Aufgrund des vorangegangenen nationalrätlichen Verdikts zu Ungunsten des indirekten Gegenvorschlags zur Grünen Wirtschaft in der Gesamtabstimmung hatte sich die UREK-SR erneut zuerst mit der Frage zu befassen, ob sie auf die Gesetzesvorlage eintreten wolle. Im Einklang mit bisherigen Stimmverhältnissen fiel die Empfehlung der ständerätlichen Kommission äusserst knapp aus. Mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Bischofberger (cvp, AI) empfahl die Mehrheit der Kommission, nicht auf das Geschäft einzutreten. Ausschlaggebend für diesen Entscheid war nicht nur die Ansicht der Mehrheit, dass die Schweiz in der Umweltpolitik bereits führend sei und es keiner weiteren Regelungen bedürfe, sondern darüber hinaus auch die Überzeugung, dass der – gemäss UREK-SR – austarierte eigene Entwurf im Nationalrat keine Chance gehabt habe und die nationalrätliche Fassung gar weniger weit gehe als die geltenden Bestimmungen. Letztere Argumentation stützte auch Bundesrätin Leuthard: Wenn die ständerätliche Lösung nicht obsiege, sei es ihr auch lieber, wenn es gar keine neuen Bestimmungen gebe. Nichtsdestotrotz mahnte sie in einem längeren Plädoyer davor, sich auf bestehenden Errungenschaften auszuruhen und in Untätigkeit zu verharren – als Beispiel nannte die Bundesrätin etwa die im internationalen Vergleich zwar hohe Recyclingquote in der Schweiz, die aber von einer ebenfalls vergleichsweise hohen Abfallmenge begleitet würde, die reduziert werden könnte. Mit 25 zu 17 Stimmen folgte der Ständerat der Kommissionsmehrheit und besiegelte das Schicksal des indirekten Gegenvorschlags, indem er nicht erneut auf die Vorlage eintrat. Enttäuscht zeigten sich neben den Initianten des Anliegens auch die Interessengemeinschaft Detailhandel Schweiz, der auch die Grossverteiler Migros und Coop angehören. Sie hätten den vom Ständerat präsentierten "gutschweizerischen Kompromiss" begrüsst. Mit seinem Entscheid begründete das Parlament auch das weitere Los der Volksinitiative der Grünen, die nun definitiv dem Volk vorgelegt wird. Das Vorliegen eines austarierten indirekten Gegenvorschlags hätte die Grüne Partei gegebenenfalls dazu bewegen können, ihr Anliegen zurückzuziehen.

Zeitgleich mit seinem definitiven abschlägigen Entscheid betreffend die neun Standesinitiativen zur Lockerung des Gewässerschutzgesetzes schickte der Ständerat auch eine vom Nationalrat bereits angenommene Motion Leo Müller (cvp, LU) endgültig bachab. Dies entgegen des Willens der UREK-SR, welche ihrem Rat mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Bischofberger (cvp, AI) im Herbst 2015 empfohlen hatte, die Motion anzunehmen. Das Anliegen forderte die Erlaubnis, die minimale Breite des Gewässerraumes unterschreiten zu können, sofern dies der besseren Berücksichtigung der landwirtschaftlichen Nutzung oder anderer Interessen diene. Die knappe Kommissionsmehrheit erwog, dass die bisher unternommenen Schritte zur Konkretisierung der im Rahmen des Gegenvorschlags zur Renaturierungs-Initiative erfolgten Bestimmungen – namentlich durch den unterdessen abgeschlossenen ersten Teil der Verordnungsrevision sowie durch die Annahme einer Motion der UREK-SR und einer abgeänderten Motion der UREK-NR – zwar in die richtige Richtung weisen würden, jedoch noch mehr unternommen werden müsse, damit Agrar- und Bauland nicht gefährdet werde. Im Gegenzug warnte eine starke Kommissionsminderheit, dass der im Gegenvorschlag erarbeitete Kompromiss, der damals zum Rückzug der Volksinitiative des Fischereiverbands geführt habe, bei Annahme der Motion gefährdet werde. Deutlich klarer lagen die Fronten schlussendlich im Ständerat: Mit 11 zu 33 Stimmen folgte dieser der Kommissionsminderheit und beerdigte das Anliegen.

