La Confédération s'est engagée, dans le cadre de l'Accord de Paris mais également au vu de sa Stratégie climatique à long terme, à atteindre zéro émission nette de gaz à effet de serre d'ici 2050. Toutes les émissions de CO2 ne pouvant être évitées, des solutions de captage de ce gaz devront être implémentées. L'une d'elle consiste à piéger le carbone dans la matière organique des sols suisses par le biais de résidus de récolte ou de biochar (charbon végétal), une technique appartenant aux «technologies d'émission négative» ou NET. C'est précisément ce potentiel-là qui a été analysé dans le rapport délivré par le Conseil fédéral en réponse au postulat Bourgeois (plr, FR) 19.3639.
L'importance des sols pour le climat avait déjà été reconnue dans le cadre de la Stratégie Sol Suisse adoptée par le Conseil fédéral en 2020, tant pour la lutte contre les changements climatiques que pour la mitigation des effets. Pour autant, les pertes de matière organique sont immenses selon des estimations émanant de la littérature scientifique. Ainsi, depuis les débuts de l'agriculture au néolithique, les sols agricoles «auraient perdu entre 36 et 78 pour cent de carbone dans les 30 premiers centimètres, et entre 25 et 61 pour cent dans le premier mètre» à travers le globe. Ce phénomène touche bien entendu également la Suisse et s'explique en grande partie par un manque d'apport en engrais organiques ou en résidus de cultures après les récoltes. En plus de ces pertes, il a été constaté que si les sols perdent plus de matière organique qu'ils n'en reçoivent, alors ils deviennent une source de CO2.
Le rapport revient sur différents types de sols et leur potentiel de séquestration de CO2. S'agissant des sols agricoles, le rapport énumère une série de bonnes pratiques permettant de séquestrer le carbone, notamment celle de l'agriculture de conservation consistant à réduire au maximum le travail de labour du sol, à faire usage d'une fertilisation organique et à pratiquer une «large rotation des cultures». D'autres mesures, à l'image de la couverture végétale des sols, sont d'ores et déjà encouragées dans l'Ordonnance sur les paiements directs (OPD), tandis que l'efficacité d'autres mesures doit encore être analysée (labour profond, biochar).
Le potentiel de séquestration du carbone par les marais, bien qu'historiquement importante, est jugée faible, de par la lenteur des processus de formation de la tourbe. Les sols forestiers sont, eux, proches de la saturation en carbone, les forêts suisses connaissant des taux parmi les plus élevés d'Europe. C'est dans les sols forestiers que se situe le plus grand stock, et largement, de carbone organique. Malgré tout, le réchauffement climatique met cet équilibre en danger. Dans les villes, la séquestration du CO2 pourrait passer par la végétalisation des toitures et l'ajout de biochar sous les routes nouvellement construites. Finalement, les sols naturels minéraux (prairies, zones rudérales et alluviales) risquent plutôt une perte de carbone organique des sols par la décomposition de l'humus à cause des changements climatiques. Toutefois, le Conseil fédéral arrive à la conclusion qu'il n'est pas possible, en l'état actuel des connaissances, de déterminer le potentiel de stockage total des sols suisses.
Par la suite, le rapport aborde les différents outils législatifs existants, arrivant à la conclusion qu'il n'existe aujourd'hui «aucune clause visant à renforcer le maintien du carbone organique des sols ou à promouvoir la séquestration du carbone dans les sols». Toutefois, depuis la révision de l'ordonnance sur le CO2 au printemps 2022, la séquestration du carbone dans le sol «est admise en tant que mesure de compensation», pour autant qu'il soit possible d'en garantir le piégeage durant 30 années au moins. En raison des difficultés techniques et de la durée des projets, les certificats CO2 pour la séquestration du carbone dans les sols restent complexes. Il serait possible, en guise d'alternative, d'inciter les paysannes et paysans à préserver la fertilité de leurs sols.
Finalement, le rapport esquisse une série de mesures qui pourraient être mises en place pour améliorer la situation. Elles se déclinent de trois manières : premièrement, l'optimisation de la gestion des sols organiques et des sols agricoles minéraux, deuxièmement, l'évaluation et l'adaptation des instruments légaux et troisièmement, la sensibilisation et l'avancement de l'état des connaissances. Dans son communiqué de presse, le Conseil fédéral insiste sur l'importance des bonnes pratiques agricoles et sur la révision prévue de l'ordonnance sur les atteintes portées au sol (OSol) pour «ancrer la conservation de la matière organique dans la législation». Le Conseil fédéral déconseille, en revanche, l'usage du charbon végétal, l'état de la recherche sur les effets à long terme étant pour l'heure lacunaire.
Finalement, la séquestration du carbone dans les sols a également fait l'objet d'une étude menée par Agroscope, qui a constaté que les méthodes de cultures extensives et biologiques absorbaient plus de CO2 que les cultures intensives et conventionnelles, alors que l'inverse était présupposé jusqu'alors. Les conclusions tirées par le Conseil fédéral dans le rapport sur le postulat Bourgeois le rappellent : l'agriculture a un grand rôle à jouer dans ce domaine, ce que l'USP reconnaissait il y a quelques années déjà. Et c'est dans cette optique que l'organisation agricole vaudoise Prométerre a analysé le bilan carbone d'une vingtaine de fermes du canton, afin de déterminer, entre autres, le potentiel d'absorption des sols agricoles. Les premiers résultats sont positifs, alors que 500 autres fermes vont se soumettre à un tel bilan ces prochaines années.