bund und die betroffene Bank hätten die Begleichung der ausstehenden Darlehenssummen auf Februar 2020 festgelegt, der Bundesrat solle diese Frist nun neu aushandeln und dadurch der Oberaufsicht und dem Parlament die Möglichkeit geben, die Einsetzung einer PUK zu prüfen. Auch der SVP-Fraktion sei klar, dass man zahlen müsse, erklärte Schwander, man müsse nun aber Halt sagen und der weltweiten Hochseeschifffahrtsbranche ein Zeichen schicken, dass diese künftig die Preise nicht mehr so stark drücken könne. Bundesrat Maurer goutierte dieses Vorgehen keineswegs: «Sie können hier schon die starke Person spielen und sagen: «Wir bezahlen noch nicht!» Aber wir bezahlen ohnehin», betonte er und bat den Nationalrat, den Nachtrag zu bewilligen. Mit 103 zu 52 Stimmen (bei 40 Enthaltungen) folgte die grosse Kammer dieser Bitte. Die SVP sprach sich geschlossen gegen den Nachtrag aus, die SP und vereinzelte Nationalrätinnen und Nationalräte anderer Fraktionen enthielten sich ihrer Stimme.
Genauso wie diesen Nachtrag genehmigte der Nationalrat auch die übrigen, kleineren Ausgaben: unter anderem CHF 3.4 Mio. aufgrund der Erhöhung des Beitragssatzes der Schweiz für das UNO-Budget; CHF 1.7 Mio. für die Arbeitslosenversicherung, da der Bund 2018 einen zu tiefen Beitrag geleistet hatte; CHF 1 Mio. für das IT-Programm Genova, die durch eine Verzögerung von sechs Monaten aufgrund von Stabilitätsmängeln der Software nötig geworden waren; CHF 430'000 aufgrund von Änderungen am Beitragsschlüssel der OECD; CHF 350'000 für die Bundesanwaltschaft, die durch die Untersuchungen im Disziplinarverfahren betreffend Bundesanwalt Michael Lauber nötig geworden waren; sowie CHF 300’000 für die Zollverwaltung aufgrund der Erhöhung des Frontex-Budgets.

In Anlehnung an die Befreiung der Pistenfahrzeuge von der Mineralölsteuer reichte Nationalrat Giezendanner (svp, AG) eine Motion ein, mit der er Schweizer Lastschiffe von der Mineralölsteuer befreien wollte. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion, da die Steuerbefreiung einer unnötigen Subventionierung gleichkäme. Zudem sei der administrative Aufwand, den diese Ausnahmeregelung mit sich bringen würde, in Anbetracht des geringen Steuerbetrags nicht gerechtfertigt. Bundesrat Maurer befürchtete Ende Februar 2018 im Nationalrat, eine solche Ausnahme könnte weitere Forderungen nach sich ziehen. Der Nationalrat lehnte die Motion mit 108 zu 85 Stimmen (3 Enthaltungen) ab.

In der Sommersession 2017 behandelte der Ständerat den Nachtrag I zum Voranschlag 2017, der neun Nachtragskredite im Wert von insgesamt CHF 37 Mio. umfasste, sowie den Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017, der einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio. beinhaltete. Der Nachtrag I enthielt einen zusätzlichen Kredit für die Bundesanwaltschaft, die gemäss Philipp Müller (fdp, AG) bereits grosse Anstrengungen zur Stabilisierung ihrer Lohnentwicklung unternommen hatte, durch die im Voranschlag 2017 beschlossenen Querschnittskürzungen nun aber Probleme bekam, die Löhne zu zahlen (CHF 700'000). Weitere Kredite wurden durch die Beitragspflicht und den Anstieg der Betragssätze an die Organisation des Vertrages über das umfassende Verbot von Nuklearversuchen (CHF 40'000), an die Internationale Organisation für Migration (CHF 97'673) sowie an das Europäische Unterstützungsbüro für Asylfragen (CHF 2.5 Mio.) nötig. Zudem beantragte das VBS einen Nachtragskredit für 30 befristete Vollzeitäquivalentstellen beim Generalsekretariat, deren Finanzierung zur Zeit des Voranschlags 2017 noch nicht geklärt war (CHF 4.9 Mio.). Als eher ungewöhnlich bezeichnete Bundesrat Maurer schliesslich die beantragten CHF 18 Mio. für das Projekt FISCAL-IT. Für das Nachfolgeprojekt von INSIEME waren zunächst CHF 85.2 Mio. bewilligt worden, um 29 Teilprojekte zu den verschiedenen Steuerarten (Verrechnungssteuer, Mehrwertsteuer, direkte Bundessteuer usw.) umzusetzen. Gemäss Finanzminister Maurer sind bereits ein Grossteil dieser Teilprojekte in Betrieb, es seien jedoch einige Teilprojekte hinzugekommen und es habe teilweise Verzögerungen gegeben, weswegen nun dieser Nachtragskredit nötig wurde. Die FK-SR beantragte die Annahme aller Nachtragskredite und der Ständerat stimmte ihr einstimmig mit 40 Stimmen (bei einer Enthaltung) zu.
