Der Nationalrat folgte in der Frühjahrssession 2021 der Mehrheit seiner vorberatenden SGK-NR, die – wie bereits zuvor der Ständerat und die SGK-SR – nicht bereit war, vom eigenen Standpunkt bezüglich der beiden verbleibenden Differenzen zum indirekten Gegenvorschlag der Pflegeinitiative abzurücken. Sinnbildlich dafür stand Manuela Weichelt-Picards (al, ZG) Aussage, wonach «[i]m Yoga [...] gerne gesagt [wird], dass man ein Mantra mindestens 108-mal wiederholen soll. Zum Glück haben wir das Parlamentsgesetz, das uns ein 108-maliges Pingpong nicht erlaubt».
Die erste noch bestehende Differenz hatte die Ausbildungsbeiträge durch die Kanton zum Inhalt. Verena Herzog (svp, TG) appellierte für eine zum Grossenteil aus SVP-Mitgliedern bestehende Minderheit, die Lebensunterhaltsbeiträge an angehende Pflegefachpersonen für die Kantone nicht verpflichtend, sondern – wie vom Ständerat vorgesehen – freiwillig zu gestalten. Dadurch würde der jeweiligen Situation der Kantone Rechnung getragen. Denn diese wären am besten dazu in der Lage, den eigenen Handlungsbedarf einzuschätzen. Barbara Gysi (sp, SG) hielt dem allerdings entgegen, dass ein drastischer Mangel an Pflegefachpersonen bestehe und viele interessierte Personen gerade durch diese Freiwilligkeit und den tiefen Ausbildungslohn von einer entsprechenden Ausbildung abgebracht würden. Es sei daher wichtig, an der Beitragspflicht festzuhalten. Mit 115 zu 72 Stimmen (bei 8 Enthaltungen) stimmte die grosse Kammer für den Antrag der Kommissionsmehrheit, die ebendiese Pflicht vorsah.
Der zweite Punkt, in dem die Volksvertreterinnen und -vertreter mit den Standesvertreterinnen und -vertrern uneinig waren, betraf die selbständige Abrechnung durch Pflegefachpersonen, Spitex-Organisationen und Pflegeheime mit der OKP. Anders als das Stöckli wollte der Nationalrat mit 109 zu 84 Stimmen (bei 1 Enthaltung) von einer im Vorfeld getroffene Vereinbarung mit den Versicherern bezüglich der entsprechenden Leistungen absehen. Die gleiche Kommissionsminderheit wie bei der ersten Differenz argumentierte vergeblich mit Mengenausweitungen, die ohne entsprechende Vereinbarung aufträten – ein Einwand, den Kommissionssprecherin Ruth Humbel (mitte, AG) nicht gelten liess, da mit der direkten Abrechnung auch eine Reduktion der Arztbesuche einhergehe und somit Arztkosten verringert werden könnten.

In der Wintersession 2020 beschäftigte sich der Ständerat erneut mit dem indirekten Gegenvorschlag zur Pflegeinitiative. Dabei hielt er an den beiden bestehenden Differenzen fest. Zum einen stimmte die kleine Kammer mit 29 zu 14 Stimmen dafür, dass die Kantone angehende Pflegefachpersonen mit Ausbildungsbeiträgen ausstatten können und dabei vom Bund während acht Jahren unterstützt werden, allerdings – anders als vom Nationalrat gefordert – nicht dazu verpflichtet werden sollen. Während Gesundheitsminister Berset die Kann-Formulierung befürwortete und argumentierte, auf diese Weise würden CHF 100 Mio. eingespart, fanden die Worte von Minderheitssprecherin und Mitglied des Initiativkomitees, Marina Carobbio Guscetti (sp, TI), welche von 65'000 fehlenden Pflegefachkräften im Jahr 2030 und der Abhängigkeit vom Ausland sprach, bei ihren Ratskolleginnen und -kollegen nicht genügend Gehör. Zum anderen beharrte das Stöckli mit 23 zu 18 Stimmen darauf, dass bezüglich der selbständigen Abrechnung von Leistungen durch die Pflegefachpersonen mit der OKP die Leistungserbringenden im Vorfeld eine Vereinbarung mit den Versicherern abschliessen müssten. Auch hier hielt Carobbio vergeblich entgegen, dass es sich dabei «faktisch [um] eine Aufhebung des Vertragszwangs durch die Hintertür» handle, wodurch ein Rückzug der Initiative unwahrscheinlich werde.

