Nachdem der Ständerat zu Beginn der Herbstsession 2021 die Änderung des FIFG beraten und einige Differenzen zum Nationalrat geschaffen hatte, beugte sich die grosse Kammer knapp zwei Wochen später und damit noch in derselben Session bereits wieder über die Vorlage. Die Differenz betreffend die Besteuerung von Stipendien an Nachwuchsforschende konnte rasch behoben werden. Hier folgte der Nationalrat dem Beschluss des Ständerates. Dadurch unterliegen diese Stipendien nun der ordentlichen Besteuerung. Der vom Ständerat aufgrund der Nicht-Assoziierung an Horizon Europe eingefügte Passus betreffend die Förderung von Projekten mit grossem Innovationspotenzial von Jungunternehmen wurde vom Nationalrat ebenso gutgeheissen. Die letzte Differenz betraf die Bandbreite der finanziellen Beteiligung der Umsetzungspartner. Minderheitssprecher Keller (svp, NW), der sich wie der Bundesrat und der Ständerat für eine Beteiligung der Umsetzungspartner in der Höhe von 40 bis 60 Prozent aussprach, erläuterte, dass er eine tiefere finanzielle Beteiligung der Umsetzungspartner für nicht ausgewogen halte; Innosuisse respektive der Bundeshaushalt werde dazu zu stark belastet. Zudem stelle sich die Frage, wie innovativ und zukunftsfähig ein Projekt überhaupt sei, das nur zu 30 Prozent selber finanziert werden könne. Christian Wasserfallen (fdp, BE), der die Position der Mehrheit der WBK-NR vertrat, sprach sich hingegen für eine Bandbreite von 30 bis 50 Prozent aus und begründete dies mit der Tatsache, dass eine tiefere Beteiligung der Industriepartner dafür sorgen könne, dass auch Projekte aus Disziplinen, die nicht sehr wertschöpfungsintensiv seien, umgesetzt werden könnten.
Der Nationalrat folgte dem Antrag der Mehrheit und blieb damit bei einer niedrigeren Beteiligung als dies der Ständerat zuvor gefordert hatte. Diese letzte Differenz konnte folglich nicht bereinigt werden.

Die grosse Kammer beugte sich in der Wintersession 2020 über das Horizon-Paket 2021–2027. Mehrere Rednerinnen und Redner betonten dabei die Wichtigkeit der Erneuerung dieses Forschungsabkommens mit der EU. Nur so könne die Schweiz bei der Forschung auf Niveau «Champions League» mitspielen, argumentierte Christian Wasserfallen (fdp, BE). Die Finanzierungsbotschaft wurde aber nicht von allen Parteien vollständig unterstützt. Während eine Minderheit um Diana Gutjahr (svp, TG) die Vorlage an den Bundesrat zurückweisen wollte, um ein alternatives, nationales Programm ausarbeiten zu lassen, wollte eine weitere Minderheit Keller (svp, NW) die vom Bundesrat budgetierte Reserve von CHF 614 Mio. auf CHF 466 Mio. reduzieren. Beide Anträge wurden abgelehnt. Ebenfalls keine Mehrheit fanden zwei Anträge von links-grüner Seite, welche die Verpflichtungen für das Euroatom-Programm auf Ende 2025 befristen wollten. Zu reden gaben des Weiteren insbesondere folgende zwei Punkte: Im Horizon-Programm 2021–2027 wird der Finanzierungsmechanismus geändert. Neu zahlt jeder Staat so viel ins Programm ein, wie wieder an die Forscherinnen und Forscher ausbezahlt wird (pay as you go Prinzip). Es ist also nicht mehr möglich, mehr Mittel zu beziehen als einzubezahlen. Diese Neuerung sei gemäss Claudia Friedl (sp, SG) in der Kommission bedauert worden, könne aber nicht rückgängig gemacht werden. Zudem habe die EU generell mehr Geld für das Programm budgetiert als in der vergangenen Periode, weshalb auch die Schweiz einen höheren Betrag aufwenden müsse. Der zweite Punkt betraf die generellen Beziehungen der Schweiz zur EU. Christian Wasserfallen und auch Forschungsminister Parmelin betonten im Rat, dass die Assoziierung an das Horizon-Paket nichts mit dem Rahmenabkommen zu tun habe. Für Angelika Kalt, Direktorin des SNF, war die Sache allerdings nicht so klar. Gemäss Kalt wäre es möglich, dass die EU die Verabschiedung des Rahmenabkommens voraussetzt, damit die Schweiz an Horizon teilnehmen könne.
In der Schlussabstimmung sprach sich der Nationalrat deutlich für die Zustimmung zum Horizon-Paket respektive zum Start der Verhandlungen des Bundesrates mit der EU aus. 138 Personen stimmten dafür, 49 Mitglieder der SVP stimmten dagegen, eine Person enthielt sich der Stimme (ebenfalls SVP).

