Im Dezember 2019 forderte die SVP-Fraktion als Reaktion auf den Nachtragskredit IIa zum Voranschlag 2019 in einer parlamentarischen Initiative die Einsetzung einer parlamentarischen Untersuchungskommission (PUK) im Zusammenhang mit den Hochseeschifffahrt-Bürgschaften. Im Zentrum der Untersuchung der PUK solle die Kontrolle und Führung der Hochseeschifffahrt durch den Bundesrat sowie durch die Verwaltung, insbesondere durch das BWL und das SSA, seit 2002 sowie die Rolle der Geldinstitute und Revisionsgesellschaften stehen. Die Bürgschaften hätten für den Bund bereits Kosten in der Höhe von CHF 200 Mio. mit sich gebracht und es seien noch weitere Bürgschaften über CHF 500 Mio. offen, die ebenfalls noch gezogen werden könnten.
Im Juni 2020 veröffentlichte die GPK einstimmig einen Mitbericht zur Forderung der SVP-Fraktion, in dem sie die Einsetzung einer PUK als nicht gerechtfertigt ablehnte, da die genannten Punkte aktuell durch GPK, FinDel und andere Organe untersucht werden oder bereits untersucht worden seien. Eine PUK bringe daher keinen Mehrwert, aber hohe Kosten und grossen administrativen Aufwand.

Im Rahmen der gemeinsamen Behandlung von sieben Geschäften zum Postauto-Skandal folgte die kleine Kammer im März 2020 dem Bundesrat und lehnte das Postulat GPK-SR für eine externe Untersuchung zur Aufsicht des Bundesamtes für Verkehr (BAV) über Postauto zwischen 2007 und 2015 ab. Bundesrätin Sommaruga erklärte im Plenum, der Bundesrat lehne es ab, bereits eine weitere Untersuchung zu beschliessen, bevor das Fedpol-Verfahren abgeschlossen sei. Danach werde der Bundesrat dem Parlament im Rahmen des Postulats 19.4385 Bericht erstatten. Eine weitere Untersuchung könne dann immer noch beschlossen werden. Der Rat folgte diesem Votum mit 26 zu 14 Stimmen (keine Enthaltungen).

Im Februar 2020 nahm der Bundesrat Stellung zum Bericht der GPK-SR in der Postauto-Affäre. Der Bundesrat begrüsste die Untersuchung der GPK-SR und zeigte sich bereit, die Empfehlungen aus dem Bericht und die damit verbundenen parlamentarischen Vorstösse anzunehmen. Ausdrücklich hielt er aber fest, dass die Governance-Strukturen grundsätzlich funktioniert hätten und dass es das Bundesamt für Verkehr (BAV) gewesen sei, welches das fehlerhafte Verhalten der PostAuto Schweiz AG aufgedeckt habe. Der Bundesrat stellte sich damit hinter die Verwaltung, die zwar spät, aber doch entsprechend ihrer Aufsichtspflicht gehandelt habe.
Die Post hatte einen Zielkonflikt geltend gemacht, der darin bestand, dass es zwar im regionalen Personenverkehr (RPV) verboten sei, Gewinne zu machen, die strategischen Ziele des Bundesrates aber gleichzeitig die Sicherung oder Steigerung des Unternehmenswertes verlangten. Die GPK-SR sah diesbezüglichen Handlungsbedarf, der Bundesrat verneinte diesen jedoch in seiner Stellungnahme: Es sei klar, dass die strategischen Ziele nur innerhalb der gesetzlichen Leitplanken verfolgt werden dürften. Einer Präzisierung der strategischen Ziele stimme der Bundesrat jedoch zu. Hingegen sprach er sich gegen die Einrichtung eines ständigen Ausschusses «Bundesnahe Unternehmen» – wie er von der GPK-SR gefordert wurde – aus. Es brauche keinen weiteren bundesrätlichen Ausschuss, der Austausch und die Aufsicht über die bundesnahen Unternehmen sei in den bestehenden Gefässen zu verstärken.

