Im Berichtsjahr beschloss das Parlament mit einer Änderung des Gewässerschutzgesetzes (GSchG) die Aufrüstung von 100 Abwasserreinigungsanlagen (ARA) zur Reduzierung der Mikroverunreinigung. Während sich der Ständerat bereits 2013 positiv zum Vorhaben geäussert hatte, stimmte der Nationalrat dem Anliegen im Berichtsjahr zu - dies jedoch nicht ganz ohne Opposition. Eine aus SVP-Repräsentanten bestehende Kommissionsminderheit verlangte Nichteintreten. Sie sah weder den Handlungsbedarf für eine Aufrüstung gegeben - die Schweiz verfüge bereits über hervorragendes Trinkwasser -, noch das Verursacherprinzip berücksichtigt, da die anfallenden Kosten zur Sanierung eines Siebtels aller ARA über eine gesamtschweizerische Abwasserabgabe finanziert werden solle. Mit Ausnahme der SVP fand die Vorlage jedoch bei allen anderen Fraktionen Unterstützung. Die Höhe der Abgabe (max. CHF 9 pro Einwohner und Jahr) sei vertretbar, lautete eines der Hauptargumente der Befürworterseite, und der Bedarf für eine Nachrüstung sei gegeben: Organische Mikroverunreinigungen, wie sie heute etwa durch Inhalte von Medikamenten, Pflanzenschutzmitteln oder Körperpflegeprodukten entstehen, könnten von den Anlagen nur ungenügend herausgefiltert werden, weswegen eine Aufrüstung der zentralen ARA angebracht sei. Wie bereits im Ständerat fand sich auch im Nationalrat eine weitere Kommissionsminderheit, welche auch die Elimination von Stickstoff und die dazu benötigten Einrichtungen zur Nitrifikation finanziell unterstützen wollte - ein Anliegen, welches alle grossen Fraktionen im Rat spaltete. Mit 111 zu 70 Stimmen folgte der Rat schliesslich der Kommissionsmehrheit. Somit gelangte die Botschaft ohne Differenzbereinigung in die Schlussabstimmungen der beiden Räte, wo sie in der Kantonskammer mit 39 zu 1 Stimmen bei zwei Enthaltungen und im Nationalrat mit 137 zu 55 Stimmen bei drei Enthaltungen verabschiedet wurde.

