Im Dezember 2017 reichte Rebecca Ruiz (sp, VD) ein Postulat ein, mit welchem sie den Bundesrat beauftragen wollte, die Förderung der ärztlichen Zweitmeinung zu konkretisieren. Es solle dabei unter anderem geprüft werden, welche finanziellen Auswirkungen generell vorgesehene ärztliche Zweitmeinungen auf lange Sicht hätten, welche Massnahmen zur Sensibilisierung und Unterstützung der Patienten für ein zweites ärztliches Gutachten erforderlich seien und inwiefern es zweckmässig sei, durch die Tarifpartner eine eigene Position für die ärztliche Zweitmeinung zu schaffen. Zudem müsse begutachtet werden, wie man bei Ärztinnen und Ärzten auf höhere Akzeptanz gegenüber der Zweitmeinung, einem Patientenanliegen, stossen könne und welche gesetzlichen Änderungen allenfalls vonnöten seien. Gemäss der Postulantin werde die Förderung der ärztlichen Zweitmeinung bereits im Bericht der Expertengruppe zur Dämpfung des Kostenwachstums im Gesundheitswesen als mögliche Sparoption behandelt. Weiter sei die Schweiz der OECD zufolge Teil der Ländergruppe mit den meisten Hüft- und Knieersatzoperationen pro 100'000 Einwohner. Dies deute darauf hin, dass es zu unnötigen Operationen käme; die Förderung ärztlicher Zweitmeinungen könnte diese verhindern und zu wirksameren Behandlungen führen. So würden nicht nur Folgerisiken vermieden, sondern auch eine Kostensenkung der OKP realisiert, was eine Dämpfung der Gesundheitskosten wie auch eine Qualitätssteigerung des schweizerischen Gesundheitssystems bewirken würde.
Da der Bundesrat infolge des bereits von Ruiz erwähnten Berichtes beschlossen hatte, sich verstärkt um eine Kostendämpfung im Gesundheitswesen zu bemühen, beantragte er die Annahme des Postulates. Das EDI sei mit der Prüfung der im Bericht vorgeschlagenen Massnahmen und dem Vorlegen von Umsetzungsvorschlägen beauftragt worden. In diesem Zusammenhang würden die im Postulat Ruiz gestellten Fragen ebenfalls geprüft werden.
Stillschweigend folgte der Nationalrat Mitte März 2018 der Empfehlung des Bundesrates und nahm das Postulat an.

Überhaupt keine Opposition gab es im Nationalrat zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit im Gesundheitsbereich. Das Rahmenabkommen wurde auf einstimmigen Antrag der Kommission ebenso unanim vom Ratsplenum verabschiedet. Die einzigen drei Sprecher, die beiden Berichterstatter de Courten (svp, BL) und Ruiz (sp, VD) sowie Bundesrat Berset, bliesen ins gleiche Horn und zeigten die Vorzüge der Regelung auf. Auf unbestrittenes Eintreten folgte die mit 181 zu 0 Stimmen resultierende Gesamtabstimmung. Die definitive Beschlussfassung in den Schlussabstimmungen blieb noch reine Formsache.

Das Heilmittelgesetz sollte die eidgenössischen Räte noch länger beschäftigen, denn auch während drei Sessionen im Jahr 2015 konnte noch keine Einigung erzielt werden. Im Mai war es – wieder in einer Sondersession – der Nationalrat, der das Geschäft voranzubringen versuchte. Ein Blick auf die Vorarbeit der SGK-NR gab jedoch Anlass zu Zweifeln, dass es zu einer speditiven Entscheidfindung kommen würde. Zahlreiche Kommissionsanträge auf Änderungen gegenüber der vom Ständerat verabschiedeten Version, auf Festhalten an der eigenen Fassung, Minderheitsanträge, aber auch Anträge auf Einlenken lagen vor.