Obwohl sich National- und Ständerat einig waren, dass es einer Stärkung des Pflegesektors bedürfe, gingen die Meinungen zur diesbezüglichen Umsetzung im Rahmen des indirekten Gegenvorschlags zur Pflegeinitiative auseinander. In der Herbstsession 2020 nahm sich der Nationalrat erneut dem Geschäft an.
Mit 115 zu 76 Stimmen hielt er an seiner Position fest, dass die Kantone dazu verpflichtet werden sollen, Pflegefachkräften in Ausbildung mit einem Beitrag an die Lebenshaltungskosten finanziell unter die Arme zu greifen. Die Kantone sollen dabei während acht Jahren vom Bund unterstützt werden. Für die Ausbildungsoffensive kalkulierte die grosse Kammer CHF 469 Mio. seitens des Bundes ein. Damit blieb die Differenz zum Ständerat bestehen, der sich für die Freiwilligkeit seitens der Kantone ausgesprochen hatte und dessen Ansichten auch von Bundesrat Berset vertreten wurden. Durch das Prinzip der Freiwilligkeit könne eine übermässige Einmischung in die Autonomie der Kantone vermieden werden und die Kosten um rund CHF 100 Mio. auf CHF 369 Mio. gesenkt werden, so der Gesundheitsminister. Während Regine Sauter (fdp, ZH) derselben Auffassung war, da durch die Covid-19-Pandemie die öffentlichen Gelder bereits genug strapaziert würden, machte sich Barbara Gysi (sp, SG) für eine Verpflichtung der Kantone stark. Eine Kann-Formulierung könne zur Folge haben, dass sich nicht alle Kantone zur Unterstützung der angehenden Pflegefachleute bereiterklärten. Es sei allerdings notwendig, dass sich alle an der Pflegeoffensive beteiligen, denn um den Beruf attraktiver zu machen, müsse in die Ausbildung investiert werden. Nur so könne man verhindern, dass bis 2030 65'000 Pflegefachmänner und -frauen fehlten. Manuela Weichelt-Picard (al, ZG) merkte zudem an, dass gerade in den Grenzregionen viele Einrichtungen ohne die Grenzgängerinnen und -gänger schliessen müssten, die etwa im Kanton Genf 38 Prozent des Personals ausmachten.
Die zweite Differenz betraf die Kompetenzerweiterung bezüglich selbständiger Abrechnung gewisser Leistungen durch die Pflegenden ohne ärztliche Anordnung, wobei der Bundesrat diese Leistungen festlegen soll. Verena Herzog (svp, TG) erklärte für die SVP, dass man aufgrund der grösseren Zahl an Leistungserbringenden mit Mehrkosten rechnen müsse. Ähnlich sah dies die FDP.Liberale-Fraktion. Daher unterstützten die beiden Parteien die Version des Ständerates, der die selbständige Leistungsabrechnung an eine im Vorfeld mit den Krankenkassen abgeschlossene Vereinbarung binden wollte. Mitglieder der Ratslinken erachteten die Angst vor Mehrkosten hingegen als unbegründet und hoben hervor, dass durch die Kompetenzerweiterung vielmehr Kosten gespart werden könnten, da die Ärzteschaft, die nicht mehr für jede Leistung eine Anordnung verfassen müsste, entlastet würde. Diese Worte schienen den Nationalrat mehr zu überzeugen und so sprach er sich mit 114 zu 79 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen eine Vereinbarungspflicht mit den Versicherern aus.
Bezüglich der Ausweitung der Kompetenzen im Bereich der Delegation von Aufgaben an weniger qualifiziertes Personal durch Pflegefachpersonen folgte die grosse Kammer auf Anraten ihrer Kommission jedoch der kleinen, womit zumindest eine Differenz beseitigt werden konnte.