Um gegen die durch Medikamente, Hormone und Biozide verursachte und für Fische und andere Wasserlebewesen äusserst schädliche Mikrovereinigung der Gewässer vorzugehen, präsentierte der Bundesrat im Juni eine Botschaft zur Änderung des Gewässerschutzgesetzes. Der auf eine im Jahr 2011 überwiesene Motion der UREK-SR zurückgehende Gesetzesentwurf war im Vorjahr in die Vernehmlassung geschickt worden. Um den Anteil von Mikroverunreinigungen im gesäuberten Abwasser zu vermindern, sollen 100 Abwasserreinigungsanlagen (ARA) insbesondere in dichtbesiedelten Regionen der Schweiz entsprechend aufgerüstet werden. Zur Deckung von 75% der bei der Aufrüstung der Abwasserreinigungsanlagen anfallenden Kosten soll mit der Gesetzesänderung eine zweckgebundene Spezialfinanzierung geschaffen werden, mit welcher die Grundlage für eine von der gesamten Wohnbevölkerung der Schweiz zu entrichtende Abwasserabgabe geschaffen wird. Diese soll der Bund bei den ARA voraussichtlich bis zur Deckung der Aufrüstungskosten von ca. CHF 1,2 Mia. im Jahr 2040 erheben. Die Höhe der Abgabe, die sich an der Anzahl der an die ARA angeschlossenen Personen orientiert, soll den Betrag von CHF 9 pro Jahr und Einwohner nicht übersteigen. Die Ergebnisse der im Vorjahr durchgeführten Vernehmlassung zeigten, dass 130 der insgesamt 147 eingegangenen Stellungnahmen die Einführung einer gesamtschweizerischen Abwasserabgabe grundsätzlich begrüssten. Unter den ablehnenden Stellungnehmenden befanden sich der Kanton Jura, die SVP und die Industrieverbände. Verschiedene Vernehmlasser hatten zudem verlangt, die um eine zusätzliche Klärstufe ausgebauten Abwasserreinigungsanlagen von der Einziehung einer solchen Abgabe zu befreien, da diese durch den erfolgten Ausbau bereits höhere Gesamtkosten tragen müssten. Diese Bestimmung wurde vom Bundesrat nach der Vernehmlassung in die Botschaft aufgenommen. Dem Ständerat, der die Vorlage in der Wintersession als Erstrat behandelte, lag ein Minderheitsantrag Imoberdorf (csp, VS) vor, der zusätzlich zu Massnahmen zur Elimination von organischen Spurenstoffen auch Massnahmen zur Nitrifikation subventionieren wollte. Damit sollte eine Benachteiligung von 30 ARA in der Romandie verhindert werden, die während der in den 90er Jahren durch den Bund erfolgte Subventionierung der Stickstoffbehandlung nicht berücksichtigt wurden, weil sie gemäss dem damaligem Gewässerschutzgesetz gar nicht zur Nitrifikation verpflichtet gewesen waren. Bundesrätin Leuthard stellte sich gegen diesen Antrag. Experten wie der Verband Schweizer Abwasser- und Gewässerschutzfachleute (VSA) und das Wasserforschungsinstitut EAWAG seien der Ansicht, dass Nitrifikation zur Eliminierung von Spurenstoffen nicht notwendig sei. Weiter seien die während den 90er Jahren eingesetzten Subventionsgelder in einigen Westschweizer Kantonen sogar überdurchschnittlich hoch ausgefallen und darüber hinaus würden mit diesem Zusatz diejenigen ARA benachteiligt, welche sich damals freiwillig und ohne Bundessubventionen zur Aufrüstung entschieden hätten. Der Minderheitsantrag fand mit 15 zu 22 Stimmen keine Mehrheit und der Ständerat überwies die unveränderte Botschaft an den Nationalrat, welcher im Berichtsjahr noch keine Stellung dazu nahm.

Eine im Berichtsjahr in die Vernehmlassung geschickte Änderung zum Gewässerschutzgesetz will die Mikroverunreinigung durch Massnahmen bei zentralen Abwasserreinigungsanlagen (ARA) reduzieren. Um die Mikroverunreinigung in gereinigten Gewässern zu halbieren, müssten rund 100 Schweizer ARAs speziell aufgerüstet werden, wozu rund 1,2 Mia. Franken benötigt würden. Zur Finanzierung der Aufrüstung schlägt der Bundesrat eine von den Betreibern der ARA zu entrichtende Abgabe vor, die sich an der Anzahl der an die Reinigungsanlage angeschlossenen Einwohner bemisst. Die Vorlage wurde in Erfüllung einer im Vorjahr überwiesenen UREK-Motion ausgearbeitet. Der Vernehmlassungsbericht lag im Berichtsjahr noch nicht vor.

Satisfait du contre-projet indirect adopté par les chambres l’année précédente, le comité à l’origine de l’initiative populaire « Eaux vivantes (Initiative pour la renaturation) » a décidé le retrait conditionnel de son texte. Le délai référendaire ayant expiré sans être utilisé, le Conseil fédéral a déclaré le retrait effectif et fixé l’entrée en vigueur de la loi au 1er janvier 2011. Il a en outre mis en consultation des projets d’ordonnances d’application de la nouvelle législation. D’ici 2014, les cantons devront planifier les travaux de renaturation des cours d’eau et des rives de lac. Les mesures d’assainissement en aval des centrales hydroéléctriques doivent quant à elles être réalisées dans un délai de 20 ans. L’ordonnance sur la protection des eaux (OEaux) définit par ailleurs la largeur minimale de l’espace réservé aux eaux et les conditions de l’exploitation agricole extensive autorisée.