Deutlich mehr Beachtung fand sowohl in den Medien als auch im Ständerat der Nachtrag Ia zum Voranschlag 2017. Der Bundesrat beantragte CHF 215 Mio. für einen fälligen Bürgschaftskredit des Bundes für die Schweizer Hochseeflotte. Die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann erklärten den Ständerätinnen und Ständeräten ausführlich, dass zwei Reedereien, denen der Bund durch Bürgschaften bei der Finanzierung ihrer Flotte half, kurz vor dem Bankrott gestanden hätten. Die Bürgschaften war der Bund eingegangen, damit die Schiffe im Gegenzug die Schweiz im Krisenfall mit wichtigen Gütern und Ressourcen versorgen würden. Um den Bankrott der Reedereien zu verhindern, mussten dreizehn Schiffe zu relativ tiefen Preisen verkauft werden, wodurch dem Bund als Bürge nun Kosten entstünden. Entsprechend hätten weder Bundesrat noch Parlament wirklich eine Wahl, die Bürgschaft sei zu zahlen; das Parlament könne entsprechend entweder dem Nachtragskredit zustimmen oder Ende Jahr eine Kreditüberschreitung zur Kenntnis nehmen. Der Nachtragskredit erlaube es aber, Zinsen gegenüber den Banken in der Höhe von monatlich CHF 1 bis 2 Mio. zu sparen. Dieses Argument überzeugte den Ständerat, stillschweigend nahm er den Nachtragskredit Ia an.

Seit 1959 übernimmt der Bund Bürgschaften für Hochseeschiffe, die unter Schweizer Flagge verkehren. Diese erlauben es den Reedereien, günstige Kredite zum Kauf von Schiffen aufzunehmen, so dass diese die wirtschaftliche Landesversorgung der Schweiz mit wichtigen Gütern und Rohstoffen im Krisenfall sicherstellen können. Über die Jahre wurde diese Schweizer Handelsflotte aufgebaut und durch immer weitere Bürgschaften auf 49 Schiffe vergrössert – was die Schweiz zum Binnenland mit der grössten Hochseeflotte macht. 1997 wurde der Bürgschaftskredit von anfänglich CHF 350 Mio. auf 600 Mio., 2007 dann auf CHF 1.1 Mrd. erhöht, womit Bürgschaften in der Höhe von etwa CHF 800 Mio. vergeben wurden.
Noch 2007 sah der Bundesrat in seiner Botschaft ans Parlament eine eigene Handelsflotte als reales versorgungspolitisches Bedürfnis, wobei es nicht nur um die Sicherung des Nachschubs an Rohstoffen, sondern auch um die Sicherung des eigenen Wirtschaftsstandortes gehe. Da der Bund durch die Schifffahrtsförderung bis dahin nie Verluste erlitten hatte und gegenüber dem Eigner im Schadensfall unter anderem erstrangiges Schiffspfandrecht und Anrecht auf sämtliche Leistungen aus den Schiffsversicherungen habe, sei das Risiko des Bundes „als ausserordentlich gering einzustufen", erklärte der Bundesrat im Rahmen der Erneuerung des Bürgschafts-Rahmenkredits 2007. Durch die Verteuerung des Schiffsraums um 50 Prozent sei die Erneuerung der Flotte, wie sie 2002 beschlossen worden war, ohne die Aufstockung des Kredits und der Verlängerung von dessen Laufzeit nicht möglich. Das Parlament stimmte dieser Einschätzung damals grossmehrheitlich zu und erhöhte den Bürgschaftskredit (Ständerat: 28 zu 0 Stimmen, Nationalrat: 153 zu 2 Stimmen).
