Anlässlich der Heilmittelgesetzrevision ging Swissmedic dem Auftrag des Bundesrates nach, die Selbstmedikation und den Arzneimittelzugang zu lockern, indem die Abgabekategorie E – Arzneimittel, die ohne Fachberatung abgegeben werden dürfen – erweitert wurde. Bisher waren 146 Medikamente im Detailhandel erhältlich. Von den 540 Arzneimitteln, die eine externe Kommission untersuchte, wurden 94 Medikamente neu der Kategorie E zugeteilt und somit für den Verkauf im Detailhandel freigegeben. Zugelassen wurden in erster Linie Tee und Hustenpastillen, homöopathische Mittel hingegen nicht. Ab April 2019 soll die Umstellung stattfinden.
Nicht glücklich über diesen Entscheid zeigten sich die Migros und der Konsumentenschutz. Der Grossist, welcher unter anderem pflanzlich basierte Magendarmmittel, Erkältungsbäder und Beruhigungsmittel in das Sortiment aufnehmen wollte, kam mit seinem Anliegen nicht durch. Er äusserte den Vorwurf der Kartellbildung seitens der Pharmavertretung, Ärzte, Homöopathen, Apotheker und Drogisten gegenüber dem Detailhandel und hinterfragte die Unabhängigkeit von Swissmedic. Schüfe man gleiche Voraussetzungen wie in Deutschland, so könnten die Medikamentenpreise um zwanzig Prozent gesenkt werden. Sara Stalder, die Geschäftsleiterin des Konsumentenschutzes meinte gar, die Preise in der Schweiz seien im Vergleich zu denjenigen in Deutschland aufgrund des fehlenden Wettbewerbs zwischen fünfzig und hundert Prozent höher. Swissmedic wehrte sich gegen die Aussagen der Migros. Die Vorgaben zur Einteilung der verschiedenen Abgabekategorien stammten vom Gesetzgeber. Arzneimittel dürften nur in der Selbstbedienung abgegeben werden, wenn sie keine fachliche Beratung erforderten und die Patientinnen und Patienten nicht gefährdeten. Überdies sei die Expertenkommission breit abgestützt gewesen.
Während der Migros-Konkurrent Coop, welcher die Apothekenkette Vitality führt, keine Stellung nahm, gab es eine erste Reaktion seitens der Politik. Ruedi Noser (fdp, ZH) reichte eine Motion (Mo. 18.4193) ein, welche es Detailhandelsgeschäften erlauben will, zusätzliche rezeptfreie Medikamente zu verkaufen.
Die Erweiterung der Kategorie E ist nicht das einzige Resultat der Heilmittelgesetzesrevision: Ferner wurde die Kategorie C aufgehoben und 15 Prozent der Kategorie D in die Kategorie B umverteilt.

Die mit der 1. KVG-Revision beschlossenen Neuerungen im Medikamentenbereich traten schrittweise in Kraft. Bereits ab Anfang Jahr wurde es den Apotheken freigestellt, ohne ausdrücklichem Vermerk auf der Verschreibung statt eines Originalprodukts ein kostengünstigeres Generikum abzugeben. Damit dies auch vermehrt geschieht, wurde auf den 1. Juli die leistungsorientierte Abgeltung (LOA) eingeführt, die den Anreiz zum Verkauf von besonders teuren Medikamenten abbaut. Neu übernimmt die obligatorische Krankenversicherung die Leistungen der Apotheken unabhängig vom Produktepreis; durch diesen Pauschalzuschlag entfällt ein Teil der bisherigen Margen für Beratung, Vertrieb und Lagerhaltung. Der neue Abgeltungsmodus stiess in der Bevölkerung vorerst auf Unverständnis, da er dazu führte, dass bis anhin kostengünstige Medikamente teurer wurden. Aber auch einzelne Krankenkassen und der Konsumentenschutz verlangten eine Neuverhandlung der Tarifverträge mit den Apotheken. Verglichen zum Ausland fristen die Generika in der Schweiz nach wie vor ein Schattendasein; ihr Anteil am Markt betrug 2000 lediglich rund 3%

Die Erwägung der Basler Sanitätsdirektion und der Ärzteschaft des Kantonsspitals, einem über 80-jährigen Patienten ein extrem teures, aber möglicherweise lebensrettendes Medikament angesichts seines Alters allenfalls zu verweigern, sorgte für Aufruhr und entfachte vor allem in den Medien die Debatte um die Rationierung in der Medizin. Nationalrat Jost Gross (sp, TG), Präsident der Schweizerischen Gesellschaft für Gesundheitspolitik (SGGP), schlug die Schaffung einer nationalen Ethikkommission vor, welche das Tabu-Thema umfassend ausleuchten soll. Aber auch die Ärzteschaft verlangte eine offene Auseinandersetzung mit der brisanten Frage, da die Rationierung in vielen Fällen notgedrungenerweise bereits stattfinde (beispielsweise bei überlasteten Intensivpflegestationen). Heute müsse die Entscheidung von den Ärzten am Krankenbett in Alleinverantwortung gefällt werden, was vor allem für die Spitalärzte zu einer unerträglichen menschlichen Belastung führe. Sie forderte deshalb die Erarbeitung klarer Kriterien, wann welche Behandlung sinnvoll und finanzierbar ist; diese sollen breit diskutiert und politisch abgestützt werden.

