Kurz vor der nationalrätlichen Beratung des Bundesgesetzes über Zweitwohnungen zeigten sich bürgerliche Parlamentarier vor dem Hintergrund der immer lauter werdenden Referendumsdrohung kompromissbereit: Nicht nur metaphorisch sondern tatsächlich in letzter Minute, nämlich am Vorabend der Nationalratsdebatte in der Frühjahrssession 2015, gelang es durch Einlenken der FDP-Fraktionschefin Huber (fdp, UR) und des SVP-Fraktionschefs Amstutz (svp, BE) tatsächlich, ausserhalb des Parlaments einen Kompromiss mit Vera Weber zu erzielen. Der CVP-Vertreter und Kommissionssprecher Yannick Buttet (cvp, VS), der dem Treffen ebenfalls beigewohnt hatte, verliess dieses frühzeitig und empört darüber, vor beschlossene Tatsachen gestellt worden zu sein, welche seiner Meinung nach nicht einer "pragmatischen Umsetzung" entsprachen. Die SVP hätte den Deal alleine mit Helvetia Nostra eingefädelt und die Mitteparteien aussen vorgelassen. Ferner unterstellte Buttet der SVP, rein aus Eigeninteresse gehandelt zu haben, um auch bei ihren eigenen Initiativen weiterhin einen harten Kurs legitimieren zu können. Gegenüber der NZZ beteuerte Nationalrat Killer (svp, AG), man hätte lediglich rasch möglichst die vorherrschende Rechtsunsicherheit beheben wollen. Der Kompromiss sieht drei Zugeständnisse an die Initianten vor: Erstens soll in Gemeinden, die ihr Kontingent ausgeschöpft haben, auch das Anbieten des Objekts auf einer Vertriebsplattform keinen Zweitwohnungsbau legitimieren. Zweitens sollen nicht mehr in Betrieb stehende Hotelanlagen, die ein Vierteljahrhundert oder länger bewirtschaftet wurden, nur zu 50% in nicht der Nutzungsbeschränkung unterstehende Zweitwohnungen umgewandelt werden dürfen. Schliesslich verlangte der Kompromiss den Verzicht auf den dehnbaren Begriff der "erhaltenswerten Bauten", wenn es darum geht, bestehende Bauten auch in Gemeinden mit ausgeschöpftem Kontingent in Zweitwohnungen umzuwandeln. Anstelle dessen soll die Umwandlung in nicht der Nutzungsbeschränkung unterstehende Wohnungen nur in geschützten und "ortsbildprägenden" Bauten möglich sein. Der Begriff "ortsbildprägend" gilt als deutlich klarer und enger umrissen als der Begriff "erhaltenswert". Im Gegenzug verpflichtete sich Vera Weber, auf das Ergreifen des Referendums zu verzichten.
In der sich über zwei Tage erstreckenden Sitzung im Nationalrat waren es in der Folge nur die CVP und die BDP, die eine harte Linie fuhren und die Interessen ihrer Stammwählerschaft vertraten. Hans Grunder (bdp, BE) kritisierte das Umschwenken der SVP-Fraktion, nachdem deren Kommissionsmitglieder in den Vorberatungen im Namen der Mehrheit noch für eine Beibehaltung oder gar Aufweichung des ständerätlichen Kurses plädiert hatten, worauf der SVP-Fraktionspräsident in ein Kreuzfeuer von diversen Fragen verschiedenster Seiten geriet. Zu Beginn der Beratungen hatte die grosse Kammer über zwei Anträge der Ratslinken zu bestimmen, welche die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat forderten, verbunden mit den Aufträgen, einen Entwurf auszuarbeiten, der den Volkswillen ernst nehme, und eine qualitativ hochstehendere und klarere Gesetzesgrundlage zu schaffen. In der Begründung seines Minderheitsantrages liess Roger Nordmann (sp, VD) verlauten, er habe während seiner ganzen parlamentarischen Karriere noch nie einen so geschraubten Gesetzestext gesehen wie der Vorliegende und mehr noch: "Il est difficile d'y reconnaître un texte légal". Über die geschlossen für die Rückweisung votierenden Fraktionen der SP und der Grünen hinaus fand das Anliegen jedoch bei keinem weiteren Ratsmitglied Zustimmung, womit dieses klar abgelehnt wurde. Im Anschluss stellte sich die Linke und ebenso die GLP hinter die gesetzesverschärfenden Anträge Huber/Amstutz, welche aus diesem Grund mit komfortablen Mehrheiten angenommen werden konnten. Lediglich die geschlossen auftretende Fraktion der BDP, eine beinahe geeinte CVP-Fraktion sowie vereinzelte Mitglieder der SVP stellten sich gegen den ausserparlamentarisch ausgehandelten Kompromiss. Auch Bundesrätin Leuthard zeigte sich im Grunde zufrieden mit der Kompromisslösung, jedoch nicht ohne zu betonen, dass sie es begrüsst hätte, wenn diese den Beratungen in der Kommission entsprungen wäre, da die Auslotung gangbarer Möglichkeiten eigentlich zur Aufgabe der Legislativkommissionen gehöre. Darüber hinaus zeigte sich die Bundesrätin irritiert ob dem verklausulierten Regelwerk: Der Kompromiss schränke die Umnutzung bestehender Wohnungen in Hotelbauten im Artikel 9 Absatz 2 nun zwar ein; in den Absätzen 1bis und 1ter erlaube ein ständerätlicher Zusatz Hotelbesitzern jedoch gar den Neubau von Zweitwohnungen in Gemeinden mit einem Zweitwohnungsanteil von über 20%. Da letztere Regelung nicht Teil des ausgehandelten Kompromisses war, unterlag ein links-grüner Minderheitsantrag zur Streichung dieser Absätze. Nur die GLP-Fraktion unterstützte diesen Antrag.
