Nur zwei Tage nachdem die GPK auf die Stellungnahme des Bundesrates zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften geantwortet hatten, veröffentlichte die FinDel ihren Bericht zur Untersuchung des Verkaufsprozesses der SCL- und SCT-Schiffe. Die FinDel habe im April 2018 entschieden, den Verkaufsprozess zu untersuchen, um Lehren für künftige Verkaufsprozesse ziehen zu können. Dazu hatte sie die EFK mit der Informationsbeschaffung und der Prüfung spezifischer Sachverhalte beauftragt, welche diese bis August 2018 vornahm. In der Folge führte die FinDel Befragungen bei den Vorstehenden des WBF, des EFD und des EDA, ihren Mitarbeitenden, externen Expertinnen und Experten sowie Vertretenden der SCL- und SCT-Gesellschaften durch, verlangte Unterlagen oder schriftliche Auskünfte und nahm Akteneinsicht. Die FinDel untersuchte darin den Verkaufsprozess sehr detailliert. Sie attestierte Johann Schneider-Ammann als Vorsteher des WBF, mit der Strategie der Verlustminimierung, mit der eingesetzten Krisenorganisation und mit der Einsetzung eines Liquidators korrekt gehandelt und so einen um CHF 30 bis 40 Mio. höheren Verlust verhindert zu haben. Es sei den involvierten Bundesstellen gelungen, eine Wettbewerbssituation unter den Kaufinteressenten zu schaffen. Zukünftig sollten jedoch nicht nur eine einzige Verkaufsstrategie verfolgt, sondern auch Alternativszenarien vorbereitet werden. So sei die Wahl eines Freihandverkaufs zwar nachvollziehbar, die Konsequenzen von Alternativszenarien wie eines Konkurses oder einer Nachlassstundung sollten nachträglich dennoch untersucht werden. Weiter sei der Verkaufszeitpunkt zwar nicht ideal gewesen, der Handlungsspielraum sei jedoch aufgrund exogener Faktoren stark eingeschränkt gewesen. Hingegen kritisierte die FinDel das Informationsleck im Januar 2017, welches die Höhe der Kaufangebote negativ beeinflusst habe. Der Bundesrat müsse dringend Massnahmen ergreifen, damit vertrauliche oder geheime Beratungen zukünftig nicht an die Öffentlichkeit dringen würden.
Aus dem Verkauf der SCT-SCL-Gruppe solle der Bundesrat verschiedene Lehren ziehen, betonte die FinDel. So empfahl sie ihm unter anderem, bei anderen Gesellschaften bereits vor einer Liquiditätskrise eine klare Abwicklungsstrategie für den Krisenfall zu erarbeiten, nachvollziehbare Bewertungskriterien für Offerten zu erstellen, zukünftig verschiedene Handlungsoptionen zu verfolgen und eine echte Wettbewerbssituation zwischen den Kaufinteressenten herzustellen. Auch bezüglich der Verkaufsverträge machte sie einige Empfehlungen und schlug schliesslich vor, zukünftig auf Solidarbürgschaften zu verzichten und die bestehenden wenn möglich in einfache Bürgschaften umzuwandeln. Auf diverse Fragen zum Verkauf der Schiffe, welche Ulrich Giezendanner (svp, AG) – den die FinDel überdies in dieser Sache angehört hatte – in einer Interpellation aufgenommen hatte, ging die FinDel hingegen nicht ein.

Im Juni 2019 reagierten die GPK auf die Stellungnahme des Bundesrates zu ihrem Bericht zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Zuvor hatte die Arbeitsgruppe der GPK dem Bundesrat, der Bundeskanzlei und dem Bundesamt für Justiz weiterführende Fragen zukommen lassen, Vertretungen des WBF und des BWL angehört und mit der Bundesanwaltschaft über die laufenden Strafverfahren gesprochen. Dabei sei sie von der Bundesanwaltschaft über für die Strafverfahren irrelevante, für die GPK jedoch zentrale Befunde informiert worden, welche sie aus Gründen der Gewaltentrennung jedoch erst nach Beendigung der Strafverfahren prüfen werde.
Bezüglich ihrer ersten Empfehlung zur Protokollierung stellten die GPK fest, dass sich die Protokollierungs-Praxis des WBF verbessert habe. Man behalte sich aber das Recht vor, die Protokollierung von Führungsgesprächen in anderen Departementen bei der Nachkontrolle zu dieser Inspektion zu überprüfen. Sehr ausgiebig untersuchten die GPK die Umsetzung ihrer zweiten Empfehlung zur Organisationsstruktur des BWL. Dabei zeigten sie sich in zahlreichen Punkten unzufrieden. Sie kritisierten, dass der Bundesrat anscheinend nicht bereit sei, «die Organisation des BWL und seiner Leitung eingehend zu prüfen». Die bestehenden Strukturen seien im Nachgang der Krise nicht grundlegend verändert worden. Die Bereitschaft des Bundesrates, die Organisation der Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-5) prüfen zu lassen respektive die entsprechende Verordnung zu ändern, begrüsste die GPK hingegen. Sie verwiesen jedoch auch auf eine entsprechende laufende Inspektion der GPK-NR sowie der PVK, in deren Rahmen diese Fragen in allgemeiner Form untersucht würden. Daher verzichte die GPK vorerst auf weiterführende Untersuchungen. Auch bezüglich der Schaffung einer Stelle für Administrativuntersuchungen stellte die GPK vorerst ihre Bemühungen zugunsten der Untersuchung der GPK-NR ein, obwohl sie die diesbezügliche Einschätzung des Bundesrates nicht teilte. Zufrieden zeigten sich die GPK bezüglich der Massnahmen zu Empfehlung 7 und 8. Insgesamt erklärten die GPK, sie hätten beschlossen, ihre Arbeiten zu dieser Thematik vorerst abzuschliessen, behielten sich aber die Möglichkeit weitergehender Inspektionen vor.