Die Geschäftsprüfungskommission des Ständerates prüfte als Organ der parlamentarischen Oberaufsicht über die Geschäftsführung des Bundesrates und der Bundesverwaltung in der Folge des Postauto-Skandals, ob der Bundesrat und die zuständigen Departemente und Verwaltungseinheiten die Post und die PostAuto AG angemessen beaufsichtigt und gelenkt haben. Die GPK-SR führte dazu vom Bekanntwerden der Affäre im Februar 2018 bis zum September 2019 zahlreiche Anhörungen durch, befragte betroffene Akteure schriftlich und analysierte relevante Dokumente und Berichte.
Am 14. November 2019 veröffentlichte die GPK-SR ihren Bericht zur Postauto-Affäre. Die Kommission hielt fest, dass sie die «unrechtmässigen Vorgänge bei PostAuto aufs Schärfste verurteilt», gab aber auch an, dass der Bundesrat, das UVEK, das BAV und weitere Verwaltungseinheiten vor der Enthüllung des Postauto-Skandals eine «mangelhafte Aufsicht» über die PostAuto AG ausgeübt, gegenüber dem Unternehmen zum Teil widersprüchliche Positionen vertreten und damit den Skandal erst ermöglicht hätten. Mit Hinweis auf noch nicht abgeschlossene Verwaltungsstrafverfahren des fedpol regte die Kommission weitere Untersuchungen an. Neben diesbezüglichen Empfehlungen an den Bundesrat begründete die Kommission sieben parlamentarische Vorstösse, die einerseits die weitere Aufarbeitung des Skandals fördern, andererseits vor einer Wiederholung ähnlicher Vorkommnisse schützen sollten:
Mit der Motion «Bundesnahe Unternehmen» will die GPK-SR den Bundesrat beauftragen, zur strategischen Steuerung sowie zur Beaufsichtigung der bundesnahen Unternehmen einen ständigen Ausschuss einzurichten.
Das Postulat «Externe Untersuchung zur Aufsicht des BAV über PostAuto zwischen 2007 und 2015» verlangt vom Bundesrat die Eröffnung einer externen Untersuchung, sobald das Verwaltungsstrafverfahren von fedpol abgeschlossen ist. Damit soll die Rolle des Bundesamtes für Verkehr (BAV) in der Aufsicht über die Buchhaltung von PostAuto untersucht werden. Darüber hinaus soll die Notwendigkeit allfälliger Sanktionen oder Massnahmen ermittelt werden.
Ein weiteres Postulat der GPK-SR verlangt vom Bundesrat eine Gesamtbilanz der PostAuto-Affäre, wobei insbesondere erörtert werden soll, welche allgemeinen Lehren aus Eignersicht hinsichtlich des Corporate-Governance-Modells gezogen werden müssen, welche finanziellen Folgen die Affäre für den Bund hat und ob rechtliche Anpassungen notwendig sind.
Mit dem Postulat «Abklärungen über die finanzielle Unterstützung ausländischer Tochtergesellschaften von bundesnahen Unternehmen?» fragt die GPK-SR nach der Rechtmässigkeit von Finanzhilfen, welche die Post der CarPostal France gewährt habe, insbesondere hinsichtlich des Freihandelsabkommens von 1972 zwischen der Schweiz und der Europäischen Wirtschaftsgemeinschaft. Allenfalls solle der Bundesrat Massnahmen vorschlagen, mit denen die Einhaltung des Abkommens durch alle bundesnahen Betriebe sichergestellt wird.
Das Postulat «Kompetenzverteilung im Bereich der Aufsicht über den regionalen Personenverkehr (RPV)» verlangt vom Bundesrat Abklärungen betreffend die Kompetenzverteilung zwischen Bund und Kantonen im Bereich der Aufsicht über den RPV.
Mit dem Postulat «Gewinne im Bereich des subventionierten regionalen Personenverkehrs (RPV)» verwies die GPK-SR auf des Pudels Kern des Postauto-Skandals: Die Verwendung von Gewinnen im subventionierten RPV. Der Bundesrat soll prüfen, ob eine Revision der Rechtsgrundlagen betreffend die Verwendung von Gewinnen im subventionierten Bereich zweckmässig sei. Geprüft werden soll auch die Präzisierung des allgemeinen Verbots von Gewinnen im subventionierten RPV sowohl auf Gesetzesstufe wie auch in den strategischen Zielen bundesnaher Unternehmen.
Ein weiteres Postulat der GPK-SR verlangte vom Bundesrat zu prüfen, ob das Revisionsaufsichtsgesetzes (RAG) so angepasst werden soll, dass alle bundesnahen Unternehmen als «Gesellschaften des öffentlichen Interesses» anerkannt oder als solche behandelt würden.