Im März 2015 befasste sich der Ständerat als Erstrat mit neun Standesinitiativen zur Lockerung des Gewässerschutzgesetzes aus den Kantonen Schwyz (12.309), St. Gallen (12.320), Luzern (12.321), Schaffhausen (12.324), Uri (12.325), Nidwalden (13.301), Graubünden (13.307), Aargau (13.311) und Zug (13.314). Sie alle kritisierten die im Rahmen der letzten Gewässerschutzrevision aufgenommenen Bestimmungen zur Festlegung des Gewässerraumes, die als Gegenvorschlag zur Initiative "Lebendiges Wasser" (sog. Renaturierungs-Initiative) erlassen worden waren. Im Interesse der Renaturierung, des Hochwasserschutzes und der Gewässernutzung darf der Gewässerraum nur extensiv bewirtschaftet werden, wodurch die intensive landwirtschaftliche Nutzung oder der Bau von Liegenschaften innerhalb dieser Zone untersagt ist. Konkret wollten die Anliegen sicherstellen, dass landwirtschaftliche und die Siedlungsentwicklung betreffende Interessen bei der Bestimmung der Breite des Gewässerraumes berücksichtigt werden. Einstimmig mit einer Enthaltung empfahl die Kommission ihrem Rat, den Initiativen keine Folge zu geben, da sie den Anliegen mit einer kommissionseigenen Motion Rechnung zu tragen gedenke. Ferner verwies Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI) auf eine im Jahr 2014 bereits in abgeänderter Form überwiesene Motion der UREK-NR, die in ihrer angenommenen Version verlangt, dass durch die Festlegung des Gewässerraumes effektiv verloren gegangene Fruchtfolgeflächen kompensiert werden müssen. Auch auf die sich in Arbeit befindende Revision der Gewässerschutzverordnung, die unter anderem Präzisionen zum Gewässerschutz vornehmen und den Kantonen mehr Handlungsspielraum einräumen will, machte Bischofberger aufmerksam. Der Ständerat folgte der Empfehlung seiner UREK-SR und gab den Initiativen keine Folge.
Anders der zweitberatende Nationalrat: Im Rahmen der Beratungen zur Motion der UREK-SR empfahl eine bürgerliche Kommissionsmehrheit ihrem Rat, den Standesinitiativen Folge zu geben, damit der Druck bei der sich in Umsetzung befindenden Revision der Gewässerschutzverordnung aufrecht erhalten werden könne. Die grosse Kammer folgte dieser Empfehlung mit 90 zu 73 Stimmen. Neben der SP, den Grünen und den Grünliberalen plädierte eine Minderheit aus der CVP/EVP- sowie aus der BDP-Fraktion erfolglos für Nicht-Folgegeben.
Somit ging das Anliegen zurück in den Ständerat, der den endgültigen Entscheid in der Wintersession 2015 angesichts des unterdessen verabschiedeten ersten Teils der Gewässerschutzverordnungsrevision sowie der mittlerweile angenommenen Motion der UREK-SR treffen konnte. Diese Ausgangslage veranlasste den Ständerat, an seinem früher gefällten Entscheid festzuhalten und den Standesinitiativen keine Folge zu geben. Diese sind somit erledigt.

Entgegen dem Nationalrat, der im Vorjahr befürwortete, dass das BFE und das Astra den Automobilimporteuren anstelle der jährlichen Übermittlung allmonatlich und kostenlos aktuelle Daten liefern sollen, lehnte der Ständerat auf Anraten seiner Kommission die in eine Motion Hutter (fdp, ZH) verpackte Forderung im März 2015 ab. Diese Daten sollten den Importeuren zur Überprüfung dienen, dass ihre Fahrzeuge im Durchschnitt nicht mehr als 130 Gramm CO2 pro Kilometer ausstossen. Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI), der 10 von 13 Kommissionsmitglieder hinter sich wusste, argumentierte dabei ähnlich wie der Bundesrat in seiner Stellungnahme aus dem Jahr 2012. Die Bereitstellung der Daten sei mit einem erheblichen administrativen und technischen Aufwand bei der Verwaltung verbunden und es stehe den Autoimporteuren bereits heute frei, Daten in höherer Frequenz gegen Gebühr zu beziehen. Eine kostenlose monatliche Lieferung der aufbereiteten Daten würde nach Schätzungen der Verwaltung und gemäss heutiger Gebührenordnung zu Mindereinnahmen von CHF 1,5 Mio. führen. Zudem sei es momentan so, dass die Rohdaten der Vereinigung der Automobilimporteure zur Verfügung gestellt würden und dort in aufbereiteter Form von den Importeuren bezogen werden können.

