Noch in derselben Session behandelte auch der Ständerat die Vorlage zur Zulassung von Leistungserbringenden ein drittes Mal. Das Geschäft sei «auf gutem Weg», betonte Kommissionssprecher Bischof (cvp, SO), zumal der Nationalrat mit dem Verzicht auf die Verknüpfung mit EFAS «einen wesentlichen Stolperstein mit den Kantonen aus dem Weg geräumt» habe. Dennoch zeigte sich die SGK-SR nicht bereit, alle Differenzen auszuräumen, und nahm damit eine Einigungskonferenz in Kauf. Zwar lenkte sie bezüglich der Kompetenzverschiebungen zu den Versicherungen im Bereich der Qualitätsprüfung ein – zukünftig sollen somit die Kantone für die Erstzulassung der Leistungserbringenden zuständig sein, während die Krankenversicherungen anschliessend die laufenden Kontrollen über die Qualität der Leistungserbringung übernehmen. Stillschweigend stimmte der Ständerat diesem Entgegenkommen zu. Beim Beschwerderecht für Krankenversicherungen zu kantonalen Erlassen über die Festlegung und Berechnung der Höchstzahlen beharrte die Kommission, und mit ihr die kleine Kammer, jedoch auf ihrer Position. Obwohl die Differenzen in der Frage der Sprachvoraussetzungen für Ärztinnen und Ärzte bereits bereinigt waren, kam die Kommission zudem nach Rücksprache mit den Parlamentsdiensten zur Interpretationsklärung noch einmal auf diesen Punkt zurück. Diesbezüglich seien in den beiden Räten unterschiedliche Äusserungen getätigt worden, erklärte Bischof diesen Schritt. Dieser Artikel sei so zu verstehen, dass zum Beispiel ein Zürcher mit schweizerischer Maturität mit Französisch als Grundlagenfach, wie es in der Schweiz üblich sei, und einem Ärztediplom auch in der Romandie als Arzt arbeiten dürfe. Eine deutsche Ärztin mit Abitur ohne Französisch als Grundlagenfach müsse jedoch in Genf zuerst eine Sprachprüfung ablegen. Stillschweigend stimmte der Ständerat dieser Klärung zu. Somit wurde bezüglich des Beschwerderechts für Krankenversicherungen sowie der Klärung der Sprachvoraussetzungen eine Einigungskonferenz nötig – anders als erwartet konnte diese aber aufgrund des Sessionsabbruchs nicht mehr in der Frühjahrssession 2020 stattfinden.

Zu Beginn einer weiteren Behandlungsrunde zur Zulassung von Leistungserbringenden fasste Pirmin Bischof (cvp, SO) in der Wintersession 2019 im Ständerat die Situation aus Sicht der Kommission zusammen: Zwar gebe es in der Kommission keine Minderheiten und beinahe alle Beschlüsse seien einstimmig gefasst worden, jedoch bestünden noch immer grosse Differenzen zum Nationalrat sowie teilweise zum Bundesrat.
Wie Bischof gehofft hatte, bereinigte der Ständerat in der Wintersession dann einige Differenzen zum Erstrat: So lenkte er bezüglich der sprachlichen Voraussetzungen zur Zulassung von Ärztinnen und Ärzten auf das Konzept des Nationalrates ein, das eine grosszügigere Anerkennung von Vorkenntnissen vorsah und entsprechend zu weniger Sprachprüfungen führen würde. Zudem stimmte er dem Nationalrat zu, der eine Gabelung der Rechtswege verhindern wollte: Wie bis anhin sollen folglich gesundheitspolitische Verfügungen vor Bundesgericht und sozialversicherungsrechtliche Verfügungen vor dem Bundesverfassungsgericht angefochten werden können. Über seinen Schatten sprang der Ständerat bezüglich der Frage, ob Kantone zur Einschränkung der Anzahl Ärztinnen und Ärzte verpflichtet werden sollen oder nicht, ob also die vom Bundesrat vorgeschlagene Kann-Formulierung in eine Muss-Formulierung geändert werden soll. Hatte der Ständerat dies zuvor deutlich abgelehnt, willigte er nun in eine Muss-Formulierung ein, zumal 22 von 26 Kantonen bereits solche Einschränkungen kennen würden.
Die grossen Differenzen der Vorlage blieben jedoch auch nach der ständerätlichen Behandlung bestehen. So konnte die SGK-SR in Rücksprache mit den Kantonen dem neuen nationalrätlichen Vorschlag zur Rollenverteilung zwischen Krankenversicherungen und Kantonen nichts abgewinnen. Die grössere Rolle, die der Nationalrat den Krankenversicherungen bei der Frage zur Aufsicht über die Qualität und Wirtschaftlichkeit habe zukommen lassen wollen, beanspruchten die Kantone sowie die GDK für sich, betonte Bischof. Sie erachteten diesen Vorschlag als «Casus Belli». Die Kommission habe daher einstimmig beschlossen, an ihrer Position festzuhalten und die Sanktionsmöglichkeiten bei Verstössen gegen die Qualitätsauflagen auch bei den kantonalen Behörden zu belassen. Stillschweigend stimmte der Ständerat dem Antrag auf Festhalten seiner Kommission zu.
