In der Wintersession 2023 gingen die Beratungen über die Abschaffung des Eigenmietwerts in die nächste Runde. Der Nationalrat hatte in der Sommersession 2023 zwei Differenzen zum Entscheid des Ständerates geschaffen. Während die kleine Kammer die Abschaffung des Eigenmietwerts lediglich bei selbstbewohnten Liegenschaften geltend machen wollte, sprach sich der Nationalrat für einen vollständigen Systemwechsel einschliesslich Zweitwohnungen aus. Weiter gab es eine Differenz bezüglich der Schuldzinsabzüge: Beide Räte waren sich einig, dass Ausgaben, wenn eine Liegenschaft Vermögenserträge abwirft, in einem gewissen Umfang weiterhin abgezogen werden dürfen. Die ständerätliche Version sah einen Schuldzinsabzug von 70 Prozent vor, der Nationalrat entschied dagegen auf eine Abzugsfähigkeit von 40 Prozent.

Die Mehrheit der WAK-SR beschloss, an ihrem Entscheid aus der Herbstsession 2021 festzuhalten und weiterhin gegen einen vollkommenen Systemwechsel und für eine höhere Abzugsfähigkeit einzustehen. Eine Minderheit Sommaruga (sp, GE) beantragte, die Fassung des Bundesrates zu übernehmen und den Systemwechsel auf das gesamte Wohneigentum, einschliesslich Zweitwohnungen, anzuwenden. Lediglich Erstwohnungen vom Eigenmietwert zu befreien, sei zu wenig konsequent und ein zweispuriges Besteuerungssystem weise ein hohes Missbrauchspotenzial auf, legte auch Mitte-Nationalrat Erich Ettlin (mitte, OW) dar. Auch der zusätzliche Verwaltungsaufwand infolge dieser divergierenden Systeme dürfe nicht unterschätzt werden. Ein vollständiger Systemwechsel gehe mit massiven Steuereinbussen in Kantonen mit einer hohen Zweitwohnungsquote einher, lautete es hingegen seitens der Kommissionsmehrheit. Deshalb würde die Vorlage in dieser Form mit hoher Wahrscheinlichkeit von den betroffenen Kantonen bekämpft werden, äusserte Hannes Germann (svp, SH) die entsprechenden Bedenken. Falls die Differenz zum Nationalrat weiter bestehe, erhalte dieser die Möglichkeit eine Objektsteuer auszuarbeiten, um den erwähnten monetären Ausfällen entgegenzuwirken. Vorausgesetzt diese Objektsteuer stelle eine realistische Alternative zur Eigenmietwertbesteuerung dar, ergebe ein vollständiger Systemwechsel Sinn, so der Schaffhauser SVP-Ständerat.
Bezüglich des Schuldzinsabzuges setzte sich eine Minderheit Zanetti (sp, SO) in Anlehnung an den ersten Entwurf der WAK-SR im Sommer 2021 für eine gänzliche Abschaffung ein. Die Abzüge, ungeachtet ihres Ausmasses, würden primär den Reichsten des Landes zugutekommen, argumentierte Carlo Sommaruga, welcher den Minderheitenantrag seines ehemaligen Parteikollegen aufgegriffen hatte, in der Detailberatung. Kommissionssprecher Pirmin Bischoff (mitte, SO) betonte hingegen, dass die Kommissionsmehrheit es als inkonsequent erachte, wenn Personen Mietzinseinnahmen aufweisen würden, die damit verbundenen Kosten aber nicht zumindest teilweise abziehen könnten.
Beide Minderheiten wurden in der kleinen Kammer abgelehnt und das Geschäft ging mit den beiden nach wie vor bestehenden Differenzen zurück an den Nationalrat.