Dieses Volksbegehren konnte auch als Teil eines seit Jahren anhaltenden Konflikts zwischen den Krankenkassen und den Apothekern gesehen werden. Um Kosten zu sparen, möchten die Krankenversicherer die Margen der Apotheker senken; diese wiederum sehen in den geringeren Verdienstmöglichkeiten einen generellen Angriff auf ihren Stand und vor allem auf die kleinen Vertreter ihrer Branche. Gemäss den Krankenkassen sollten die Margen der Apotheken um mindestens 5% gekürzt und im Gegenzug deren Leistungen (Beratung) fairer honoriert werden. Im Grundsatz war man sich darin einig, nur über die konkrete Ausgestaltung herrschten derart unterschiedliche Ansichten, dass die Gespräche abgebrochen wurden. Nachdem die Apotheker ihre Volksinitiative lanciert hatten, reagierte das Konkordat der Krankenkassen damit, dass es den Arzneimittelvertrag mit den Apotheken per Ende 1999 kündigte. Falls keine Einigung erzielt werden kann, würde dies bedeuten, dass die Kosten für die Heilmittel nicht mehr direkt mit den Kassen abgerechnet werden können; der Patient müsste die Medikamente bezahlen und die Rückerstattung dann bei der Versicherung beantragen.

Mit Besorgnis wurde registriert, dass sich über Internet problemlos – und oftmals zu deutlich tieferen Preisen – Arzneimittel bestellen lassen, die im eigenen Land nicht zugelassen sind oder für die ein entsprechendes Rezept eines Arztes fehlt. Nationale Kontrollstellen und Vorschriften werden so obsolet, da sie ohne weiteres umgangen werden können. Die juristische Lücke soll demnächst geschlossen werden. Europaweit laufen Anstrengungen für ein generelles Teleshopping-Verbot für Medikamente.

Die Absicht der Krankenkassen Helvetia und Visana, zur Senkung der allgemeinen Gesundheitskosten inskünftig einen Teil der Medikamente per Post und unter Ausschluss der Apotheken zu vertreiben, stiess beim Schweizerischen Apothekerverein (SAV) auf harsche Kritik. Der SAV verlangte ein gesamtschweizerisches Verbot derartiger Praktiken, da ein Medikamentenversandhandel fachlich unvertretbar, patientenfeindlich, gesetzeswidrig und unwirtschaftlich sei. Der SAV schlug stattdessen ein neues Abgeltungssystem vor, bei dem die Apotheker wirtschaftliche Anreize erhalten sollen, um Medikamentenkosten einzusparen.

Nach Ansicht des Preisüberwachers sind die Medikamentenpreise in der Schweiz massiv überhöht, werden dafür doch rund 40 Prozent mehr bezahlt als im europäischen Durchschnitt. Er forderte deshalb das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) auf, bei der Preiskontrolle künftig auch auf das tiefere Auslandniveau abzustellen. Die Pharmabranche wollte die Zahlen des Preisüberwachers nicht gelten lassen. Gemäss ihren Angaben sind ältere Medikamente in der Schweiz tatsächlich etwas teurer als im Ausland, neuere Präparate hingegen billiger als in den europäischen Vergleichsländern. Zumindest in der Eidgenössischen Arzneimittelkommission setzte sich der Preisüberwacher durch. Die Kommission, welche nur beratende Funktion hat, fand es angemessen, die Preise für Originalmedikamente, die seit mehr als 30 Jahren auf dem Markt sind, um 15 Prozent zu senken. Die Preisschutzfrist soll zudem sowohl für alte wie für neue Medikamente von heute 30 auf 15 Jahre gesenkt werden.

Politisch Verantwortliche der vom Drogenelend besonders betroffenen Städte sowie Drogenfachleute reagierten mit Unverständnis und Enttäuschung auf die in der Fragestunde der Wintersession 1991 erfolgte Ankündigung Cottis, bei den geplanten Versuchen Heroin nicht zulassen zu wollen. Als Alternative nannte der Vorsteher des EDI Morphin, welches als anerkanntes Medikament problemlos und in guter Qualität erhältlich sei. Er begründete seinen Entscheid mit den Bedenken, durch eine ärztlich verordnete Heroinabgabe könnte das BetmG ausgehöhlt werden. Seine Kritiker hielten ihm entgegen, die Versuche seien ja gerade geplant worden, um Erfahrungen im Hinblick auf eine Änderung der Betäubungsmittelgesetzgebung zu sammeln; Heroin von diesem Versuch auszuschliessen, bedeute, dass wirkliche Erkenntnisse nun gar nicht mehr möglich seien. Sie wiesen auch darauf hin, dass die Kantone für Versuche mit Morphin nicht der Zustimmung des Bundes bedurft hätten; da Morphin im Rahmen der kantonalen Gesundheitsgesetze mit Einwilligung der Kantonsärzte verschrieben werden kann, sei dies ein Schritt in die falsche Richtung, nämlich hin zu einem noch grösseren Föderalismus, wodurch die gravierenden regionalen Unterschiede noch verschärft würden.