Im September 2018 nahm der Bundesrat Stellung zum Bericht der GPK vom Juni 2018 zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Dabei pflichtete er dem Bericht weitgehend bei und nahm die Kritik an der Auftragserteilung des WBF an die EFK sowie an deren Auftragsabwicklung zur Kenntnis. In der Zwischenzeit habe das WBF auf die im Bericht angesprochenen Probleme beim BWL reagiert, unter anderem durch laufende Information des Bundesrates und der FinDel über die Entwicklungen bezüglich der Hochseeschifffahrts-Bürgschaften.
Der Bundesrat nahm auch zu den einzelnen Empfehlungen Stellung. Eine Verbesserung der Protokollierung (Empfehlung 1) erachtete er als sinnvoll, eine Änderung der Rechtsgrundlagen sei dazu aber nicht nötig. Die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL (Empfehlung 2) habe er bereits umgesetzt; hier habe er die Rolle des Delegierten durch Aufstockung seiner Anstellung gestärkt, mehr unabhängige Schifffahrtsexpertinnen und -experten hinzugezogen, die Aufteilung der Zuständigkeiten geklärt und ein umfassendes Massnahmenpaket beschlossen. Bei den Empfehlungen zu den Administrativuntersuchungen (Empfehlungen 3-6) wolle er die Bundeskanzlei sowie das Bundesamt für Justiz mit einer Präzisierung in der RVOV und der Abklärung weiterer Fragen bis Ende 2019 beauftragen; die Prüfung der Schaffung eines neuen Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen sei hingegen nicht nötig. Zudem pflichtete er den GPK bei, dass Eventualverpflichtungen wie Bürgschaften zukünftig ins Risikomanagement aufgenommen werden müssen (Empfehlung 7). Einheitliche Vorgaben zur Gewährung von Bürgschaften (Empfehlung 8) seien hingegen aufgrund der Heterogenität der Bürgschaften nicht möglich. Aufgrund neuer Weisungen solle aber dem Risikoaspekt zukünftig genügend Rechnung getragen werden.

Da sich der Handlungsbedarf bezüglich der Schaffung eines Kompetenzzentrums für Administrativuntersuchungen nachträglich noch einmal verdeutlicht habe, reichte die GPK-NR im November 2019 diesbezüglich eine Motion ein.