In der Sommersession 2020 befasste sich der Ständerat mit dem indirekten Gegenvorschlag zur Pflegeinitiative. Bevor das Stöckli ohne Gegenantrag auf die Vorlage eintrat, bedankten sich zahlreiche Rednerinnen und Redner beim Pflegepersonal und würdigten dieses für den geleisteten Einsatz während der Covid-19-Pandemie. Doch Applaus alleine reiche nicht; diesbezüglich waren sich viele Standesvertreterinnen und -vertreter einig. Es seien Massnahmen gefordert, um die Attraktivität des Pflegeberufes zu steigern und somit dem Pflegemangel entgegenzuwirken. Die Schweiz sei heute nicht in der Lage, auch nur die Hälfte der benötigen Pflegefachpersonen auszubilden, so Maya Graf (gp, BL). Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) fügte an, es müsse mittels Bezahlung, Wertschätzung und zugestandenen Kompetenzen dafür gesorgt werden, dass die ausgebildeten Fachkräfte ihrem Beruf nicht vorzeitig den Rücken zukehren würden. Erreichen wolle dies der indirekte Gegenvorschlag einerseits mit einer Ausbildungsoffensive und andererseits mit mehr Verantwortung für das Pflegepersonal.
Für ersteres müssten die entsprechenden Mittel bereitgestellt werden, wolle man nicht vom Ausland abhängig werden, hob Pirmin Bischof (cvp, SO) hervor. Dazu gehörten die finanzielle Unterstützung der Kantone durch den Bund, wenn sie Pflegefachkräften in Ausbildung bezüglich Lebenshaltungskosten unter die Arme greifen. Dieser Entscheid konnte mit 23 zu 22 Stimmen knapp gegenüber einer Minderheit Dittli (fdp, UR) durchgesetzt werden, der die Finanzierung als Sache der Kantone betrachtete. Anders als der Nationalrat und linke Ratsmitglieder rund um eine Minderheit Carobbio Guscetti, welche die Kantone zu entsprechenden Beiträgen verpflichten wollten, setzte die Mehrheit des Ständerates diesbezüglich jedoch mit 32 zu 13 Stimmen auf Freiwilligkeit. Allgemein gutgeheissen wurde die Ausbildungsverpflichtung von Krankenhäusern, Pflegeheimen und Spitexorganisationen und die damit zusammenhängende Pflicht der Kantone mindestens einen Teil der ungedeckten Kosten der praktischen Ausbildungsleistungen, die bei den Leistungserbringern anfallen, zu übernehmen. Dabei soll ihnen während acht Jahren die Unterstützung des Bundes zukommen. Der Ständerat kalkulierte für die beiden Punkte der Ausbildungsoffensive CHF 369 Mio. seitens des Bundes ein, also gut CHF 100 Mio. weniger als der Nationalrat.
Bezüglich des zweiten Instruments zur Aufwertung der Pflege – die Ausweitung der Kompetenzen –, stimmte das Stöckli mit 32 zu 10 Stimmen dafür, dass Pflegefachpersonen gewisse vom Bundesrat festgelegte Leistungen selbständig ohne ärztliche Anordnung durchführen und zu Lasten der Krankenkassen abrechnen sollen dürfen, womit der Rat der Kommissionsmehrheit statt einer Minderheit Hegglin (cvp, ZG) folgte. Im Unterschied zum Nationalrat beabsichtigte der Ständerat mit 28 zu 16 Stimmen allerdings, dass dazu im Vorfeld Vereinbarungen zwischen Pflegenden, Spitexorganisationen und Pflegeheimen auf der einen Seite und den Versicherern auf der anderen Seite getroffen werden müssten. Während diese Kompetenzerweiterung einer Minderheit Carobbio Guscetti zu wenig weit ging und sie erklärte, dass damit die Initianten und Initiantinnen kaum überzeugt werden könnten, ihr Volksbegehren zurückzuziehen, zeigte sich neben gewissen Ratsmitgliedern auch Gesundheitsminister Berset grundsätzlich nicht einverstanden mit der Möglichkeit zur direkten Abrechnung. So befürchtete der Bundesrat Mehrkosten und warnte davor, die Liste der Leistungserbringenden zu verlängern.
