Der Bundesrat präsentierte im März 2022 seine Botschaft zur Biodiversitätsinitiative sowie zum indirekten Gegenvorschlag. Er würdigte darin die Volksinitiative, deren Ziele – wie etwa mehr Flächen für den Schutz der Biodiversität – er grundsätzlich teile. Allerdings gehe ihm die Initiative zu weit: Die geltenden Kompetenzen sowie der existierende Handlungsspielraum von Bund und Kantonen würden übermässig beschränkt. So würde die Umsetzung der Initiative beispielsweise zu grossen Zielkonflikten mit anderen Politikbereichen, wie etwa der Energie- oder der Landwirtschaftspolitik, führen.
Der Bundesrat schlug daher einen indirekten Gegenvorschlag in Form einer Revision des NHG vor. Im Rahmen des Vernehmlassungsverfahrens, das vom 31. März 2021 bis zum 9. Juli 2021 dauerte, gingen insgesamt 242 Rückmeldungen zu diesem Änderungsvorschlag ein. Aufgrund dieser Antworten modifizierte der Bundesrat seinen Entwurf: So verzichtete er etwa aufgrund energiepolitischer Erwägungen der Vernehmlassungsteilnehmenden auf die Einführung von Schutzgebieten von nationaler Bedeutung für Fische und Krebse. Auch den ursprünglich vorgesehenen neuen Artikel zum ökologischen Ausgleich strich die Regierung aus der Vorlage, da ihn die Mehrheit der Kantone sowie weitere Vernehmlassungsteilnehmende abgelehnt hatten. Alternativ solle ein Impulsprogramm zur Förderung der Biodiversität in Siedlungen und Agglomerationen erarbeitet werden.
Nebst den bereits im Dezember 2020 in seiner Medienmitteilung zur Lancierung des Gegenvorschlags aufgeführten Gründen für die Revision des NHG, führte der Bundesrat in seiner Botschaft auch aus, dass er damit die Förderung einer Baukultur von hoher Qualität im Gesetz verankern wolle, und versicherte des Weiteren, dass die Ziele der Energiestrategie 2050 durch die Revision nicht tangiert würden. Für die Umsetzung des indirekten Gegenvorschlags via Revision des NHG wollte der Bundesrat pro Jahr CHF 96 Mio. einsetzen.