Poursuivant son examen de la LPE, la Chambre du peuple s'est ensuite penchée sur les dispositions relatives à la gestion des déchets et à la protection des sols. En se prononçant notamment pour la suppression des compétences que le projet de loi octroyait à la Confédération dans les domaines de l'assainissement des décharges contrôlées et autres sites pollués, d'une part, ainsi que des moyens de lutte contre l'érosion et le compactage des sols, d'autre part, la majorité des députés manifestait clairement sa volonté de laisser l'entier des prérogatives en la matière aux cantons. Cette optique fédéraliste, qui aurait sans doute conduit à la mise sur pied de vingt-six législations différentes, n'a toutefois pas été retenue dans la version finale de la loi, suite à l'opposition de la Chambre haute. Le débat fleuve sur la révision de la LPE au sein du Conseil national s'est en outre concentré sur l'introduction de taxes d'incitation, principale innovation consacrée par le projet de loi. Sur ce point, la Chambre du peuple a suivi la voie tracée par le Conseil des Etats puisqu'il a adopté les conditions-cadres régissant le prélèvement de telles taxes sur les composés organiques volatils (COV) et les huiles de chauffage extra-légères, tout en renonçant dans l'immédiat à utiliser ces instruments dans l'agriculture. Le Conseil national a néanmoins transmis une motion de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie (Ceate) du Conseil des Etats prévoyant d'introduire, d'ici cinq ans, des taxes d'incitation sur les engrais minéraux, les excédents d'engrais de ferme et de produits pour le traitement des plantes au cas où les instruments actuels de politique environnementale et de politique agricole ne permettraient pas d'atteindre les objectifs fixés.

Die Revision des USG sieht unter anderem auch ergänzende Vorschriften im Bereich des Bodenschutzes vor. Einerseits soll der Boden vor mechanisch-physikalischen Belastungen, insbesondere vor Erosion und Verdichtung, geschützt werden. Andererseits ist eine Regelung zur Sanierung von belasteten Böden, deren Fruchtbarkeit beeinträchtigt ist oder deren Nutzung Menschen, Tiere oder Pflanzen gefährdet, vorgesehen.

Le Conseil fédéral a pris connaissance des résultats de la procédure de consultation sur la révision de la loi sur la protection de l'environnement (qui prévoit notamment l'introduction de nombreuses taxes incitatives) et les a considérés comme globalement positifs. Il a même jugé opportun d'ajouter des dispositions en faveur de la protection des sols, ainsi que la notion de "responsabilité objective aggravée" en cas d'atteinte à l'environnement.