In der Gesamtabstimmung stimmte der Ständerat dem indirekten Gegenvorschlag mit 36 zu 4 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) zu.

Im Dezember 2019 nahm sich der Nationalrat der Pflegeinitiative und dem von der SGK-NR ausgearbeiteten indirekten Gegenvorschlag an. Das Begehren des Berufsverbandes der Pflegefachfrauen und -männer hatte laut Initiativtext «eine ausreichende, allen zugängliche Pflege von hoher Qualität», die Sicherstellung von genügend diplomierten Pflegefachpersonen und einem ihrer Ausbildung und ihren Kompetenzen entsprechenden Einsatz zum Ziel.
Die Parlamentarierinnen und Parlamentarier waren sich darüber einig, dass die aktuelle Situation problematisch sei und durch das steigende Alter der Bevölkerung der Pflegebedarf erhöht werde. So rechne man zwischen 2017 und 2035 unter anderem mit einem Anstieg von rund 200'000 auf 360'000 über 80-Jährigen, die allenfalls pflegebedürftig würden, erklärte Ruth Humbel (cvp, AG). Gemäss Philippe Nantermod (fdp, VS) würden gegenwärtig lediglich 43 Prozent des erforderlichen Personals ausgebildet und 2030 würden hierzulande 65'000 Pflegende fehlen. Um den Mangel zu beheben, würden Pflegefachpersonen aus dem Ausland rekrutiert, was nicht nur ethisch fragwürdig sei – da die Ausbildung von einem Staat bezahlt werde, der nicht von dieser Investition profitiere –, sondern auch kostspielig werden könnte, erwäge doch die WHO, eine Steuer zur Entschädigung der Ausbildungsländer einzuführen, so Greta Gysin (gp, TI). Darüber dass Handlungsbedarf bestehe, herrschte Konsens. Der Rat war sich jedoch uneinig, ob die Pflegeinitiative das richtige Mittel sei, um der Problematik zu begegnen.
Von den Unterstützerinnen und Unterstürzer der Initiative hervorgehoben wurde, dass der Beruf nicht die Anerkennung erhalte, die er verdiene. Zudem komme ihm laut Barbara Gysi (sp, SG) im Krankenkassengesetz nach wie vor der «Status eines Hilfsberufs» zu. Christian Lohr (cvp, TG), Dozent an verschiedenen Fachhochschulen für Pflegeberufe, unterstrich die Wichtigkeit der Pflegequalität, der Ausbildungsförderung und der Verbesserung der Arbeitsbedingungen. Es müsse auch etwas gegen die 46 Prozent Berufsaussteigerinnen und -aussteiger unternommen werden, zu denen sie selber auch gehöre, erklärte Manuela Weichelt-Picard (al, ZG). Die Sicherheit und das Leben der Bevölkerung stehe auf dem Spiel, so Franziska Ryser (gp, SG). Betont wurde von den Gegnerinnen und Gegnern der Initiative hingegen, dass das Regeln einzelner Berufsgruppen in der Verfassung nicht angezeigt sei und die Aufgabenverteilung zwischen Bund und Kantonen in Frage gestellt würde. Zudem sei die medizinische Grundversorgung bereits in Artikel 117a BV erwähnt, was in den Augen von Verena Herzog (svp, TG) genügte, um die Pflege zu stärken.
Der von der SGK-NR ausgearbeitete Gegenentwurf kam im Nationalrat besser an als die Volksinitiative. Jedoch gab es auch bezüglich Gegenvorschlag einige Abänderungswünsche bzw. Uneinigkeiten. Um dem Beruf Attraktivität zu verleihen, beabsichtigte eine Mehrheit der SGK-NR, den Pflegefachpersonen die selbständige Erbringung und Abrechnung einiger vom Bundesrat festgelegter Leistungen zu Lasten der OKP, die ohne ärztliche Anweisung erfolgen könne, einzuräumen. So könnten pro Jahr CHF 13 Mio. eingespart werden, erläuterte Benjamin Roduit (cvp, VS). Gegen diese Forderung sprachen sich neben dem Bundesrat auch die SVP und die FDP aus. Es bestehe die Gefahr, dass dadurch ein Präjudiz geschaffen würde und durch die grössere Zahl an Leistungserbringenden die Kosten für das Gesundheitssystem nicht abnähmen, sondern stiegen, was höhere Prämien zur Folge hätte. Eine Mehrheit der grossen Kammer liess sich allerdings nicht von diesen Worten überzeugen. Auf Anregung von Pierre-Yves Maillard (sp, VD) lehnte der Nationalrat ausserdem den Mehrheitsantrag der SGK-NR ab, dass entsprechende Leistungen Gegenstand von Vereinbarungen mit Versicherern sein müssten.
