Der Bundesrat reagierte im September 2021 auf den Beschluss der EU-Kommission, die Schweiz beim EU-Forschungsprogramm «Horizon Europe » als nicht-assoziierten Drittstaat zu behandeln, indem er beschloss, den SNF mit der Durchführung von Übergangsmassnahmen zu beauftragen. Diese sollen in Kraft bleiben, bis die weiterhin angestrebte Assoziierung der Schweiz in die Wege geleitet werden könne. Die Übergangslösungen für die Ausschreibungen von Horizon Europe – wie etwa den «Starting Grants» des Europäischen Forschungsrates – sollen sich an den europäischen Ausschreibungen orientieren, unterliegen aber anderen Fristen für die Projekteingaben. Das WBF werde darüber hinaus bei der Innosuisse, bei der Europäischen Weltraumorganisation ESA und weiteren Akteuren zusätzliche Übergangsmassnahmen einleiten. Alle diese Übergangsmassnahmen sollen den Räten mit einer Nachmeldung zum Voranschlag 2022 in der Wintersession 2021 unterbreitet werden.

Rund einen Monat später informierte der Bundesrat in einer weiteren Medienmitteilung, dass er die notwendigen Kreditverschiebungen für die bereits im Jahr 2020 gutgeheissene Direktfinanzierung der Schweizer Projektpartner in die Wege geleitet habe. Daher könne nun die Finanzierung von Schweizer Projektteilnehmenden am Horizon-Paket 2021–2027 im Umfang von ca. CHF 400 Mio. für das Jahr 2021 direkt durch das SBFI erfolgen. Darüber hinaus habe der Bundesrat das WBF und das EFD beauftragt, «allfällige Ergänzungs- und Ersatzmassnahmen zur Stärkung des Schweizer Forschungs- und Innovationsstandorts zu prüfen».

Mitte Juli 2021 gab das SBFI bekannt, dass die Schweiz beim EU-Forschungsrahmenprogramm «Horizon Europe» für die Jahre 2021 bis 2027 bis auf Weiteres als nicht-assoziierter Drittstaat behandelt wird, wie die Europäische Kommission in einem Brief mitgeteilt habe. Dies habe zur Folge, dass Schweizer Forschende nur in beschränktem Ausmass an den Ausschreibungen des Programms partizipieren können. Dort, wo dies weiterhin möglich sei, werde die Finanzierung der Projektkosten vom SBFI übernommen. Die Teilnahme an einigen renommierten Einzelprojekten, wie etwa an denjenigen des European Research Council, sei aber grundsätzlich nicht mehr möglich. Das SBFI liess zudem verlauten, dass der Bundesrat weiterhin eine Assoziierung an Horizon Europe anstrebe, wofür die Europäische Kommission jedoch gewisse Bedingungen genannt habe, namentlich die Auszahlung der zweiten sogenannten Kohäsionsmilliarde.
Die Medien schätzten diesen Ausschluss der Schweiz als schweren Schlag für die Schweizer Forschungslandschaft ein. Die NZZ mutmasste, dass dieser Entschluss der EU dem Abbruch der Verhandlungen über ein Rahmenabkommen geschuldet sei. Als Konsequenz leide nun der Forschungsplatz Schweiz, da es für diesen nur noch eine eingeschränkte internationale Kooperationsfähigkeit gebe und den Forschenden der Verlust wichtiger wissenschaftlicher Netzwerke drohe. ETH-Ratspräsident Michael Hengartner nannte diese Nicht-Assoziierung gar einen «Kollateralschaden». Er wies darauf hin, dass der Zugang zum Horizon-Programm für die Innovationskraft des gesamten Schweizer Forschungsplatzes von grossem Wert sei. Mit der jetzigen Situation gebe es auch ein gewisses Risiko, dass insbesondere Nachwuchsforschende die Schweiz verlassen könnten, um an einer Institution in der EU zu arbeiten. Der Regierungsrat des Kantons Zürich schätzte die Lage gemäss Tages-Anzeiger ähnlich ein und sprach von einem «Reputationsverlust für Schweizer Hochschulen». Mittelfristig sehe der Regierungsrat daher keine Alternative zu einer Assoziierung der Schweiz an Horizon.