Im Jahr 2010 stellte die EFK gemäss einem Bericht in der NZZ keinerlei Probleme oder Mängel bei der Vergabe der Bürgschaften für Schweizer Hochseeschiffe fest. Sie attestierte dem zuständigen Bundesamt für wirtschaftliche Landesversorgung (BWL) eine professionelle und sachdienliche Betreuung des Dossiers. Anschliessend verschlechterte sich aber die Situation der Reedereien rasch. Seit 2008 führte die Finanzkrise durch das rückläufige Handelsvolumen zu Überkapazitäten bei der maritimen Transportbranche, wodurch die Preise dramatisch sanken: Gemäss Anita Fetz (sp, BS) als Sprecherin der FK-SR kollabierte der Frachtpreis von einst 200'000 US-Dollar pro Tag auf 10'000 US-Dollar.
Im Sommer 2015 meldete das BWL, dass eine der durch den Bund abgesicherten Reedereien, die SCL-Gruppe, in einer „ernsten Liquiditäts- und Solvenzkrise" sei. Zu diesem Zeitpunkt begannen sich Bundesrat und Verwaltung aktiv zu engagieren, unter anderem änderte der Bundesrat die Verordnung über die Verbürgung von Darlehen zur Finanzierung schweizerischer Hochseeschiffe (SR 531.44), indem er grosszügigere Bestimmungen zur ausserordentlichen Verlängerung der Laufzeit sowie zur Wiederbeanspruchung der Bürgschaftsmittel für das gleiche Schiff erliess, gleichzeitig aber auch die Einflussmöglichkeiten des Bundes auf den Darlehensnehmer verstärkte. Zudem beauftragte der Bund mehrere Wirtschaftsberatungsunternehmen damit, Strategien für die Schweizer Schifffahrtsunternehmen zu entwickeln. Dadurch konnte die Situation mehrerer Reedereien stabilisiert werden. Ab Mitte 2015 informierte das WBF überdies die Finanzdelegation regelmässig über die Entwicklungen der finanziellen Risiken sowie der getroffenen Massnahmen. Im Sommer 2016 eruierte die EFK schliesslich ein „erhebliches Risiko", dass ein grosser Teil der Bürgschaften geleistet werden müsse. Dabei kam auch der Verdacht auf, dass es bei den Bürgschaften zu Betrug gekommen sei. So reichte Michel Huissaud, der Direktor der EFK, Strafanzeige gegen verschiedene Personen, auch gegen einen Mitarbeiter des BWL, ein. Die Bundesanwaltschaft konnte aber gemäss einem Bericht der Nordwestschweiz keinen hinreichenden Tatverdacht feststellen.
Ans Licht kamen die Probleme des Bundes mit der Hochseeflotte im Januar 2017 durch einen Zeitungsartikel der Nordwestschweiz. Diese berichtete, dass der Bund versuche, den unrentablen Teil seiner Hochseeflotte zu verkaufen. In einem an die Zeitung durchgesickerten geheimen Bericht erklärte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann dem Gesamtbundesrat, dass acht Frachter und vier Tanker der Reedereien SCL und SCT, für welche der Bund mit CHF 236 Mio. bürgt, dringend verkauft werden müssen, um den Konkurs der Unternehmen zu verhindern. Der Verkauf solle so schnell wie möglich geschehen, da der Bund für den Betrieb der Frachter Überbrückungskredite in der Höhe von bis zu CHF 33'000 pro Tag leisten müsse. Da dieser Notverkauf zu einem ungünstigen Zeitpunkt stattfinde, rechnete Bundesrat Schneider-Ammann mit einem Verlust von CHF 110 bis 125 Mio. Damit die Preise aufgrund des Verkaufsdrucks nicht noch weiter fallen würden, hatte der Bundesrat bis dahin bewusst auf eine Information der Öffentlichkeit verzichtet. Entsprechend erstattete Bundesrat Schneider-Ammann Anzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung.