In der Herbstsession 2021 beriet der Ständerat die Vorlage seiner WAK betreffend die Abschaffung des Eigenmietwerts für selbstbewohntes Wohneigentum. Bereits das Eintreten auf die Vorlage wurde – für ständerätliche Verhältnisse – intensiv diskutiert. Kommissionssprecher Pirmin Bischof (mitte, SO) weibelte für die Vorlage. Er begründete dabei deren Notwendigkeit erstens damit, dass der Eigenmietwert als eine Steuer auf ein «fiktives Einkommen» in der Bevölkerung – insbesondere bei Eigenheimbesitzerinnen und -besitzer, die ihre Schulden bereits abbezahlt haben – auf grosses Unverständnis stosse. Zweitens könnten mit der Vorlage, die von internationalen Organisationen wie der OECD bemängelten steuerlichen Anreize für das Anhäufen von Schulden abgebaut und so die sehr hohe Privatverschuldung in der Schweiz reduziert werden. Auf der anderen Seite versuchte Paul Rechsteiner (sp, SG) die kleine Kammer zu überzeugen, nicht auf die «missratene» Vorlage einzutreten. Rechsteiner argumentierte, die Vorlage würde zu gewichtigen Steuerausfällen von bis zu CHF 1.7 Mrd. für Bund und Kantone führen. Ausserdem sei es steuerpolitisch klar, dass das Wohnen im eigenen Haus ein Naturaleinkommen sei und deshalb besteuert werden sollte. Eine Aufhebung würde deshalb nur die häufig bereits finanziell besser gestellten Wohneigentümer und -eigentümerinnen entlasten und diese gegenüber den im Schnitt einkommensschwächeren Mieterinnen und Mieter weiter besserstellen. Nicht zuletzt wies Rechsteiner darauf hin, dass sich eine klare Mehrheit der Kantone (21 zu 5) in der Vernehmlassung gegen den Systemwechsel in der Wohneigentumsbesteuerung ausgesprochen hatte. Christian Levrat (sp, FR) plädierte ebenfalls für Nichteintreten und warnte, dass das vorliegende «legislative Gebastel» aufgrund der fehlenden Haushaltsneutralität in einer Volksabstimmung keine Chance habe und es deshalb schlauer sei, die Übung bereits jetzt abzubrechen. In der weiteren Diskussion hoben die Befürworterinnen und Befürworter der Vorlage unter anderem noch hervor, dass die Vorlage den administrativen Aufwand für die Kantone stark verringern würde. Zudem führe die Vorlage unter Berücksichtigung des langjährigen Durchschnittzinses von 3.5 Prozent nicht zu Minder- sondern zu Mehreinnahmen – auch wenn sie eingestanden, dass der Systemwechsel mit dem heutigen tiefen Zinsniveau zu Steuerausfällen führen würde. Die Ständerätinnen und Ständeräte stimmten schliesslich mit 26 zu 15 Stimmen für Eintreten.

In der anschliessenden Detailberatung stand prinzipiell die Abschaffung der Schuldzinsabzüge zur Debatte. Eine Minderheit der Kommission rund um Erich Ettlin (mitte, OW) beantragte, den Vorschlag des Bundesrates, Schuldzinsenabzüge in der Höhe von 70 Prozent der steuerbaren Vermögenserträge zuzulassen, zu übernehmen. Gemäss Ettlin sei die vollständige Abschaffung der Schuldzinsenabzüge verfassungswidrig, da der Ertrag, der mit der Aufnahme der Schulden verbunden ist (insb. der Mietertrag aus einer vermieteten Wohnung), sowie der Eigenmietwert auf selbstbewohnten Zweitliegenschaften weiterhin besteuert würden. Damit verstosse die Vorlage gegen das verfassungsrechtliche Prinzip der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Ausserdem würden auch Schuldzinsenabzüge in der Höhe von 70 Prozent der Vermögenserträge gegenüber der heutigen Lösung (Abzug aller Schuldzinsen plus CHF 50'000) Verschuldungsanreize reduzieren. Der Mehrheitsvertreter Bischof führte in seiner Replik aus, dass es durchaus logisch erscheine, die Schuldzinsenabzüge auf Ertrag durch unbewegliches Vermögen (eben z.B. Mieterträge) weiterhin zu erlauben. Doch er störte sich daran, dass die Minderheit keine Unterscheidung zwischen Erträgen aus beweglichen und unbeweglichen Vermögen mache, obwohl der Kapitalgewinn auf beweglichem Vermögen in der Schweiz grundsätzlich steuerfrei ist. Nichtsdestotrotz räumte auch Bischof ein, dass die Kommission hier noch nicht die optimale Lösung gefunden habe und sich die WAK-NR und der Nationalrat noch einmal genauer mit dem Thema beschäftigen müssten. Schlussendlich stimmte die kleine Kammer mit 28 zu 15 Stimmen für den Antrag der Kommissionsminderheit. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat den Entwurf mit 20 zu 17 Stimmen bei zwei Enthaltungen an.