Suite à la publication du message additionnel par le Conseil fédéral le 4 mars 2016, le Conseil national s'est de nouveau attelé à la réforme de la loi sur les étrangers (LEtr) dont l'objectif principal est l'encouragement de l'intégration. Lors du débat à la chambre du peuple, les députés ont encore durci le projet du Conseil fédéral. Le permis de séjour (permis B) serait désormais conditionnel à une intégration réussie, tout comme le permis d'établissement (permis C) pourrait être remplacé par un permis de séjour (renouvelable chaque année). La réobtention d'un permis d'établissement serait soumise à un délai de trois ans. En ce qui concerne le regroupement familial, les conditions pour les détenteurs d'un permis C seraient les mêmes que pour les permis B, à savoir une situation financière excluant l'aide sociale ou les prestations complémentaires, un logement jugé approprié ainsi que la maîtrise de la langue nationale parlée dans la région d'établissement. A été évoquée l'éventualité de supprimer le droit au regroupement familial pour les personnes admises provisoirement. Celle-ci a été balayée par 104 voix contre 8, les partis de la gauche et du centre arguant que cela contrevenait au droit fondamental à la vie de famille. Pour adapter le projet de loi au nouvel article 121a de la Constitution, accepté par la population dans le cadre de l'initiative "contre l'immigration de masse", le Conseil fédéral propose de supprimer la taxe spéciale que doivent verser les personnes relevant du domaine de l'asile souhaitant exercer une activité lucrative. De même, l'obligation d'autorisation pour les étrangers admis à titre provisoire ainsi que les réfugiés reconnus serait remplacée par une obligation d'annonce de la part des employeurs. Ces deux mesures ont pour but de favoriser l'emploi des travailleurs indigènes. La suppression de la taxe a obtenu l'aval de la chambre basse, mais la confiscation des biens matériels des personnes relevant du domaine de l'asile est maintenue. De plus, la Confédération devrait contribuer à l'intégration dans les cantons par le versement de forfaits ou le financement de programmes. Cette contribution financière ne serait en revanche pas demandée aux employeurs.
De retour aux États, le projet a subi un nouveau tour de vis. Les propositions du Conseil national ont été dans l'ensemble acceptées. En revanche, le délai pour l'obtention d'un nouveau permis d'établissement en cas de perte suite à un déficit d'intégration doit selon les sénateurs passer à cinq ans. Cette modification a été acceptée par leurs homologues du Conseil national et la nouvelle mouture du projet a été acceptée en votation finale le 16 décembre 2016. Le national l'a plébiscitée à 130 voix contre 67, sans abstention. Aux États, le projet a passé la rampe avec 37 voix contre 5, et une abstention. Dans les deux cas, les voix opposées provenaient du groupe UDC.