Weiter wurde bezüglich Ausbildungsförderung beschlossen, dass die Kantone den Krankenhäusern, Pflegeheimen und Spitex-Organisationen eine bestimmte Anzahl Ausbildungsplätze, die diese zur Verfügung stellen müssen, vorgeben sollen. Ebenfalls gutgeheissen wurde die Forderung, dass die Kantone dazu verpflichtet werden sollen, den angehenden Pflegefachpersonen an einer Höheren Fachschule oder Fachhochschule mit Ausbildungsbeiträgen zur Seite zu stehen. Der Bund soll die Kantone während acht Jahren für die beiden ebengenannten Punkte mit CHF 469 Mio. unterstützen. Betreffend Ausbildungsbeiträge hätten die SVP und die FDP gerne Einschränkungen auf hilfs- und unterhaltsbedürftige Personen vorgenommen. Regine Sauter (fdp, ZH) betonte, es gebe neben den Pflegestudiengängen HF oder FH auch andere Berufsbereiche, wo eine Weiterbildung anzustreben sei, dort werde allerdings auf die Eigenverantwortung der Studierenden gezählt. Damit konnte sie die Mehrheit ihrer Ratskolleginnen und -kollegen jedoch nicht überzeugen, gegen die Beiträge zu stimmen.
In der Gesamtabstimmung wurde der indirekte Gegenvorschlag mit 124 zu 68 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) angenommen. Abgesehen von der SVP und einer Mehrheit der FDP stimmten alle Parteien dem Gegenentwurf zu. Die Pflegeinitiative konnte die Mehrheit des Nationalrates indes nicht überzeugen und so empfahl er dem Volk und den Ständen das Begehren mit 107 zu 82 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) zur Ablehnung, wobei die SP, die Grünen, aber auch vereinzelt Mitglieder der FDP.Liberalen-, der GLP- sowie der Mitte-Faktionen für Annahme der Initiative plädierten.

Der Ständerat hatte einen Beschluss im Sinne der Kantone gefasst, jedoch war die Differenzbereinigung in Sachen Restfinanzierung von Pflegeleistungen damit noch nicht abgeschlossen. Von Beginn weg war klar, dass der Nationalrat wieder Differenzen offen lassen würde; zur Debatte standen ein Antrag der SGK-NR, den man als «Festhalten, aber..» bezeichnen könnte, sowie ein Minderheitsantrag Heim (sp, SO) auf Festhalten am ursprünglichen Beschluss des Nationalrates.
Die Kommissionsmehrheit wollte den umstrittenen Passus um einen neuen Satz ergänzen. Demnach soll der Standortkanton der Leistungserbringenden nach wie vor die Rahmenbedingungen für die Restfinanzierung festlegen; neu war jedoch, dass gegebenenfalls anderslautende Bedingungen in interkantonalen Vereinbarungen definiert werden können. Damit liege das finanzielle Risiko zwar noch immer bei den Wohnsitzkantonen, jedoch könnten bilaterale Verträge den Unsicherheiten Abhilfe schaffen, erklärte die Kommission. Die Version des Ständerats sei hingegen nicht tragbar, weil damit Patientinnen und Patienten möglicherweise umziehen müssten, falls in ihrem Heimatkanton wieder Plätze in Pflegeheimen frei würden. Barbara Schmid-Federer (cvp, ZH) sah im neuen Vorschlag eine neue Kompromisslösung und verkaufte ihn als Schritt auf den Ständerat zu.