Mit 112 bürgerlichen zu 74 Stimmen aus dem linken Lager, der GLP-Fraktion und einer Minderheit der CVP/EVP-Fraktion stützte der Nationalrat im Frühjahr 2015 den im Vorjahr gefällten ständerätlichen Entscheid zur Annahme einer Motion Bischofberger (cvp, AI) und verlangte somit die Streichung von Art. 24 der Gewässerschutzverordnung, welcher den ortsüblichen Bewirtschaftungsbereich (oBB) definiert. Während die bürgerliche Ratsseite diesen Entscheid begrüsste, da sie den oBB als veraltete Massnahme zur Steuerung der Hofdüngerflüsse einstufte, befürchtete die Ratslinke durch Aufhebung dieser Bestimmung eine zusätzliche Verschmutzung der Gewässer und sorgte sich um die Biodiversität. Bundesrätin Leuthard verwies auf die Diskussionen im Rahmen der Verordnungen zur Agrarpolitik 2014-2017, wo deutlich aufgezeigt worden sei, dass bezüglich Festlegung oder Aufhebung des oBB alles andere als Einigkeit bestehe. Diese Frage müsse im Rahmen der nächsten Vorlage zur Agrarpolitik vertieft behandelt werden, weswegen sie für Ablehnung der Motion plädiere.

Im April legte der Bundesrat dem Parlament eine Botschaft zur Genehmigung der in Doha beschlossenen Änderung des Kyoto-Protokolls (Kyoto II) vor, welche die teilnehmenden Staaten im Zeitraum 2013-2020 zu einer weiteren Treibhausgasreduktion verpflichtet. Da sich das Parlament im Rahmen der Beratung zum CO2-Gesetz im Jahr 2011 bereits für eine Emissionsreduktion bis 2020 im Umfang von 20% im Vergleich zu 1990 ausgesprochen hatte, zieht die Genehmigung der Änderung von Doha keine Gesetzesanpassungen nach sich. Dies war wohl mit ein Grund, wieso die Vorlage im erstberatenden Ständerat auf wenig Widerstand stiess. Nichtsdestotrotz liess es sich Werner Hösli (svp, GL) nicht nehmen, die Nicht-Teilnahme an Kyoto II von gewichtigen Verursachern von Treibhausgasemissionen - namentlich Kanada, Japan, China, Brasilien, Indien, Südafrika und die USA - anzuprangern, und die zweite Verpflichtungsperiode als "Rohrkrepierer" zu bezeichnen, der durch die "Umherreiserei" fast mehr Schadstoffe verursache als er einsparen könne. Sowohl die Bundesrätin wie auch Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI) appellierten im Gegenzug an die Vorbildrolle der Schweiz. Mit 33 zu 6 Stimmen beschloss die Kantonskammer in der Wintersession 2014 die Genehmigung von Kyoto II und leitete das Geschäft an den Nationalrat weiter, der sich 2014 noch nicht zur Vorlage äusserte.

Während eine Motion einer Mehrheit der UREK-NR zur Lockerung der Gewässerschutzbestimmungen zugunsten der Landwirtschaft 2012 im Nationalrat auf beträchtlichen Zuspruch gestossen war, äusserte sich der Ständerat in der Sommersession 2014 um einiges kritischer zum Anliegen. Wie auch diverse weitere Anliegen geht dieses Geschäft auf die 2009 beschlossene Änderung des Gewässerschutzgesetzes und die dazugehörige Verordnungsanpassung aus dem Jahr 2011 zurück, mit welchen das Anliegen der in der Folge zurückgezogenen Volksinitiative "Lebendiges Wasser" aufgenommen worden war. Konkret verpflichtet der verabschiedete indirekte Gegenentwurf die Kantone bis Ende 2018 zur Ausscheidung von sogenanntem Gewässerraum. Dieser darf im Interesse von Renaturierung, Hochwasserschutz und Gewässernutzung nur extensiv bewirtschaftet werden, wodurch die intensive landwirtschaftliche Nutzung oder der Bau von Liegenschaften innerhalb des Gewässerraumes untersagt ist. Der dadurch vom Zaun gebrochene Protest rührte in erster Linie von