Ferner beschloss der Nationalrat weitere Abweichungen zur Fassung des Ständerates und schickte den von der ursprünglichen Mehrheit der UREK-NR gestellten Antrag auf Dringlichkeit mit 173 zu 22 Stimmen klar bachab, wobei der Rat der Minderheit Jans (sp, BS) folgte. Für die Dringlichkeitsklausel setzte sich die Hälfte der CVP-Fraktion sowie eine Minderheit der SVP-Fraktion ein. Zum Schluss der Beratung gab Roger Nordmann (sp, VD) im Namen der SP-Fraktion bekannt, die SP werde diesen Kompromiss in der Schlussabstimmung unterstützen, sofern der Ständerat auf den Kompromiss einschwenke. Mit 143 zu 6 Stimmen bei nicht weniger als 47 Enthaltungen verabschiedete der Nationalrat den so veränderten Entwurf nach der Gesamtabstimmung in die Differenzbereinigung. Neben einzelnen Vertretern der FDP und SVP sowie den grossmehrheitlichen Fraktionen der CVP und BDP enthielt sich die Grüne Fraktion komplett der Stimme.

Im Februar 2014 präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Umsetzung der Zweitwohnungsinitiative, die einige Ausnahmen vom Verbot zusätzlicher Zweitwohnungen in Gemeinden mit einem Zweitwohnungsanteil über 20% vorsah und die im Grundsatz die Stossrichtung der Übergangsverordnung weiterverfolgte. Altrechtliche Bauten, resp. vor der Volksabstimmung vom 11. März 2012 bereits bestehende oder bewilligte Bauten, sollen gemäss bundesrätlicher Vorlage geschützt werden und dürften - sofern sie als Erstwohnung umgenutzt oder touristisch bewirtschaftet werden - auch erweitert werden. Vom Verbot auszunehmen seien ferner "warme Betten", resp. Hotels und hotelmässige Residenzen sowie Zweitwohnungen, die auf einer Vertriebsplattform als Ferienresidenz zur Miete angeboten werden, sofern sich letztere in im Richtplan entsprechend festgelegten Gebieten befinden. Auch die Schaffung neuer "kalter Betten" soll unter gewissen Voraussetzungen erlaubt bleiben, namentlich durch Umwandlung eines seit 25 Jahren oder länger bestehenden Hotelleriebetriebs, der nicht mehr als solcher weitergeführt werden kann, sowie unter strengen Voraussetzungen in geschützten Baudenkmälern und ortsbild- und landschaftsprägenden Bauten, da solche Bauten oft nur auf diese Art erhalten werden könnten, so der Bundesrat. Vera Weber, Kampagnenleiterin der Zweitwohnungsinitiative, bezeichnete die Botschaft zur Umsetzung des Volksanliegens vor den Medien als Ohrfeige. Auch Raimund Rodewald von der Stiftung Landschaftsschutz Schweiz zeigte sich unzufrieden mit dem bundesrätlichen Vorschlag. Insbesondere die Möglichkeit zur Schaffung zusätzlicher Zweitwohnungen in nicht extensiv genutzten Tourismusgebieten verschandle das Landschaftsbild.

Mit Stefan Engler (cvp, GR), Martin Schmid (fdp, GR) und Heinz Brand (svp, GR) präsentierten drei Bündner Parlamentarier in Zusammenarbeit mit einem Rechtsanwalt kurz nach dem Bundesgerichtsentscheid zur Bewilligung von Zweitwohnungen an einer Medienkonferenz einen in Eigenregie erarbeiteten Gesetzesentwurf zur Umsetzung der Initiative von Franz Weber. Der Entwurf, der für Gemeinden mit einem Zweitwohnungsanteil von über 20% verschiedene Ausnahmen vom Verbot definiert, sollte einen Alternativvorschlag zu der sich in Ausarbeitung befindenden und kurz darauf in die Vernehmlassung geschickte Gesetzesvorlage bieten. Man nehme den Volksentscheid zur Kenntnis und wolle mit dem eigenen Vorschlag lediglich einen konstruktiven Beitrag zur raschen Umsetzung des Volksbegehrens leisten, damit die bestehende Rechtsunsicherheit baldmöglichst beseitigt werden könne, liess das Trio verlauten. Mit dem Ende Juni veröffentlichten Gesetzesentwurf der Regierung zeigten sich die Bündner National- und Ständeräte im Grunde zufrieden, brachten aber dennoch eine Vielzahl an Änderungsvorschlägen ein. Unter anderem soll der Gesetzesvollzug, insbesondere die Festlegung des Zweitwohnungsanteils einer Gemeinde, nach Meinung der Parlamentarier grundsätzlich den Kantonen und nicht dem Bund überlassen werden. Weiter soll laut den Bündnern ein Nutzungswandel von vor dem Abstimmungstermin bestehenden und als Erstwohnungen klassierten Wohnbauten in Zweitwohnungen nach wie vor möglich bleiben. Ein Vorschlag, der laut Vera Weber, der Tochter des Initianten und Kampagnenleiterin der Fondation Weber, viel Raum für Spekulationen lassen würde.