Neben den verschiedenen parlamentarischen Vorstössen wurde das Parlament auch mit Untersuchungen seiner Kontrollorgane, konkret der GPK und der FinDel aktiv. Letztere beschäftigte sich mit der Prüfung des Verkaufsprozesses, zudem untersuchte die EFK die Abläufe und Verantwortlichkeiten im BWL.
Im September 2017 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen der eidgenössischen Räte bekannt, Fragen zur departementalen Aufsicht und zum Risikomanagement im Rahmen dieser Bundesbürgschaften nachzugehen. Dazu setzten sie eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Yvonne Feri (sp, AG) ein, die den Auftrag erhielt, den Handlungsbedarf seitens der parlamentarischen Oberaufsicht zu prüfen. Die Arbeitsgruppe der GPK überprüfte in der Folge die Aufsicht des WBF über das BWL, des EDA über das eidgenössische Seeschifffahrtsamt (SSA), die Kontrolle des BWL durch die EFK sowie die Information des Gesamtbundesrates.
Im Juni 2018 erschien der Bericht der Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Nach Anhörung des Vorstehers sowie des Generalsekretärs des WBF und gegenwärtiger und ehemaliger Vertretenden des BWL und der EFK und nach Analyse der relevanten rechtlichen Vorgaben und Unterlagen wie Sitzungsprotokollen, Informationsnotizen und Riskmaps aus dem Risikoreporting des Bundes stellten die GPK fest, dass das BWL seine Bringschuld durch verspätete Reaktion auf die Probleme und ungenügende Information des Departements «nicht angemessen erfüllt» habe. Die Hauptverantwortung orteten die GPK jedoch im WBF. Seit 2011 hätten konkrete Hinweise vorgelegen, dass die SCT-SCL-Gruppe in finanziellen Schwierigkeiten sei. Das BWL habe die Probleme heruntergespielt, erst im Juni 2015 habe das WBF den Ernst der Lage begriffen und in der Folge angemessen reagiert. Dennoch seien die Schiffe erst 2017 verkauft worden. Neben Versäumnissen stellten die GPK auch Unregelmässigkeiten fest: So existierten von Amtssitzungen vor 2013 keine Protokolle mehr, obwohl es diese gegeben haben soll; hier liege also ein Verstoss gegen das Archivierungsgesetz vor. Auch die Einsetzung der EFK für die Administrativuntersuchung im Jahr 2016 kritisierte der Bericht; die EFK sei voreingenommen und nicht unabhängig gewesen. Die EFK ihrerseits habe in der Folge das rechtliche Gehör des damaligen BWL-Stabschefs verletzt, indem sie diesen beschuldigt, aber nicht vernommen habe. Der Bericht der EFK durfte in der Folge zum Ärger des Parlaments aufgrund von Einsprachen zweier Personen nicht veröffentlicht werden; die beiden zogen ihre Beschwerde bis ans Bundesverfassungsgericht weiter. Da «die EFK dieses Vorgehen auch heute noch als richtig erachtet und die Problematik bezüglich ihrer fehlenden Unabhängigkeit negiert», bezweifelten die GPK gar die fachliche Eignung der EFK als Untersuchungsorgan für Administrativuntersuchungen.
In der Folge formulierten die GPK acht Empfehlungen an den Bundesrat und luden diesen wie auch die EFK zu Stellungnahmen ein. Die Empfehlungen betrafen eine adäquate Protokollierung, die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL, verschiedene Kriterien und Vorschläge bezüglich Administrativuntersuchungen sowie die Überprüfung des weiteren Vorgehens bezüglich Bürgschaften.
Die Medien griffen in der Folge vor allem eine Aussage von Bundesrat Schneider-Ammann im Bericht auf, gemäss der das Risikomanagement des Amtes sowie des Departements ungenügend gewesen seien. Ihm selbst sowie dem Generalsekretariat des WBF habe das Bewusstsein für die Tragweite der Risiken sowie für das Schadenspotenzial der Hochseeschifffahrtsbürgschaften gefehlt.

Im Juli 2016 wurde ein Bericht in Erfüllung des parlamentarischen Vorstosses Merlini (fdp, TI) zur Schifffahrt auf den Tessiner Seen herausgegeben. Der Bericht kommt zum Schluss, dass eine partielle Liberalisierung in der Personenschifffahrt nur vorgenommen werden könnte, wenn das bilaterale Abkommen mit Italien neu verhandelt würde, denn in diesem ist ein exklusives Konzessionsrecht festgehalten. Für eine höhere touristische Attraktivität der Schifffahrt auf dem Langensee sei vor allem die Wiederaufnahme gutnachbarschaftlicher Beziehungen zwischen dem Tessin und den benachbarten italienischen Gebieten entscheidend. Auf Ministerebene sei zudem ein Memorandum of Understanding unterzeichnet worden, welches die Einsetzung einer binationalen Arbeitsgruppe beinhalte.

Dans l'attente de la publication du rapport sur la politique de la navigation en Suisse du Conseil fédéral, le Conseil des Etats a décidé de soumettre à l'examen préalable de sa CTT une motion Janiak (ps, BL) (09.3076) visant à créer une base légale permettant le cofinancement par la Confédération des infrastructures portuaires sur le Rhin. En octobre, le Conseil fédéral a adopté ce rapport que lui avait demandé le Conseil des Etats en 2007. Le gouvernement y réaffirme l’importance stratégique de la navigation, rappelant que plus de 10% des importations arrivent par le Rhin. Outre son importance économique, la navigation constitue également un moyen de transport écologique. En ce sens, le Conseil fédéral plaide en faveur de la poursuite de l’encouragement de la navigation maritime, rhénane et intérieure par la reconduction des mesures actuelles dont l’efficacité est avérée (aides ponctuelles pour l’infrastructure, soutien au transport combiné de marchandises et crédits de cautionnement destinés à la flotte maritime). Il propose en outre de développer cette stratégie par l’instauration de nouveaux instruments en faveur de la navigation rhénane (crédits de cautionnement pour la flotte rhénane suisse, financement éventuel de ports d’importance nationale, etc.) et intérieure (aides pour la navigation touristique, restitution du supplément sur les carburants perçu pour le trafic marchandises). Le Conseil fédéral souhaite en outre renforcer son engagement au niveau international tant au sein de la Commission centrale pour la navigation sur le Rhin qu’à travers la participation au programme de la CE visant à développer la navigation intérieure en Europe.