Bea Heim eröffnete die Debatte im Nationalrat in der Sommersession 2017 und unterstrich dabei die Bedeutung des Geschäftes. Man müsse sich um die Interessen der Pflegebedürftigen kümmern und nicht um jene der Kantone. Sie erinnerte an die Abstimmung nach der ersten nationalrätlichen Debatte, die mit 165 Stimmen einstimmig eine Lösung hervorgebracht hatte, in der eine freie Wahl des Pflegeheims festgelegt wurde. Dies sei einer freien Wohnsitzwahl auch im pflegebedürftigen Alter gleichzusetzen, erklärte sie. Faktisch, so Heim weiter, bliebe es mit dem ständerätlichen Vorschlag bei der Situation, dass nur wohlhabende Personen die Möglichkeit hätten, in ein ausserkantonales Pflegeheim zu ziehen, beispielsweise um in der Nähe ihrer Angehörigen zu sein. Das Finanzierungsrisiko bliebe so bei den Patientinnen und Patienten. Gesundheitsminister Berset gab in der Debatte zu Protokoll, dass die Regierung die Variante des Ständerats bevorzuge. Für die Kommission äusserte sich abschliessend Ruth Humbel (cvp, AG), die verdeutlichte, dass die ständerätliche Lösung analog jener bei den Ergänzungsleistungen im Sinne einer freien Wahl des Pflegeheims durch die Pflegebedürftigen nicht zielführend sei. In der Folge zog das Plenum den Vorschlag der SGK-NR dem Minderheitsantrag Heim auf Festhalten an der ursprünglichen Version des Nationalrats mit 132 zu 51 Stimmen (bei einer Enthaltung) vor.

In der Herbstsession befasste sich der Ständerat mit einem Gesetzesentwurf, der aus einer 2014 angenommenen parlamentarischen Initiative Egerszegi (fdp, AG) hervorgegangen war. Die Initiantin machte sich für eine bessere Regelung der Restfinanzierung von Pflegeleistungen stark, wobei sie den Fokus auf die Freizügigkeit unter anerkannten Leistungserbringern legte.
Die SGK des Ständerats hatte sich nach Folgegeben der Initiative mit der Vorlage befasst und einen Entwurf vorgelegt, der Artikel 25 des KVG betrifft. Dort soll geregelt werden, dass der Wohnsitzkanton der versicherten Person für die Restfinanzierung zuständig sein soll und dass der Aufenthalt in einem Pflegeheim keine neue Zuständigkeit begründet. Diese Regelung orientiert sich am ELG, wo diese Kostenaufteilung ebenso vorgesehen ist und zu einer markanten Abnahme von Zuständigkeitsstreitigkeiten geführt hat.
Den Beratungen in den beiden Räten ging eine Vernehmlassung voraus, worin die vorgeschlagene Gesetzesänderung auf grosse Zustimmung stiess, gleichzeitig aber als zu wenig weit gehend kritisiert wurde. Negativ äusserten sich die Verbände der Leistungserbringer, die in der Neuregelung einen erhöhten Verwaltungsaufwand orteten. Versicherer und Parteien sowie auch Patientenorganisationen zeigten sich offen gegenüber der Revision. Ihre einzige Befürchtung war, dass Patientinnen und Patienten finanziell belastet würden, falls die ausserkantonal erbrachten Pflegeleistungen teurer seien als die vom Wohnsitzkanton festgelegten Tarife.
Im Ständerat war die Vorlage unbestritten. SGK-Sprecherin Pascale Bruderer (sp, AG) legte den Sachverhalt dar und stellte fest, dass damit eine Gesetzesänderung präsentiert werde, die «sicherstellen soll, dass in jedem Fall klar ist, welcher Kanton für die Restfinanzierung von Pflegeleistungen zuständig ist, die ambulant oder in einem Pflegeheim erbracht werden.» Gesundheitsminister Berset unterstützte mit seinem Votum das Vorhaben und beantragte dessen Annahme; ein Antrag, dem das Plenum folgte: Der Entwurf wurde dem Nationalrat mit 40 Stimmen einstimmig zur Weiterbehandlung überwiesen.