Das Parlament hiess eine durch das Entlastungsprogramm 2003 bedingte Revision des Gewässerschutzgesetzes gut. Damals hatte das Bundesamt für Umwelt (vormals BUWAL, heute BAFU) Kürzungen im Personalbereich vorzunehmen, welche es durch einen Abbau der staatlichen Kontrollen im Bereich der Tankanlagen realisierte; dies wiederum machte die nun vorliegende Gesetzesänderung nötig. Die kleine Kammer nahm die Vorlage einstimmig an. Im Nationalrat beantragte eine grüne Kommissionsminderheit vergeblich Nichteintreten; sie wehrte sich dagegen, ein gutes und verlässlich funktionierendes Kontrollsystem aufzugeben. Im Gegensatz zu Bundesrat und Ständerat wollte der Nationalrat die Aufsicht über die Tankanlagen nicht so stark lockern und beschloss, Lageranlagen alle zehn Jahre nach den Regeln der Technik warten zu lassen; zudem müssten die Leckanzeigesysteme überprüft werden. Im Differenzbereinigungsverfahren präzisierte der Ständerat, dass periodische Kontrollen mindestens alle zehn Jahre nur bei bewilligungspflichtigen Lageranlagen zu erfolgen haben, das heisst bei Anlagen, welche in besonders gefährdeten Gewässerschutzbereichen liegen. Je nach Gefährdung der Gewässer soll der Bundesrat Kontrollintervalle für weitere Anlagen festlegen können. Die Vorlage passierte die Schlussabstimmung im Ständerat mit 44:0 Stimmen, im Nationalrat mit 118:73 Stimmen bei drei Enthaltungen; Grüne, SP und EVP votierten geschlossen dagegen.

En raison du programme d’économies 2003 voté par le parlement, le Conseil fédéral réduira ses activités dans le domaine des réservoirs. Cette mesure a nécessité les adaptations de la loi sur la protection des eaux et de l’ordonnance qui en découle. En consultation, le paquet législatif a été largement approuvé, seuls le PS et dix cantons ont rejeté le projet. Le Conseil fédéral a pris connaissance des résultats et a transmis aux Chambres le message et le projet de révision partielle de la loi. Les modifications proposées déchargent la Confédération des activités de haute surveillance, de coordination et de conseil dans les domaines des réservoirs, ainsi que de l’expertise–type des éléments d’installations. La Confédération maintiendra toutefois les principes essentiels du domaine des réservoirs (éviter, détecter et retenir les pertes de liquides des réservoirs), ainsi que les prescriptions concernant l’autorisation obligatoire et les mesures de protection. L’autorisation obligatoire cantonale est à présent limitée aux secteurs dans lesquels se trouvent des nappes d’eaux souterraines exploitables. La consultation a conduit à l’introduction, dans la loi sur la protection des eaux d’une notification obligatoire pour les installations de stockage de liquides de nature à polluer les eaux, qui ne sont pas soumises à autorisation. Le Conseil fédéral a également précisé que les installations destinées aux eaux usées et aux engrais de ferme ne sont pas soumises aux dispositions relatives à la manipulation de liquides de nature à polluer les eaux. Une disposition transitoire est prévue pour les réservoirs enterrés à simple paroi : ils pourront être maintenus en service jusqu’au 1er janvier 2015, après quoi ils devront être remplacés par des réservoirs à double paroi.

Après avoir décidé de s'en tenir à sa position initiale s'agissant de la première divergence, la Chambre des cantons adopta en outre une motion (97.3244) en lieu et place de la disposition retenue par le Conseil national concernant l'éventuel versement de subventions à l'agriculture en rapport avec la protection des eaux souterraines. Transmise à son tour par la Chambre basse, cette motion charge le gouvernement d'élaborer une proposition en vue d'une participation financière de la Confédération aux mesures visant à lutter contre le ruissellement de substances liées à l'exploitation des sols. L'ultime divergence qui subsistait encore entre les deux conseils nécessita quant à elle une conférence de conciliation à l'issue de laquelle il fut décidé que la Confédération couvrira à raison de 50% - contre les 35% et 70% retenus initialement par l'une et l'autre des Chambres - les frais rattachés aux installations servant à l'élimination de l'azote.