landwirtschaftlichen Kreisen, die einen Verlust an Kulturland beklagten, aber auch von Seiten der Grundstückbesitzer. Von den sechs in der Motion enthaltenen Forderungen befürwortete der Ständerat auf Anraten seiner einstimmigen Kommission gerade einmal eine, und die auch noch in abgeänderter Form: Der Bundesrat soll verpflichtet werden, in Zusammenarbeit mit den Kantonen einen Ersatz für Fruchtfolgeflächen bereitzustellen, die aufgrund der Festlegung des Gewässerraumes effektiv verloren gehen. Dabei strich die kleine Kammer den in der eingereichten Motion enthaltenen Zusatz, dass Fruchtfolgeflächen im Gewässerraum generell nicht als solche gelten sollen. Bereits in einem Rundschreiben aus dem Jahr 2011 hatte das ARE festgehalten, dass Böden unter Umständen auch weiterhin Fruchtfolgeflächen-Qualität aufweisen können, auch wenn sie neu im Gewässerraum zu liegen kommen, weswegen diese Flächen nicht grundsätzlich zu kompensieren seien. Die Kantonsvertreterinnen und -vertreter folgten mit deutlichem Mehr der ausführlichen Argumentation von Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI), welcher auf die bestehenden Bestrebungen der Verwaltung in Zusammenarbeit mit den betroffenen Kreisen hinwies, die sich insbesondere in der Erarbeitung zweier Merkblätter manifestierten. In einer weiteren Forderung der Motion, nämlich der Aufweichung des Gebots der ausschliesslich extensiven Bewirtschaftung im Gewässerraum, sah die einstimmige UREK-SR den in Zusammenarbeit mit den Initianten erzielten Kompromiss gefährdet, der zum Rückzug des Volksanliegens geführt hatte. Die UREK-NR beantragte ihrem Rat daraufhin ebenfalls ohne Gegenstimme aber mit 7 Enthaltungen, dem Ständerat zuzustimmen, was der Nationalrat nach den Ausführungen seiner Kommission in der Herbstsession stillschweigend tat.

Ständerat Bischofberger (cvp, AI) erachtete die in Artikel 24 der Gewässerschutzverordnung enthaltenen Bestimmungen nicht länger als zeitgemäss und beantragte deswegen mit einer Motion die Aufhebung der Vorschriften zum ortsüblichen Bewirtschaftungsbereich (oBB). Der betreffende Artikel definiert den oBB als die sich im Umkreis von 6 km zum Stallgebäude befindende Nutzfläche, auf der Hofdünger anfällt. Bischofberger argumentierte, mittlerweile werde mittels anderer Instrumente sichergestellt, dass die Hofdüngerverwertung umweltgerecht und nicht im Übermass erfolge, wobei die reine Distanz zum Hof nicht mehr länger ein relevantes Kriterium darstelle. Auch wenn der Bundesrat in seiner Antwort dem Motionär in diesem Aspekt zustimmte, stellte er sich dennoch gegen das Anliegen: Die Verwaltung prüfe gegenwärtig, ob und wie die Bestimmung zum oBB im Hinblick auf die Agrarpolitik 2018-2021 durch ein zweckmässigeres Instrument zum Schutze der Gewässer vor übermässigen Nährstoffflüssen ersetzt werden könnte, weswegen man hier nicht vorgreifen wolle. Ferner befürchtete der Bundesrat Rechtsunsicherheit, da der oBB nach wie vor im Gewässerschutzgesetz erwähnt sei, durch den Wegfall der Definition in der Gewässerschutzverordnung jedoch uneinheitlich bestimmt werden könnte. Im Ständerat obsiegten hingegen die Argumente des Ratskollegen Bischofberger und die kleine Kammer leitete das Geschäft in der Sommersession mit deutlichen 21 zu 8 Stimmen an den Nationalrat weiter. Dessen zuständige Kommission beantragte ihrem Rat im Herbst mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Hans Killer (svp, AG) ebenfalls die Annahme der Motion.