Kommissionssprecher de Courten (svp, BL) fasste eingangs Debatte die Ausgangslage zusammen: Der Ständerat habe sich eher in Richtung des bundesrätlichen Entwurfs zurückbewegt, während die SGK-NR tendenziell dem eigenen Text treu bleiben wolle. So sei – und dies war der Antrag der Kommissionsmehrheit – bei den Punkten der Zulassung, der Forschungsanreize und der transparenten Marktregulierung wieder die eigene Fassung zu beschliessen. Bezüglich der Forschungsanreize zeigten Erfahrungen anderer Länder positive Effekte: Mit einer Gewährung von Marktexklusivität sollten Pharmafirmen motiviert werden, zu forschen und neue Arzneimittel auf den Markt zu bringen. Ebenso wollte der Nationalrat in seiner Erstfassung die in der EU bereits zugelassenen Medikamente vereinfacht auf den Schweizer Markt bringen können; einstimmig beantragte hierzu die Kommission ein Umstossen des ständerätlichen Beschlusses. Weitere Differenzen schuf die Kommission bezüglich der grundsätzlichen Abgabe von Arzneimittelrezepten durch Ärztinnen und Ärzte: Die Patientinnen und Patienten sollten selbst bestimmen können, wo sie die Medikamente beziehen wollen, weshalb Rezepte nicht direkt an die Verkaufsstellen geschickt werden sollten. Ebenso sollten Rezepte grundsätzlich auch bei Bestellungen von Versandapotheken vorhanden sein. Die Kommission wollte auch daran festhalten, dass sich eine Stiftung um die Publikation von Arzneimittelinformationen kümmern soll. Dem Ständerat hingegen folgen wollte man bezüglich der Einführung einer Antibiotikadatenbank in der Veterinärmedizin sowie bezüglich eines Verbots für die Ausfuhr von Medikamenten, die für Hinrichtungen verwendet werden können.
Die Debatte im Plenum entfachte sich als Erstes an der Marktexklusivität, wobei es um die Inumlaufbringung neuer Arzneimittel ging. Die Kommission wollte mehrheitlich erneut den Unterlagenschutz für Arzneimittel für seltene Krankheiten streichen und stattdessen auf Marktexklusivität setzen, während der Ständerat sich für den Unterlagenschutz ausgesprochen und dessen Frist gar verlängert hatte. Thomas Weibel (glp, ZH) erklärte den Unterschied aus Sicht der Minderheit: Bei Marktexklusivität dürften nur Medikamente auf den Markt gebracht werden, die «sicherer und wirksamer [sind] als das bereits zugelassene Präparat». Dadurch gebe es kaum Forschungsanreize in Bereichen, in denen es bereits Medikamente gebe. Eine Minderheit Carobbio (sp, TI) wollte darum der kleinen Kammer mit dem Argument folgen, dass dadurch eine Monopolisierung der Herstellung verhindert würde. Unterstützt wurde sie von der grünliberalen und der sozialdemokratischen Fraktion sowie von Gesundheitsminister Berset. Jedoch entschied sich das Ratsplenum gegen den Unterlagenschutz und schuf damit die erste Differenz zum Ständerat – mit 108 zu 80 Stimmen obsiegte der Kommissionsantrag. Ebenso beharrten die Nationalrätinnen und Nationalräte darauf, dass in der EU bereits seit einigen Jahren zugelassene Arzneimittel auch in der Schweiz vereinfacht in Umlauf gebracht werden können. Damit hielt man an der eigenen Fassung fest, wenn auch mit einem leicht abgeänderten Text. Ein Ausfuhrverbot von Medikamenten, die für illegale Zwecke verwendet werden oder als Zusatzstoff für Hinrichtungen eingesetzt werden können, wurde von einer Minderheit Borer (svp, SO) bekämpft. Es gehe hierbei jedoch nicht um Hinrichtungen – die Minderheit befürworte diese keineswegs. Vielmehr beträfe die Bestimmung Medikamente, die in vielen Bereichen der Human- und Veterinärmedizin verwendet würden. Das Plenum folgte in dieser Frage jedoch der Kommissionsmehrheit und dem Ständerat: Mit 108 zu 78 Stimmen sprach sich der Nationalrat gegen den Willen der SVP- und der FDP-Liberalen-Fraktion für das Exportverbot aus. Bezüglich Verschreibungspflicht und Rezept-Ausstellung hielt der Nationalrat an seinen Bestimmungen fest.