Das SBFI informierte Ende Juni 2021, dass die Europäische Kommission die Projekteingaben für das EU-Rahmenprogramm für Forschung und Innovation «Horizon Europe 2021-2027» eröffnet habe. Da die Schweiz und die EU noch keine Verhandlungen über eine Assoziierung der Schweiz begonnen haben, könnten Forschende in der Schweiz zwar ebenfalls – wenn auch nur in beschränktem Ausmass – an den Ausschreibungen teilnehmen, sie erhielten jedoch als Partizipierende aus einem Drittstaat in der Regel keine Finanzierung seitens der Kommission. Der Bundesrat strebe die Assoziierung als Vollmitglied an; solange diese jedoch noch nicht stehe, werde die Finanzierung der entsprechenden Projekte durch das SBFI erfolgen. Die entsprechende Finanzierung im Umfang von CHF 6.15 Mrd. war 2020 seitens der beiden Räte gutgeheissen worden. Das SBFI schloss seine Medienmitteilung mit dem Hinweis darauf, dass die Schweiz wohl in der nächsten Zeit von der Europäischen Kommission informiert werde, wie diese hinsichtlich einer allfälligen Assoziierung der Schweiz vorgehen wolle.
Die Medien zeigten sich im Gegensatz zum SBFI jedoch überzeugt, dass die EU nicht so bald auf den Schweizer Wunsch nach einer Assoziierung eingehen werde. Die Schweiz sei derzeit sogar schlechter gestellt als Länder wie die Türkei, mit denen aktuell Verhandlungen laufen oder kurz bevorstehen. Zurückzuführen sei diese missliche Lage auf den Abbruch der Verhandlungen über ein Rahmenabkommen sowie auf die Zurückhaltung in Sachen Kohäsionsmilliarde für ausgewählte EU-Staaten. Die Aargauer Zeitung befürchtete gar, dass die Deblockierung der Kohäsionsmilliarde eventuell nicht reichen werde, um die EU-Kommission zu einem Verhandlungsbeginn betreffend Horizon Europe zu bewegen. Die Medien zitierten auch mehrere Stimmen aus der Forschungslandschaft der Schweiz, die sich besorgt über den derzeitigen Status der Schweiz äusserten. So befürchtete Jean-Luc Barras, Abteilungsleiter institutionelle Beziehungen beim SNF, eine «Erosion der wissenschaftlichen Forschung in der Schweiz», währenddem Yves Flückiger, Präsident von swissuniversities, die Forschenden in der Schweiz aufgrund dieser Situation als «groggy», also als angeschlagen oder wackelig, bezeichnete.

Der Bundesrat beantragte 2017 die Abschreibung des Postulates «Die Leistungsfähigkeit des Schweizer Forschungs- und Innovationssystems besser evaluieren», nachdem er im November 2016 den Bericht in Erfüllung des Postulates publiziert hatte. Der Nationalrat stimmte der Abschreibung im Juni 2017 zu.

Die Motion «BFI-Periode 2017-2020. Notwendige Reformen ohne Substanzverluste umsetzen» forderte, den BFI-Bereich in den Jahren 2017 bis 2020 als prioritäre Aufgabe zu behandeln und die dafür notwendigen Mittel zur Verfügung zu stellen. Dabei seien die vier Förderschwerpunkte «Höhere Berufsbildung», «Wissenschaftlicher Nachwuchs», «Humanmedizin» und «Innovationsförderung» in besonderem Masse zu beachten. Die Motion wurde von den beiden Räten im Rahmen der Beratungen der BFI-Botschaft 2017-2020 abgeschrieben.

