A la suite des nombreuses discussions qui ont animé à la fois les chambres parlementaires, les cantons par l’intermédiaire de la Conférence des chefs de départements cantonaux de l’économie publique, l’économie privée et les hautes écoles liées au projet, le Conseil fédéral a fini de dessiner un projet pour le «Swiss Innovation Park». L’objectif sous-jacent d’un projet d’une telle envergure se résume en deux points inséparables: le maintien de la Suisse à la pointe de l’innovation et le gain de compétitivité dans les années à venir à travers notamment la facilitation du transfert de technologies vers l’économie privée. De plus, il est important de préciser que le Parc d’innovation helvétique serait divisé en deux pôles majeurs, liés aux écoles polytechniques fédérales (EPF) de Zürich et Lausanne, ainsi qu’en trois sites secondaires, à Bienne, Bâle et à l’Institut Paul Scherrer en Argovie. Si le Conseil fédéral soumet, en 2015, aux chambres fédérales, deux projets reliés à l’organisation et au soutien d’un Parc d’innovation suisse, c’est que celles-ci lui en ont octroyé le pouvoir, en 2012, par la validation d’une révision complète de la loi fédérale sur l’encouragement de la recherche et de l’innovation (LERI). Ce message s’inscrit donc dans la continuité des débats au Parlement. Deux projets sont soumis aux chambres. Tout d’abord, le Conseil fédéral souhaite libérer un crédit-cadre de 350 millions de francs pour le cautionnement de prêts nécessaires au financement d’infrastructures et d’équipements de recherche. En outre, le Conseil fédéral précise que ce crédit-cadre ne doit pas être alloué à la construction de bâtiments, mais véritablement permettre d’obtenir des prêts à des conditions préférentielles. Ensuite, le second projet concerne la cession de terrains, appartenant à la Confédération, en droit de superficie. Le terrain concerné, de 70 hectares, est celui de l’aérodrome militaire de Dübendorf (ZH). Finalement, le Conseil fédéral précise dans son message que son rôle n’est que de soutien, qu’il n’est que subsidiaire, la réalisation du Parc d’innovation revenant véritablement aux cantons d’accueil, aux hautes écoles concernées et aux milieux économiques impliqués.
Le Conseil national est la première chambre à s’être prononcé sur les deux projets. Alors que la Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) avaient approuvé en amont le projet par 20 voix contre 5, la chambre du peuple a accepté d’une part l’octroi d’un crédit-cadre de 350 millions de francs par 153 voix contre 38 et 1 abstention, et d’autre part, la cession de biens-fonds par 140 voix contre 34. Au final, l’UDC s’est révélé être le seul parti opposé au projet. Il a notamment parlé de parc de subventions, allant même jusqu’au terme corruption, expliquant que la Confédération ne devrait pas interférer dans ce domaine, mais uniquement fournir des conditions cadres optimales. De plus, Christoph Mörgeli (udc, ZH) a critiqué la répartition des sites, discriminatoire selon lui. A l’opposé, l’équilibre linguistique, le rôle subsidiaire de la Confédération et la solidité du projet construit sur des pôles d’excellences (les deux EPF) existants ont été mis en avant. Néanmoins, il est nécessaire de préciser que le Conseil national a proposé une modification du projet initial. Cette divergence concerne la cession de biens-fonds. Plus précisément, la chambre basse estime que les produits financiers nés de la rente devraient être alloués au soutien de l’ensemble des sites, afin de garantir l’équilibre régional.
Le projet est parti du côté du Conseil des Etats. La chambre des cantons a ainsi largement soutenu le projet de soutien de la Confédération au parc d’innovation, à travers le crédit-cadre de 350 millions de francs, ainsi que la cession de biens-fonds. Ils ont été acceptés par 37 voix sans opposition. Ainsi, la chambre des cantons n’a pas souhaité suivre la volonté du Conseil national, qui avait proposé une réaffectation des produits financiers liés à l’aérodrome de Dübendorf (ZH). Même si Géraldine Savary (ps, VD) et Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) ont respectivement parlé de «Lex Dübendorf» et de «déséquilibre majeur», les sénateurs ont estimé que l’argent de la Confédération devait revenir à la Confédération et non pas à une fondation privée. Ils ont donc rejeté la modification du Conseil national.
Le projet est alors retourné à la chambre du peuple. Au final, la divergence avec le projet initial a été biffée. En effet, malgré l’opposition des élus romands, le Conseil national a décidé que les produits financiers de la rente des droits de superficie de la Confédération, qui concernent principalement l’aérodrome militaire de Dübendorf (ZH), ne seraient pas redistribués à l’ensemble des sites. Fathi Derder (plr, VD) ou encore Matthias Aebischer (ps, BE) ont critiqué un traitement qu’ils jugent inéquitable des sites, alors que Jean-François Steiert (ps, FR) a parlé de déséquilibre régional. Le projet a été validé, en septembre, à une faible majorité, au Conseil national par 99 voix contre 88 et 2 abstentions.