Tout comme le Conseil des Etats en 1996, la Chambre du peuple a entamé en début d'année l'examen de la révision de la loi sur la protection des eaux. Si aucun groupe parlementaire n'a à cette occasion témoigné d'opposition à la consécration du principe du pollueur-payeur en tant que moyen de financement futur des installations de traitement des eaux usées ou d'incinération des déchets ménagers, plusieurs propositions de modification touchant des points davantage techniques du projet ont néanmoins été retenues par les députés du National. Ainsi, la Chambre du peuple a notamment souhaité que la Confédération prenne en charge 70%, et non pas 35%, des coûts des installations permettant d'éliminer l'azote dans les stations d'épuration des eaux usées, dans la mesure où ces équipements servent à respecter des accords internationaux visant à lutter contre la pollution des eaux en dehors de Suisse. Dans l'optique de protéger les eaux souterraines et les eaux de source, le Conseil national a par ailleurs opté pour l'introduction d'un nouvel article aux termes duquel des contributions à la surface - en sus de celles déjà prévues par la politique agricole - auraient pu être versées aux agriculteurs.

Mis en consultation au début de l'année, le projet de modification de la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux) - qui couvre également l'incinération des déchets - a été transmis aux Chambres dans le courant du mois de septembre. Dictée principalement en raison des difficultés financières auxquelles sont confrontés les pouvoirs publics et la Confédération en particulier, la principale innovation de cette révision réside dans l'introduction du principe du pollueur-payeur comme moyen de financement de l'évacuation des eaux usées et de l'élimination des déchets ménagers en lieu et place des impôts cantonaux et du système des subventions fédérales jusqu'alors en vigueur. Ainsi, des taxes conformes au principe de causalité devraient assurer à l'avenir la couverture des dépenses de construction, d'exploitation et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux ainsi que des usines d'incinération de déchets. Aux termes de la réglementation proposée, la Confédération n'introduira pas elle-même les émoluments nécessaires, mais chargera les communes, via les cantons, de le faire en tenant compte notamment du type et de la quantité d'eaux usées et de déchets produits dans la fixation des montants. Si ce nouvel instrument incitatif devrait permettre à la Confédération d'économiser quelque CHF 100 millions par année à partir de 2010, les particuliers verront quant à eux augmenter leurs charges dans les domaines de l'épuration des eaux et du traitement des déchets ménagers, ce qui n'a pas manqué de susciter certaines réserves parmi les milieux de défense des consommateurs. Quant à la deuxième grande modification apportée par le projet du Conseil fédéral, elle vise pour sa part à instaurer une planification globale de l'évacuation des eaux par région.
Bien que le projet des autorités ait trouvé un écho globalement favorable auprès des milieux ayant pris part à la procédure de consultation, plusieurs critiques ont néanmoins été formulées parallèlement à celles des associations de protection des consommateurs. Ainsi, l'UDC s'est déclarée en faveur d'impulsions permettant éventuellement de privatiser les installations d'élimination des déchets et d'épuration des eaux. Le PDC - qui redoutait que l'introduction du principe du pollueur-payeur ne procède que d'une logique d'assainissement des finances fédérales - s'est prononcé pour un allégement fiscal dans d'autres domaines, tel que celui de l'impôt fédéral direct. Quant aux cantons à faibles capacités financières, ils ont craint que la suppression uniforme des subventions proposée dans le cadre de la nouvelle réglementation ne soit pas supportable pour eux. Lors de l'examen de cet objet par le Conseil des Etats, les députés ont voté à l'unanimité en faveur des dispositions proposées par le gouvernement. Ils ont parallèlement approuvé une proposition Respini (pdc, TI) autorisant le Conseil fédéral à proroger du 1er novembre 1997 au 31 octobre 1999 au plus tard le délai d'octroi des indemnités allouées aux cantons pour la mise en place des infrastructures servant au traitement des déchets ménagers. Seules les régions ne possédant pas encore la capacité d'incinération suffisante pourront, si les circonstances l'exigent, bénéficier de cette clause.

Dans le cadre des mesures d'assainissement des finances fédérales, les Chambres ont adopté le projet du gouvernement de supprimer les subventions fédérales pour la construction de stations d'épuration, tout en maintenant l'obligation de réaliser les installations encore manquantes. A l'appui de cette décision fut notamment invoquée l'application du principe du pollueur-payeur. Au Conseil des Etats, cela provoqua les protestations de M. Flückiger (prd, JU) qui déclara que cela défavorisait les régions périphériques non encore équipées. A ce sujet, La petite chambre a transmis une motion de sa commission des finances prévoyant que les zones rurales peu peuplées ne soient pas tenues de se raccorder à une station d'épuration, eu égard aux frais disproportionnés que cela pourrait entraîner pour elles. Le Conseil national a également transmis ce texte ainsi qu'une motion Schnider (pdc, LU) de même teneur. Le Conseil fédéral a cependant considéré que ces textes pouvaient être considérés sans objet, assurant que la loi prévoyait déjà des exceptions pour les zones périphériques et qu'il était du ressort des cantons d'interpréter cette disposition de façon satisfaisante pour ces régions.