Im Rahmen des Berichts der GPK-SR über den Postauto-Skandal reichte die Kommission auch ein Postulat für eine externe Untersuchung zur Aufsicht des Bundesamtes für Verkehr (BAV) über Postauto zwischen 2007 und 2015 ein. Damit soll der Bundesrat verpflichtet werden, nach Abschluss des Verwaltungsstrafverfahrens des fedpol eine externe Untersuchung in Auftrag zu geben. Diese soll feststellen, wie das Bundesamt für Verkehr seine Aufsichtsrolle über PostAuto wahrgenommen hat und ob den Mitarbeitenden des BAV Fehler unterlaufen sind. Aufgrund der Ergebnisse dieser Untersuchung soll die Notwendigkeit von Sanktionen oder Massnahmen beurteilt werden.

Le Conseil fédéral s’est défendu de ne pas avoir réagi assez vite lors de la crise Swissair. Il a toutefois reconnu certains manquements dans la surveillance de la Confédération et a accepté les 17 interventions parlementaires. Comme demandé dans le rapport, il a décidé de renforcer les compétences de l’OFAC afin de lui permettre d’intensifier sa surveillance sur les compagnies aériennes et d’évaluer leur capacité économique. A cet effet, le personnel sera augmenté. Le DETEC contrôlera, pour sa part, plus étroitement et plus régulièrement la surveillance exercée par l’OFAC. Dans sa réponse à la commission de gestion, le Conseil fédéral a admis qu’il fallait revoir la politique de la Confédération en matière de prises de participation, déjà en cours ou futures, dans les entreprises privées. En tant que propriétaire, la Confédération devait pouvoir en outre exercer ses droits en matière de contrôle et d’information dans ce domaine. Il s’agit aussi d’identifier à temps les risques potentiels pour éviter ou maîtriser les crises comme celles de Swissair. Les responsabilités de l’Etat et de celles des entreprises publiques resteront cependant clairement séparées. Le Conseil des Etats a transmis tacitement les douze interventions de sa commission de gestion (02.3460-02.3463; 02.3467-02.3472, 02.3474 et 02.3475).

