Im Januar 2016 kam nach Monaten der Unsicherheit wieder Bewegung in den Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz. Bei einem Treffen des französischen Präsidenten François Hollande und Bundesrat Schneider-Ammann in Colmar (F) wurde eine Erklärung zur Beilegung des Konflikts unterzeichnet. Dass der Erklärung aber über Monate kein Abkommen folgte, führte bei den am Flughafen angesiedelten Unternehmen zu Nervosität. Im November 2016 konnten schliesslich Staatssekretär Yves Rossier und Christian Masset, Generalsekretär des französischen Ministeriums für auswärtige Angelegenheiten und internationale Entwicklung, ein Abkommen erreichen, das den Streit beenden konnte. Gemäss dem Abkommen kommt im Schweizer Sektor des Flughafens weiterhin die Schweizer Mehrwertsteuer zur Anwendung. Die Unternehmenssteuereinnahmen des Flughafens werden zwischen Frankreich und der Schweiz aufgeteilt und es wird die französische Einkommenssteuer und die Schweizer Kapitalsteuer erhoben. Zudem wird der Aufwand der französischen Flugaufsichtsbehörde im Schweizer Sektor neu abgegolten.
Der Bundesrat genehmigte das Abkommen in seiner Sitzung vom 25. Januar 2017. Im Februar 2017 genehmigte die EU Frankreich eine Ausnahme, die es erlaubt, dass im Schweizer Sektor die Schweizer Mehrwertsteuer erhoben wird.

Streit um den EuroAirport Basel-Mulhouse 2013