Gleich nach Annahme der Zweitwohnungsinitiative setzte das UVEK eine Arbeitsgruppe unter Leitung des ARE zur Ausarbeitung einer Übergangsverordnung zur Umsetzung der Zweitwohnungsinitiative ein. Primär war die Arbeitsgruppe angehalten, den Zweitwohnungsbegriff zu klären und die Übergangsbestimmungen zu konkretisieren. Ende Mai präsentierte die Arbeitsgruppe den ersten Verordnungsentwurf. Bei der Auslegung des Zweitwohnungsbegriffs zeigten sich die Befürworter und Gegner der Initiative einig: Als Zweitwohnung gelte jedes Objekt, welches nicht als Erstwohnung genutzt werde. Gemeinden, welche bereits über einen Zweitwohnungsanteil von mehr als 20% verfügen, dürften Zweitwohnungen jedoch weiterhin bewilligen, sofern es sich dabei um „warme Betten“ handle. Dabei wurde der Begriff der „warmen Betten“ allerdings nicht über quantitative Kriterien, wie beispielsweise über die jährliche Belegungszeit in Wochen, definiert. Zweitwohnungen sollen dann als mit warmen Betten ausgestattet gelten, wenn eine professionelle Vermarktung der Wohnungen durch dauerhafte Präsenz auf einer Vermietungsplattform angestrebt wird. Des Weiteren soll der Besitzstand garantiert bleiben: Zweitwohnungen, welche bereits vor dem Abstimmungstermin bestanden haben, dürften weiterhin bestehen bleiben und auch als solche verkauft und vererbt werden. Am 18.6. äusserten sich Behörden, Parteien und Organisationen in einer konferenziellen Anhörung zum Entwurf. Ein reges Tauziehen spielte sich ab zwischen den Befürwortern der Initiative, welche eine rasche und stringente Umsetzung ihres Anliegens forderten, und den Gegnern der Initiative, die Ausnahmeregelungen schaffen und die Übergangsbestimmungen erst per Beginn 2013 in Kraft setzen wollen. Auch im Bundesrat zeigte man sich uneinig, wie die Umweltministerin Mitte August nach der ersten Sitzung zum Verordnungsentwurf bekannt gab. Eine Woche später präsentierte die Regierung dann aber doch die neue Übergangsverordnung, die hingegen nicht wie ursprünglich von der Umweltministerin gewünscht auf den 1.9.12, sondern erst per 1.1.13 in Kraft tritt. Nicht nur in diesem Punkt kam der Bundesrat dank Engagement der bürgerlichen Regierungsmitglieder den Bergkantonen und der Hotellerie entgegen: Ausnahmen sieht die Verordnung auch für bestehende Wohnungen im Sinne des Besitzstandes, für bewirtschaftete Neubauten, für Rustici und Maiensässe, sowie unter restriktiven Bedingungen ebenfalls für die Umnutzung von Hotels in Zweitwohnungen vor. Eine letzte Ausnahme gilt für Grossprojekte, wie das Andermatter Resort von Samih Sawiris, sofern vor dem Abstimmungstermin bereits ein bewilligter Sondernutzungsplan vorlag. Die Zeitung Südostschweiz bezeichnete die neue Regelung als „Sieg für die Verlierer“ und sowohl der Kanton Graubünden als auch der Kanton Wallis zeigten sich zufrieden mit den beschlossenen Übergangsbestimmungen. Von Seiten der Initianten äusserte man sich teilweise reserviert. Zufrieden gab sich Vera Weber, Vizepräsidentin der Fondation Franz Weber und Tochter des Umweltschützers, mit der vom Bundesrat gewählten Definition des Zweitwohnungsbegriffes, äusserte jedoch Bedenken zu den durch die Ausnahmebestimmungen potentiell geschaffenen Schlupflöchern, die eine korrekte Umsetzung der Initiative verhindern könnten. Die Übergangsbestimmungen gelten ab 2013 bis zum Inkrafttreten des Ausführungsgesetzes. Die Botschaft für dieses neue Gesetz soll noch vor Ende 2013 verabschiedet werden.