Après une année d’enquête, la Commission de gestion du Conseil des Etats a rendu public les conclusions de son rapport sur le rôle du Conseil fédéral et de l’administration fédérale dans la gestion de crise Swissair. Sans mener une enquête exhaustive – d’autres instances s’en sont chargées –, elle a examiné d’éventuelles responsabilités de la Confédération dans la surveillance de l’aviation civile, sur son rôle d’actionnaire et de membre du conseil d’administration, ainsi que sur le comportement du Conseil fédéral au plus fort de la crise. Le seul service administratif qui fait l’objet d’une véritable mise en cause est l’OFAC, mais il a été mis au bénéfice de nombreuses circonstances atténuantes. Le rapport jugeait que l’OFAC avait fait une interprétation trop restrictive de son obligation de contrôle de la capacité économique des titulaires d’une autorisation d’exploitation de lignes aériennes, la reléguant à un aspect d’importance secondaire. L’office s’est concentré uniquement sur les questions de sécurité et les problèmes opérationnels. A sa décharge, les parlementaires admettaient que les responsabilités et les moyens d’action de l’OFAC n’étaient pas clairs. Faute de critères, l’office n’a pas été en mesure de refuser le renouvellement de l’autorisation d’exploiter en décembre 2000, ni de retirer cette autorisation lorsque la situation s’est dégradée à partir du printemps 2001. En ce qui concernait le grounding de Swissair, l’enquête notait que l’autorité de surveillance ne pouvait être tenue pour responsable. Le rapport relevait en outre que l‘office n’avait manifestement eu ni les compétences ni les effectifs nécessaires pour juger la situation réelle du groupe. D’autant plus que la forme de holding de Sairgroup a rendu difficile l’évaluation de la capacité économique de Swissair. Quant au reproche d’imbrications personnelles excessives entre les directions de l’OFAC et de Swissair, la commission ne les repoussait pas totalement et reconnaissait que la politique aérienne de la Confédération avait été faite par Swissair. Pour cette raison, elle engageait le Conseil fédéral à la déterminer lui-même à l’avenir. S’agissant du rôle du Conseil fédéral, le rapport de la commission lui reprochait d’avoir sous-estimé la gravité de la situation au printemps 2001, tout en admettant que personne n’avait envisagé l’ampleur de la débâcle. La seule véritable critique de fond portait sur le manque de préparation du Conseil fédéral, qui l’a conduit à réagir, là où il aurait pu agir s’il avait préparé à temps des scénarios catastrophes. Il avait fait trop confiance aux effets d’un crédit d’un milliard de francs octroyé par un consortium de banques en avril 2001. Pour le reste, la commission saluait les réactions du Conseil fédéral, notamment pour la gestion de la crise à partir du 3 octobre 2001 ; soit quand le Département des finances a repris les rênes suite à l’immobilisation de la flotte Swissair. Elle estimait que sans l’engagement de l’administration des finances, un second grounding aurait sans doute eu lieu. Néanmoins, sur ce point, le Conseil fédéral aurait dû préparer des "décisions sous réserves", afin d’imaginer ce que pourraient être les effets d’une faillite de Swissair. Au total, la commission proposait au parlement un bouquet de deux motions, 5 postulats et dix recommandations adressées au Conseil fédéral pour améliorer les choses. Elle encourageait l’OFAC à mieux tenir compte de la capacité économique des compagnies d’aviation lorsqu’une autorisation d’exploitation était attribuée. A ce propos, la commission poussait le Conseil fédéral à s’aligner sur le droit de l’UE en matière de contrôle économique sur les compagnies aériennes. Pour elle, le Conseil fédéral devait aussi conduire une réflexion sur les entreprises dont l’importance est déterminante pour l’économie du pays et imaginer des procédures qui lui permettent de se préparer aux mauvais coups.

Après les débrayages à Genève et les menaces latentes, les représentants des syndicats et les employeurs se sont entendus sur les CHF 110 millions réclamés par les employés (versements pendant le délai de licenciement, indemnités de départ de quatre mois / cinq pour les pilotes et préretraites). Seul problème, personne ne savait d’où allait provenir le financement. La justice zurichoise a reconduit le sursis concordataire jusqu’au 5 juin 2002 pour SairGroup, SairLines, Swissair et Flightlease. Au parlement, l’UDC et le PDC ont demandé la mise sur pied d’une commission d’enquête parlementaire (CEP) sur la débâcle de Swissair (Iv.pa. 01.458; Iv.pa. 01.459). Les radicaux et les verts étaient opposés. Les socialistes, qui auraient pu assurer la création de la CEP avec leur appui, ont temporisé. Ils réservaient leur réponse à février 2002, mais soutenaient l’enquête de la commission de gestion des Etats. Celle-ci se penchait sur le devoir de surveillance de l’OFAC, sur le rôle de la Confédération en tant qu’actionnaire, sur la gestion de la crise par le Conseil fédéral et sur les raisons du grounding du 2.10. Lors de l’assemblée générale des actionnaires, le conseil d’administration de Crossair a démissionné dans sa totalité, y compris son fondateur Moritz Suter, afin de laisser place libre à une nouvelle équipe de onze membres présidée par le hollandais Pieter Bouw. Le nouveau conseil d’administration a approuvé le business-plan. Entre temps, le DETEC a octroyé à Crossair 31 concessions pour des lignes court et moyen-courriers qui étaient desservies par Swissair. En fin d’année, le Conseil fédéral a levé la garantie étatique pour risques liés aux actes de guerre ou de terrorisme. En effet, les assureurs garantissaient à nouveau la couverture des risques allant jusqu’à 1 milliard de dollars.