Lange diskutierte der Nationalrat in der Folge über die Marktaufsicht und die Frage der Integrität der Heilmittel abgebenden Personen, aber auch über das Ziel, Korruption im Bereich des Arznei- und Heilmittelmarktes zu verhindern. Ignazio Cassis (fdp, TI) führte in seinem Beitrag aus, dass es darum gehe, zu bestimmen, über welche Preismechanismen das BAG respektive die Regierung eine Kontrolle ausüben solle: nur über Arzneimittel oder über alle Heilmittel, die eben auch weitere medizinische Produkte wie Spitalbetten, Spritzen, Pflaster und anderes medizinisches Material umfassten. Aus Sicht des Ständerates, des Bundesrates sowie von Minderheiten Cassis, Gilli (gp, SG) und in leicht abweichender Formulierung von einer Minderheit de Courten (svp, BL) solle der Markt für Letzteres die Preise definieren, während das Heilmittelinstitut Swissmedic eine Aufsichtsrolle über die Arzneimittelpreise wahrnehmen solle. Die Anträge wurden gegeneinander ausgemehrt und letztlich blieb derjenige Gillis stehen. Demnach dürfen Arzneimittel, welche mit Rabatten gehandelt oder verkauft werden, keinen Einfluss auf die Wahl der Therapie haben. Zudem müssen Rabatte ganz oder teilweise an den Kostenträger weitergegeben und zur Verbesserung der Behandlung eingesetzt werden.
In weiteren Anpassungen betreffend andere Gesetze und Übergangsbestimmungen folgte der Nationalrat mehrheitlich dem Ständerat oder modifizierte dessen Beschlüsse leicht.

Mit einem Postulat «Verlässliche Entscheidungsgrundlagen für die Arzneimitteltherapie» wollte die SGK-NR den Bundesrat beauftragen, einen Bericht zur medizinischen Forschung vorzulegen, wobei der Fokus auf Medikamente gelegt werden soll, deren Patent abgelaufen ist. Die Kommission nahm Bedenken einer Fachzeitschrift auf, worin ein Artikel die mangelnden Entscheidungsgrundlagen für Therapieentscheide aufgegriffen hatte. Es geht im Wesentlichen um die Förderung von klinischen Studien über Arzneimittel, deren Patent abgelaufen ist. Die Pharmaindustrie beschränke sich in ihren eigenen Studien – verständlicherweise – auf Produkte im Entwicklungsstadium, oder solche, deren Zulassung bevorsteht, um die Wirksamkeit dieser neuen Arzneimittel zu belegen. Im besten Fall würden patentabgelaufene Medikamente noch mitberücksichtigt. Viel häufiger verschwinden jedoch ältere Medikamente aus klinischen Studien mit der Folge, dass deren Datenlage trotz jahrelanger klinischer Anwendung ungenügend bleibt. Diese Kritik nahm die Kommission auf und forderte unter anderem den Einsatz von mehr Mitteln zur Durchführung von klinischen Studien.
Das Postulat wurde im März 2015 im Nationalrat behandelt. Der Bundesrat hatte bereits in seiner Stellungnahme seine ablehnende Haltung kundgetan und verwies unter anderem auf das seit 2014 in Kraft stehende Humanforschungsgesetz. In dieser Norm sind vereinfachte regulatorische Anforderungen für Therapieoptimierungsstudien vorgesehen, worunter auch Studien mit Medikamenten, deren Patentschutz abgelaufen ist, fallen.