Das Gosteli Archiv in Ittigen bei Bern beherbergt die Sammlung zur Geschichte der schweizerischen Frauenbewegung. Seit einigen Jahren kämpfte die Stiftung, der das Archiv gehört, mit finanziellen Schwierigkeiten. Aufgrund dieser Schwierigkeiten hatten fünf Parlamentarierinnen je ein gleichlautendes Postulat eingereicht, in welchem sie den Bundesrat aufgefordert hatten, in einem Bericht den Fortbestand des Archivs zusammen mit dem Kanton Bern und allenfalls weiteren Institutionen zu klären und aufzuzeigen, mit welchen gesetzlichen Grundlagen eine subsidiäre Finanzierung durch den Bund erfolgen könnte. In seinem Postulatsbericht stellte der Bundesrat drei Lösungen vor. So könnte die Stiftung einerseits im Rahmen des FIFG beim SBFI eine subsidiäre Finanzierung beantragen. Alternativ wären die teilweise oder die komplette Integration des Archivs in den Bestand des BAR denkbar.
Die WBK-NR beschloss im Anschluss an diesen Bericht, eine Motion einzureichen und den Bundesrat zu beauftragen, in der BFI-Botschaft 2021-2024 den Betrag von CHF 4 Mio. für die Gosteli-Stiftung aufzunehmen. Um die Gosteli-Stiftung zu sichern und in eine für Bildung und Wissenschaft nachhaltig nutzbare Institution zu überführen, seien gemäss Schätzung des Stiftungsrats finanzielle Mittel von jährlich total CHF 2 Mio. notwendig. Die restliche Finanzierung würde über den Kanton Bern und Drittmittel sichergestellt, so die WBK-NR.
Der Bundesrat erläuterte in seiner Stellungnahme, dass die Stiftung unterdessen beim SBFI ein Gesuch eingereicht habe, nun sei der Schweizerische Wissenschaftsrat daran, zuhanden des SBFI alle für die Finanzierungsperiode 2021-2024 erhaltenen Gesuche zu prüfen. Diese Prüfung müsse nun abgewartet werden. Der Bundesrat beantragte entsprechend die Ablehnung der Motion.
Der Nationalrat beugte sich im Sommer 2020 über das Geschäft. Matthias Aebischer (sp, BE) erläuterte, dass die grundsätzliche Unterstützung der Gosteli-Stiftung in der WBK-NR unbestritten war. Beim richtigen Vorgehen sei man sich dagegen uneinig gewesen. Eine Mehrheit wolle den Entscheid des Wissenschaftsrates nicht abwarten und wolle den Bundesrat jetzt beauftragen, die Weiterentwicklung des Gosteli-Archivs auf der Grundlage des FIFG sicherzustellen. Eine Minderheit sei der Meinung, man müsse zuerst den Expertenentscheid des Wissenschaftsrates abwarten. Peter Keller (svp, NW) ergänzte für diese Minderheit, dass Ende 2020 eine Antwort des Wissenschaftsrates vorliege. Es gebe keinen Grund, «diesem Prozess vorzugreifen oder hier auf Parlamentsebene hineinzupfuschen». Es könne nicht angehen, dass geschicktes Lobbyieren darüber entscheide, ob eine Organisation auf Bundesgelder zählen könne oder nicht. Am Ende der Debatte nahm der Nationalrat das Geschäft deutlich mit 100 zu 50 Stimmen bei 2 Enthaltungen an.

Si la motion Mettre en œuvre les réformes nécessaires sans compromettre la qualité de l’encouragement à la formation, la recherche et l’innovation sur la période 2017 à 2020 a été acceptée par le Conseil des Etats en 2015, elle a subi quelques modifications. En effet, la Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil des Etats (CSEC-CE) a redirigé les objectifs établis par sa commission sœur lors du dépôt de la motion. Tout d’abord, la CSEC-CE a supprimé la fixation d’un pourcentage établi (3,9 pourcents en l’occurrence). Mais aussi, elle a déterminé uniquement quatre axes prioritaires : formation professionnelle supérieure, promotion de la relève scientifique, augmentation du nombre de place disponible en faculté de médecine humaine et encouragement à l’innovation. Bien que la CSEC-CE ait revu à la baisse les objectifs initiaux de la motion, la Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) a proposé à sa chambre d’adopter la motion modifiée à 14 voix contre 7. Il est nécessaire de mentionner une minorité Keller (udc, NW) qui s’oppose à la motion. Reynard (ps, VS), orateur pour la CSEC-CN, a indiqué que la motion permettait toujours de souligner l’aspect prioritaire du domaine FRI. De plus, alors que le message FRI a été déposé, il a précisé que les ressources prévues étaient en fort recul. Ainsi, la motion permettrait de réaffirmer cette priorité et de débloquer les ressources nécessaires pour maintenir la qualité au sein du domaine FRI. Au final, la motion modifiée a été acceptée par le Conseil national par 120 voix pour, 60 voix contre et 4 abstentions.