Auch dem Nationalrat, der die Genehmigung des Nagoya-Protokolls im Frühjahr 2014 als Zweitrat behandelte, lag ein Nichteintretensantrag vor. Das Protokoll regelt den Zugang zu genetischen Ressourcen und die ausgewogene und gerechte Aufteilung der aus deren Nutzung erwachsenden Vorteile. Als genetische Ressourcen bezeichnet man jegliches Material pflanzlichen, tierischen oder mikrobiellen Ursprungs, das einen tatsächlichen oder potentiellen Wert aufweist. Ein Beispiel solcher Ressourcen sind Wirkstoffe von Heilpflanzen, die zur Entwicklung neuer Medikamente eingesetzt werden. Ähnlich wie im Ständerat lamentierte in der grossen Kammer eine Kommissionsminderheit, dass die Ratifikation des Protokolls für die Schweiz keinen Zusatznutzen, sondern lediglich zusätzlichen bürokratischen Aufwand mit sich bringen würde. Der Rat folgte jedoch schliesslich unter Opposition der SVP-Fraktion der Kommissionsmehrheit, welche argumentierte, das Nagoya-Protokoll würde für die Schweiz im Falle der Nutzung genetischer Ressourcen aus Drittländern zu mehr Rechtssicherheit führen, wovon nicht nur die einheimische Forschung und die Landwirtschaft, sondern auch die Pharma-, Kosmetik- und Biotech-Industrie profitieren würden. Darüber hinaus trage das Nagoya-Protokoll zum Erhalt der Biodiversität bei und schütze das traditionelle Wissen. Auch Bundesrätin Leuthard setzte sich in der Eintretensdebatte für die Genehmigung des Protokolls ein: Als biodiversitäts- und ressourcenarmes Land und gegeben die Tatsache, dass ein Viertel bis die Hälfte aller Medikamente weltweit in irgendeinem Sinne auf genetische Ressourcen zurückgreift, habe die Schweiz ein starkes Interesse an der Sicherung des Zugangs zu diesen Ressourcen. Während die grosse Kammer in der Folge das Protokoll oppositionslos genehmigte, wurde die darauffolgende Diskussion um dessen Umsetzung etwas kontroverser geführt. Die Umsetzung beinhaltete primär die Ergänzung des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz (NHG) um einen zusätzlichen Abschnitt zu genetischen Ressourcen mit Regelungen zur Sorgfalts- und Meldepflicht. In der Detailberatung versuchten drei linke Kommissionsminderheiten trotz Unterstützung der GLP-Fraktion vergeblich, die nachträglich zur bundesrätlichen Version eingeführten Einschränkungen der Sorgfaltspflicht wieder aus dem Entwurf zu streichen. Dabei nahm der Nationalrat im Vergleich zur Kantonskammer noch zusätzliche Ausnahmen von der Sorgfaltspflicht vor: Während sich der Ständerat im Vorjahr noch mit knappem Mehr dagegen gestellt hatte, beschloss der Nationalrat auf Anraten seiner Kommissionsmehrheit, pathogene Organismen und Schädlinge von der Sorgfaltspflicht auszunehmen. Darüber hinaus wollte die grosse Kammer vermarktete Pflanzensorten zur Züchtung und Weiterentwicklung von neuen Sorten ebenfalls nicht der Sorgfaltspflicht unterstellen, was einer in der Vernehmlassung geäusserten Forderung von Swiss-Seed, der Schweizer Vereinigung für Samenhandel und Sortenschutz, entsprach. Eine weitere Differenz zum Ständerat schuf der Nationalrat, indem er den Schutz des traditionellen Wissens von indigenen oder ortsansässigen Gemeinschaften einschränken wollte. Gemäss der grossen Kammer sollte dieses nur unter Schutz stehen, sofern es noch nicht bereits der Öffentlichkeit frei zugänglich gemacht ist. Somit gelangte das Geschäft zur Differenzbereinigung in den Ständerat, welchem zu allen Differenzen Anträge der Kommissionsmehrheit auf Festhalten vorlagen - unter anderem mit dem Hinweis, die nationalrätlichen Einschübe seien nicht protokollkonform. Der Ständerat folgte den Empfehlungen seiner Kommission ausnahmslos und hielt an den Differenzen fest. Im Nationalrat lagen die Zeichen im Folgenden leicht anders: Mit äusserst knapper Mehrheit folgte dieser dem Antrag seiner Kommissionsminderheit und beschloss auf den Zusatz zu den vermarkteten Pflanzensorten zu verzichten, womit eine der drei Differenzen bereinigt wurde. Des Weiteren obsiegte ein Kompromissvorschlag, welcher Pathogene und Schädlinge der Sorgfaltspflicht unterstellt, aber für Notstandssituationen vorsieht, dass die Anforderungen solcher genetischer Ressoucen verzögert erfüllt werden können. Fest hielt die grosse Kammer hingegen an der Einschränkung des Schutzes von traditionellem Wissen. Zurück im Ständerat fand der so vorgelegte Gesetzesentwurf eine Mehrheit. Betreffend das traditionelle Wissen hielt Kommissionssprecher Ivo Bischofberger (cvp, AI) fest, dass die Weltorganisation für geistiges Eigentum (Wipo) daran sei, eine Lösung zum verstärkten Schutz des traditionellen Wissens auszuarbeiten, weswegen man mit der nationalrätlichen Fassung leben könne. Nach diesem innert dreier Wochen abgehaltenen Paragraphen-Ping-Pong konnte die Gesetzesänderung noch in der Frühjahrssession verabschiedet werden. Dies im Ständerat mit 31 zu 8 Stimmen und im Nationalrat mit 115 zu 72 Stimmen. Gegen das Gesetz stellte sich die geschlossene SVP-Fraktion und eine qualifizierte FDP-Mehrheit.