Im Ratsplenum wurde keine lange Debatte nötig. Zwar gab es aus der Kommission einen Minderheitsantrag Borer (svp, SO), der das Postulat nicht unterstützte, aber der Nationalrat folgte der Mehrheit seiner SGK und nahm das Postulat an. Als Sprecherin trug Yvonne Gilli (gp, SG) das Anliegen nochmals vor. Gilli war es auch, die bereits 2013 ein gleichlautendes Postulat eingereicht, dieses aber zugunsten des jetzt behandelten Kommissionsvorschlags wieder zurückgezogen hatte. Eindringlich wies sie auf die bestehenden Forschungslücken hin, die aufgrund mangelnden Interesses der Pharmaindustrie entstünden. Es gebe keinen Nutzen für die Arzneimittelproduzenten neue Medikamente mit Medikamenten zu vergleichen, deren Patentschutz abgelaufen ist. Deswegen müsse in diesem Bereich nachgebessert werden. Das Ratsplenum folgte diesem Appell und nahm das Postulat mit 97 zu 77 Stimmen bei einer Enthaltung, und also gegen den Willen des Bundesrats, an.

Die von Nationalrat Borer (svp, SO) im Jahr 2005 eingereichte parlamentarische Initiative (Pa. Iv. 05.410) mit dem Ziel der Vereinheitlichung der Einteilung der zur Selbstmedikation zugelassenen Heilmittel, war im vorigen Jahr vom Nationalrat gegen den Willen des Bundesrates in eine Motion umgewandelt und angenommen worden. Der Ständerat schloss sich im Berichtsjahr dem Nationalrat an.

2004 hatte Nationalrat und Präventivmediziner Gutzwiller (fdp, ZH) eine parlamentarische Initiative eingereicht mit der Forderung einer bundesweit einheitlichen Regelung eines Rauchverbots in geschlossenen Räumen, die der Öffentlichkeit zugänglich sind. Nach zweijähriger Vorbereitung schlug die SGK-N nun ein spezielles Bundesgesetz zum Schutz vor Passivrauchen vor, welches auch die Zustimmung des Bundesrates fand. Die Kommissionssprecherin unterstrich den Paradigmenwechsel der Vorlage: Statt der Freiheit des Rauchens werde die Freiheit des Nichtrauchens ins Zentrum gerückt. Die Regelung sei verhältnismässig und aus gesundheits- und präventionspolitischen Gründen erforderlich. Das Eintreten auf die Vorlage wurde von einer Kommissionsminderheit, vertreten durch Bortoluzzi (svp, ZH), bekämpft. Wenn ein zugelassenes Produkt wie der Tabak für Dritte derart gefährlich sei, müsste es eigentlich ganz verboten werden, meinte er. Weiter sei die Vorlage eigentums- und KMU-feindlich. Die Minderheit wurde unterstützt von der SVP-Fraktion und einer Mehrheit der FDP-Fraktion. So wehrte sich Huber (fdp, UR) gegen staatliche Bevormundung und betonte das liberale Prinzip von Freiwilligkeit und Selbstverantwortung auch in dieser Frage. Für die SP lobte Schenker (BS) hingegen den Kommissionsvorschlag als wichtigen Schritt zum Schutz vor dem Passivrauchen, insbesondere auch für das Servicepersonal, das vielfach unfreiwillig dem Tabakrauch in Restaurants ausgesetzt sei. Mit 111 zu 64 Stimmen beschloss der Rat Eintreten auf die Gesetzesvorlage.

