La Suisse occidentale s'est, elle aussi, montrée attentive à son lien avec Alptransit, demandant, par la voix de la Conférence ferroviaire romande, une revalorisation du Simplon par le biais d'un raccordement au réseau TGV français, ce qui nécessiterait la construction du tronçon Genève-Mâcon. Par ailleurs, une solide opposition au projet du Conseil fédéral s'est créée dans le Kandertal (BE), emmenée par l'organisation "Pro Frutigen"; celle-ci désire un rallongement du tunnel du Lötschberg afin de protéger l'environnement de la vallée.

L'année 1990 fut décisive pour les grands projets de la Confédération en matière de transports. En premier lieu, le rejet des initiatives anti-autoroutes en votation populaire a levé le dernier obstacle à l'achèvement du réseau des routes nationales. Ensuite, la volonté d'améliorer les transports publics et combinés s'est manifestée par la publication du message du Conseil fédéral sur les nouvelles transversales alpines, la décision d'accélérer les procédures d'approbation des plans pour Rail 2000 et les efforts faits pour se raccorder au réseau ferroviaire européen à grande vitesse. Le gouvernement espère que le développement de cette infrastructure permettra d'absorber l'accroissement exponentiel de la mobilité, de transférer une partie du trafic de la route au rail, de fluidifier la circulation routière et de soulager ainsi l'environnement. A cet effet, il désire d'ailleurs aller, à l'avenir, dans le sens d'une meilleure application du principe du pollueur-payeur et faire supporter les dégâts faits à la nature ou à la santé publique à ceux qui les occasionnent par le biais de diverses taxations.

Le gouvernement, son opinion confortée par cette consultation, resta intraitable sur la limite des 28 tonnes. Il motiva son refus en soulignant que la N2 supportait déjà une grande partie du trafic de transit franchissant l'arc alpin, que la dégradation de la qualité de l'air à ses abords atteindrait des degrés insupportables et, enfin, que toutes les possibilités du trafic combiné n'étaient pas épuisées. A. Ogi, afin de faire un geste à l'endroit de la CE, a cependant déclaré examiner les possibilités d'augmentation rapide des capacités suisses de ferroutage.

Le problème d'un corridor routier pour les 40 tonnes s'est toutefois posé de façon aiguë en été, après que le ministère ouest-allemand des transports en a fait la requête officielle. Celle-ci exigeait de la Suisse une solution de rechange provisoire, suite à la fermeture d'une importante voie d'accès à l'autoroute Munich-Vérone par le Brenner en Autriche (affaissement du pont auto-routier sur l'Inn près de Kufstein dans le Tyrol). L'Allemagne, suivie de l'Italie, firent pression sur les autorités helvétiques, leur demandant un geste de solidarité, pour la durée des travaux de réparation. En réponse, le Conseil fédéral mit en consultation le projet d'ouvrir la N2 entre Bâle et Chiasso au 40 tonnes. Il apparut alors que tous les cantons riverains de cet axe (AG, BL, BS, LU, NW, SO, TI, UR) s'opposèrent fermement à une telle idée, craignant la surcharge de trafic et de pollution que cela impliquerait.