Auch einen zwingenden Zulassungsstopp bei einem überdurchschnittlichen Kostenanstieg in einem medizinischen Fachgebiet lehnte der Ständerat ab. Ein solcher würde die Zahl der Spezialisten in den Städten reduzieren, tatsächlich könne er aber auch zu Versorgungsproblemen bei Kinderärzten führen, kritisierte Bischof. So dürfte ein Kanton, der über zu wenige Kinderärzte verfügt, keine solchen mehr einstellen, wenn dies zu Kostensteigerungen gegenüber dem Vorjahr führen würde.
Des Weiteren lehnte der Ständerat die Ausweitung des Beschwerderechts für die Krankenversicherungen gegenüber Beschlüssen der Kantonsregierungen bezüglich der Bandbreiten und Höchstzahlen zugelassener Ärztinnen und Ärzte ab. Damit riskiere man eine Blockade des Systems, befürchtete Bundesrat Berset. Auch diesen Punkt erachte die GDK zudem als Kampfansage an die Kantone, welche die Regeln grösstenteils bereits umsetzten.
«Wahrscheinlich die wichtigste Differenz in der ganzen Vorlage», wie es der Kommissionssprecher formulierte, behandelte der Ständerat zum Schluss – die Verknüpfung der Vorlage mit der Einführung eines monistischen Finanzierungssystems für die Gesundheitsleistungen (EFAS). Die Kantone liessen sich ungern mit einer Verknüpfung unter Druck setzen, betonte Bischof. EFAS sei «eigentlich noch nirgends» und es brauche noch einige Zeit, damit ein Kompromiss zustande kommen könne. Die Inkraftsetzung der Zulassungsvorlage dulde jedoch keine Verzögerung mehr. Folglich hielt der Ständerat auch bei diesem Aspekt an seiner Position fest und lehnte eine Verknüpfung mit EFAS weiterhin ab.

In der Sommersession 2019 behandelte der Ständerat als Zweitrat die Bundesratsvorlage zur Zulassung von Leistungserbringenden. Der Rat beschloss Eintreten ohne Gegenantrag und schuf in der Folge einige Differenzen zum Nationalrat, zum Beispiel bezüglich des Ärzteregisters, das die grosse Kammer eingefügt hatte. Hans Stöckli (sp, BE) erklärte für die Kommission, dass man dieses Register prinzipiell befürworte, weil es Transparenz schaffe und eine kostendämpfende Wirkung haben könnte. Man habe aber die Formulierungen zusammen mit dem Bundesamt für Justiz bereinigt. Hatte der Nationalrat zudem offen gelassen, wie die notwendigen Sprachfähigkeiten der angehenden Leistungserbringenden getestet werden sollen, ergänzte die SGK-SR die Vorlage um eine vergleichsweise detaillierte Regelung zu nötigen Sprachtests. Diese nahm der Ständerat mit 22 zu 17 Stimmen gegen eine Minderheit Berberat (sp, NE) an, die eine entsprechende Regelung im Rahmen einer Verordnung befürwortet hätte. Bezüglich der Beschränkung der Anzahl Ärztinnen und Ärzte entschied sich der Ständerat zudem gegen einen Antrag Hegglin (cvp, ZG), die Muss-Formulierung des Nationalrats der Kann-Formulierung des Bundesrates vorzuziehen. Die Situationen in den Kantonen seien zu unterschiedlich, als dass man alle Kantone zur Einschränkung der Ärztezahl verpflichten könne, erklärte Stöckli. Auch die Lockerung des Vertragszwangs, das Beschwerderecht bezüglich Ärztehöchstzahlen für die Versicherer oder die Versichererverbände sowie die Verknüpfung der Vorlage mit EFAS lehnte der Rat ab. In der Gesamtabstimmung sprach sich der Ständerat mit 33 zu 0 Stimmen bei 4 Enthaltungen für die so veränderte Vorlage aus.