In der Sommersession 2017 beantragte der Bundesrat einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 215 Mio., worin der effektive Verlust von CHF 190 Mio. sowie CHF 25 Mio. als Reserve enthalten waren. In der Zwischenzeit hatten alle zwölf sowie ein weiteres unrentables Schiff verkauft werden können. Sowohl die Bundesräte Maurer und Schneider-Ammann, als auch Ständerätin Anita Fetz (sp, BS) betonten dabei die grossen Anstrengungen, welche das WBF und das EFD unternommen hätten, um einen noch grösseren Schaden durch den Konkurs der beiden Reedereien abzuwenden. Das Parlament interessierte in der Folge vor allem die Schuldfrage, betont wurde entsprechend die Wichtigkeit der bereits abgeschlossenen Administrativuntersuchung. Diese sollte klären, warum auf Seiten der Verwaltung erst so spät auf die Krise reagiert worden ist und wo allenfalls Fehler begangen worden sind. Bisher konnte der Bericht wegen Einsprachen betroffener Personen jedoch noch nicht veröffentlicht werden. Anita Fetz erklärte aber als Mitglied der Finanzdelegation, dass gemäss dem Bericht Aufsicht, Governance und Professionalität sehr schwach gewesen seien. Unter anderem sei die Bürgschaftsvergabe lange intransparent gewesen und nur durch eine Person beaufsichtigt worden. Zudem seien Reaktionen auf kritische Ereignisse lange ausgeblieben, obwohl spätestens 2011 klar gewesen sei, dass der Hochseeschiffhandel einbreche. Mehrere Parlamentarierinnen und Parlamentarier befürchteten nun, dass eine Annahme des Nachtragskredits vor Veröffentlichung des Berichts die gründliche Aufarbeitung des Falls verschleppen würde. Entsprechend hatte sich auch fast die Hälfte der Mitglieder der FK-NR bei der Vorbesprechung der Stimme enthalten. Die FK-NR empfahl die Annahme des Nachtragskredits entsprechend lediglich mit 13 zu 0 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Jedoch gaben sich National- und Ständerat In ihren Beratungen auch selbstkritisch: Mehrere Voten betonten, dass auch das Parlament durch seine unkritische Haltung im Jahr 2008 in der Verantwortung stehe und entsprechend jetzt die billigste Lösung – eine weitere Verzögerung würde pro Monat CHF 1 bis 2 Mio. kosten – akzeptieren solle. Entsprechend nahmen beide Räte den Nachtragskredit an. Der Ständerat sprach sich stillschweigend dafür aus, der Nationalrat hiess ihn mit 104 zu 69 Stimmen bei 14 Enthaltungen gut. Der Widerstand gegen den Nachtrag Ia stammte dabei vor allem von der SVP (Gegenstimmen) und der SP (Enthaltungen).
Allgemein gab der Bundesrat bekannt, dass der Bund sein Engagement in der Hochseeschifffahrt mittelfristig reduzieren wird. So habe der im Dezember 2016 erschienene Bericht zur versorgungspolitischen Bedeutung der Hochseeschifffahrt ergeben, dass eine „eigene Flotte kaum einen entscheidenden Mehrwert zur Versorgung der Schweiz mit lebenswichtigen Gütern leistet". Entsprechend beantragte der Bundesrat die Verlängerung des Rahmenkredites nicht mehr, die letzten Bürgschaften laufen somit spätestens 2031 aus. Vorerst seien jedoch gemäss Bundesrat Maurer noch immer Bürgschaften für Hochseeschiffe in der Höhe von CHF 550 Mio. bei fünf Schweizer Reedereien offen und „die Krise in der Hochseeschifffahrt [ist] noch nicht vorbei".