In der Detailberatung drehte sich die Diskussion vor allem um die Ausnahmeregelungen im Bereich der Gastrobetriebe. Hier setzte sich die Kommissionsminderheit mit 95 zu 77 Stimmen durch. Demnach ist das Rauchen in abgetrennten, speziell gekennzeichneten Räumen mit ausreichender Belüftung generell erlaubt, auch wenn dort Angestellte arbeiten. Die Kommission hatte lediglich unbediente „Fumoirs“ zulassen wollen. Weiter können Gastrobetriebe und Nachtlokale auf Bewilligung hin als gekennzeichnete Raucherbetriebe geführt werden. Die Bewilligung wird erteilt, wenn „eine Trennung von Raucher- und Nichtraucherräumen nicht möglich oder unzumutbar ist“. Damit, so Minderheitssprecher Borer (svp, SO), bleibe man eine tolerante Gesellschaft, in der die eine Seite auf die andere Rücksicht nimmt und die gegenseitigen Bedürfnisse akzeptiert werden. Die Fraktionen von SP und Grünen warnten vergeblich, dass mit diesen Ausnahmen das Gesetz und der Arbeitnehmerschutz unterlaufen werden. Unterstützt wurden die Anträge der Minderheit von den Fraktionen der SVP, der FDP und der CVP. Betreffend Arbeitnehmerschutz vertrat Engelberger (fdp, NW) die Meinung, dass niemand in einem Raucherbetrieb arbeiten müsse, wenn er nicht wolle. Ausnahmen für Einzelarbeitsplätze sowie wohnungsähnliche Einrichtungen (z.B. geschlossene Abteilungen psychiatrischer Kliniken, Strafvollzugsanstalten etc.) waren schon im Kommissionsentwurf vorgesehen und wurden nicht bestritten. In der Gesamtabstimmung wurde die Vorlage mit 109 zu 52 Stimmen angenommen.

2005 hatte Nationalrat Borer (svp, SO) eine parlamentarische Initiative (Pa. Iv. 05.410) eingereicht mit dem Ziel, die Einteilung der zur Selbstmedikation zugelassenen Heilmittel zu vereinheitlichen. Heute werden oft praktisch fast identische Präparate in unterschiedlichen Listen geführt, weshalb sie trotz eigentlicher Unbedenklichkeit in der Anwendung nur von Apotheken und nicht etwa von Drogerien abgegeben werden dürfen. Die vorberatenden Kommissionen beider Räte hatten Zustimmung zur Initiative signalisiert, da damit die Eigenverantwortung der Bevölkerung und der Wettbewerb im Bereich der Heilmittelangebote gefördert werden. Bei der konkreten Ausgestaltung war dann aber die SGK-NR zur Einsicht gelangt, dass es angezeigter sei, dazu eine Kommissionsmotion einzureichen. Mit dem Argument der Medikamentensicherheit widersetzte sich der Bundesrat einer Annahme der Motion. Eine Mehrheit war allerdings der Auffassung, eine Neueinteilung unter transparenteren Kriterien dränge sich auf, weshalb der Vorstoss mit 86 zu 51 Stimmen angenommen wurde.

Der Nationalrat nahm in der Frühjahrssession die Beratung über das neue Heilmittelgesetz auf. In der Eintretensdebatte erhielt die eurokompatibel ausgestaltete Vorlage viel Applaus. Alle politischen Lager begrüssten den Systemwechsel von der interkantonalen Kontrolle zur Bundeskompetenz; er bringe die Schweiz auf internationaler Ebene weiter und belasse den Kantonen doch Gestaltungsraum, vorab in der Komplementärmedizin. Zu hitzigen Diskussionen führten dann aber die sogenannten Parallelimporte von Arzneimitteln, die dazu dienen sollen, die in der Schweiz sehr hohen Preise für Medikamente in- oder ausländischer Provenienz auf ein Niveau zu senken, das dem Durchschnitt vergleichbarer Länder entspricht. Dazu sollen Heilmittel aus jenem Land (re)importiert werden können, in dem sie am billigsten sind, allerdings nur unter der Bedingung, dass das Präparat sowohl in der Schweiz wie im betreffenden Exportland zugelassen ist. Für einmal war es die Linke, die sich für eine Liberalisierung des Marktes einsetzte, während sich SVP und FDP vehement dagegen stemmten. Mit Unterstützung der CVP wurde der Grundsatz möglicher Parallelimporte – wenn auch äusserst knapp mit 89 zu 86 Stimmen – bejaht. Allerdings wurde auf Antrag von Meier-Schatz (cvp, SG) mit 102 zu 71 Stimmen eine Bremse eingebaut; demnach ist von Parallelimporten abzusehen, wenn im Ursprungsland die Preise der betreffenden Arzneimittel staatlich gestützt werden. Für weniger Emotionen sorgte die Regelung des Versandhandels. Dieser wird grundsätzlich untersagt, kann jedoch zugelassen werden, wenn ein ärztliches Rezept vorliegt sowie Beratung und Überwachung der Kundschaft sichergestellt sind. Ein Totalverbot, wie es Borer (svp, SO) verlangte, wurde mit 111 zu 43 Stimmen deutlich verworfen. Nicht zugelassen wird der Handel über Internet sowie die Werbung für rezeptpflichtige Medikamente. Einen Sieg konnte die bei den Parallelimporten unterlegene Pharmalobby bei der Produktehaftpflicht erwirken; diese hatte die vorberatende Kommission einführen wollen, unterlag aber mit 107 zu 63 Stimmen. Ohne nennenswerte Opposition passierten die Bestimmungen zum neuen Heilmittelinstitut, in welches die interkantonale Kontrollstelle für Heilmittel (IKS) und die zuständige Fachstelle im Bundesamt für Gesundheit integriert werden.