En automne 1993, de violents orages ont créé d'importantes inondations au Tessin et en Valais, provoquant des dégâts d'un montant s'élevant à plusieurs centaines de millions de francs. Après avoir dépêché l'armée sur place, la Confédération s'est engagée à utiliser toutes les possibilités de subventionnement pour participer financièrement à l'effort des cantons touchés. Le Conseil fédéral a également proposé d'octroyer une aide fédérale extraordinaire pour réparer les dommages dus aux intempéries. Sous forme d'arrêté, ce projet consiste en des contributions aux coûts des travaux de première urgence, des travaux de déblaiement, de remise en état des routes n'appartenant pas aux réseaux national ou principal, d'ouvrages de protection contre les crues, des infrastructures et des bâtiments et installations officiels. Par ce biais, la Confédération devrait participer à hauteur de 80% des dépenses à la charge du secteur public, soit au total CHF 209 millions. Le parlement a adopté ce projet ainsi que la clause d'urgence à la quasi unanimité.

Un comité référendaire s'est toutefois formé contre la révision de la loi autour de la Communauté d'intérêt des propriétaires suisses de petites centrales hydrauliques, ainsi que l'Association des usiniers romands et des promoteurs de micro-centrales, pourtant proches des verts. Ces organisations reprochent principalement à la loi ses nouvelles prescriptions en matière de débits minimaux. Ceux-ci ayant été relevés, de nombreuses petites centrales (environ 350) voient leur activité mise en danger. Elles ont prétendu que la nouvelle loi allait à l'encontre des intérêts écologiques réels de la Suisse, puisque la production d'énergie hydroélectrique est l'une des méthodes de transformation de l'énergie ayant le plus faible impact sur l'environnement. Malgré des difficultés dans la récolte des signatures, le référendum a abouti au début du mois de mai.

En fin d'année, la loi sur la protection des eaux est enfin arrivée au terme de son long processus législatif. Ce texte, devant tenir lieu de contre-projet indirect à l'initiative «pour la sauvegarde de nos eaux», a vu, lors de la session d'hiver des Chambres et, auparavant, pendant celle d'été, se créer un consensus autour des trois divergences restantes. Celles-ci concernaient la pollution des eaux par le lisier, les débits minimaux et le «centime du paysage».
Au sujet de la pollution des eaux par l'agriculture, les normes relatives à l'épandage des engrais de ferme sont exposées dans le chapitre concerné. A propos des débits minimums, si l'introduction d'exceptions permettant aux cantons ou aux petites entreprises hydro-électriques de descendre au-dessous des minima prescrits, comme le réclamait le Conseil des Etats, fut finalement abandonnée, la grande chambre dut, quant à elle, renoncer à l'inscription du principe de causalité dans la loi.
La divergence relative au «centime du paysage» (compensation versée à une commune pour la non-réalisation d'un ouvrage hydro-électrique en raison de la sauvegarde de sites naturels) a également vu l'émergence d'un consensus. En 1989, le Conseil national avait décidé d'indemniser les communes victimes d'un manque à gagner à l'aide d'une taxe de 0.2 centime par kWh à la charge des consommateurs, ce qui aurait pu permettre de créer un fonds d'environ CHF 70 millions par an. Le Conseil des Etats s'était opposé à ce principe mais, par le biais d'une motion déposée par sa commission, avait laissé une porte ouverte aux montants compensatoires. Cela se concrétisa en fin d'année lorsque la petite chambre se prononça pour le versement d'indemnités, puisées dans la Caisse fédérale, aux collectivités victimes d'atteintes à l'utilisation des forces hydrauliques imputables à la protection de la nature. La grande chambre se rangea finalement à cette version malgré sa différence dans le mode de financement.