Im Ständerat empfahl die Kommissionsmehrheit, auf das Geschäft einzutreten und es anschliessend mit dem Antrag an den Bundesrat zurückzuweisen, eine Lösung mit einer Lockerung des Vertragszwangs vorzulegen. Eine Minderheit Eder (fdp, ZG) sprach sich für Nichteintreten aus, eine Minderheit Schwaller (cvp, FR) für eine Ablehnung der Rückweisung und damit für die noch nicht erfolgte Detailberatung in der Kommission. Die Mehrheit stellte die Verfassungsmässigkeit des Zulassungsstopps, welcher per dringliches Bundesrecht eingeführt worden und danach zwei Mal verlängert worden war, in Frage. Sie befürchtete eine Verschärfung des Mangels an inländischem Ärztenachwuchs bei einem erneuten Stopp und kritisierte die Unklarheit darüber, ob die Massnahme in den vergangenen Jahren überhaupt zu Kosteneinsparungen geführt habe. Nicht zuletzt sei zweifelhaft, ob der im Nationalrat angenommene Einzelantrag überhaupt mit der Personenfreizügigkeit vereinbar sei, da er ausländische Ärzte diskriminiere. Die Minderheit Eder erklärte, sie sei mit der Hin-und-Her-Politik der letzten Jahre nicht mehr einverstanden und wolle endlich eine umfassende Lösung. Sie wisse dabei verschiedene Parteien und Verbände sowie etliche Kantone hinter sich. Eine erneute Zulassungsbeschränkung sei ein schlechtes Signal an die jungen Ärztinnen und Ärzte, laufe dem Grundsatz „ambulant vor stationär“ zuwider und sei rechtsstaatlich bedenklich. Zudem sei eine konsequente Marktlösung einer erneuten Regulierung des Angebots vorzuziehen. Die Minderheit Schwaller warnte vor ein bis zwei zusätzlichen Prämienprozenten, würde das Wachstum der Anzahl Zulassungen nicht gebremst, und führte aus, einzig die Massnahme eines Zulassungsstopps könne bereits kurzfristig dagegen wirksam werden. Eintreten wurde schliesslich mit 27 zu 17 Stimmen beschlossen. Beim Rückweisungsantrag ergab sich ein Patt von 22 zu 22 Stimmen. Mit Stichentscheid des Präsidenten Lombardi (cvp, TI) ging das Geschäft zur Detailberatung an die Kommission. Diese nahm umfassende Abklärungen vor bezüglich der Verfassungsmässigkeit des Bundesratsentwurfes, der Wirkungen der bisherigen Zulassungsbeschränkungen und insbesondere der Vereinbarkeit des vom Nationalrat aufgenommenen Zusatzes mit der Personenfreizügigkeit. Die Gutachten verschiedener Experten zu letzterem kamen zu widersprüchlichen Ergebnissen. Die Abklärungen dauerten einige Zeit, womit das ursprüngliche Ziel des Innenministers Berset, den Zulassungsstopp bereits im April wieder einzuführen, nicht mehr erreicht werden konnte. Um eine möglichst rasche Beschlussfassung zu erreichen, hatte der Bundesrat im Vorjahr beschlossen, das Gesetz als dringlich einzustufen. Die Detailberatung im Ständerat fand in der Sommersession statt. Berset betonte zu Beginn der Debatte, bei dem 2012 beobachteten Anstieg der Neuzulassungen handle es sich nicht um einen simplen Aufholeffekt, was daran zu erkennen sei, dass der Anstieg in der ersten Jahreshälfte 2013 unverändert angehalten habe. Zu reden gab insbesondere die vom Nationalrat eingefügte Ausnahmebestimmung, wonach Ärzte mit mindestens fünfjähriger Schweizer Berufserfahrung von der Zulassungspflicht ausgenommen wären. Die Kommissionsmehrheit sprach sich mit Verweis auf die Personenfreizügigkeit dagegen aus. Eine Minderheit Rechsteiner (sp, SG) strebte einen Kompromiss an, indem sie die Frist auf drei Jahre beschränken wollte und gab an, ein allfälliges Ritzen der Personenfreizügigkeit angesichts der Vorteile in Kauf nehmen zu wollen. Diese Position unterlag mit 22 zu 18 Stimmen. Diskutiert wurden auch die Kompetenzen der Kantone bei der Festlegung der Kriterien für ein Bedürfnis nach Zulassungen von Leistungserbringern. Eine Minderheit Stöckli (sp, BE) sprach sich für die Version des Bundesrates aus, wonach die Kantone „anzuhören“ seien. Die Kommissionsmehrheit verlangte dagegen, der Bund habe die Kriterien mit den Kantonen zusammen einvernehmlich festzulegen. Die Minderheit begründete ihre Position damit, dass die Haltungen der Kantone stark auseinandergingen und eine Lösung im Einvernehmen damit nicht zu finden sei. Die Mehrheit hielt dagegen, die Kantone würden die Bedürfnisse auf ihrem Gebiet am besten kennen und dürften nicht von der Hauptstadt aus bevormundet werden. Mit 22 zu 21 Stimmen folgte der Rat der Position der Mehrheit. In der Gesamtabstimmung sprachen sich 25 Kantonsvertreter für den Entwurf aus, 15 dagegen.