Der Ständerat befasste sich in der Herbstsession ebenfalls sehr intensiv mit der Frage der Parallelimporte. Im Vorfeld seiner Beratungen hatte er vom Bundesrat einen Zusatzbericht zu patentrechtlichen und wettbewerbspolitischen Fragen verlangt. Er wollte der Einfuhr billigerer Medikamente zwar nicht durchwegs eine Absage erteilen, fügte aber mit 31 zu 7 Stimmen eine weitere Beschränkung ein, indem dies nur für nicht patentgeschützte Arzneimittel möglich sein soll. Der Nationalrat hatte die Frage der Behandlung von patentgeschützten Produkten, der 1999 vom sogenannten „Kodak-Urteil“ des Bundesgerichtes ausgelöst worden war, den Patentrichtern überlassen wollen. Zudem fügte die kleine Kammer einen „Erstanmelderschutz“ ein, der in der Praxis dazu geführt hätte, dass die vereinfachte Zulassung von Heilmitteln aus dem Ausland kaum mehr wirtschaftlich gewesen wäre, da die Zweitanmelder den ganzen (kostspieligen) Rechtsweg hätten beschreiten müssen, der zur Erteilung einer Erstzulassung nötig ist. Begründet wurde dieser Entscheid mit Zweifeln an der kostendämpfenden Wirkung der Massnahme sowie mit den Interessen der einheimischen Pharmaindustrie mit ihren rund 30'000 Beschäftigten. Naturgemäss mehr zu reden als im Nationalrat gab in der Ständekammer der Übergang der Kompetenzen in der Heilmittelkontrolle von den Kantonen auf den Bund. Ein Minderheitsantrag, die Erteilung von Bewilligungen für die Arzneimittelherstellung nicht dem eidgenössischen Heilmittelinstitut, sondern den Kantonen zu übertragen, wurde aber mit 29 zu 3 Stimmen klar abgelehnt. Wie der Nationalrat hielt auch die kleine Kammer am generellen Verbot (mit Ausnahmen) beim Versandhandel, beim Internethandel sowie bei der Werbung für rezeptpflichtige Medikamente fest; beim Versandhandel wollte er aber das Bewilligungsverfahren entgegen dem Vorschlag des Bundesrates den Kantonen übertragen. (Zur Zulässigkeit von Parallelimporten siehe hier)

In der Differenzbereinigung sprach sich der Nationalrat auf Antrag seiner Kommission für ein umfassendes Verbot des Parallelimports noch patentgeschützter Heilmittel aus, ohne aber die generellen patentrechtlichen Fragen zu präjudizieren. Eine weitergehende Regulierung mit einem „Erstanmelderschutz“ erachtete er hingegen als innovationshemmend und im Widerspruch zur kostendämpfenden Zielsetzung des KVG stehend. Beim Bewilligungsverfahren für den Versandhandel schloss er sich – wenn auch nur sehr knapp mit 82 zu 81 Stimmen – der Auffassung des Ständerates an. Dieser übernahm bei den Parallelimporten und weiteren kleineren Differenzen die Beschlüsse der grossen Kammer, womit das Heilmittelgesetz noch vor Ende Jahr definitiv bereinigt werden konnte.