A la suite de l’approbation du Conseil des Etats relative, premier lieu, à la participation de la Suisse à l’infrastructure de recherche internationale «Source européenne de spallation ESS» et, en deuxième lieu, à l’ouverture d’un crédit sur la période 2013 à 2016 pour la coopération internationale dans le domaine de l’éducation, de la recherche et de l’innovation, le Conseil national s’est lui aussi penché sur la question. La Source européenne de spallation ESS est appelée à devenir un des centres de recherches les plus avancés au monde. Du côté des arguments en faveur de la participation de la Suisse, la majorité de la Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) a mis en avant les possibilités de progrès technologiques, notamment la découverte de nouveaux médicaments. De plus, Isabelle Chevalley (plr, VD) a précisé qu’un premier crédit de 32 millions a déjà été accordé et qu’il s’agit, dès lors, de valider un second crédit à hauteur de 98 millions. Même si la Commission a souligné qu’il s’agissait d’un montant considérable, elle soutient néanmoins la participation de la Suisse, étant donné que la recherche de pointe helvétique est tributaire d’installations de qualité. Une minorité de la Commission, emmenée par Christoph Mörgeli, (udc, ZH) s’est opposée à la participation de la Suisse. Finalement, la participation helvétique a été validée par le Conseil national par 142 voix contre 50 et 3 abstentions et un crédit pour la coopération dans le domaine de l’éducation, de la recherche et de l’innovation a été approuvé à 125 voix contre 45 et 4 abstentions.

A travers un message, le Conseil fédéral a demandé au Parlement d’ouvrir les crédits nécessaires, en l’occurrence 4389,3 millions de francs, pour permettre à la Suisse de prendre part aux programmes-cadres de recherche de l’Union européenne (UE) de 2014 à 2020 en tant que pays associé. Ce crédit est indispensable pour garantir la participation de la Suisse au paquet Horizon 2020, programme Euratom inclus. En outre, un tel crédit couvre aussi le financement des mesures d’accompagnement nationales. A propos de ces mesures, le Conseil fédéral a proposé la modification de la loi fédérale de 2012 sur l’encouragement de la recherche et de l’innovation (LERI), afin de garantir plus de souplesse dans le financement. Néanmoins, afin de saisir les enjeux d’un tel message, il est désormais nécessaire de replacer son cadre. Depuis 1987, tout d’abord projet par projet, puis comme pays associés à partir de 2004, la Suisse a participé aux programmes-cadres de recherche, de développement technologique et de démonstration (PCR) de l’UE. Pour appuyer son message, le Conseil fédéral a insisté sur le fait qu’une telle coopération a connu un développement très positif. Il a cité quelques chiffres qui ont montré l’importance d’un tel accord. Par exemple, rien que depuis 2007, les participants suisses à ces programmes de recherches ont réussi à lever plus de 1,56 milliard de francs. Une telle somme fait de l’UE la deuxième source de financement de la recherche et du développement en Suisse. Ou encore, le coefficient de retour de la Suisse est de 1,52. Un tel chiffre prouve que les chercheurs suisses sont non seulement efficaces, mais arrivent à capter 1,5 fois le montant qu’ils recevraient, si les fonds étaient répartis de manière proportionnelle à la contribution obligatoire. Par ailleurs, le programme-cadre pour des activités de recherche et de formation en matière nucléaire, dénommé Euratom et géré par la Communauté européenne de l’énergie atomique, a été intégré au paquet Horizon 2020. Pour le Conseil fédéral, il est nécessaire de poursuivre aussi bien l’association au PCR que la participation au programme Euratom, ou en d’autres termes, il s’agit d’approuver le paquet Horizon 2020. Du côté des commissions, celle des finances du Conseil national (CdF-CN), a soutenu le projet par 19 voix contre 4 et 1 abstention. La Commission de la science, de l’éducation et de la culture (CSEC-CN), a approuvé le message par 16 voix contre 2 et 5 abstentions, alors qu’elle a approuvé la modification de la LERI par 16 voix contre 3 et 3 abstentions. Et finalement, la Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil des états (CSEC-CE) est entrée en matière sans opposition. Si les commissions ont toutes approuvé le projet du Conseil fédéral, le dernier mot est revenu aux deux chambres. Tout d’abord, celle du peuple a approuvé par 146 voix contre 20 la proposition de crédit. Si l’UDC, par l’intermédiaire de Mörgeli (udc, ZH), a montrée du doigt une somme démesurée pour un domaine tel que la recherche, tous les autres partis ont relevé l’importance de la recherche pour la Suisse, citant notamment le « Humain Brain Project » de l’Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL). Sur la question du nucléaire, la proposition de retrait d’une minorité a été repoussée par 104 voix contre 68. Au final, la chambre des cantons a suivi sa sœur en acceptant sans opposition le projet. Au sujet d’Euratom, l’accord a été validé par 30 voix contre 9, après que le conseiller fédéral Schneider-Ammann ait affirmé qu’il n’y avait aucun conflit avec la stratégie énergétique de la Suisse. L’acceptation par les deux chambres a permis au Conseil fédéral de renouveler l’accord bilatéral entre la Suisse et l’UE, afin de garantir une association ininterrompue.