Im Januar wurde der scheidende Sankt Galler FDP-Regierungsrat und ehemalige Präsident der Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren, Hans Ulrich Stöckling für die Amtsdauer 2008-2011 zum Präsidenten des Stiftungsrats des Schweizerischen Nationalfonds gewählt.

Der Bundesrat sah Investitionen von 33 Mio Fr. für drei rund fünfjährige Nationale Forschungsprogramme (NFP) vor. Das erste soll Grundlagen für die Beachtung der Nachhaltigkeit im Bauwesen sowie in der Siedlungs- und Infrastrukturentwicklung zuhanden der öffentlichen Hand und der Wirtschaft liefern; das zweite untersucht Beschwerden im menschlichen Bewegungsapparat, um Hinweise für Präventionsmassnahmen zutage zu fördern; das dritte Programm schliesslich geht unter dem Titel „Sprachenvielfalt und Sprachkompetenz in der Schweiz“ dem Verständnis zwischen den Sprachregionen und der Nutzung von Sprachkompetenzen nach.

Mit der durch den Bundesrat vollzogenen Wahl von zwölf Mitgliedern konnte der Schweizerische Wissenschafts- und Technologierat (SWTR) seine Arbeit als Beratungsorgan in wichtigen Fragen der Wissenschaftspolitik fortsetzen. Der Wissenschaftsrat (SWR) war Ende 1999 im Rahmen der Botschaft über Bildung, Forschung und Technologie in den Jahren 2000-2003 umbenannt, mit einem weiter gefassten Auftrag versehen und um vier Mitglieder verkleinert worden. Auf die bisherige personelle Verflechtung des Rats mit anderen operativen Institutionen der Hochschul- und Forschungspolitik sowie mit Wirtschaftsverbänden wurde verzichtet. Der neue SWTR setzt sich fortan laut Departement des Innern aus Spitzenvertreterinnen und -vertretern von Wissenschaft und Technologie zusammen – unter Berücksichtigung eines Geschlechterproporzes (fünf Frauen) sowie einer gewissen Internationalisierung des Gremiums durch die Wahl ausländischer Mitglieder.

Die Europäische Kommission verabschiedete im Frühjahr das fünfte EU-Forschungsrahmenprogramm (1998-2002, operationell ab 1999). Die gleichberechtigte Teilnahme an den EU-Forschungsprogrammen bleibt der Schweiz wegen des EWR-Neins, und weil die bilateralen Verhandlungen auch im Berichtsjahr nicht abgeschlossen werden konnten, allerdings nach wie vor verwehrt. Schweizerische Forschungsinstitutionen können zwar auf Projektebene mitwirken, aber keine Leitungsfunktionen übernehmen. Im Herbst zog das Bundesamt für Bildung und Wissenschaft (BBW) eine Bilanz der bisherigen Beteiligung der Schweiz an den EU-Forschungsprogrammen (1992-1996). Danach nahm die Beteiligung seit 1992 stetig zu. Das BBW kritisierte jedoch, dass die über 1100 Teilnehmer zum überwiegenden Teil aus dem Hochschulbereich stammten, während die Industrie und die kleinen und mittleren Unternehmen (KMU) noch schwach vertreten sind. Die Aufwendungen von insgesamt CHF 336 Mio. kamen mehrheitlich informations- und kommunikationstechnologischen Projekten zugute; an zweiter und dritter Stelle folgten Biowissenschaften und Umweltforschung. 1997 unterstützte der Bund Forschungsprojekte der EU-Rahmenprogramme mit rund CHF 90 Mio.

Pour faire face à cette marginalisation, la Suisse a par ailleurs ouvert un bureau de liaison pour la recherche à Bruxelles. Cette antenne, baptisée SWISSCORE, aura pour tâche de récolter des informations de première main sur les tendances européennes en matière de recherche et de les transmettre aux milieux scientifiques suisses.